本游戏由Activision公司于2002年5月17日发行（国内由天人互动于7月份发布中文版），其制作公司为Raven软件公司，由Jon Zuk担任总策划师。该制作公司曾制作过《异教徒2》（Heretic II，1998年）、《命运战士》（Soldier of Fortune，2000年）和《星际迷航：精英力量》（Star Trek: Voyager Elite Force，2000年）等几乎清一色的动作射击游戏。凭借这些作品表现出的实力，它拿下了《雷神之锤4》（Quake IV）的开发权，使之一举跨入FPS创作领域的顶尖厂商行列。本次制作的这款《命运战士2：双翼螺旋》（Soldier of Fortune II: Double Helix），仍然采用了动作射击的游戏形式，其情节是：著名军事专家Mullins受雇于美国情报部门，为防止生化病毒武器的流散而与恐怖组织和情报部门内的奸细英勇斗争、挫败其阴谋。本游戏给人最深的印象是杰出的电脑AI，敌人表现出蹲、躲、探头、包抄、高警觉性等智能化特征。

1989年5月12日，布拉格旅馆
　　苏联生化武器领域的尖端科学家Ivenowich博士有意归顺自由阵营，于是军事专家John Mullins（约翰·穆林斯）受命赶赴捷克，将Ivenowich博士接应出来。在FBI内线的帮助下，Mullins顺利抵达关押着博士的旅馆。从小巷出来往左，拐至到一片集装箱区，昏暗的环境中埋伏着一些敌人。以逆时针方向绕集装箱区一圈，撬开尽头的铁门（按住空格键，等开锁条蓄满，以后经常遇上此情形），进屋上二楼，出门笔直朝前落到街道上，转右穿过传达室，即见到旅馆正门。肃清众敌后，由旅馆右侧的梯子上去，再沿墙壁上突出的那条凸槽而行，从旅馆正门的上方走过，由另一侧的铁门进入旅馆顶部的隔层，在地板上找到往下的口子，落到二楼的一间书房。旅馆里的敌人常躲藏在屋里，等Mullins经过后才冲出来，形成前后夹击之势；有的则从玻璃后面射击，令人防不胜防。下至一楼，穿过厨房，来到等候长廊（摆着许多沙发）。这儿有多扇门，Ivanovich博士就在右边第一间。会合后，他即带路离开旅馆，往长廊的左侧出去，沿途遭到敌人的前堵后追。冲至一间小屋，和博士一起从窗户纵身跳下。
　　跳上装甲车，操纵机枪（按空格），博士负责驾驶。巷子里多个位置先后冒出追击的敌人，挡过一阵，车子才发动。拐到一片小广场，此处的敌人层出不穷，不可与之恋战。当车子往左拐弯停住时，击爆大铁门旁的气罐，炸开一条通道，顺利逃出。不过危机并未解除，在郊外公路上上演生死时速，敌人驾车前堵后追，也有从侧面袭击的，甚至出动了直升机！车行颠簸，把握好射击的时机，击毙车上的士兵即可，不必试图去击毁那些车辆。冲至一座哨卡前，击毁大门左边的油桶和右边的气罐，将栅栏炸飞，以便车子冲过去。驶入隧道后，才摆脱了追兵。两人来到火车站。跟着博士走过停车坪（别打入口处的守卫），在尽头的卫生间与接应的人联系上，捡起地上的手提箱，获得护照等证件。到站台入口，向守卫出示证件，获准通过。消灭月台上的敌兵，博士即自动从卫生间跑出来上了火车。现在须去控制室，下指令让火车马上开动，否则必然被捕。经由侯车大厅，上二楼转至货运厅，辗转来到月台对面建筑的二楼，由窗户跳上火车顶棚，攻入右侧的控制室，拉动杠杆开关。下至一楼，守在开启的小门边，当火车缓慢启动露出入口门时马上钻进去，两人才终于平安离开。

2002年10月29日，哥伦比亚叛军营地
