战斗发生
　　无论何时何地，都会有机会被人袭击，作为一个航海家，要随时随地有战斗的准备，作为一个出色的航海家，更要有百战百胜的实力！不过，作为《大航海时代3》的航海家，就要懂得逃跑之道。如在海上遇到海盗，尽可能逃跑，因为发生海战总有死伤，如船员不足便会令船速减慢，困在大海中真是不堪设想。除非你有压倒性的实力，否则还是不要应战为妙。陆战也是相同情况，在冒险途中损失船员绝对是一件很糟糕的事情。唯独单挑战就打打无妨，因取胜率高，如有高级的武器一击必杀十分等闲。说来说去，世事并无绝对，假如逃跑不成功又要应战，该如何对策？
海战解说
　　海战可由副官代打，中途按滑鼠右键乱入取回控制权亦可。地图上侧边有几个大「Ｅ」字为退却位，先驶到那里要「较脚」都方便些。由于海战并不能攻击敌方的指定船只，所以携有炮弹的船便尽量驶向敌方的主舰的两、三格内，让其射击敌方的主舰（看你运气如何了），只要击倒敌方主舰，便可取得胜利，更可夺得敌方剩余的船只、船员及物资！海战是三个之中最麻烦的，主因是不知自军会不会攻击敌主艋，所以，可以的话，走！
陆战解说
　　陆战除了在陆上探险遇到，也可以攻击不允许你进入的城镇，成为你所属国家的附属国（好霸道）。陆战的取胜方法比较简单，基本上人多便胜算大，而如果提督的某些能力达 Lv3，部队便会升为强化的部队。剑术Lv3——重装骑，射击术Lv3——滑膛枪队，跑术 Lv3——加农炮兵，以上3项全为 Lv3——无敌提督。部队编成方面，是根据你所带的船员数，假设你有120位船员，便分配成六格每格20人，兵种限制数目会在右方显示。据笔者的经验，如想打陆战攻城，最好有600人以上，每格100人以上才有较高的胜算。如果想打的城是大城，就别痴心妄想了！
单挑战
　　在海战、陆战、追求女性、寻找宝物时都有机会进入单挑，是采用「剪刀、石头、布」的方式，分为上段、中段、下段的攻击、防御及HP，只要其中一段至0便算失败。所以玩定只要狂攻一个部位便可胜利，配合强劲的武器便可做成更大的伤害了。