STORY
　　故事讲述俄罗斯驻法国的大使一家乘坐一辆最新型军用列车——“Blue Harvest”号由俄罗斯的圣彼得堡发出，往法国的巴黎，而途中更有NATO士兵护送至目的地。不过“Blue Harvest”却在俄罗斯国境内被恐怖分子集团“默示の骑士团”袭击，而列车最后更被恐怖分子集团占据了。“默士の骑士团”的目的就是以大使一家作人质要胁法国政府索取20亿赎金。为了对付这件紧急事态，所以交由恐怖分子对策本部负责，不过交涉停滞不前。在这事件中有一位侥幸生还的护卫部队队员Jack Morton，而他为了救出作为人质的大使一家，便单枪匹马潜入列车车内……
分支
　　在故事进行的时候，玩者虽然可以在不同的地方找到各种的道具，令故事继续地进行下去。不过其实在使用这些道具的时候，会对故事发展有所影响的。例如：JACK在武器库的储物箱拿到的避弹衣，如果拿给受伤的BILLY，就可以令BILLY不用被BOUIS用枪射死，否则BILLY便会必死无疑，而这种不知不觉的分支点在游戏中共有十多个。
攻击
　　由于JACK需要在持枪恐怖分子手中救出被胁持的大使一家，所以游戏中准备了HAND GUN、MACHINE GUN、ASSAULT FIFLE、GRENADE LAUNCHER四种射击武器，手榴弹以及JACK自己的双拳。当遇上敌人时，JACK需要立刻面向敌人，敌人身上便会出现被LOCK ON的ICON，而LOCK ON距离就要依武器而定。攻击时则可以选择站立和蹲下来攻击，而蹲下可以避过敌人的LOCK ON（只限普通枪手）。
窥视
　　因为游戏进行时，有很多的时间比较困难于看遍四周，所以游戏特别准备了一个△掣用来改变视线角度，只要利用方向掣便可以看看地上有没有道具，而且当知道敌人在附近时，更可看看敌人的位置。可能各位有时会发生只听到脚步声，而不见其人的情况，这时可以走近门口按△掣看看门口外面的环境。
道具
　　道具在每个游戏中当然是不可缺少的东西，而在《CHASE THE EXPRESS》里同样有着重要性的地位。它们除了有帮助JACK能过种种难关之外，亦有时需要其交给对方。至于可以拾到道具的特别地方不单可以在有死去的同伴身上找到，有时在击毙敌人的时候，亦可能将各式的弹匣救命药包留下在地上，而击到BOSS后更会得到重要的道具。
FILE
　　游戏中除了道具可以帮助JACK能过不同难关之外，而在不同的地方所拾到的MEMO纸或便条等同样是不可过关的关键，因为当中的文字会提及不同难题的提示，所以玩者在游戏途中要小心观察四周有没有一些白色的纸张。将纸张拾回来之后，玩者就可以在MENU的FILE中找到想看的MEMO。
BOX
　　在《CHASE THE EXPRESS》里，会有像《BIO HAZARD》系列异次元箱的BOX，不过这种BOX出现的地方并不会摆放重要的房间之中，大部份都会在车厢必有的洗手间里面，而BOX出现的地方同样可以看到图片中的图案。由于游戏中用来解开难关的道具大都是只需要一次便足够，所以有这个BOX之后，就可以将一些没有用和暂时未用的道具放进当中，这样可以腾出一些空格来拾取新道具，不过要小心有些道具必须在EVENT中使用的。
CHARACTER

Jack Morton
　　美国空军少尉。在德国的美国空军基地服役。今次任务就是担任法国大使护卫，乘坐与“Blue Harvest”号同行护送的直升机。不单有良好的观察力及洞察力，而且更具备敏捷的行动与快捷的判断力。现年29岁。

Cbristina Wayborn
　　担当俄罗斯驻法国大使的近身保镖。由于有代表法国参加奥运射击比赛的经验，而她凭着这点而投身保镖工作。她会以温和的手段处事。现年25岁。

Boris Eugoski
　　率领恐怖分子集团“默示の骑士团”骑劫火车“Blue Harvest”号的领袖。不过却拥有超一流的领导能力。他是个强烈自我显示欲的男人，经常自我陶醉。不单不容许失败，重视物事的最后结果。现年45岁。