　　一晃就是十多年过去了，Ivenowich博士从事着卓有成效的研究。不过，最近在哥伦比亚发生的病毒袭击事件和Ivenowich的老同事Sestrogor正在研究生化武器的传闻，令情报部门强烈不安。Mullins被召至纽约的一家商店，与秘密设在这儿的情报主管会面。穿过一道门，守卫交给一张通行卡，到尽头乘电梯升至二楼，笔直往前即可抵达秘密房间。过程中可对场景熟悉一番，以后还要来的。包括Ivenowich博士在内的几名官员讲述了任务，并派Taylor与Mullins分工协作。沿走廊返回，由守卫把守着的那个电梯升至屋顶，乘上前往哥伦比亚的运输机。机上同行的军官讲述了当地遭叛军用生化武器袭击村庄和两支精锐小分队失踪的具体情况。抵达营地，与战地指挥官交谈过程中，营地遭到叛军的突然攻击。
　　敌人在四周坡后，不宜硬拼。往倒下的军官身后的方向过去，跳过挡路的废弃汽车，在山道间蜿蜒前进，消灭敌兵。继续在灌木林中推进，由于草长得都比较高，不那么容易分辨敌人身形，尤其是他们蹲下射击时；另外必须注意避开敌兵扔过来的手雷，它们可是一击毙命的。顺着山道拐弯，贴着悬崖走一段，经过两座房屋，在废弃的神庙处遭遇众多敌人的顽强抵抗。从这转右，敌人越来越多，在了望塔处还不时跑来援兵，左侧悬崖空中则出现直升机，不过它挨了几枪就跑了。杀过隧道，顺山谷往右转，小心逼近一片叛军营地，狙击枪用在这儿挺合适，按alt键切换到放大镜模式，一枪爆头毙敌，且不缺弹药。之后再打近战，将轻松许多。扫荡敌人后，在尽头受阻于一道栅栏门。上石头建筑物的二楼，在控制台处按左边的面板，发出导弹摧毁直升机（若再按右边的面板，将招来导弹打自己）；接着到旁边的木屋，击爆一侧的油桶，露出控制机关，拨动它即打开栅栏门。 经过瀑布和篝火，在桥边遇上Bravo小分队。用狙击枪消灭桥的另一侧的守敌，友军随即向总部报告并召来空袭将桥炸毁。和他们一起涉水过河到对岸，杀至一片开阔的灌木丛，敌人的狡猾性在此得到淋漓尽致的发挥。前行不远来到叛军的驻地，敌兵到处分散着，利用房屋、草丛和了望塔的掩护进行攻击。对此，让友军替Mullins去识别敌人的方位，这样作战将容易些。每当战斗平静下来，Bravo小组就聚集在一座房屋旁把风，Mullins负责进去搜索，出来时又将遭到敌人的攻击，如此反复。经过仔细检查，发现了具体线索：原来，为叛军提供生化武器的交易商是Manuel ergara，他离这儿并不远。在营地左前方有个小洞穴。撬开木栅栏门，救出一人。再去了望塔旁的铁栅栏门上安置炸药，炸开它。和队友一起下河道，蜿蜒推进。岸上的敌兵倒好对付，比较讨嫌的是藏在水里的家伙，常令人措手不及。上岸，杀过残破的建筑物和山谷通道，到尽头乘上前来增援的直升机，操纵那挺机载机关枪。在直升机飞越敌控河道区的过程中，Mullins的任务就是负责打击沿途的敌人，保证直升机的安全。第一处和第二处拦截是两片敌营，打爆油桶有助于歼敌；第三处的了望塔旁，有名火箭筒兵，优先解决掉他；飞过铁架桥后，需特别提防敌防空炮和火箭筒；最后干掉一艘铁甲船，才得以安全飞抵Pureza村。进入车载房屋，见到Taylor，按照其吩咐穿上防护衣，然后跟着她一路走，了解发生在这儿的病毒传播的情况。到尽头与总部通话，受命去调查军火商Vergara。
2002年10月30日，哥伦比亚Vergara的豪宅
　　Mullins翻过围墙，进入Vergara的豪宅的院子，正好看到Vergara出来送客。在消灭了大门口的敌人后，不可再往前，因为远处的探照灯后面藏有狙击手和机枪兵，很难与之对抗。反向而行，围着豪宅转，敌人常从多个方向出现，而且肃清过的地方也并不绝对安全。绕到豪宅后院的游泳池区，可发现有敌在左前方的二楼阳台上开火，就是到那附近，由墙上一片暗色的金属板爬上去，跳过栏杆，顺屋檐走到不远处的百页窗前，扯开它（按住空格）。钻入豪宅顶层的储物间。由小天窗掉至走廊，穿过保健室，下到一楼，经过会议室、陈列室，辗转来到Vergara的书房。