LC战役
Lunar Corporation
任务1：祖先信件（Ancestral Missive）
在来自21世纪的探测器降落星球后失去了信号，Ariah率领手下搜索探测器的下落。往地图中部走，在岩浆包围的盆地中找到一堆残骸，探测器已不见踪影，与指挥官Lynn分析后，怀疑是附近的海盗或ED军队夺走了它。
往地图南方走找到水晶资源，在此建造基地。LC的建筑可重叠建在基座上，先建造太阳能舱（Solar Energy Modules）、生产舱（Production Module）和储藏舱（Storage Module），稍后建步兵训练营（Infantry Training Module）和研究所（High Technology Module），发展科技并生产步兵和战车（Apollo）。生产一定兵力后往地图正北方行进，沿途是延绵的火山余脉，LC的步兵可飞越，Ariah和战车则要兜一大圈。消灭零散的敌兵，在敌军主基地前会路过Smuggler的营地，不必招惹他们，从山坡冲过去。召唤佣兵的装甲卡车，率全军从一侧杀入敌人基地，重点摧毁防空炮塔，抢入基地深处派步兵进入那辆载有探测器的卡车，再冲出基地，护送卡车回到我方基地，完成任务。
任务2：抵御外侵（The Relict）
本关任务是要保护Sebastian博士从事神秘遗迹的研究，基地里至少有一台发电机不能被破坏。任务开始派Ariah拾取防光束的装备，然后在基地修建储藏舱和太阳能舱，在3座发电机周围建造防御炮塔，不久会有零散的战机和坦克袭扰，炮塔配合步兵很容易歼灭。
接到指挥官的通知，ED的舰队正要着陆这个行星，指挥官正努力阻击他们。随后小心ED的T-850装甲车的远程投弹会迅速拆毁建筑，Apollo和步兵的脉冲枪是它们的克星。敌军会从各个路口实施实袭，将主力留在正中央随机应变，在击退几番进攻后收到指挥官信息，ED舰队已着陆，有大队的军团朝这边冲过来，这时率主力到北部山坡防守，击退这次进攻后任务完成。
任务3：火星突围（Mars）
Ariah和Lynn乘飞行器来到火星被怪异生物击落，跟随Lynn往北跑，解决途中讨厌的蜘蛛，找到飞行器时发现闪亮的物体，Lynn在接近时被炸伤。此时一个庞大的机器人出现，正束手无措时援军赶到，解决机器人后率队往东方搜索，指挥官通知找到几个降落的机器人，派出的电子专家已将它们俘获。与此同时，西南方指挥官所在的基地遭受攻击，Ariah一行鞭长莫及，指挥官在基地覆没前传送过来一组从探测器中收集的数据。Ariah必须尽快赶到地图东北的Octan基地将数据传送给上官。往前将机器人加入队伍，接下来的行军中注意收集修理工具和弹药箱，几乎每场战斗后都会找到。往前收到Liu Han的信息，他相信这份数据是发自生态类似地球的星球，他要一份数据以证实此推测，但遭到Ariah的拒绝。在地图中部的山谷驻有大队的敌军，先射击山坡上的石块，巨大的滚石会将山谷里的机甲砸毁一部分。穿过山谷在地图东北角找到Octan基地，接下来在南部路口修造防御塔，生产步兵和战车布防，敌人会进行短暂的进攻，捱过一定时间后过关。
任务4：人性光辉（LC-for the good of humanity）
科技中心的Sebastian博士发来求助信息，有几名女研究员外出未归，希望Ariah能协助调查。朝东北角的基地进发，途中遭遇奇异的生物，进入基地与Sebastian和Van Troff博士交谈，得知帝国的科学家Van Troff在火星挖掘遗迹，从而引发了异种的侵袭，他的工作人员全部被杀。与Van Troff博士通信，得知他发现百万年前火星文明所遗留的军队，人类的火力是难以匹敌的。此时有大群生物进攻基地，危难中帝国陆军的Michael率队增援，在他将异种驱逐后，Ariah决定清除所有的异种巢穴，但上司却命令她住手，要利用异种的力量消灭帝国的军队，Ariah听了很是愤怒，决定抗命进行剿灭行动。敌人的主力在干涸的河道附近，扫荡前先在基地发展科技生产，率领队伍由北往南清扫怪物，在河道里有大量的水源和水晶，在那里另建一座基地生产兵力，在河道东南尽头是怪物巢穴的密集地，不断地补充兵力摧毁之。将所有异种剿灭后，Ariah受到长官的训斥，命她暂时休整。Ariah从此走上背叛之路。
