原来marker是种类似dna的遗传信息承载物，它放出的波会使受影响的生物(应该必须是尸体/无魂？)的dna自动转化成marker中记录的样子

所以XXXX年前，外星人把第一个marker放在地球上，并且把人类DNA记录在marker中，所以猴子（应该是吧）受marker的波影响变成了人

后来人类发现了这个marker，于是Z?F研究之，并且逆向工程了一些marker。Z?F认为掌握了marker运作的技术就能自由地将人类转化为Z?F希望的形式——只要将合适的DNA写入marker就可以了

所以为了将人类进化为更高级的形式（EVA?）,有了那个行星上的试验，但是那个试验显然是失败了，受影响的人都变成了妖？怪，于是Z？F封印了那个区域，并且给那个marker写入了程序（也有可能是Z?F尚未了结的marker自己的意志），所有靠近那个marker的人都受到了影响，目的是警告人们远离且不要带走这个危险的marker

动画最后有个镜头，貌似marker的碎片毁灭时所有的怪都跟着一块毁灭了（且没有尸体），这个意思好像就是所有marker创造的生物都是marker的全息投影，也就是说所有创造物都是创造者的不同影像，其本质是同一个东西，本质灭则全亡。这大概就是那个“统一”（方便面？）教的含义

所以，marker制造的幻觉，可能不是幻觉，而是那些人死了以后，魂和marker"统一"了，所以marker的意志也就是那些魂的意志，所以那些幻觉才会一直指引活人去帮助marker，貌似这就是为什么marker制造的幻像里不能出现还活着的人？

二代还没玩，上边这些也有可能错掉

顺便说一句，这剧情里面似乎是影射2012的某些理论（EA也有信徒？）
比如全息宇宙理论（所有粒子是同一个“东西”的投影，用来解释量子论的一些现象），还有外星改造说，2012收魂说，呵呵，有兴趣可以去百度