Pierre Simon
　　担任俄罗斯驻法国大使的最后职务就是乘坐“Blue Harvest”号。在任期满了后，期待活跃于商界。心思细密，而且对职务非常严谨。不过家庭而言却是个好父亲、好丈夫。现年52岁

Philip Mason
　　俄罗斯驻法国大使的第一秘书官。在前俄罗斯驻法国大使的强力推荐，于是大使采用他为秘书官。由于工作上得到甚高的评价，而进升为第一秘书。现年39岁。

Billy Macguire
　　法国军士官，同时亦是“Blue Harvest”号雷达管制宫。由于其父亲是个电脑技师，所以他从小开始就喜欢了机械，不过却是个草率的人。口头禅是“自己是幸运的”。现年26岁。

流程攻略

　　俄罗斯驻法国的大使一家乘坐一辆最新型的军用列车——“BLUE HARVEST”号由俄罗斯的圣彼得堡发出，以法国的巴黎为终点站，同时美国NATO空军乘坐直升机同行护送、而这次行动更是由俄罗斯、美国和法国共同进行的。不过在俄罗斯的圣彼得堡内却遭受到突如其来的袭击。
　　当不知明男子说出“第一次攻击准备”之后，“BLUE HARVEST”号的雷达便探测出四部直升机往列车前行，起初以为是增援部队，但上级官却未收过任何通知。同时，那些军用直升机突然向列车射出三支飞弹，这种突如其来的攻击令护送“BLUE HARVEST”号的美国NATO空军直升机不能作出回避而全数被直接击中，而身为NATO空军少尉的JACK就被炸出直升机之外。
　　飞弹射出之后，那班恐怖分子便开始攻入列车之内，同时利用遥控炸弹炸毁最多士兵的14号车厢，由于恐怖分子的攻击太强劲，令列车内的士兵顿时显得无力还击，而身为大使保镖的Christina与大使和秘书官，在这情况下被迫至死角，不过恐怖分子的头目——Boris Zugocki却利用大使和妻子和女儿要胁大使投降。原来这班恐怖分子就是“默示の骑示团”，而他们持劫“BLUE HARVEST”号的目的是利用大使的性命和核弹敲诈法国政府20亿元。另一方面，之前被炸出机外的JACK原来此刻仍然生还，不过他却悬空在车厢之外。
　　JACK与强烈气流挣扎之后，终于爬回列车车顶，不过他便立刻与法国政府的恐怖分子对策本部联络，他知道了列车正被武装恐怖集团“默示の骑示团”劫持，而对策部的指挥官就要求JACK在营救部队到来之前，首先搜索大使与其家人的下落，以及其次保持联络，而且JACK在指挥官口中得到11号车厢顶有一个没有锁上的入口。虽然知道入口的位置，但同时敌军从那个入口走出车顶，JACK利用蹲下时的高低差令敌人难以瞄准JACK在解决火车顶的敌人后，便从那个入口进入。不过从梯子爬下后，JACK便立即发现同样是NATO的队员尸体。这时JACK便可从他们身上找到有用的子弹及救命药包。虽然JACK找遍11号车厢内所有可以进行的地方，但仍然找不到大使一家的下落。由于暂时没有开启通往12号车厢的CARD KEY，所以JACK只好10号车厢调查。
　　在进入10号车厢之后，便立刻发现1楼有敌人巡逻，JACK趁敌人回后走去的时候，从后击毙他。JACK首先在第一间房间发现了一张写上“负责运送食具的UNIT因为接触点不良，而被拿出来修理”的MEMO，跟着便在第二间房间中找到刚才所说的11号车厢的升降机UNIT。由于通过9号车厢的连接门坏了，加上2楼也被锁上，所以决定拿着升降机UNIT返回11号车厢的2楼餐厅看看。在餐厅的桌上拾到一张这次行动的MEMO，之后JACK便将UNIT装回食具升降机的开关掣下面，虽然令升降机回复运作，但后面却特然出现了两名敌人。将他们击毙后，JACK就利用这部升降机去到1楼被锁的厨房。