任务5：船舰机场（The Mars Spaceport）
Ariah和Lynn带着Sebastian博士寻找离开火星的方法，拾起起始点的药包和定时炸弹，沿山道前行遇到小队怪物，将山坡上的石头打下来压死它们。往前是一片LC基地，跑到山坡射击石块摧毁下面的防御塔，换上能量护甲便不怕电磁脉冲的攻击了。打开基地里的囚牢和Smuggler交谈，得知他也要前往机场，希望抢到ED的飞船营救被捕的头领Liu Han，于是双方决定合作。
接下来要抢夺南方基地里的几辆战车，路口有双子炮塔和激光炮防守，山坡上仍有石块，它们会将大部分炮塔清除掉，然后派Ariah跑过去放炸弹将最后的炮塔炸毁。冲进基地杀掉几名步兵，派队员全部换乘战车。然后要替Smuggler营救另一队被捕的同伙，他们被关在地图西北角的基地里面，途中要避开几座敌人营地，救出第2拨囚犯后到南边不远处夺取另一批战车，将囚犯装备上往东北角进发，此时已有10多辆战车了，沿途的炮塔很好炸毁，最后摧毁机场的防御网，派Lynn乘上里端的穿梭机离开火星，登上Michael押解战俘的船舰。
任务6：星际战犯（The prisoners）
本关的任务是解救被俘的Edenites首领Liu Han，还有ED方面的战俘。任务开始迅速建造基地，在两侧矿区建工厂采集水晶和水，在基地内生产装甲和步兵，在此期间不断有敌军的装甲车进攻，召唤2名佣兵以解燃眉之急，将Ariah放到后面以免被杀死。
在抵御的同时，在基地和周围山坡上修建各种炮塔，建筑上修战斗塔和机场，机场生产对付陆空军队的两种战机，陆地战车以Charon1和Apollo3为主，分别对付陆空军队。在敌军进攻势头减弱时，率部队朝东部进发，那边还有几座水晶矿，顺路解救几名战俘，战俘营只有少量的装甲车把守，建议经常存档，这里有战俘被救后不能触发剧情的Bug。救完6名战俘后，纠集兵力分别攻夺东北和西北的两座敌军基地，最后攻打正北的监狱，派Ariah跑到监狱触发剧情，最后护送Michael和Liu Han抵达不远处的撤离点，任务完成。
任务7：登陆慧星（Comet Cover）
本关的战斗异常艰巨，要清除各条道路上的屏障，拆除敌军设置的防御建筑。任务开始位于西南角的路口，这里是3条道路的交汇地，敌人会从北方的两条道路进攻过来。建立基地后先在北部建大量的防空炮塔和双子炮塔，军队以擅长陆战的Charon为主，空中战斗以防空炮塔和战机为主力，随着队伍推移在沿途修建足够的防御塔。
起始基地的资源紧张，等敌军进攻松懈后，抽调兵力往西侧的道路搜索，占领那里的水晶矿，尽快地在附近修好防空炮塔，并留战车在此防守，敌军的战机和投弹车会很快抵达。占领水晶矿后结集兵力占领西北角的一块营地，沿着山道往东走进入正中的道路，从后方朝敌人发动进攻，基地方面同时行动，前后夹击清扫正中的道路，最后攻入地图东北角的营地，除了正中的方塔外的建筑全部拆除，任务完成。
UCS战役
United Civilised States
任务1：冰冷坟墓（Frozen Coffin）
降落到严寒的太空站表面，Michael要率领部队寻找太空站入口的发电机。由地图西南角朝东北角行进，沿途消灭零散的敌兵，途中还会有几座碉堡建筑，拆毁后能拾到修理工具和药包等物品。行至东北找到发电机，这里的防御较为严密，将队员切换至防守模式，派机器人和蜘蛛怪远远地投弹拆掉碉堡并清理周围的小怪物，最后炸掉发电机，完成任务。
任务2：生死通道（The Gateway）
本关开始可生产机器兵团来作战了。任务开始往东北边跑，敌军的巡逻战车很快会开往巨坑，避开他们。往前拾到Chaingun，附近有水晶和金属资源，派工程车（Dron）在附近修建基地，电厂（Power Plant）生产电能，技术工厂（Engineering Facility）用来科研开发，能量发射器（Energy Transmitter）用来为覆盖半径的范围传送能量，精炼厂（Refinery）处理采矿车收集的资源，在这些建筑基础上还可增加升级的组件提升效能，比如在技术工厂增加轻型工厂（Light Unit Factory）可生产银甲士兵，增加重型工厂（Heavy Unit Factory）可生产机器人等重装甲单元。在开始有两辆采矿车位于地图西北和东北，将它们调过来收集水源和水晶，途中避开地图中央的敌军基地。
