第一章
开始先是看到原始蜘蛛侠正在被巨大的怪物虐待，先活动一下筋骨按照下方的提示进行攻击，因为是训练序章所以不会死亡。危机时刻2099蜘蛛侠穿越时空救下了原始蜘蛛侠，看似比较乱的感情纠结其中是有起源的。游戏采用倒叙的方式，故事回到时间发生之前的2099。

第二章
控制角色：2099蜘蛛侠
在通风管道中爬行一直到工厂的上方，看到下面正在大规模批量生产机器人。非常漫长的爬行主要是让玩家能看到四周的制作团队人员名单，不得不说是种折磨。透过上方的玻璃看到下面的Walker后开始跟踪，仍然是无限的爬行。

第二道门需要做些操作了，当黄色的扫描上来后要躲避，不能站在黄色区域否则安全门无法打开。终于站起身后有基本的跳跃和悠荡提示，看到紫色的光球都是可以收集的。在风扇口通过转移来到另一边后进入门内发现没有可以落脚的地方，需要持续悠荡到对面平台上。

爬墙到达顶部后是一个大的出风口，跳入中央的洞穴内看到Walker通过时空机器逃走到原始蜘蛛侠的时代，世界的一切也都随之改变。

思维回归后敌人出现并且使用跟踪导弹，看到身上红色的倒计时快到时L2迅速减缓时间然后撤离，利用这种方式诱导导弹把红色的电子门炸开。里面开始真正的搏斗，按照提示熟悉一下基本的战斗操作。

登上中央的升降台后开始剧情，通过思维联络原始蜘蛛侠，但是貌似原始蜘蛛侠并没有相信这件事情。