故事背景发生在南宋年间，金国大举入侵的时候。徽宗、钦宗被金人掠走，成为历史上永难洗刷的“靖康之耻”；幸得岳飞韩世忠等爱国名将率部奋起反击、浴血奋战，大宋江山才得保全。公元1139年，金国宰相鞑懒被刺的消息传来……
一、衡山上
这天，衡山派大弟子独孤剑正一个人在山上练剑。忽然间又想起了师父刘轻舟下山之前说过的话。师父似乎说杀死自己父亲 “仙剑客”的凶手可能是与父亲齐名的另一个高手张风；而且暗示自己这趟下山会遇到不测，不由心中隐隐感到有些不安。这时，师弟卢青急急忙忙地跑了过来，说师父已经回来了，还受了重伤，让他赶快前去相见。来到山顶上的大院子里，在最右上方的一间屋子里见到了师父。原来他在山下遇袭，已经奄奄一息了。临终前刘轻舟让独孤剑到山下的一石头下去取一封重要的血书，并让他把这封血书教给柳...结果话还没说完就撒手归西了。来到大厅里和师弟师妹们对话，一直到对话重复了什么都问不出来了，再出门下山去。到了出山口，在最右边的那棵染有血迹的树下找到了师父说的那封重要的血书。原来是一张名单，上面列出了一长串的名字。这是什么意思呢？看来师父说的那个柳...应该就是名单上的柳中原了。突然窜出来一群杀手，竟然敢威协我们把这封信交给他。轻松赶跑了红衣杀手后，决定到武夷山去找柳中原问个究竟。
二、武夷山
来到了武夷山，要打一群猴子。这能难得住RPG之王----英俊潇洒的大侠独孤剑吗？来到这里打听之后才知道柳中原已经下山去了临安，这不是逗我们玩吗？好吧，只好再下山来去临安。
三、临安
进城之后，来到妓院二楼，在一间屋子里遇到一个叫秋雨的妓女，对话之后她会送给你一块红玉，叫独孤剑以后遇到一个在韩世忠将军手下的叫做刘云的将军时交给他。接着，来到城中右下角的木头房子里遇到了寡妇赵七娘，口口声声地说独孤剑是她等待已久的老公，还把门都锁起来不让出去。无奈之下只好骗她说在街上已经见到了一个对赵七娘仰慕已久的人，而且还要给她找来，这才脱身出门。到了大街，见到一个傻乎乎的周木匠，刚好这家伙正在发愁自己找不到老婆，一翻对话之后周木匠立刻找赵寡妇去了。再来到赵七娘家，两个人千恩万谢后会给你礼物酒。到酒馆里向老板打听柳中原的下落，才知道他前几天还和张风在这里喝过酒，看来酒馆是他常来的地方。在城里多转上两圈，和行人都聊聊天，有时间的话你还可以到赌场里和老板赌上两把，只要多存存盘，保管有赢无输。再回到酒楼的二楼的时候，发现已经坐了几个江湖人物。先去和那个路达对话，原来这家伙是金人的走狗。
这时旁边的张如梦也起身走了过来，两人一起把他给揍了一顿。赶走路达之后，和张如梦、方勉对话，随即二人离去。正准备走，突然又跑来一个姑娘，口口声声叫我大哥。原来她是张如梦的妹妹张琳心，误把独孤剑认作了张如梦。张琳心告辞离开之后，独孤剑呆呆地有些失落。忽然楼下传来一阵吵闹声，有人大叫“采花贼”。独孤剑来到楼下，一打听才知道是张琳心已经给一个武功高强的人给抓走了。出去找到了东边城墙下的那个小叫化小雷，给了他几量银子，问采花贼何方去了。他让你猜一个谜语：“春天五人去爬山，爬了一山又一山。”此谜解乃“日出” 二字，当然是东方了。可东门有士兵把守，不让出城。小雷又出一谜指点出城之法，该谜是：“伍子胥财宝丢光，孙仲谋痛失江山；两个人结成伴当，直吵得地覆天翻。”伍子胥名员，员去贝为一“口”，孙权是吴国君主，吴去天也为一“口”字，两口合在一起，按上下排列正是一个“吕”字。独孤剑心领神会，当下来到赌场，找那个军官吕文才，这小子倒也爽快，直接问你是打架还是赌钱。当下也不客气，任选一样，最后吕文才乖乖地交出了东门的令牌。