撬开角落里的保险箱，发现Vergara与恐怖组织Prometheus有联系的线索，并获悉一艘名为海上之星（Seaward stars）的船将运输病毒武器。到隔壁的休闲室（地面正中铺着一张白熊皮），正好看见身穿白衣的Vergara的贴身保镖闪身溜走。消灭涌出的众多守卫，跟着进入左边敞开的小门，下楼梯后直接往左，杀过仓储室，在尽头攀梯子上至通风管道。借助微弱的光线摸索到尽头，从通风口掉落到有守卫对话的房间（不是保龄球场），转过走廊，在电脑室遭遇不少守卫拦截。下楼梯后，左边打靶室的厚铁门里可补充弹药、盔甲和血，往右则是正确方向，下楼梯进入酒窖。 白衣保镖呼喝守卫挡住Mullins，自己却撤走。在酒窖里歼敌，提防各个方向的敌人。穿过尽头半开的门，抵达另一座更大的酒窖，其尽头的木格子门前有套桌椅，那张椅子就是开启木格子门的机关！消灭出现的增援之敌，沿螺旋形楼梯而下。冲过走廊和仓储室，追着白衣人穿过铁门，但道路被爆炸后的废墟堵住，不得不在旁边的许多杂物间里绕来绕去，与埋伏之敌周旋。绕到废墟的另一侧后，前行经过一道有红色按钮的铁门，这儿就是Vergara藏身的地方，不过首先必须干掉那个白衣保镖，后者就躲在尽头的大杂物间一角，端着一挺攻击力强的M60机枪且占据地形之利，最难办的是普通武器对他根本无效！进入房间后马上跳到左侧的废木箱上，掷榴弹或扔手雷过去，炸毁连接在他身上的奇特管道才摆平之。过去扳动墙上的铁盒子，这才可以进入Vergara藏身的房间。向他讯问病毒事件的幕后情况，Vergara当然拒绝回答，但出乎意料的是，他非常了解“商店”的内幕。出于对幕后势力的恐惧和顾及自己家人的安全，Vergara选择了最安全的逃避方式——自杀。
2002年11月1日，大西洋海上之星号
　　Mullins和Taylor乘快艇追上已被海军跟踪了的海上之星号船（seaward star）。攀上甲板，听到守卫在谈论控制舱钥匙的位置。干掉他们后，在船上稍微转转，发现通道很多。甲板区共有三层，在第一层的餐厅拿到一张红色卡片，在负一层的船员休息舱里逐个撬开房门，也能找到一张，两张效果相同。第二层的几个房间没什么特别；到第三层，有了红色卡片即可打开门，经由驾驶舱下至二楼的控制舱，其右侧有个不引人注目的小开关。接下去，去货运甲板，在集装箱的缝隙里穿梭，发现有个集装箱被吊绳拉着，但是还没有吊起来。到尽头攀上高耸的转臂控制机械的控制台，拨动机关将前方的集装箱吊起。回到甲板区二楼的控制室，拨动小开关，再回到货运区，即发现被吊起的集装箱下面的甲板盖被揭开了，由露出的口子下去。 顺铁架走廊前行，在打不开的铁门处跳出走廊，落到货物间的缝隙里，辗转跳跃，利用集装箱堆放时因参差不齐而造成的凸出部分，跳上另一段铁架走廊（不可使用底层的叉车）。经过多间仪器设备室，由蜿蜒的走廊抵达引擎室，可以看到巨大的曲轴在运转。在底层找到往下的出口，在岔路口，先往右在泛着红光的区域拨墙上的转轮关闭锅炉的燃烧，再往左蹲行前进。不久即来到货物储藏区，病毒武器的巨大数量令人吃惊，Mullins在与Taylor简短交流后，决定炸毁该船以销毁这些武器。在货物区转弯抹角杀至尽头，由地面的口子下去是货船的动力区。目标是在比较分散的五个动力心脏部位安装炸药，它们的入口旁边都有一个数字标牌显示其序列。安放完毕后，Mullins赶在船体爆炸前成功撤离。11月3日，Mullins回到纽约，在书店门口通过对讲机与老友Sam联络上，暗号对上后，铁丝网门才开启。进去与Taylor和Sam会合，他们讲述了某个秘密情报点遭袭击的事件，结合Vergara知道很多“商店”内密的情况，判断出情报部门内部可能有叛徒。根据最新线索，一个代号为Deviant1的人与病毒武器交易有联系，需要Mullins去香港进行调查。
