在家用主机的传统即时战略游戏，最怕就是操作不顺以及部队众多时的延迟问题。 《最高指挥官2》透过多种操作技巧取代滑鼠圈选与键盘的快捷键设定，用兵器移动较慢的设定让部队众多时的延迟不至于太明显，再加上省略PC版的作战重播录影功能以减轻记忆体负担。除了极多的部队彼此开火时引起的大量烟雾残骸特效会造成延迟外，《最高指挥官2》让玩家在大多数的时间都能享受即时战略的乐趣。以下分享这款游戏的特色与好玩之处：
 
简洁的主选单。
一、战役模式（Campaign）
战役模式提供三个阵营（UEF、Illuminate、Cybran）的故事流程，一开始只能先玩UEF（The United Earth Federation，联合地球联盟）阵营。玩家可以透过游戏中的即时动画以及语音字幕认识3大阵营各自面对的问题与彼此的利害关系。
游戏中每个阵营各有6大关，破关后才能进行另一个阵营的战役故事，3个阵营共有18大关。 《最高指挥官2》透过战役模式让玩家由浅入深而熟悉游戏的操作介面与兵种特性，每大关除了以主要任务当作剧情动画触发点，还提供多样化的次要任务供玩家挑战，完成次要任务可获得研发点数或资源奖励。随着战役故事的推进，玩家可操作的兵种与战争规模会逐渐扩大，每个阵营的最后一关照例进行总验收，例如UEF最后一关起初只能带现有部队解救我军指挥官，好不容易抵达前线基地后，还得抵挡多如潮水的敌军不断涌来，在初期资源不足的情况下，一边捡残骸回收资源一边发展科技，想办法撑到己军阵容足够再个别击破3处敌军据点，该关卡游戏时间至少1小时。
 
战役模式每完成一个附属任务，会获得研究奖励点数与触发下一个事件的进行，透过事件让玩家熟悉新部队的操作与了解剧情。
 
UEF第6大关的激烈战役，右上方的敌军源源不绝地攻过来，必须尽快稳住战线以免波及后方的基地，设置大型护盾能发挥部分抵挡效果以减小我军的伤亡；地面的焦黑部分是之前激烈作战留下的痕迹。
 
战役模式通常需先撑过一波波电脑的猛攻，之后换我方带着大量兵器反攻敌方。若是控兵不佳或是兵种配置错误，将导致战力受损而无力反攻。