生产一定兵力后朝地图中央进发，那里分东西两座大院，西侧是生产基地，它要首先要清除掉，并留守兵力防止死灰复燃。东侧是大型加农炮的院落，围墙层叠并筑有大量的炮塔，要小心地逐层清除。在最里层是有坚固围墙的高台，最顶端就是要摧毁的目标，不过任何兵种的武器都打不到它，目前的科技还建不了机场，将里层围墙拆掉在上面建炮塔，或者召唤佣兵的坦克到围墙里面打，把加农炮建筑的血打光，完成任务。
任务3：行星落难（Wreckage）
本关的地图是环拱中央的弯曲山道，正中央即是要寻找摧毁的巨型建筑物。在地图的4个角落都有矿藏，尤其西北角的矿脉非常丰富，只是矿藏的位置都比较狭小，不利于大规模地发展军队，建议在开始都搜索占领。在开始占领四角的矿区，大力发展兵力，率军朝中央的建筑进发。如果科技发展到一定程度，基地可生产会投弹的机器蜘蛛（Scorpion 1），可在山道上直接将建筑炸毁，否则要冲过弯曲的盘山道，与巨大舰艇和环绕中央的异种巢穴作战。
任务4：失落灵魂（The Lost Soul）
在这座行星上接收到两组迥然不同的信号，信号的署名都是帝国军队，为此Michael率队调查信号的来源。由起始点往东走，遇到一群从地球逃亡的军人，一组信号正是他们发出的。他们很多年前从地球传送到这座行星，在岩石上开始建造家园，一年前帝国军队侵略这里，将他们的村庄据为己有，并抓捕了一些人质逼迫他们投降。
先建立一座基地，在逃亡军人附近收集大量修理工具，率军往地图的北端搜索，途中陆续遭遇ED军队的坦克车，依次消灭它们。在北部找到ED军队关押人质的基地，与长官谈判失败，长官下令枪杀了所有人质，接下来大力发展兵力，接近ED基地先拆掉外围的炮塔，攻进去集中火力摧毁中央建筑，这时敌军士兵会主动投降。
任务5：隐秘迷宫（Hidden Star）
追寻另一组信号的来源，Michael率队进入行星的一处遗迹。进入一片工业区域，在这里建造基地，派Michael到附近搜索重型化学铠甲，然后发展军事。率部队往地图的正中找到一片基地，与ED军官对话，Michael打算借用他们的发电机脱离行星的传送门，不想军官质问通行密码，Michael无奈只好以武相犯。
将基地的所有建筑拆光，这时收到来自Liu Han的信息，得知Sebastian博士会利用传输机来到这片迷宫，立即移军至地图的西北方找到传输机的位置，一群异种正在围攻可怜的Sebastian，替她解围后留守片刻，从两个路口陆续有异种冲击过来，击退它们将Sebastian带到我军基地休息，休整部队朝地图的东部搜索残余的异种，将异种和巢穴清除干净，完成任务。
任务6：地狱哀歌（Eden）
关卡开始降落在被称为伊甸的星球上，由Ariah带队前往LC的基地。由岛屿的西南往东北方向探索，在地图中部找到LC的基地，里面寂无人声，但发电机等设备仍工作着。进入基地搜索到一名幸存的工作人员，声称这里已变为地狱，原来这个研究所在地下找到了古老文明的遗迹，利用那里的遗传物质和孵化舱培养出异种生物，它们不受控制的脱茧而出造成这里的灾难。
建立基地生产兵力，多生产能打空陆两种敌人的机甲，如机器蜘蛛。率军朝小岛的东北端行进，那里会遭遇大片的异种巢穴，并且还有两艘巨大的攻击舰船，将它们消灭干净，结束任务。
任务7：拯救伊甸（Eden free）
任务开始时位于地图西北的谷中，将所有兵力调到谷口镇守，在谷中建立基地发展生产，路口修建炮塔。率部队出谷往东南走到一处山坳收到Van Troff博士的信息，他和一群士兵加入异种的阵营，做起统治宇宙的美梦。
摧毁山坳里的异种巢穴，这里有丰富的资源，在此另建一处基地来补充损耗的兵力。往南的道路纵横交错，每个路口都有水晶和金属资源。逐个路口占领，留守少量兵力把守并建立基地，将战线往南推移。异种的大本营在地图的东南角，那里有3艘战舰守护，摧毁它们控制整个版图。远处传来Van Troff博士阴森的笑声，扬言成为宇宙之皇的时刻来临了，与此同时Michael被Van Troff博士捉捕，带上了远征的舰队。
