1.Save及Load之注意
《大航海时代3》最不友善的地方便是只得一个Save位，又只可以在母港的家，或是自己国家所属城市的旅店内才可以Save。找不到Save 位损失时间令人讨厌，幸好坊间流传着强制性Save的方法，便是使用「中断」结束游戏，游戏会纪录在「Savedata.tmp」的档案内，下次载入时会读取这个临时存档，并将临时存档清除。所以玩家用「中断」来纪录的话便记紧备份「savedata.tmp」或将档案改成正式存档名「Savedata.cds」执行。
2.Gameover之注意
极易Gameover。通常导致Gameover原因不外乎战斗失败，船只全死，与及玩Minigame 失败而强制Gameover。《大航海时代3》内有七款Minigame，有很多遗迹先要玩完 Minigame才可得到物品。由于游戏全都是Random出现，无法教大家甚么，便将少少技巧及心得写下吧。
圣杯之谜：三个杓子互相倒出不同的数目，（例7,4,2,将7倒去4再倒去2便剩1了）狮身人面之谜：解答非常复杂的方程式，将1至10逐个代入四脚兽数目谜宫64之谜：有边走边，开头尽量走少格，在心中默走一次，可重玩两三次钓鱼游戏：只巧身手，失败不会死硬币游戏：先枰每边3个（123,456），再枰(123,789)找出不一样的一组再枰第三次婆罗门塔之谜：耐心，大的不可以放在小的上面。箭头立方体之谜：有一次再玩的机会
3.船员疲劳注意
船员会因航行而累积疲劳度，超过60会亮起警号，到达90可能会有船员叛乱，与你单挑， 100时开始死亡，如不找城镇入港便一直死，直至0为止！！所以航行要不时进港补给及让船员休息。
以下是入港所减去的疲劳度：
－入港补给，不入城，需时10天，疲劳减10
－进城，需时20天，疲劳-20
－在旅馆休息，需时30天，疲劳-30
－进母港报告及发表，疲劳归0
4.任务限期注意
签约后的任务限期内不向赞助人报告，便当毁约论，有可能要捉去坐牢，小心。如果想保留找得的其他物品，有时可以向门口的官员进行「交涉」，可以贿赂他不说出你所找的物品。此外，如果在签约之前已找到了的遗迹及宝物，可在母港发表，得到名声值。不过所得的名声和金钱当然不够签约多。
5.风向波浪之注意
在大海航海不得不注意风向和浪，不是逆风就一定慢的，要掌握就要多点尝试了。行走的航线也不要只贴着岸边，以为这样很安全，实际上走到「深海」可能更快更安全，如以中东半岛下方为例，常因遇到伊斯兰军去不了印度，在岸边的「深海」航行便不会遇到伊斯兰军了。