2002年11月6日，香港码头
　　Mullins藏在走私者的货船里抵达香港。从木箱里出来，轻松突出船舱，来到甲板上，过程中缴获的微型机枪（micro uzi），可双手各端一把。在上码头时，提防多个方向的敌人。上岸后笔直朝前，穿过虚掩的铁丝网门，此处若往左拐弯顺马路上坡，黑帮将以焚烧的汽车将路堵死，只好从铁丝网门的出口往右杀过去。在集装箱区的缝隙里穿行，走廊尽头堆着几口木箱，打碎上方窗户处的木栅栏，借助木箱跳进建筑物（跳起后需蹲一下）。冲过几个房间，从窗户跳出去，落到一片货物集散区。绕到马路上，笔直前方通往被焚毁的汽车，因此需沿马路往右拐弯的方向走，不过这儿也被几辆大卡车挡住了。消灭为数不少的敌人后，从马路左边集装箱区的缝隙里钻过，往右经过传达室，在集装箱区尽头的左边角落，有辆叉车，操作它将一口箱子抬高，然后由旁边的桶子、箱子跳上去，翻墙而过。
　　顺马路往右转，敌人多躲在箱子、汽车等障碍物后面攻击，还有站在三楼阳台上的。由于视野开阔，可先用狙击枪，等敌人冲近了再换微型冲锋枪。到岔路口，左、右两条路都通同一个路口，那儿将被黑帮再次用焚烧汽车的方式堵住。注意到在左边这条路的半空中悬挂着一块“此时此地”的大招牌，由旁边的小巷子进去，击碎窗户上的木板，以旁边的箱子为垫脚跳上去并钻入窗户。杀至三楼阳台，此时附近建筑物的阳台上会突然出现不少敌人。由栏杆跳上“此时此地”的招牌，由它跳到对面建筑的二楼；上其三楼阳台，再故伎重演，从“洗瑞XX厂”的招牌上走过去，跳至路口右侧建筑的二楼，最后由梯子下去，即来到了被堵住的马路的另一侧。沿街道往前冲杀，道路又被大火和障碍物挡住。进街道右边的小巷子，经过绿龙纹轩的店面，借助尽头的坛坛罐罐，爬上墙壁，再掉到另一侧（怎么尽干些翻墙开窗、飞檐走壁的事情？！）。
　　前方狭长巷子的出口埋伏着众多敌人，将他们引诱过来收拾掉。出至大马路，肃清匪徒，在街道右边找到瑞木院的招牌，只有这里面的房屋门才可打开。进去后上楼梯至二楼，在窗户边拨开关，再穿过一楼杂物大厅尽头的铁丝网门，乘升降梯下至仓库区。前行不远即是岔路口，往左可获得许多补给，往右按开关升起卷轧门，穿过古董陈列室，在一间相当宽敞、层高很高的大厅遭遇众敌阻击。上二楼的走廊，由唯一一道可以打开的门过去，经由蜿蜒的走廊来到另一间宽敞大厅的二楼。直接往左拐，在铁架走廊的尽头发现一台电脑。整个过程中，敌人不停地从身后出现，因此别以为肃清过的地方就是安全的了。操作电脑检查数据，没想到……Deviant1悄悄地出现在身后，将Mullins击晕。当Mullins醒来时，发现身处牢房。在与Deviant1的交谈中，了解到这本来就是一个试图逮住他的陷阱，而且确认了“商店”内部存在叛徒的情况。当黑帮离去后，看守被另一间牢房里的人趁隙击晕，拿了钥匙救出Mullins。捡起枪，往左拐至尽头，通过电脑终端给Sam发送有关病毒的情报，并继而破坏此处的电脑系统。撬开旁边一房门拿到冲锋枪，消灭从对面小门冲出来的敌人，穿过走廊和厚铁门，来到监狱办公区。这儿的难点在于敌人躲在办公间里，常常是敌人首先开火打碎了玻璃后才发现那个方向有敌，需多用诱敌战术。左右两边的走廊，随便走哪边都行，到另一侧打开铁栅栏门，余下的进程就不难了。杀过几道门，Mullins即成功逃出监狱。
2002年11月10日—12日，纽约医院