四、渔村
来到东门，向守门的士兵使用令牌后即可出城。出城后往东走，一直到了海边。去碧霞岛得坐船，可现在海浪这么大，怎么办？先是有个小子想诈我十两银子，就算给了他他也不会带你出海的。打听一下才知只有老王有这本事，可老王死也不肯。找那先前的骗子得知只有一个叫贾老实的人请得动老王。于是再回到城里，到左下角的客栈里，看到一个一脸奸相的家伙，此人便是贾老实。向他求教，可他又提出一个条件，必须要迎春院的南宫彩虹姑娘的一滴眼泪才肯帮忙。走到迎春院的右边，就是那个小叫化小雷靠上面一点的地方，大侠我施展轻功，跳上楼去。终于见到了南宫彩虹，她给了我一个茶杯和一滴清水。回到贾老实那里，用茶杯骗过他后，两人一起来到海边。老王一看是贾老实，只好答应出海。
五、碧霞岛
到了岛上，必须先杀掉岛上所有的杀手。一只走到洞中，发现原来张琳心是故意被采花贼抓来的，她想解救别的被抓的女孩。可是交手之下，张琳心不是此人的对手；危急时刻，独孤剑现身出手，击退采花贼。本想立即回临安，可天色已晚，只好在洞中过夜。
晚上，独孤剑和张琳心正在谈心，突然听见女子的呼救声，两人决定一起去救其他被抓来的女子。在洞里找到一条船，坐船来到另外一个地方，终于找到了被困的女子何梅。三人再按原路返回。出洞后天已大亮，找到老王，老王将他们送回临安。
六、临安
进了城，如果此时你直接去找何梅的老爹何员外，他会非常感谢你，并有意招独孤剑为婿。答应他，玩家就得到《新剑侠情缘》的第一个结局， 如果不答应就继续独孤大侠的江湖之行吧！从何员外家里出来，在城门口遇到张如梦，说找独孤剑有事商量，然后开始打吧！胜利后蒙面人出现就走张如梦！不知过了多久，醒来了发现血书不见了，这样来到客栈一楼问问掌柜的！他说是张琳心！来到张府家丁说已经不再府里所以来到南城门！刚想出去见到张琳心原来血书是被他的父亲拿走的！然后一起去武夷山！
七、武夷山
到了山顶，到处都是尸体。在大厅里找到一个尚未断气的武夷山的弟子，问出柳中原他们已经撤到后山洞去了。出了大厅在山顶的左上角找到了上后山秘洞的梯子。终于进入了一个大的厅中，中间放了一张桌子，两边的石壁上都刻得有字。千万别错过，去看看那些字。原来是当年“血旗门”门主柳四海和“五色教”教主海山阳在此洞中决战，最后同归于荆两人都把自己的独门绝招记了下来，独孤剑和张琳心两人各自学会“风雷九洲”和“凤舞九天”，这可是两人最厉害的武功啊！找到了受伤的柳中原和杀手的头目。对话中，杀手头目竟然说方勉是他们的幕后指使者……管他是真是假，干掉他再说。来到柳中原面前，柳老前辈在临死之前让独孤剑快去长安通知顾枫，他可能是下一个暗杀对象。两人决定在去长安之前先到临安的张风处去取那封血书。
正走到临安的半路上，张风忽然出现，带走张琳心，并将独孤剑点了穴道，然后独自离去。等了一会儿，独孤剑的穴道终于解开了，并得到了张风交给他们的血书。两人立即起身进入城中。
八、临安
进城之后才知道临安已经发生了巨变。听说皇上下令抄了张风的家，一定就是为了那幅“山河社稷图”。吕文才把段铁匠带来了，要威逼他交出宝剑和女儿。段铁匠誓死不从，吕文才一剑杀了他。两人大怒，冲出来杀了吕文才。段铁匠临死前告诉二人女儿芙蓉现在海边的老王那里，要二人将她带到成都的姑妈家。这是酒店老板跑来告诉张家已经被查封了但是张琳心不放心还是来到了张府！小雷自告奋勇去找段芙蓉。杀进张府，一路找到后院，听蒋伯说张风到了后面就没有出来。找到后面的小柴房，进去后发现一条地道，出来后见到2位高手正在火拼，所以两人联手打败了南宫灭！张风已经是性命垂危，这是张风要求独孤剑杀他！这是会有两种选择！选择：杀，张琳心会以身救父，张风终于说出当年他与独孤云去金国的事情！选择：不杀，张风说完实情后去世了！然后2人决定去找段芙蓉姑娘！三个人不再沿原路返回临安，而直接向上走来到海边的渔村处，到老王那里见到了段铁匠的女儿芙蓉。独孤剑向她叙述了她父亲死亡的经过，并让她一起上路，送她到成都去。芙蓉用家传的“巨阙”宝剑送于独孤剑表示感谢。随即老王送他们上路了。
