基本操作：
　　方向键 控制方向/选择
　　A 跳/确定
　　B 跑/取消
　　L 蹲下
　　R 特定的时候使用道具
　　START 观察环境
　　SELECT 菜单选项
　　流程：
　　剧情之后前往控制室调查，开始的房间要在货物箱上行走，之后有两个红外线的房间，红的要住跑跳过去，绿的要按L蹲下爬过去，推箱子很简单，不多说了。遇到一机器人，开打（晕），这时候发动了威力加强鞋，机器人会把箱子打破，里面有罐头，用罐头踢向机器人把它踢闷，然后再踢它的后背，这样3次后就解决了。来到了控制室，这里有个益智迷题，要弄成第一排1234，第二排5678，觉得头大的话按照下面的顺序输入：下下下右右上右右右A右右下下下A上上左A左下下A下右A下A左A上上右上上右上上（完）
　　解除后返回，进入门后要在机器狗(?)身上取得一个小包包，利用箱子做掩护慢慢靠近，别被发现，等他转身时到它背后得到小包包。
　　剧情后到右上方房间，这里有红，蓝两种石象档住了路，要跳到石阶上踩下机关才能通过，很简单，不说明了。4个石象推到地板上那4块方格内，同样也很简单，完成后得到开门的开门卡。下面的房间是把石象推到在地板上相应颜色的方格内，注意先要把右边的那个红色的石象推到靠右两格，不然后来要把路堵死的，成功后得到卡片。下来一个房间要你在规定的时间内在石像中找与独一无二的一个石像，成功3次后挡路的石像就会移开了。下面房间是一个小迷宫，简单无比，只要按照次序踩下机关就行了，能得到三张卡片，接着一个房间是踩机关，按照左上，左下，右下，右上，中间的顺序踩就行了，得到卡片后接下来是剧情。
　　往下走来到庭院，跳到移动的浮板上再跳到别的浮板，注意，站久的话浮板会陷下去了，善加利用。来到一个吃金币的地方，心不要急，当心掉下去被石块压倒，吃得所有金币后门就会打开。下一个房间踩下机关后会有红外线，还算简单，注意最后两个移动的。下面一个房间，傻匆匆的，以为我们的GBA方向键都是坏的吗！PASS！上一个房间太傻，这个房间又太难，主要是前面两跳，要在边缘的边缘跳才能跳过，多试几次吧。下一个房间，踩机关，按照右上，中间，中下的顺序踩。下一个房间，要按住R蓄力，看准时机把球踢到石像上，每个石像两次后通过。剧情后柯南就要向毛利痛下杀手了^^，控制瞄准器到毛利的脖子处，看到瞄准器发红后按下A射击。
　　接下来是一个文字迷题：“一年可以爬上20段，再降下10段，用这个方法爬上100段的金字塔要几年？”很简单吧，答案是9年（输入きゅうねん）成功之后平次就会赶到救出小兰，本话完。
　　剧情，园子的馊主意要跟踪小兰，要让小兰时刻保持在屏幕范围内，要是走出了屏幕范围就会有5秒钟的倒计时，在这段时间里要再次让小兰出现在屏幕中，要注意不要撞到行人，还要不要靠的太近，不然要被发现。下一个版面要在30秒内追到小兰，中途有箱子阻碍，要推开。下一个版面不要离小兰太近，他会感到不对劲儿四处寻视，还有突然转向，十分阴险，跟的时候还是离远一点比较好。再下一个版面一样，注意不要被做小笼馒头的蒸汽喷到^^
　　剧情后进入道场，有一个小游戏，要按照样子做动作，拳是A，脚是B，完成4次后就通过，很简单不多做介绍了。
　　然后是剧情，由于偷听被发现，柯南和小兰被迷药弄晕了，被关在了房间里，调查边上的一个箱子，下去后会发现有朱雀，青龙，玄武，白虎这4个石像，对应4个房间，只要把相同颜色的石像推到地板上蓝色的方格内就成了，之后可以打开门。上楼有一个看守的人，把宫灯踢往右踢一下，然后等他走过来再踢，两下KO。救出小兰后开始逃亡，能使用滑板了，按住R再按方向就能滑，可以跳，撞到人要伤血。到了目的地就要开始说出真相啦，这次是拿园子开刀^^一阵推理后（。。。。）犯人劫持人质而逃，追击！房间里有两个打手，要跳到桌面上踢勺子之类的东西，一下就挂。中庭里的家伙皮比较厚，但是AI太傻。接下来全是剧情，PASS。。。。。。。
　　剧情，少年侦探队有危险了（晕），柯南和灰原听到步美的叫声后赶到楼房里，兵分两路，注意地板上的洞会摔下去的，下面几个房间要躲过“幽灵”医生的视线去开门，可以钻到桌子底下，要多利用，就出光彦后继续前进，中途由于电路不好，灯泡会一闪一闪的，这时可以用手表上的探照灯照明（按R），当心“幽灵”突然出现，有点紧张啊，呵呵。接着又找到了元太（他怎么没死？）接着前进，躲过重重危机后终于找到了步美。
　　接下来和灰原取得了联络，但是由于步美的尖叫声音从通讯器传了出来被对方听见，灰原陷入困境！往下走来到蒸汽传输管道，要在2分钟内通过，住跑后按R可以滑铲，这样就可以通过管道了，到达目的地后接着又要在两分钟内到塔顶，不用急，时间充足的。到了顶，干掉医生后就能救出灰原了，剧情PASS。。。
　　剧情后是一个走迷宫的小游戏，方向键+A移动，L键看大地图，走到终点处的那个猴子头就行，中途不能碰到那个熊猫（？）
　　接着是剧情，机械自爆猴子（-_-b）把路封堵了，我们从上面的排气通道突入，之前要躲过“猴子”被它发现就完了。进入管道内要多观察猴子的位置，出来后又要箱子了，有一张卡片先不要吃，现在吃的话必定要伤血，以后会有办法的。一小段剧情后继续赶路，来到一处有监视器的地方，要把箱子推到图中的位置，然后跳到上面再跳过监视器。下面的版块一样，在箱子后蹲下可以躲过监视器。
　　剧情后返回，这时可以用蝴蝶结上的变声器干掉“猴子”（为什么刚才不用！），这下可以安全的拿之前没拿的拿张卡片了。干掉挡路的“猴子”后乘电梯下去。先往右走能得到一个血，然后向左，后面蛮简单不说了^^爬过管道后找到了影之男。剧情后要使用麻醉枪了，这次对手比较远，要射中他的头部，有点难度，建议甩枪吧。。。。。
　　呵呵，按住方向键往头部方向移，看准时机按A，接下来就是拆炸弹了，很简单，只要把两边连接起来就行了，1表示只能移动1次，依次类推。4次后就算完成了。
　　通关后能玩游戏中出现过的8个小游戏，每个小游戏分4级，每通过一级就能得到一张卡片，一共能得到32张，游戏中能得到68张，一共100张。其实每张卡片都有一个迷题，游戏中只回答了其中的第10张，要全部回答对对我们来说及难，因为要输入日文，晕！假如游戏中你没有拿满68张别急，还能再玩，并且可以选择每一幕的各个段落，很方便，另外游戏中还散布着11张CG画供我们收集。