Prophet的意识已经完全保存在了纳米服里了，到游戏最后就会发现。
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主角是名叫“Alcatraz”的海军陆战队队员，运输途中遭遇外星人袭击，处于死亡边缘，被Prophet所救。由于Prophet感染了外星病毒，成了类似于活死人/walking dead（意识存在，肉体已经不行了这种。和丧尸之流正好相反）的东西，脱离NANOSUIT后，会被慢慢侵蚀。（游戏中期会发现Alcatraz也被感染了，所有脏器全被感染破坏，仅仅靠NANOSUIT存活）
Prophet将NANOSUIT给了Alcatraz，寄希望于Alcatraz，然后举枪自尽。敌人和联络他的科学家到中期才知道NANOSUIT中的人已经不是Prophet，换人了。
整个游戏里纳米服公司的雇佣兵为了夺取这套服装要追杀主角。一代里面派遣纳米服特种小队去执行任务其实是纳米服公司大boss Prism的阴谋，为了进入核心，获取外星人数据，打造超级人类特种兵，对抗外星人（也有Prism的野心），而期间的媒介就是Prophet的这套纳米服，融合了外星生物的数据。最后就是Prophet的这套纳米服逆向摧毁外星生物。
结局处，由于Prophet的意识保存在了NANOSUIT里面，告诉Alcatraz“我们（指Prophet和Alcatraz）还不能死，这还远没有结束”。
结局过后一段动画出现有人联络主角
“And you are？”
“They call me ……… Prophet”
应该是那套NANOSUIT里面包含了Prophet和Alcatraz 2个意识，抑或是2者融合。
话说CRYTEK也开始玩花样了。