　　到达厨房之后，便发觉漆黑一片，JACK于是开启了左手面的厨房灯，而在煮食用的厨柜那 发现了一张写上大使一家的食用菜单。由于JACK看见地上有一条长长血迹。所以他跟着血迹走到冷冻库，终于找到VIP的CARD KEY（G），而JACK立刻走到10号车厢的2楼。JACK利用这张CARD KEY进入10号车厢的2楼之后，便在左手面的房间内发现一张列车上重要人物的名单，而在走廊另一边尽关的房间更发现一张写上了“1742”密码的MEMO纸中，不过巧合地中央房间的锁是使用密码锁。JACK便尝试利用这密码开启门锁，原来密码刚好是这个房间的。JACK在击毙守着门口的敌人之后，便听到左面的门后有一些声音，所以在打开门后立即将敌人胁持人质，原来是大使与及其秘书官。秘书官拿取敌人手上的手枪后，便走到客厅保护大使。JACK在敌人身上却找到用来开启通往12号车厢门锁的CARD　KEY（B）之后，便在洗手间中发现一个五角形的凹位，由于没有任何头绪，所以暂时不理会这东西。当JACK在走到客厅时，立刻收到对策部的联络，不单将救出大使的消息告诉他们，而且知道营救部队将会在十分钟内来到，不过现在还未知道大使妻子和女儿的下落。
　　在救出大使的同时，“BLUE HARVEST”号已经驶到俄罗斯的诺夫哥罗德。JACK利用刚刚得到的CARD　KEY（B）开启了往12号车厢的连接门门锁，进入12号车厢。当调查浴室时，突然有敌人冲进来，而JACK以敏捷的身手将其击毙。JACK眼见没有发现后，便走上二楼搜索。因为右面门锁上了，JACK唯有向左面的房间调查，而且发现当中有两名敌人把守。解决他们之后，JACK在中央的细小房间中找到一支系统光碟，而且在仪器上拾到一张写上多年来恐怖分子出现的记录。在最尽头找到一部可以读取光碟的电脑，JACK将系统光碟放进电脑之后，便把12号车厢内唯一锁上的房间门镇打开。就在JACK走出门口之际，对面的房间突然传出枪声，而当进入房间后JACK立刻与一名女子互相用枪指向对方，原来她便是大使的近身护卫——Christina，而从她口中得知大使的家人现正在13号车厢里，由于Christina要走到10号车厢保护大使，所以JACK将一个无线电通话机交给Christina。当Christina离开房间之后，JACK台面上发现一部可以将CARD　KEY改变的CARD　WRITER，而JACK把已用过的CARD　KEY（B）转换成可以开启往13号车厢连接门门锁。
　　当JACK利用那张CARD　KEY开启往13号车厢的门锁时，列车已驶到白俄罗斯的明斯克。在进入第一间房间时，因发现地上的血迹，所以利用中间的连接门。不过当JACK从同伴尸体身上拿取手枪弹匣的时候，突然见到门外有两个敌人在走廊经过，但之后他们就不知所踪。JACK在没有大使家人行踪之下走上二楼。在左面浴室里面，JACK将浴缸中的血水放走之后，便拿到一条（特殊KEY），不过暂时不见得有用的。在中央的房间因为需要密码，所以暂时进入里面的房间调查，不过当中却有两名敌人把守着。经过一轮驳火后，JACK把他们解决了，然后手提电脑中知道所有房间的密码锁在出发前会以出发日为假密码，而“BLUE HARVEST”号的出发日就12月24日。于是JACK走到中央房间前输入“1224”，原来这密码锁真的没有修改，而大使的妻子和女儿在这房间里面。由于大使的女儿被这次劫持事件吓怕了，所以JACK上前安慰她，而且答应她见回其父亲（大使），之后她俩在JACK的援护下走到一楼。回到一楼之后，JACK再次通知对策部所有人质安全，而且知道营救部队将会在五分钟之后抵达，会合地点就在14车厢，确保营救部队安全抵达，与及诱导直升机，不过救出人质之后，需要在营救部队队长的指挥下再次进入车厢内。进入14号车厢后，对策部再次联络JACK，会合地点的14号车厢有很多敌人存在。解决了14号车厢的敌人后，JACK便直升机一切安全，不过Christina突然来电，告诉JACK大使已不在VIP　ROOM中，而秘书官受伤了，所以暂时把大使的妻儿二人送离火车。虽然大使的女儿知道暂时不能见到父亲，但将颈上的吊饰交给JACK而转交大使。因为大使现在行踪不明，所以向对策部要求再次派出营救部队，而JACK便需要立刻赶回10号车厢的VIP　ROOM。
