大体的游戏故事其实比较简单：爱丽丝的父母和妹妹在过去的火灾中丧生，只有爱丽丝生还，但是却失去了记忆，或者说记忆破碎。于是接受医生的心理治疗。而这个医生就灌输给爱丽丝罪恶感，称是爱丽丝在图书室和他幻想中的灵猫不小心弄翻了油灯导致了火灾。并且对外界其他人宣称爱丽丝已经精神失常，并且不停的告诉爱丽丝应当忘掉过去。因此爱丽丝一直在精神深处有种自责，认为是自己害死了自己的家人。
然而爱丽丝的幻想世界也开始受到影响，受到外来的邪恶意识入侵，爱丽丝在解救她自己的幻想世界的同时，寻找自己过去的记忆碎片。随着游戏的发展，最后终于回忆起火灾的真相。原来这个心理医生才是罪恶的黑手，是他纵火害死了爱丽丝的家人。然后将爱丽丝得到手，医生用很多这样的伎俩养了一大批所谓的孤儿，教唆他们为自己做见不得人的事，甚至卖给妓院（简直是个典型的伪君子和恶棍），并且用药物和所谓的治疗让他们失去自我和意识，成为自己的 “玩偶”。原本医生是对爱丽丝的妹妹下手，但是她好象没有那么听话或者有利用价值。于是把她和爱丽丝的父母一起害死了。
然而爱丽丝最终发现了事实真相，将邪恶的医生推到火车轮下，结束了他虚伪又罪恶的一生。也拯救了自己的精神世界。

游戏中光怪陆离的场景，其实是具有相当的象征意义的。游戏中角色和场景都和爱丽丝的生活有关.爱丽丝不是精神病人，只不过是个爱幻想的小姑娘。即使是在幻想世界中,她行为举止正常有节制,语言逻辑清晰甚至还很诙谐,内心仍然纯洁善良. 一点也不象是疯子.医生故意说她是疯子只是为了奴役她的思想，并且对外面冷漠的社会有个体面的幌子。并且强行让爱丽丝接受残酷的治疗。爱丽丝和wonderland实际上是联系在一起的，如果爱丽丝真的疯了或者被医生“洗脑”了，那么wonderland也就毁了。

游戏故事实际上就是爱丽丝拯救自己的记忆和wonderland，只不过一般的玩家，或者英文不好，被游戏的诡异所迷惑，再加上支离破碎而且隐晦的文本对白，所以理解游戏的剧情难度比较大。这里提出一个简单的介绍,希望对大家了解游戏有帮助,对于游戏本身来说,除了有些单调沉闷.实际上是非常有想法,设计很有趣的.尤其是对wonderland的塑造和表现,堪称可以达到了电影艺术水平的层面.还是值得玩味的。