　　胜利归来的Mullins满心欢喜回来找Sam和Taylor，但是刚刚靠近书店，就见一波剧烈的爆炸，将书店炸了！冒着火焰冲进去，在左边找到裂缝，钻下去，经过不安稳的电梯升降间（需快速过去，否则将掉下去摔死），在废墟堆里由一根断裂的横梁爬至密室所在那层，见到Sam倒在了血泊中。半昏迷的Sam说“商店”内部的确有内奸，可惜没来得及说出是谁，便晕了过去。前方又发生一次小爆炸，就那个窗口过去，笔直朝前，掉落到一个冒火的小房间。转左，在?崞岬目占淅镒邢刚业揭桓鲎?郑?Χ??乇张绶⒌恼羝?；氐絊am所在房间，从手臂的方向按空格键背起他（多试几次），前行转左，在亮堂的小房间里利用杠杆原理，踩在一根铁棍上撬开挡路的废墟，辗转从瓦砾中出至外面的巷子，到书店门口将Sam送上救护车旁的担架。
　　出于对恐怖组织杀人灭口的担心，Mullins顾不上休息，赶到医院。传达室的接待护士告知Sam尚未脱离危险，而20分钟前已有一位名为Taylor的女子进去看望他了。穿过大厅，乘电梯升至二楼。果然，不详的预感变为了现实，走廊中的警卫牺牲了，而且有病人惊慌失措地逃跑！赶快冲Sam所在的房间，正好见到守护在Sam身边的Taylor被一名由顶楼吊下来的杀手开枪击中。冲过去击毙刺客，捡得更好的武器。转身出门，在宽敞走廊里检查是否有残余的匪徒。出乎意料的是，不仅有，而且多，在宽敞的走廊里需小心敌人的前后夹击和侧面房间里躲在玻璃后的敌人。从一扇双页木门的窗口跳过去（玻璃已全被打碎），往右转到一个大厅，上铁架走廊，由悬在中央半空中的灯座，跳到对面走廊，再乘坐旁边的电梯。 接下来一路杀敌，不过敌人相当狡猾，常从玻璃后面突然袭击，而且经常有敌出现在身后。唯一的好处就是敌人身上经常掉盔甲下来，多少减轻了作战压力。冲过长走廊和多个房间，由楼梯上一层，一直杀到被障碍物堵住的走廊处。从旁边的开着的窗户出去，在天井式区域的凸出石阶上绕行，转到障碍物的另一侧。继续沿房间杀过去，在尽头是岔路口，走楼梯和乘电梯都是通到上一层，随玩家选择。上去后，穿过楼梯口旁边的那道门，即抵达医院的屋顶。这儿的主要目标是一架双翼螺旋直升机，直接与它对抗会死得很快。赶快冲出栅栏门，到一座屋子里（不是植物棚），这样才不会挨其枪子。注意到停机坪区被铁栅栏隔开了，击毁气罐炸开它，肃清敌兵后，即有足够的空间来与直升机周旋了。集中火力打击它的左、右两个螺旋引擎，最好趁它掉头时发动攻击。此战非常艰苦，需要耐心和精确瞄准。当两个引擎都被击爆后，直升机才坠毁。 Mullins稍事休整，在医院袭击事件的第二天就来到“商店”汇报。从二楼电梯出来，应守卫的要求，先往左到打靶室学习使用一种新枪。这种名为OICW的枪有许多优点，可作普通冲锋枪、狙击枪和榴弹枪使，而且后座力很小；其狙击模式可放大到20倍望远镜，而榴弹则能攻击到躲避在障碍物后面的目标。根据教官的引导，仔细学习它的使用，主要是利用-、+、[、]这几个键。完成学习后，去秘室见情报官员，Mullins坚决反驳刚刚牺牲的Taylor是恐怖组织设在“商店”内部的奸细的说法。根据他从香港发过来的数据，Mullins受命去远东极寒之地的恐怖组织基地寻找Seatrogor博士，此人显然与生化武器有着非常密切的关系。
2002年11月18日，俄罗斯堪察加半岛恐怖组织基地
　　迎着漫天飞雪，Mullins跳伞降落到一片雪原之中。这儿的目标是摧毁恐怖组织基地的病毒制造中心，并将Seatrogor博士带出来。前行上公路，往左顺马路走到尽头。敌人的视野非常远，老远就能发现Mullins并开火射击；而己方则受弥漫的雾雪影响，不那么容易发现目标。转右下雪地，经过数座了望塔，到铁丝网处撕开一道裂缝，钻过去是一处哨卡。这座两层楼的设施的前门已被封上，由旁边的高地跳上一楼的屋檐，转到二楼阳台，进入哨卡，拨动机关，移开路障。下去钻入幽暗的隧道，在漆黑的尽头找到左边的按钮，拨动它即升起铁门。出隧道即是大路，右前方高坡上有探照灯，因此需贴着右侧的岩壁走。从桥下杀过去，往右顺着马路转上坡，消灭探照灯那片地区里的敌人，在哨卡二楼铁架走廊的尽头拨动机关，它是用来打开一个管道盖子的。该管道在马路的右侧，由此钻进去，蜿蜒而行，经过一段洞穴区，从另一头出来时发现又是一片雪地。