　　在经过一轮枪战之后，终于跑到VIP　ROOM，JACK便立即问秘书官究竟刚才发生什么事，而秘书官便回答：“刚才突然从BATH　ROOM传出大使的叫声，之后我也被袭击，不过却不知道大使现在的下落，而Christina因为来迟一步也不知道。
　　当JACK走出门口的时候，再次收到对策部的消息，原来恐怖分子为了报复拯救大使的妻儿，所以向近邻的国家发射飞弹。对策部因此命令JACK无论如何都要阻止飞弹发射，飞射发射器位于在7号和9号车厢，而飞弹管制室则在8号车箱。由于现在仍然搜索大使的下落，所以阻止飞弹为优先的任务。不过JACK爬上车顶不久，恐怖分子便发射了五枚飞弹，JACK便立刻利用无线电通知对策部9号车厢飞弹台已发射飞弹，而对策部便立刻利用人造卫星探测来作出迎击准备。JACK利用之前在浴缸拾到的特殊KEY开启9号车厢顶的入口。不过JACK在二楼的机房遇上了不断转动的机件，利用其开合之间的时间差跑向另一面。在一楼的时候，由于JACK暂时没有工具打开飞弹的铁板，所以唯有到其他地方进行调查。当走到另一边尽头的房间时，JACK便发现共同行动的法国军曹——Billy，而他教JACK利用桌面上的螺丝批打开飞弹上的铁板，按正当中的按钮令信管延迟起动，不过10秒后就会发生爆炸。因为需要将飞弹引爆，所以暂时留Billy在这里。当JACK拿着螺丝批将飞弹的铁板打开后，便立刻按下引爆按钮奔跑离开。在踏出门口时飞弹便同时爆炸，而走廊随即出现敌人。
　　在枪战之后，JACK便立即走往8号车厢，而原本阻挡通道的铁箱因这次爆炸而被炸开了，不过却有两名敌人在这里迎击JACK。跟着利用铲车升起阻路的铁箱，敌人随即在后面的门走出来。JACK在解决偷袭的敌人后，便走上二楼的情报管制室。经过与二名敌人驳火后，便在仪器上拾到一张MEMO，上面写着列车装设有地对空飞弹发射装置、两门40mm对空机关炮、装甲车及武装直升机。
　　然后JACK把中央有红灯的仪器上，将飞弹开关的锁匙扭回关闭状态，这样便阻止了飞弹的发射。正想回9去号车厢之际，收到对策部的通知，营救部队二级已经在火车后方500m的接近，不过由于有敌军直升机在火车上空盘旋，而无法接近火车，所以对策部拜托JACK利用8号车厢的机枪牵制敌方直升机。当JACK开启地图右面的开关时，突然听到隔邻房间传出发动机启动的声音，原来对空机关炮就在这对面的房间之内。
　　在解决敌方直升机之后，火车已经到达波兰的卢布林市。在掩护营救部队之后，默示录骑士团的领袖便向对策部说条件。首先那男子要求将大使赎金的一半——10亿元储入他银行、保证列车能够抵达法国国境，以及列车半径10公里之内，不可以有任何人接近，因此对策部随即决定中止作战，命令直升机立刻回程。另一方面，对策部将刚刚收到有关恐怖分子领袖的资料告诉JACK，原来那男子名叫Boris Zugoski，是前KGB特务专门负责暗杀的工作，而他就是事件主谋人，根据俄罗斯军部的情报，他拥有数枚旧苏联制造的核弹头，而估计核弹头会在列车之内。不过另有一件麻烦事出现，新闻界已经开始知道事件的发生，由于列车内有核弹头的可能性很高，所以JACK不要轻举妄动，而现在保护大使为最优先的工作。然后JACK便联络Christina，问问她们那边的情况。Christina已经将火灾警报解除，她同时决定在9号车厢会合，而JACK便拜托Christina救出在途中房间的伤兵。