Alien战役
任务1：变异苏醒（The Awakening）
Michael被Van Troff博士改造成了异种人，成为惟命是从的战争机器。先听博士讲解异种克隆技术，注意异种的基础单位是女巫（Mantian Lady），在其基础上进行克隆和进化，在任何情况下最少要保留一个女巫，是这个种族的火种和希望。每种生物都有独特的转化的路线，不需要特别进行科技研究，另外异种在克降和转化过程需要水源的支持。
异种可成倍地克隆，发展起来很快，没有数量的限制可打人海战术。率领50名左右的兵力攻击敌军的营地，帝国基地在地图的东北角，UCS的基地在正南方，将两座基地摧毁，完成任务。
任务2：隐藏迷宫（Hidden Star）
本关是教学关，开始队伍中有一个Replicatorus，派它往迷宫的西北角走，找到水晶资源后派它采集，采集满进行克隆，其他单位则在起始位置的水源地克隆军队，等Replicatorus克隆完成，将其中一个转化为Morphoratorus，接着要寻找往地图的西北方飞行，寻找金属资源并采集，转化更高级的巡洋舰（Morphorator Light Cruiser）。此时起始点的兵力已发展到可观规模，等克隆四五艘巡洋舰之后，全军朝地图中央的ED基地发动总攻，巡洋舰着重炸毁围墙上的防御塔，陆军则消灭士兵并拆建筑。
任务3：生死防御（Eden）
任务开始遭受UCS部队的攻袭，把守起始的位置直至增援舰队抵达，其间敌人会有六七次进攻，将所有可调集的部队顶在前方，等前方的巢穴被毁，立即后撤到下一道巢穴防御线。在近20分钟后博士派来的舰队抵达，就近找水晶矿给舰队升级转化，然后纠集所有舰只朝西北方UCS的两座基地进攻，这几艘战舰几乎无敌，瞬息间可将敌军的防御瓦解。
任务4：无尽深渊（Abyss）
由起始点往南找到水晶和金属矿，让队中两个Replicatorus完成克隆和转化，如此可复制和升级三四艘重型战舰，然后率队沿地图的边缘搜索，采集更多的资源以克隆战舰，资源越多的地点敌人的防御越强，重点在于地图的东北部。等拥有10余艘重量级的战舰后，率部队朝地图的中央进攻，那里是USC的电厂所在地，将之摧毁，完成任务。
任务5：火星战争（Mars）
开始的任务是将一个女巫护送至西方的山谷，先将北方的战舰调到东北山谷与Michael和女巫会合，然后护送女巫沿山道朝西方行进，途中会从各个方向受到敌军的偷袭和阻击，险象连生，要缓慢行进确保战机不要离得过远。进入山谷会发生激战，击退敌人的进攻后开始克隆军队，这里有丰富的水源所以发展速度很快，但敌人会不断骚扰。当队伍行成规模后率队占领其他水源，在地图的西边沿和西南角都有水源，将兵力发展至100以上，建议克隆能远程投弹的蜘蛛和蛤蟆状的坦克，在战舰的配合下攻夺地图南方的LC基地，进而攻打东南角的ED基地，全部摧毁，完成任务。
任务6：敌友难分（X-345）
听从博士的指示前去捕捉老朋友Ariah，经过改造后的Michael已将这段友谊忘得一干二净。在起始点的水源附近克隆一定的兵力，率队由南端小路往地图的东部绕过去，避开正中的基地。在地图东部找到水晶和金属矿，将队伍中的Replicatorus克隆并进化为重型战舰，生产两三艘便可朝地图中央的LC基地发动进攻了。
将中央的基地摧毁后与Ariah对话，这时北部地图开放，接下来要占据北部的水晶矿，继续复制更多的战舰，摧毁东北和西北两角的基地，结束任务。
任务7：幡然醒悟（Eden）
本关的行动要接受监视，博士的舰队会一直随行。在开始的水源地克隆异种部队，发展大约100名兵力往地图的北部行进，分别在西方、北方和东方有人类的3座基地，找到其中一座会触发剧情，Michael在Ariah的提示下有所醒悟，不过很多事仍然很模糊。接下来要朝Van Troff博士倒戈一击，在地图的西北角有一个Replicatorus，将其克隆并进化为一支舰队，随后率军前往正东方的基地，拆掉外围的防御塔，杀掉墙里不断跑动的Rifkin，这时基地里的士兵停火投诚并让出道路。东南角是Tyranos的基地，有成片的异种巢穴，建议带10艘巡洋舰过去，将整座基地摧毁，结束战役。