条件：新武将，忍者修行中。
在某个町(随机)的酒屋遇到一个醉汉，醉汉告诉你去某个町(随机，一般靠近某个忍の里)的宿屋找あや(嘴里咬头巾的忍者MM)。如果你已经加入了离那个町很近的忍の里的话，找到あや会叫你直接去见首领；否则会给你一些钱叫你去加入那个忍の里。来到指定的忍の里，直接到忍者屋敷去见首领，他会叫你修炼到上忍再说，于是一番苦练成为上忍。
再度进入之后，首领会叫你去某个町(随机)的马屋拿指令，和あや一起出发来到指定地点拿到指令，原来是暗杀某个大名家 (一般为本身的忍の里所支持的大名)的当主。这个不可思议的命令让主人公十分为难，最后还是决定去执行。来到城内，等到晚上进入内城时会被同一个忍の里的忍者发现，不论怎么解释对方都不相信，于是只好大战一常打败对手之后又被家臣所发现，再打一场之后终于无法完成任务而逃走。身负重伤的主人公同时还被大名家和所在的忍の里追捕，所幸あや还肯相信你，她护送你来到奈良町，在职人本阿弥光悦家住下养伤。
不久之后，在あや的精心照顾下主人公的伤很快好了。两人听到消息说所在的忍の里的忍者首领在京町活动，于是主人公决定到京町去，这时候あや终于站出来阻止你，并说愿意和主人公一起过隐居生活。这里有个选择，我选择了去京町，不过估计选择隐居也不会有好结局，至于为什么后面会说到。和あや告别之后来到京町，遇到维持治安的三好家臣，主人公通上变名：石川武右卫门。接下来等到晚上会遇到一个忍者，他是忍者首领的外甥，打败他之后会告诉你一件密闻：原来主人公是上代忍者头领的遗子，现在的首领是篡位的。主人公身上的印记表明了这一点。
接下来就要和忍者首领对战了，对战之前首领展示了他的变装术，原来他已经知道主人公在奈良，而他已经将真正的本阿弥光悦囚禁，他假扮成光悦准备近期下手除掉主人公和あや。此战如果输掉就会被当作大盗武右卫门而杀掉，而あや得知消息之后也殉情自杀。如果获胜，则忍者首领在临死前会忏悔自己的作为，并请求主人公接替忍者首领职位，以免所在的忍の里消亡。
回到奈良，放出光悦并和あや团聚，于是主人公和あや有情人终成眷属，这时候会询问是否结束游戏，如果结束就可以看到“忍者头领”的结局。