　　JACK到达9号车厢之后，Christina他们同时出现，不过由于Billy出血太多需要带他到6号车厢的医务室，但Billy却不断说着5号车厢，而秘书官把刚才敌人遗下的CARD　KEY（R）交给JACK。利用CARD　KEY便打开了往7号车厢的连接门锁，而在第一间房间中拾到的MEMO写着列车内会有一些对未登记的的人开火的小型机械人。进入7号车厢之后，JACK便遇上被敌人前后夹击的危险。JACK解决二人后，随即进入6号车厢。由于电源还未接通，所以车厢内的灯不能开启。当JACK开启凹位左面房间里的电源开关器之后，四周灯光终于得到回复了。当JACK走到上2楼的楼梯时，原来Christina他们已经在医务室等候JACK。JACK抵达医务室时，Christina便告诉JACK，由于Billy的伤口太大，所以引至失血过多，而现在有输血的必要，同时秘书官由药品室回去，但其中没有可以使用的药品，现在只有输血才能解除Billy的危险状态。JACK在没有头绪之下，唯有走到2楼另一面的实验室看看。当JACK拿了两边仪器上的MEMO后，便知道实验室内充满着有害的气体，而人只要身处在这种气体中数秒间便会死亡，所以进入实验室之前，首先需要开启实验室外面的空气净化装置。当中的空气得到完全净化之后，JACK就在里面得到了两包输血包（基础液）。由于知道药品室有部可以制造人工血液的机器，所以JACK便立刻跑到药品室。在药品室的仪器找到的两张MEMO上写有受伤时的制剂调合方法，以及实验协力者——Billy的血液种类“B型Rh+”，所以立即将刚才得到的基础输血包放进人工血液制造机器内，而且将血液设定为B型　Rh+和C+D调合剂。将刚才制造的人工血液输给Billy，便令他的血压得以回复，而Billy就把打开往5号车厢的CARD　KEY（GR）。然后JACK叮嘱三人在医务室等待，而自己便往前面的车厢搜索大使的下落。
　　在JACK走往5号车厢的同时，火车已驶过了波兰的波兹南。利用从Billy手中得到的CARD　KEY开启了1楼的武器库，JACK从当中的储物柜得到一件防弹衣、一副红外线眼镜以及TNT炸弹，由于Billy身受重伤，而为免再次被打伤，所以JACK便把防弹衣交给Billy穿着。在VIP仓库的时候，发现一个可以爬上2楼的通风口。当JACK从梯子爬上车顶时，列车驶到德国的柏林。不过同一时间，敌方的增援部队已经从另一辆火车跳到BLUE　HARVEST号上。JACK经过与敌军增援部队激战后，便遇上该部队的队长，而他却跳回驶来的火车上，JACK当然也跟随跳上另一列火车上。
　　JACK在进入敌方火车时，同时身处的火车已驶到德国的来比锡。虽然JACK将3、4号车厢内的所有敌人击毙，但仍找不到敌军队长的行踪，于是前往2号车厢搜索。原来那男子真的在2号车厢内，而且他更静悄悄地走出来偷袭JACK，不过却避不开JACK的锐利观察。那男子会用箭弩攻击，而JACK就利用蹲下和侧滚来牵制对方。经过一轮强烈的枪战后，JACK终于把那男子击毙， 而且在他的尸体位置拾到微型菲林A、箭弩以及CARD　KEY(W)。当进入1号车厢之后，立刻收到Christina的通知，JACK现在身处的火车还有3分钟便会走到荒废的铁桥上，所以将列车需要加速至与BLUE　HARVEST号的4号车厢并排。
　　JACK跳回“BLUE HARVEST”号后，列车已经驶经法兰克福。从4号车厢的车顶入口进入厢内之后，JACK便立刻向5号车厢方向前进。JACK进入中央主电脑室时，立即发现有敌人，虽然有敌人把守着前进出口，但JACK凭着快而准的枪法解决他们。由于4、5号车厢的连接门锁上了，所以JACK唯有利用主电脑室的维修出口回到5号车厢。在5号车厢的1楼，虽然JACK进入一个充满有害气体的房间里，但当中却有电源开关器，因此需要以最快的时间冒死开启。在2楼的房间中找寻解除毒气装置时，JACK终于遇上了一只会攻击人的小型机械人，而且在铁架上发现了一支MACHINE　GUN。在最深入的房间里面，突然有敌人在箱子掩护下攻击JACK。解决敌人之后，JACK于最入的位置发现一个开关器，在开启后突然听到一些不知从那里传来的声音。当JACK回到有害气体的房间时，却发觉房间里再没有有害气体了，而JACK在地上拾到了一支倒钩。进入第二房间之后，便沿着升降机升上高处，JACK眼见对面的吊架，即时想起倒钩加在箭弩上使用，而JACK沿着钢丝索爬过去中央的台上，不过途中会有电流向上攻击，原来台上放摆的是一颗IC　CHIP，当取得这颗IC　CHIP后，这前地上放出的电流便会解除。走出这房间时，JACK便立刻收到Christina的联络，不过对话途中突然听到一下枪声，而通话随即中断，JACK因为担心他们的安全，所以立刻赶回医务室看看。