　　在大桥的底部，由一座桥墩侧壁上的梯子上至桥面下方的铁架桥。转左过铁门，一路往上攀梯子即抵达桥面，此处已是被封住的大马路的另一侧了。往左走到车站的外面，贴着右边的悬崖过去，从裂开的铁丝网中钻过，在马路拐弯处再跳过墙上的一个破洞，来到火车轨道区。两边的大门都被封上了，目标是要穿过入口左边的这道大门。注意到那些火车车厢中有一辆与众不同的黄色车厢，从侧面进去，拨动杠杆开关，它即前移，推动前面的车厢象多米诺骨牌那样一个个撞过去。下车跟过去，到最末尾的那截车厢，里面装了一些木箱。仔细观察可发现其右边的车厢顶开了个口子，就利用那些堆积着箱子跳上车厢顶，再转到大门上的走廊，钻入狭窄隧道。
　　落入一房间，转出走廊，来到室内运输线。沿轨道杀过去，冲过火车铁架桥。前面是一片营地，分岔路各通一道被封的大门。这儿清除守敌的战斗稍难，除了狡猾外，敌人的衣服颜色和场景差不多，隔远了很难看清楚哪儿有人；另外还需提防猎犬的袭击。走左路，由回形走廊登上了望塔二楼，由窗口跳出去，转到建筑物的屋顶上。找到颜色稍微与旁边的不同的一块面板，揭开它，掉入通风管道。往前至尽头落到房间里，推开铁栅栏门，转到隔壁的大杂物间。在用铁栅栏围起来的小区域，拨动杠杆开关，即关闭了刚才所经过的通风管道里排风扇的转动。从此屋出去，消灭新出现之敌，仍由刚才的顺序，到屋顶再次钻入通风管道。在右侧找到向下的通风口，从其缝隙中掉下去。
　　在走廊岔路口往左走，到尽头房间里拨动挂在墙上的开关，消除安全栅栏。然后随便走哪道门，到宽敞大厅里消灭众敌（中央是控制室），由右前方的门过去，转至电力控制间。在其尽头的铁丝网小隔区，先拨动挂在两侧的两个面板机关，在拉中央的电源机关，造成短路。四处发生爆炸，顶棚塌了下来。赶快撤到走廊里，消灭涌现的敌人，回到刚才那个大厅。这儿的一大片顶棚也塌落了下来，跳上它，经由中央控制室的顶层，转到大厅另一角落的小门上方，钻入泛着红光的管道。落到小门的另一侧，顺走廊一路推进，直至抵达一片室内轨道区。这儿是片死胡同，肃清守敌后，可找到一截黄色的车厢。到其末尾，在它与后面一截货运车厢的连接处，拨动杠杆开关使两辆车厢脱节。再跳入黄色车厢的控制台，开动它。机车随即冲过前面的大门，来到另一片轨道区。击毙试图攻上来的敌人，转至一间洞穴大厅。这儿有两处重要的“点”，一是一楼的铁架平台，它是进入研究所的中介，不过现在暂时用不着；二是那座两层高设施的二楼，穿过旁边的门再上两截楼梯即可抵达。在二楼平台操纵机枪扫荡敌人后，乘电梯下行。
　　到底层，冲过多条走廊，经过前厅，这儿的敌人较多，右侧是实验室，但暂时进不去。一直往里杀过去，敌人大多都穿着防弹衣，被击倒后即掉出来，所以敌人虽多，倒不是很难，只需保持注意身后是否出现新的敌人。在一个深度很高的大厅，由一侧的铁架楼梯下至底层，在角落里找到一个往下的隧道洞口，钻下去即是主发动机控制大厅。由梯子上至二层走廊，绕到中央的、比较光亮的铁丝网笼子里，拨动开关，然后到走廊上的控制台，也拨动杠杆开关，使主发动机短路，周围变黑，肃清冲进来的许多敌人。原路杀回去，来到前厅（从电梯出来抵达的第一个房间）。一旁研究所的研究人员以为出了事故，为了逃生将玻璃砸开。Mullins顺势钻过窗户，在地面上发现一个洞口，落下去，在幽暗的地下通道里穿行、杀敌。在尽头由梯子上至一个比较明亮的房间，接着经过一段比较幽暗的通道和一间研究室，在地面泛着红光的走廊的右侧，找到昏暗的出口。
