幻想纪元的故事背景是建立在远古虚幻的“神纪元时期”。在游戏中，玩家将扮演主角“菲利克斯”，他将与朋友们经历一场场惊险的冒险，慢慢的揭开这个幻想世界中的谜题。以下我们将依游戏的剧情流程，逐一的介绍要完成所有故事的一些要素及诀窍，让玩家们可以顺顺利利的破关。此外，针对游戏中特殊的魔法融合系统，我们也将列出一些魔法融合的实例，让你可以轻轻松松的创造出更新、更强的魔法。
　　亚德斯王城的比武大会
　　在经过漫长旅行之后，主角菲利克斯抵达了尼亚镇，也就是游戏的起点。初学者可以在旅店旁的初学训练馆，学习操作游戏的方法。在不远处的看板上，可以看到关于比武大会的告示，如果答应其中一位女村人要去参加比武大会，她就会送你一瓶治疗药。多与其他村人对话，可以得知许多有用的讯息，并且了解故事背景，这也是完成本游戏的重点。在道具店补充完基本物品之后，便可以出城镇练练功，待功力有一定程度后，就可直奔亚斯德王城了。
　　在亚斯德王城内，别忘了多和人民交谈获取情报，也可在酒吧内消费，老板会告诉你许多有用的情报。在王城的右侧会遇到一个迷路的小女孩，只要带她找到在喷水池旁的妈妈，便可以得到５００元的奖金。向喷水池旁的登记员报名比武大会后，便可进入会场参赛了，不过在报名之前，最好先去商店添购能增强战力的装备。
　　与公主结伴同行
　　在比武大会中落败后，菲利克斯会垂头丧气地走在城墙边，想不到竟因此被正要翘家的克莱儿公主碰个正著，也算是开启了二人日后一连串的因缘。
　　接下来的剧情会发生在亚斯德王城西北方的尼克镇，进入镇中的酒吧后就立刻看见了不久前才遇到的冤家－克莱儿，一阵交谈后菲利克斯竟也成了克莱儿翘家的同伴，但一出酒吧却一同被亚斯德士兵抓回去了。经过克莱儿不断向国王求情，菲利克斯被释放了。没想到当晚在旅店之内，菲利克斯又见到再次翘家的克莱儿，二人正式成为旅途上的同伴。在尼克镇的酒吧内会遇见安娜，如果和酒吧老板交谈过，出门前安娜会表示愿意帮助二人通过沃克隧道，代价是１０００元，准备好火把后，安娜便会加入。
　　对抗星月教的拯救行动
　　克莱儿会在沃克隧道内遭到星月教徒绑架，因此接下来的任务就是救回克莱儿。二人从拉尔镇的村民口中得知，克莱儿可能被带往星月圣地，因此只要向星月教徒表示要加入星月教，便可获得一条星月项链，这是进入星月圣地的必备物品。拉尔镇内有一位叫琼丝的女村民，在找寻离家的弟弟，只要身上有能解除老化的物品，就可以找到正流浪在尼克镇的阿尔班尼士，为其解除老化状态，便可顺利完成任务。为了感谢主角们的辛劳，阿尔班尼士会告诉主角关于冰雪女神召唤兽的讯息。
　　在星月圣地内杀退了许多星月教徒之后，可以开启一石门并进入营救克莱儿。想不到此时竟然出现了欧鲁将军，原来他以星月教做为密谋推翻亚斯德国王的组织，而欲自任国王。欧鲁将军在不敌菲利克斯等人之后逃至圣坛，菲利克斯一行人追去后，会遭遇星月石像的攻击，如果连续二次击败星月石像，就能制服欧鲁，但是菲利克斯的项链却也因此掉入了幽暗树海中。
　　幽暗树海的奇遇
　　回到亚斯德之后，亚斯德国王奈何不了克莱儿的请求，终于答应她出城冒险。三人于是带著国王的任务，启程前往位于遥远北方的鲁那夫王国，一路上会经过沃克镇与幽暗树海。　　
　　在沃克镇内有一位叫奇里登斯坦的商人，他表示愿意收购天刚镇的古物，未来如果获得，可以再回来此处出售给他。此外还有一位妈妈急著找寻一早进入幽暗树海至今未归的小班利，原来小班利的小狗小白在树林内走失了，只要有骨头，小白便会跟主角走，有了小白才能将小班利带回到妈妈身边。此支线完成后，妈妈会赠送两瓶超强力治疗药以示感谢，并可从小班利口中得知土巨人召唤兽的讯息。注意沃克镇上有一户奇怪的人家，其实内藏了一只威力强大的召唤兽－奥汀，只要经过一定事件后再回来此处拜访，便可轻松获得。　　