　　当JACK在医务室门外偷望后，便知道Christina正被敌人要胁，因此他立即冲进医务室击毙敌人。在二人都感到颓丧的时候，当中的广播器突然传出声音，原来是默示录骑士团的领袖有话要对JACK讲，为了节省双方的时间，而应该把游戏时间结束，因此他约JACK到12号车厢决战雌雄。由于现在已经滑时间，所以必须分开行事，决定Christina到4号车厢的主电脑室调查可以监禁人的地方，而JACK赴约到12号车厢决战。
　　当JACK前往12号车厢的时候，火车已经驶达德国的斯图加特。虽然途中的敌人可以轻易解决，但JACK经过9号车厢时，却遇上地雷，JACK利用后行接近地雷令其开始启动，便立即向前跑去来避过地雷的爆风，这样JACK就解决了三个地雷。JACK利用梯子爬到车顶的同时，第二批敌方的援部队业已抵达。JACK经过一轮驳火后，终于遇上该部队队长，而他手持的武器就是喷火枪，他会向同火车的JACK射出前冲式火墙，而不同火车则会向JACK持续喷出火焰。首先与他保持在不同车厢，而且慢慢接近，令他的攻击保持在喷出火焰的状态，利用远距离射击，之后就可以他的身边到微型菲林B。JACK就随即进入11号车厢内，最后JACK终于抵达12号车厢2楼的作战会议室，不过进入后门立即被锁上。当见到Boris的时候，Billy的头也在他的手枪之下，在一轮交谈之下，Boris知道大使已不在5号车厢内而感到忿怒，所以向Billy开枪开泄忿。JACK便立刻与Boris进行决战，Boris最初会以手枪还击，而中断就会埋身放手榴弹，需要左右侧滚来避开他的攻击。
　　当JACK打倒Boris之后，便立刻看看Billy的情况，幸好Billy穿着了之前给他的防弹衣而没有死去。JACK在Boris的尸体位置拾到银色烟盒、金之金属板，银色烟盒上刻有“红色广场、黑色月亮、蓝色星星”，而金之金属板的开关就好像与VIP房的五角形凹位吻合。在JACK正想走出作战会议室时，收到Christina的来电，而JACK把现在的情况告诉给她，不过之后又再次收到Christina的来电，今次她说自己现身处在4号车厢，由于上阶的贵宾室发出物件的声音，所以她决定到上阶看看。JACK在经过10号车厢时，走上2楼看看金之金属板是否吻合那个凹位时，隔邻的洗面盘突然开启一条秘道。秘道的台面上所找到的那MEMO，写有“今次大使一家同时有另一个秘密任务”，JACK在台面上得到光碟A。
　　当JACK来到4号车厢的主电脑室时，已经见不到Christina,而只见到两名敌人，所以JACK在解决敌人便跑上2楼，利用CARD　KEY（G）开启VIP　SALON室上了锁的门，JACK仍然见不到Christina，而会议桌上的MEMO却写担心Christina的话，就要带机密IC　CHIP到3号车厢，桌面上有一张开启3、4号车厢连接门锁的CARD　KEY（BLK）。于是JACK立即赶到3号车厢，当他利用升降机升上2楼时，便立刻见到秘书官胁持Christina，才知道秘书官是今次事件的真正主谋人，由于形势的不利，所以JACK只好IC　CHIP交给秘书官。不过当秘书官反悔时，墙边的工作服突然扑向秘书官，最后秘书官不单向穿着工作服的人开了一枪，而且还胁持Christina逃去。当JACK上前看看工作服里面的人时，才知道这人正是不断地寻找的大使。幸好刚才工作服为他挡下刚才那一记枪击，这时JACK立刻通知对策部大使现正安全，并汇报IC晶片已落在敌人手中。然后JACK便将大使女儿的吊饰交回大使，不过大使却想到救Christina的方法，并叫JACK跟着他。