　　经过堆满箱子的狭长走廊，在光亮处往右转，攀梯子上到一个杂物间。由于这儿过于昏暗，因此在消灭完敌人后，打开OICW枪的夜视模式进行探索。左前方有一道双页门，虽然打不开，但它就是要去的地方；先往右前方走，转几个弯找到电梯，它现在启动不了。按电梯壁上的开关，打开壁顶的铁盖，由梯子爬到电梯顶，再攀着柱子和绳子一直上到顶，即回到了洞穴大厅的二楼平台。下至一楼，到那个铁架平台上，拨动杠杆开关，旁边的机械平台随即塌落，掉下去将下面的走廊棚砸开，同时也就砸开了杂物间左前方那道开不了的门！回到二楼平台，跳到柱子和绳子之间，索下去，返回到杂物间，找到砸落的地点，跳过裂缝，转几个弯进入研究所。 沿走廊杀过去。经过第一间研究室到丁字路口，左边道路通第二间研究室，其二楼的铁架走廊上有不少敌人，不过无法上去；右边的道路通第三间研究室，穿过它转左，到尽头撬开双页门，抵达一间小厅。这儿有多个出口，不过前方的通道发生了爆炸，路被堵死；右边的通道通第四间研究室，许多科学家被困在了里面，无门可进；因此，往左边上楼梯是唯一的选择。杀至走廊尽头，击碎左侧的窗户玻璃，跳到下方的研究室。中央房间有扇窗户被震开了，由它跳进去，拨动转轮开关并马上出来，里面将喷发蒸汽、涨起洪水，当水蓄满时即冲破门，往下冲涮过去，熄灭了正对着门的那堆废墟里的火焰。钻、跳、爬过那堆废墟，在走廊转个弯，即来到了第二间研究室的二楼走廊上。从出口出去，前行不远即抵达核心实验室区。 此时主电源恢复供应，四周明亮了起来。前方就是一号实验室，不过暂时需去找炸药。往右走到一间洞穴厅，在铁架平台上操作杠杆开关，悬浮电轨上送来的第二个平台上就有所需的炸药。取之回到一号实验室，在左前方核心部件（类似某种管道）上安放炸药，迅速跑开，爆炸之后将出现不少敌人。之后每炸毁一个实验室的核心部件，都是如此。穿过炸开的大洞，往右杀过走廊，下到二号实验室实施爆炸。之后原路返回，途中注意左边的窗户，在可以俯视到二号实验室的地段，可发现有截窗户被炸开了，从这穿过去，沿突出的管道绕到对面，打碎墙壁上的一块板，趴下钻过（按V键）。另一端的走廊是个死胡同，亦打碎墙角的木板，钻过去即是三号实验室。炸毁其核心部件，从旁边开着的门出去，绕至尽头，拨墙侧的机关打开铁门。
　　来到四号实验室外厅，在控制间拨开关打开一道双页门，进去再拨开关打开铁门，通过它即抵达四号实验大厅的二楼。一楼大厅的两个开关均是用来开启通往核心装置所处的小房间的门，随便按哪个都行；另外，首先需去控制室拨开关解开核心部位的保护装置，之后才能炸毁它。回到二楼走廊，由栏杆跳上那个在上下浮动着的横梁，行至贴近天花板的通风管道，钻进去，在空隙里穿行。随着天花板的断裂，Mullins掉落到房间中，击毙几名守卫，终于找到Seatrogor博士。他透露出恐怖组织的头目是Alexei Nachrade，为了赚钱而阴谋毒害参加在瑞士举行的世界经济会议的领导人。马上和他一起离开，出门消灭下方的守卫后，两人交流一番，认为难以从正门闯出去。就在这个楼梯口上有个控制开关，拨动它招来一个移动平台。两人进去，乘它顺利离开了敌基地。沿途虽有敌兵拦截，但容易对付。
2002年11月21日，瑞士伯尔尼机场
　　虽然Mullins已将情报汇报给了“商店”，但是官方未能采取有效防范措施，导致恐怖组织武装占据了瑞士的机场，并抓有不少人质。Mullins飞抵机场，通过与警官简短交谈了解了概况。立刻行动，穿过旁门，在传送梯处即开始遭遇敌人。上至大厅，在与敌作战的同时，切不可误杀人质，否则game over。由于敌人都穿有防弹衣，因此基本总能保持较高的盔甲防护。清除一楼和二楼的敌人（包括厕所里的），在二楼走廊的尽头地面上捡得一张红色卡片，用它打开一楼的铁栅栏门，然后杀到尽头。经过数间商业休闲厅，在挂有GATE的走廊口收到警官的警告。前方走廊里的战斗难度提高，尤其是要提防两侧的狭窄通道里冒出敌人。在通道的尽头，一个柜台后面聚集着众多敌人，最要命的是有名人质被困在了柜台后面无法逃跑，很容易误伤到她，因此此处需尽量将敌人引诱出来打击。肃清后，走右边的狭窄通道。