　　在接近幽暗树海的出口处，会首度遇到葛雷恩，他正遭到一群大幽灵的攻击，替他解危之后，他会归还他所捡到的项链给菲利克斯然后离去。一出幽暗树海，便抵达鲁那夫王城了。
　　亚特官邸的冒险
　　鲁那夫是一个比亚斯德还强盛的国家，并且以研究古文明著名。在酒吧内，会二度遇到葛雷恩，但他仍神秘地不发一语离去。酒吧中有一位酒客，你可用在天刚镇所购得的假清明上河图，和其交换炽天使像。　　
　　走进鲁那夫的右侧街道，会遭遇伊丽卡研究所的爆炸事件，伊丽卡在此算是正式登场。不久后可以在睹场内再次遇到她以及她父亲－亚特公爵，他们会邀请大家参与今晚的宴会。在赌场中，有三种游戏可玩，最重要的是２１点游戏，只要以最高赌金一万元，连胜庄家５场，便可获得主天使像。
　　亚特官邸的宴会在开始不久后便发生大火，所有人必需在时限内逃至顶楼，一到顶楼会三度遇到葛雷恩，在击败三位反古文明组织卫兵后，葛雷恩会因为忆起死去父亲而头痛逃跑，自此算是结束了亚特官邸事件。
　　发现巨大飞行物─鲸舱号
　　经由亚特公爵的引荐，一行人终于晋见了鲁那夫国王，当晚王城研究所竟然发生爆炸，菲利克斯等人赶到地下室，立刻又遭遇到反古文明士兵和怪猫凯特的攻击，只要收服怪猫凯特，即可获得此召唤兽。此事件后，震惊的鲁那夫国王决定派遣加上伊丽卡后的四人，前往反古文明组织基地阻止破坏事件继续发生。
　　反古文明组织基地位于西方连接西禁断之壁的小岛上，可从多拉多港搭船至普雷港而到达，入口位于岛的西侧，东北侧的入口则可通往传说中的古镇－天刚镇。进入基地的深处后，会赫然发现一巨大飞行古文明－苍鲸号，自此引发一连串的剧情，包括亲身体验苍鲸号的第一次试飞。　　
　　在鲁那夫国王了解反古文明组织的动机之后，双方决定合作，而第一件任务便是前往位于北禁断之壁的达库尔王国获取苍鲸号能源，葛雷恩会在此时加入。
　　前往库尔达大陆遇险
　　前往达库尔大陆必需经过天刚镇，到达北方德雷港后搭船前往。天刚镇是第六位主角－李龙铁的家乡，在镇中西北方的凉亭有小贩贩卖古文物。天刚镇此时正为大虫侵扰所苦，因此封闭了天刚山道，但只要在客栈过一夜，看守的人便会被李龙铁击倒而消失，补充完必需物品后，便可进入天刚山道了。在天刚山道上会遇到李龙铁正在打大虫为村民除害，一行人也因此加入战斗，战斗结束后李龙铁会加入队伍。　　
　　从德雷港乘船往达库尔的中途，会因为暴风雨的缘故飘流至里斯大陆，也就是葛雷恩的老家。在沙漠的正中间会遭遇召唤兽－炎砂鱼，击败后可获得其能力。在葛雷恩老家楼上的床　可以休息，地下室则会遇到召唤兽－少女与恶魔。得到少女与恶魔后与管家对话，可以拿到南方太阳王神殿的大门钥匙，因而开启关于太阳王的主要支线。
　　太阳王神殿的战斗
　　在太阳王神殿内，只要依照一定顺序熄灭周围四个小别堆，再至中间熄灭大火堆，火的颜色就会改变，依照改变后的颜色，便可开启相关颜色的门，而取得已损毁的太阳王装备。当五个门都进去过之后，会遭遇太阳王，此时击败他只能得到他的赞美，必须待日后于外世界的太阳之岛上，身著全套太阳王装备与其再次遭遇时，才能获得太阳王。　　
　　在里斯港有船可回到多拉多港，港内有一位商人会贩售六芒星项链，在星月圣地内以铲子挖到的三颗水晶亦可换得。六芒星项链与星月项链是进入星月圣地内六芒阵的必需物品。
　　研发天鹰号作为交通工具
　　回到鲁那夫后，得知达库尔打算收购苍鲸号，并且有许多不寻常的举动，因此接下来的任务便是以最新研发完成的飞行古文明－天鹰号，直赴达库尔调查详情。
　　天鹰号除了可前往达库尔外，还可降落在其它小岛上。如科亚镇、月瀑布、风卷怪之岛等。科亚镇上的工匠可以帮助修复毁坏的太阳王装备，以及制造魔眼血刃，条件是具备所需物品及完成其交付的任务。到了达库尔大陆之后，队员会分成二组潜入达库尔王城。菲利克斯这一组，会得知达库尔的阴谋，并且取得苍鲸号的研究图；伊丽卡这一组则会在达库尔古文明研究所内救出莎拉夏曼。