JACK返回4号车厢之际，收到对策部的来电，告诉JACK列车的4号车厢有一个隐藏的保险库，而无论用什么方法都不能将其打开，因为当中收藏了国家机密情报，所以保险库的构造轰炸弹都不能将其破坏，而开启方法只有大使才会知道。JACK跟着大使到达4号车厢2楼的贵宾室，然后将天使像的匙孔中，而中间的油画位置出现一个保险库。经过大使的指纹核对之后，JACK便得到机密光碟。由于16号车厢有一部直升机，而估计秘书官会利用直升机逃脱，因此JACK赶16去号车厢调查。经过6号车厢的时候，JACK利用在3号车厢得到的小钥匙，便能开启了武器库中的储物箱，从而取得ASSAULT　RIFLE及其子弹。不过JACK再次回到9号车厢的走廊的时候，遇上利用自爆来攻击敌人的另一款小型机械人，JACK今次同样利用后行的方法引他落地，然后不断跑向入来的门口，以自动门来引爆他。
　　当JACK在9号车厢爬上车顶时，不单火车已驶达瑞士的苏黎式，而敌方第三队增援部队由直升机抵达。JACK以敏捷的身手将敌人一一击毙，最后便要对付增援部队的队长，而他手持的武器就是冲击枪，JACK需要不断左右侧滚避开每记攻击，利用装有瞄准器的ASSAULT　RIFLE在远距离迎击。在艰辛的情况下，JACK终于把他击毙，而且取得微型菲林C，之后JACK继续前往16号车厢。不过在14号车厢里却遇上了顽强的攻击，JACK以逐个击破的方式打倒他们。原来秘书官真的来到16号车厢，而他再次以Christina作人质要胁JACK交出机密光碟，而JACK刚好身上有一张从秘道中得来的光碟，这样JACK就把这光碟交给他，不过秘书官却不知道光碟是假的。秘书官在推倒Christina后，便立即逃进设有防弹玻璃的房间中，而且更以满怀兴奋的心情说着妙想天开的说话。秘书官说自己差不多要按下Boris早以安装好的核弹引爆装置，而JACK背后的公文箱就是他送给二人的礼物，虽然公文箱有系统和解开Christina手铐的钥匙，但两者取得后核弹引爆装置便会启动。解开Christina之后，二人便立刻向车头方向逃走，而二人更15利用号车厢内水陆两用装甲车的飞弹炸开出口。当JACK和Christina逃出后，秘书官便乘坐武装直升逃离BLUE　HARVEST号。另一方面，JACK和Christina为了调查核弹装置的位置，所以二人立刻赶回主电脑室。
　　二人回到主电脑室之后，便知道现在系统完全不受控制之外，更加启动了引爆装置。由于不知道引爆装置的位置，JACK唯有独自寻找，而他将由公文同的系统光碟交给Billy处理，这样列车内的所有门锁完全解除。当JACK向车头方向前进时，便收到对策部的来电，他们告诉JACK瑞列车的轨道修正为经由南方的的德国，如果引爆装置解除失败的话，会在指定隧道内将列车炸毁，而核的影响会压抑至最低，不过核解除的时限就在进入道之前，另外大使和其他人员的离开现在正在检讨中。JACK终于在2号车厢找到了三个引爆，而利用在这房间中拾到的剪钳及内视镜，便可以进行解除工作，JACK依照三张从敌方增援部队队长身上拾到的微型菲林，由入至外，A至C依数字顺序将三组引爆装置解除。当解除引爆装置之后，JACK便向对策部报告，而对策部也即时中止隧道爆破计划。在中断对话后，Christina立即出现并告诉JACK，现在主电脑再次失控，而列车的速度正在不断上升，目标是以列车作核弹撞向巴黎，毁灭全欧洲。由于列车装置在车头最前的位置，所以JACK便立刻跑往1号车厢。他为了大使和其他人的安全，而把1号车厢与后面车厢的连接解除。当JACK想离开车厢进行调查时，立刻收到对策部的通知，现正在有一架不明直升机的接近，因此最好装备一下武器以防万一。在准备解除装置，而见到的红、蓝、黑三条线，和转动的仪器，突然令JACK回想起Boris的银色烟盒上面所写的“红色广场、黑色月亮、蓝色星星”，需要依照图案来剪下相对的颜色电线。最后，JACK终于把核弹危机解除了，因此事件告一段落。