九、华山
到了华山脚下的石塘镇，四人分开行动，由小雷护送芙蓉到成都去，独孤剑二人则去华山。进入华山。可是华山上正在举行争夺掌门之位的比武，守在山口的华山弟子因二人无请帖而不让他们上去。没办法，只好先返回石塘镇，打听之下，镇上的李三对上山的路很熟，又和华山的掌门有些交情，也许他有上山的办法。来到石塘镇，有一位砍柴的老者打听一下得知李三去了长安！于是先到长安去找李三。
十、长安
从石塘镇往西，到了古城长安。一进门，和旁边的那个卖菜的老头对话，他会告诉你李三因路见不平，已经被恶少姚少爷抓走了。来到酒馆，竟碰到了已喝得大醉的张如梦。张如梦让二人等他一下，说自己有点事要办。于是玩家开始控制张如梦，醉醺醺的张如梦走起路来东倒西歪的……走出长安东门，却看到南宫彩虹与一个神秘人对话，经过剧情后,南宫彩虹挥袖而去！一路追到妓院，里面姚少爷正在调戏一位姑娘。张如梦趁着酒性，用醉拳将姚公子给揍了一顿。正准备杀了这家伙，独孤剑赶来，让他剑下留人。原来这姚公子是知府大人的儿子，独孤剑想利用他进大牢救李三。进了衙门，在姚公子的帮助下，很顺利地放了李三，还顺便放了一个叫杨湖的江湖人，他临走时送了独孤剑一块天王令。回到酒馆，将姚公子交给张如梦。他决定回临安去，追查一下“山河社稷图”的下落。而独孤剑二人要上华山去。
十一、华山
又来到石塘镇，找到了李三。李三带着他们从华山入口处的旁边一条树木掩隐的小路上山了。来到山顶左边，李三搭桥后离开。继续走，忽碰到一个华山弟子慌张地往山下跑去，嘴里念叨好像是到“春月楼妓院”。到了华山派的大厅，比武已经结束了，顾枫竟然被师弟林海打死了。独孤剑觉得此事必有蹊跷, 上前说出了那封信的事。谁知林海竟然说他们是金国来的奸细，最后还是看在方勉的劝说下才让他们下山了。
这是想起刚刚的那名弟子，然后来到妓院看到了林海的侄子，然后教训他，他说出林海市五色教的堂主，并且说出顾风使中毒而死的，然后来到华山揭穿林海的真面目，然后开始打吧，胜利后在林海身上找到一封书信！这样得知下一个将会是少林寺的无虚大师！方免告诉他华山后面有一条小路可以通往少林寺！
十二、少林寺
到了少林寺后，找不到无虚大师。先到最右边的禅院里，在上方的墙角处遇到元真，他说自己的泥人被师兄拿走了。元通在中间禅院的上方靠墙处，从他那里得到泥人后再去教给元真。元真告诉你无虚大师在达摩堂。来到达摩堂，看见墙上有一首诗，两人便以言语激出无虚大师原来无虚大师已和刺客交过手，但刺客溜掉了。二人来到最左面的塔林中，发现一个吃肉的和尚，二人将他打败，用言语威吓他说出自己的身份。二人将假和尚捆了放在塔林深处，回到达摩堂找无虚，再来到大殿里，此时众和尚都在，独孤剑告诉他们捉了个奸细，后声称自己要离开少林，但暗地返回塔林埋伏起来。不一会儿，无相过来，将假和尚一掌劈死。无虚等赶到，责问无相为何杀生，无相见事情败露，纵身逃走。在来到大殿中，无虚大师吩咐二人去韩元帅大营报信。又传给二人“龙爪虎爪”和“梅花弄影”。走之前，独孤剑来到藏经阁，见无智大师正在研究一份大魔头传下的秘笈“天魔解体大法”，无智百思不得其解。独孤剑居然悟透其中的奥秘，习得此法。