　　任务才完成，想不到买不到苍鲸号的达库尔，这次以暴力夺取，于是主角一行人必需再次重返戒备更加森严的达库尔，夺回苍鲸号。苍鲸号位于达库尔王城的天台上，在闯入后竟然升空了，历经了一连串波折，并且见证了苍鲸号可怕的威力后，主角们再度夺回了苍鲸号的控制权，顺利返回鲁那夫。
　　禁断之壁外的新纪元
　　因为李龙铁的大意，一行人竟意外发现苍鲸号能飞出禁断之壁，因而开启了人类在禁断之壁外冒险的新纪元。在外面的世界能发现太阳之岛、神之岛、理想国观察所Ａ、Ｂ等处。只要在世界各处集满九座天使像，将其一一放在神之岛上的天使座上，就可获得天使圣击团召唤兽。在解决理想国观察所Ｂ的电脑暴动事件之后，则可获得ＺＸ－９召唤兽。而在理想国观察所Ａ处，则会遇见ZEX11790与ZEN27454二位观察员，他们会交待不可将外世界情形告诉理想国中人。
　　因为是否将外世界的发现告诉国王，菲利克斯和克莱儿还因此吵了一架。隔天国王又托付菲利克斯一项新任务，在拉尔圣殿内有海鳗骚扰镇民生活，希望一行人前去调查。抵达圣殿后，伊丽卡竟遭海鳗咬入水中，将圣池旁的三只圣兽以红、绿、蓝的顺序开启，可以释放圣池中的水，才可进入池底营救伊丽卡，在底部的巢穴处就可发现她。在李龙铁击破池底巨岩后，所有人必需在时间内逃出。池底某处的圣池之钥可以开启所有圣池内的宝箱，其中包括一座天使像。
　　与圣母的最后决战
　　成功完成任务后，又回到了鲁那夫，此时野心勃勃的达库尔，竟妄想以苍鲸号攻击理想国观察所，此举造成圣母的忿怒，因而以可怕的攻击力，瞬间毁灭了达库尔的舰队，然而圣母的攻击却震醒了传说中的魔兽，一行人立即赶赴多拉多港解决战乱。　　
　　观察所人员发现圣母开始具有自我意识，行为已不再受控制，因而打算与理想国合作消灭圣母，然而行动失败后反而使圣母决心毁灭理想国，然后再重建之。于是拯救理想国的唯一方法，只剩下冒险侵入方舟，从内部摧毁圣母了。时间已十分紧迫，理想国的存亡，就看菲利克斯一行人否能在时限之内，及时阻止圣母的毁灭性攻击了。击败圣母后，则游戏就可过关了。
　　魔法融合表
　　圣光术 + 落雷术=雷射术
　　重石术 + 次元术=陨石术
　　聚魔术 + 次元术=吸魂术
　　土沙术 + 毁灭术=地震术
　　恢复术 + 增幅术=复活术
　　增幅术 + 催眠术=兴奋术
　　岩御术 + 钢针术=石化术
　　旋风术 + 情迷术=混乱术
　　重力术 + 漫步术=日月术
　　旋风术 + 钻石术=镰风术
　　旋风术 + 火球术=焚风术
　　旋风术 + 流水术=水泡术
　　旋风术 + 冰雪术=冷风术
　　旋风术 + 土砂术=护壁层
　　增幅术+火球术+重石术+次元术=巨大慧星术
　　圣光术+次元术+水晶术=聚光术
　　增幅术+旋风术+火球核熔=炸裂术
　　恢复术 + 威力术 + 增幅术=极升术
　　增幅术 + 毁灭术 + 诅咒术=即死术
　　重力术 + 次元术 + 漫步术=日蚀术
　　冰雪术 + 钢针术 + 增幅术=结晶术
　　火球术 + 增幅术 + 威力术=融爆术
　　冰雪术 + 火球术 + 电球术=三元术
　　重石术 + 流水术 + 次元术=流星雨术
　　旋风术 + 流水术 + 增幅术=狂风暴雨
　　旋风术 + 重石术=沙风暴术
　　冰雪术 + 增幅术 + 威力术=绝对零度术
　　毁灭术 + 次元术=黑暗次元术
　　冰雪术 + 火球术 + 旋风术 + 增幅术=水火双龙术
　　侦测术+老化术+圣光术+次元术+真空术+电球术+火球术+冰雪术+重力术+钻石术+重石术+漫步术=究极闪破咒文