不过首先要真的盛赞一下2，无论在画面上(比1代更有气势的大空间，尤其在最深地底时的感觉，真的感觉像是个超级地底大宫殿的感觉)，可玩性上甚至是剧情(这点重要啊，对整个光圈公司的结构有个更详细的了解)可说是长足的进步，所以有评论给出9.5分，我个人觉得这是实至名归。
  好了，说回剧情了，首先玩过 传送门1 和 半条命2 的人都知道，做传送门实验的这间实验公司名叫《光圈研究所》，是《黑山研究所》“死对头级”竟争对手(就是半条命1发生意外招至外星入侵的研究所，也是个超大场所，整个半条命1和资料片就基本上说的是如何逃出这个已经基本上被外星人占领的研究所<当然顺路干掉一下人家的外星人老大啦...>至于半条命2，则是说外星人已经从研究所入侵地球并统治全世界后的剧情。
同时也在半条命2第2章里指出了《光圈研究所》这间公司【题外：TMD半条命第三章什么时候才出啊！？这句话我已经说了一万遍啊一万遍～～】>)
而《传送门1》的剧情主要就是就是讲述，实验的对象（也就是玩家）如何从本来在致死的实验中活下来并逃跑并最终干掉 女声AI(就是2代的那个GaLDos) 而玩过1代的人都发觉，怎么整个实验室都没有任何一个人，整个地下设施全是由AI控制，从2代时拿单向枪时的壁画可见，可能 女声AI 已经用毒气把研究所的所有研究人员都杀掉了，所以整个研究所没有任何人（除了一个个冬眠中的实验对象<在2代有提>）
问题是《传送门2》主角(玩家)的身份，按1代的的结局说法，已经是干掉了 女声AI 并且出逃了？(虽然在1结尾时好像晕在门口)，并且在2代时拿单向枪的壁画也有提到（同时2代的圆球男AI也有说过了这个GaLDos被一个人类打败），但2代却又重新出现？至少在女AI复活时说“啊，又是你”。至少证明样子是和1代的一样了吧？难道是复制人？而且很明显是2代一开始那个房间，恐怕就是在GaLDos被打败后完全停止运作以至主角被冬眠了很久(床都睡出了一个坑了)，这个2代的身份对我来说算是最没有解的一环。
  至于2的还提到个 女声AI(GaLDos) 的来历，如果有看中文字幕的人都知道，现在的的 女声AI(GaLDos)就是在地底里那个助手Caroline。