十三、朱仙镇
离开少林，往右下方走，来到朱仙镇。从镇的中间往上走，出现两条大路：左边一条到岳飞大营，右边一条到韩世忠大营。先到韩世忠的大营，韩世忠不在，但见到了梁红玉。后者把张琳心带到了内屋去。独孤剑在营右帐篷中取到一些药品，然后出营。再次进入后梁红玉收她为义女，还传授了两招武功。
再来到岳飞大营，岳飞不在，两人将名单交给了岳云，随即返回朱仙镇。在朱仙镇的茶馆里遇见了师弟卢青，卢青将丹心剑交给了独孤剑。在客栈休息一夜，决定去见岳飞！
早上又去见岳飞，岳飞感谢二人送来的消息，还给了他们两件金人衣服。二人从牛皋口中得知，金人中来了一位猛将，乃是金兀术的养子陆文龙，此人连折我方大将。独孤剑自告奋勇前去金营打探。
先不去金兵大营，来到韩世忠的大营，但韩的卫兵不让进去，军官刘云前来查问。使用秋雨赠的红玉，刘云会带二人去库房拿些东西。没有红玉不能进去。不要从金营的正面直接过去，从岳飞大营门口的路向下走到头绕到金营的后面，二人会自动换上金兵的衣服，进入金军大营。
在金营左边找到陆文龙的帐篷，王佐正在给陆文龙讲“越鸟南归”和“骅骝向北”的故事，又给陆文龙讲了他的身世，陆文龙将信将疑，其乳娘说其父曾在其家传宝剑“丹心剑”中留有遗书，但此剑已流落民间。独张二人上前，将丹心剑交给陆文龙，里面果然有遗书，证明陆文龙乃陆登之子。
独孤剑和张琳心让陆文龙等先走，自己留下断后。一路杀到金兵的主帅营，进去后金兀术和南宫灭出现。于是和南宫灭大战一场，此处只能使用“天魔解体大法”，独孤剑杀了南宫灭，但自己的经脉也全部震断，生命垂危。
张琳心用霹雳弹放火，金兵混乱之际，一个蒙面人出现带着独孤剑回到朱仙镇客栈。
独孤剑躺在客栈中，危在旦夕，客栈老板说需要长白山的双头人参和天山的千年雪莲才能救他一命。王佐说让岳元帅派一个人去找其中的一样，张琳心自己去找一样。
此时玩家可以选择上长白山或上天山。（建议上长白山）
A、长白山
张琳心来到长白山，碰到一个猎人，猎人告诉她两个消息：一是有一群专门靠采人参为生的赶山人住在山上的一个窝棚里；二是当今世上仅存的一支双头人参在大户人家朱员外家。
张琳心可以去窝棚请人上山采集或用武力到朱家夺取。
去窝棚：窝棚在左上角，找到头目赵大帽子，赵开出条件：除掉许大马棒，就帮她去寻找双头人参。到雪山最右上角除掉许大马棒后得到指南针，将它教给赵大帽子可得双头人参。
去朱家：朱家在雪山右边，打败当家的朱海就可取得人参（金国人因此杀掉朱家二十余口）。
B、天山
走到最左上角有一个洞，小心避开洞里的陷阱，里面有一个老太太，她自称雪莲姥姥。要回答4个问题，正确答案如下：1 A：雪莲姥姥 2 B：英雄式的男人 3 A：一步 4 B：坚决拒绝
张琳心回到朱仙镇，用人参和雪莲将独孤剑救醒。的二天，两人向左下角走，来到海边的码头旁见到王佐。他拜托二人做一件事，此时要注意记下王佐告诉你的天王帮的口令。
十四、天王帮
二人来到洞庭湖的入湖口村，在茶馆碰到张如梦，原来张如梦也打探到“山河社稷图”的遗失与天王帮有些关联，故来此地欲进洞庭湖探听一下，但找不到进洞庭的路径。独孤剑将杨湖所赠的天王令给茶馆老板看，茶馆老板遂将独孤剑带进密室，那儿有通向天王岛的密道，但是只可以一人前往！
来到洞庭湖畔从一个有小石块的地方入水，多试一下各个方向，上岸后到达天王帮的入口处。岗哨对出暗语，答错会给乱箭射死。暗语的答案应该是：华山三千丈和大圣镇番妖。进门后独孤剑前往拜见帮主，发现帮主似曾相识。独孤剑说明是受王佐之托来与帮主有要事相谈。帮主答应晚上和独孤剑单独交谈王佐所托之事。