　　顺走廊杀下去，在第二间房跳上右侧的传送带，蹲下随传送带抵达远处一厅。撬开二楼的门并马上避开，提防敌人的炸弹。冲到设备仪器间，这儿的敌人不少，由梯子爬上隔层，在其尽头击爆小隔间里的气罐，炸开旁边的铁网盖，从口子落到一层铁架上，再撬开小铁网门，顺着铁架走廊过去，到尽头落入房间。经过走廊来到外景地的货运区。集装箱的缝隙中埋伏着不少敌人，穿过它即抵达飞机场停机坪。从左边的登机架上至飞机左翼，贴着机身边缘，跳到停靠在机身后舱门旁边的架子上，撬开门，进入飞机。攀梯子进入电气设备区，再往上才到客舱。无论是前舱还是后舱，敌人数目都很多，而且清理过的区域也总是冒出新的敌人。在后舱的桌上捡得一张红色卡片，有了它才可打开前舱那道由红色按钮开关控制的小门。Mullins终于与恐怖组织的头目Nachrade面对面了。对质中，Nachrade说出恐怖分子将在内应的帮助下袭击“商店”，其态度之狂妄令Mullins愤而击毙之。进入驾驶舱，与总部官员通上话，但是在将重要情报报告的同时，对方已遭遇了不测。下至电器设备舱，往前舱的方向走，绕过电气设备板（不容易发现），进入主机室，剪断主机顶部的某个线路，再去机尾。在右侧拿到降落伞，纵身跳下。

2002年11月22日，纽约“商店”
　　Mullins赶到“商店”，这儿已漆黑一团。恐怖分子就是穿着黑衣服作战，令作战相当辛苦，多用诱敌战术分批歼灭。在确认没有敌人的情况下，打开OICW枪的夜视模式查看周围环境，此时即便遇上单个敌人也可一枪毙之。好在这已是第三次到此，轻车熟路，笔直往前杀过去，至尽头乘电梯上二楼。在岔路口往右走，沿着以前去见情报官员的那条路推进，注意身后清理过的区域并不一定安全。到了密室外，发现其入口已被破坏，于是继续沿走廊前进，绕到废墟挡路的明亮处，乘这儿的电梯下到一楼。此区有点光亮，不那么难打了。前行至丁字路口，小心有敌从前方的实验室里开火；往右穿过门，转左进入第二间实验室，从其右侧绕出去，到一岔路口。右边被桌椅等废墟挡住，稍后需经过这里；先往左绕到第一间实验室，从蓝色门出去，在下一间实验室终于发现了“商店”的奸细是助理情报主管Wilson，他用一瓶病毒卡住了Sestrogor博士。交谈之中得知，冷战结束后，他无法通过在两方玩弄权术来获利，于是组建了那个恐怖组织，依靠Sestrogor博士制造生化武器，阴谋将世界重新拉入冷战，这样他就能富有得象上帝一样，要不是因为Mullins的超人表现……越说越气的Wilson砸碎瓶子，转身离去，Sestrogor博士随即身亡。
　　原路返回到走廊上被桌椅废墟挡住的地方，跳过去，乘电梯升到商店顶层。Wilson已坐在一架灰白色的双翼螺旋直升机里，和医院屋顶上的那个类似，不过它能够发射杀伤力非常强的火箭弹，作为补偿，也比较容易避开它，其速度和雷神3里的火箭弹差不多。对付直升机的策略仍然是打其两侧的引擎，只要射击精确，是比较容易将其打着火的。对抗过程中，它会投几个士兵下来助战，不过倒不难收拾。最后一点，自己不要用火箭筒来打直升机，没希望打中的。在它两个机翼都着火后，其攻击力和灵活性大减，将其机身打爆，目送Wilson的灭亡……。不过，恐怖主义的威胁并没有完全消除（要不哪来续集呢），就在为Taylor举行葬礼的仪式后，汽车的广播里报道：在东欧发现了异样的病毒……