进入后花园，来到帮主房间，有一个小丫鬟告诉你帮主在花园里，独孤剑和帮主聊天，独孤剑问起“山河社稷图”的事，帮主承认的确为天王帮所得。二人正谈得投机，突然有人扔来一个震天雷！独孤剑一跃将帮主扑倒在地，压在身下。帮主的头巾被树枝挂落，一头青丝飘落下来──原来帮主是个女子。
独孤剑顿时目瞪口呆，不知所措，待回过神来，杨湖带帮中弟兄已站在面前。独孤剑在寝宫中找到帮主并表示歉意，帮主并不责怪，还感激他的救命之恩，二人成为朋友。原来帮主乃大圣天王杨玄之女，名叫杨瑛。二人突然想起“山河社稷图”，前去查看果然不翼而飞。杨瑛查出为封玉书所偷。二人决定出去查找。回到茶馆，发现老板龚楷已经被杀了，在茶馆的桌子上找到张如梦留下的消息，他们已经跟踪封玉书去了成都方向。独杨二人乘船来到成都。
十五、成都
下了船，四处打听，来到客栈，吕掌柜和小二都支支吾吾！说没有见到张氏兄妹，这是杨瑛想到这里的贺老四，交谈后再次回到客栈小二已经离奇的死掉然后在客栈2楼找到一封张如梦如的留书，然后住宿！第二天来到成都北郊，但是没有见到两个人，这是有几个杀手来到，原来是五色教的阴谋，开打吧，胜利后回到城里！这时想到贺老四有露出破绽，所以来到他家，但是轻易的就死掉了！这样线索又断了！在屋里找到了真正的贺老四，他用血写了一个“口”字，只是大家想到是客栈的吕掌柜！来到这里发现掌柜好长时间没有回来，这就在城里找找！在石塔发现了吕掌柜的尸体，然后天王帮的密探索七说出原来贺老四根本就不会写字！这是来到郊外来到了一个大宅子门前，先到了贺老四想要说的地方就是这里，然后一路杀进去！刚刚进入，杨瑛就中毒，这是出来到城里找索七！这是天色黯淡，看到几个人影在晃动，试着走走，可以见到五色教的敌人，开打吧，胜利后再某个人身上闻到一股硝石的味道，想起曾经在铁匠铺闻到过，所以来到铁匠铺！进入见到索七已经奄奄一息得到圣药，又知道五剑堂有秘道！然后来到五剑堂，但是杨瑛不见了，这是在右边的墙上可以找到一个机关，开始一个小游戏！这是大门开起了，进入见到3个厉害无比的敌人，好不容易胜利，给杨瑛服用圣药，就活了杨瑛！这是张琳心也会出现，有选择阿！不知不觉来到小树林，看见了张琳心，还看见了南宫彩虹和张如梦！2人让张如梦去追南宫彩虹！现在玩家开始控制张如梦！
张如梦在剑门关（成都的东北面）追上了携带“山河社稷图”的五色教红剑堂堂主──南宫彩虹！也是南宫灭的女儿。有情人终得相见却是以对决的方式，两人心中都是一番苦楚。张如梦表示，若南宫彩虹死于自己之手，他将削发为僧，但若是他死于南宫彩虹之手，则希望她不要把图交给金兀术。南宫彩虹答应了张如梦的要求，她说如果张如梦死于她之手，她将出走关外，漂泊一生，永不踏中原一步。
二人跪拜天地结为夫妇，然后开始战斗。
张如梦胜：张如梦上峨嵋山剃度出家。
南宫彩虹胜：南宫彩虹远走关外。
10回合打成平手：张如梦发现“山河社稷图”是假的，二人退隐江湖，遁入世外桃园。
十六、岳飞大营
独孤剑和张琳心来到岳飞大营，得知岳飞正和众将在山顶侦察敌情，同去的还有“心剑客”方勉。二人急请岳云叫回元帅。说服岳元帅后，这里决定去救元帅，但是只有1分钟的时间，来到了山顶！方勉恼羞成怒，出手将张琳心打下山崖。此时杨瑛出现，二人联手打败方勉。
十七、泰山论剑
此时会有剧情选择，选择一：去 选择二：不去
二人来到朱仙镇，听说泰山即将举办武林大会，竞选武林盟主，领导抗金大业，杨瑛要会洞庭，独孤剑决定去泰山看看。在泰山的武林大会上，独孤剑打败各大高手夺得武林盟主之位。来到泰山之巅……