这个世界上至今仍残留着数千年前古代魔导王国的遗迹，可以从中发现他们曾经拥有惊人的技术并造就了足以制压此世界的恐怖力量。伊雷斯大陆的连邦王国地方领主基扎洛夫，在某个遗迹的石碑上发现了一首古诗。对昔日魔导王国遗留下的技术、魔导装置等深有研究的基扎洛夫，产生了追寻不死以及统一世界的野心，越发深入研究那魔导力量，并不惜采用人体实验。但是，基扎洛夫在看过那首古诗后，内心对古代魔导王国产生了深深的恐惧。为什么我们所居住的世界会有那么多战乱？为什么会有魔族存在？古代魔导王国是怎样灭亡的？这首古诗究竟想要告诉我们什么？基扎洛夫知道传说也有真实之处，例如圣剑兰古莉莎确实是存在的，那么难道这首古诗所描述的传说也是真实的吗？如果是那样，我们人类究竟是为什么而战斗？为什么而生存的呢？这个世界的真实，基扎洛夫是不能了解的也无法知晓了，那么做为“光辉之末裔”的你能够解开这个谜团、为千年来的圣剑战争打上圆满的句号吗？
红色的姐姐乃无慈悲的女王，持着威严俯视着我们；蓝色的妹妹乃无慈悲的战士，只冷冷地俯视着我们。空中的船乃死神之翼，将我们的灵魂运往地狱。向上仰望的我们是被虐者，充满着怒火藐视着天。红色的姐姐和蓝色的妹妹，二人并列在夜空中。席卷而过的战之炎，叹息、悲伤、愤怒、欢笑…我们紧握着拳，我们将矢飞射，无慈悲的姐妹漠视着，依然继续其生存之道。
我们的愤怒与此天空，所有的大地皆燃烧殆尽；我们的悲哀与此天空，所有的海洋皆万尺寒冰。终于无慈悲的女王，被驱逐此地巡游四方。然后无慈悲的妹妹，静静地沉睡等候姐姐。残留下憎恨的语言， 向着被冻结的星之世界，永远旅行的女王，经过200年的岁月，再度飞舞在这片大地上。不幸的种子扎了根，狂气的剑被挥舞着，此世的一切皆被剥夺。
SCENARIO 1：觉醒
主角从漫长的睡梦中醒来，看见有一陌生的女性站在他面前，并称呼主角为西古马066（Σ066），而她自己则叫拉姆达052（Λ052）。从拉姆达口中得知，主角和她分别是基扎洛夫为研究强化战斗力及魔力而被开发出来的人造人（素体），在某种意义上也可称是兄妹。因为拉姆达被强化了魔力，所以知识比较丰富，但缺乏感情；主角西古马则相反，力量虽被强化，但知识方面就比较贫弱，性格方面似乎也有些问题。（绫波丽和希罗·尤尔？）
正当两人考虑着接下来该干什么时，研究所内突然响起警报通知有入侵者出现。入侵者乃连邦罗休法尔地方（ロシュフォ－ル）领主雷因法路斯（レインフォルス）及其部下埃赞尔将军（アイゼル），他们的目的是夺取基扎洛夫研究的素体，也就是主角他们了。因为是刚觉醒的素体，所以无法发挥本来的实力，于是《梦幻模拟战》系列另一大特色第一话必然是逃跑，又充分体现出来。
这一战十分简单，双方都是主将光棍一条没有佣兵，且敌人也不多。玩者要做的就是让西古马和拉姆达逃至左上方的出口，因为雷因法路斯和埃赞尔的等级颇高，还是远远地避开他们为明智之举，不过另外两个普通军官就可以大肆“虐待”一下了。途中第三个素体欧米加137（Ω137）突然觉醒，可惜不是雷因法路斯的对手，被击败后的欧米加似乎心有不甘：“可恶！如果有兰古莉莎的话，这种程度的敌人……”因为欧米加引开了雷因法路斯，使西古马和拉姆达有足够的时间打倒那两名普通军官，然后全速往出口处移动。到达后，拉姆达用魔力驱使研究所中央那棵树的树根从地下冒出来，拦住追兵的去路，两人得以成功逃脱。
SCENARIO 2：追击
西古马和拉姆达离开研究所后，为了前往基扎洛夫处而经过一个山谷，却被佣兵团的韦拉玖（ヴィラ－ジュ）和布琳达（ブレンダ）发现。这两人似乎知道主角们是基扎洛夫的秘密武器，虽然现在的战争基本上和他们无关，但他们其实是偏向连邦及卡高西斯王国（カコンシス）联合军（即Ⅳ代主角兰狄乌斯这一方）。最后，韦拉玖派布琳达找机会和西古马他们接触，而她对这一任务充满信心。
从这一版开始终于可以雇佣佣兵及到商店购买道具了。本话的敌人是前来追捕两人的埃赞尔，如果先前人物设定的结果主角很强大的话（笔者设定的主角初期数值是AT34、DF24、AT+3、DF+3、佣兵数6），应该对这种程度的敌人不足为惧。更何况还有援兵出现，那就是杨威利……啊！错了，应该是威拉提督（ウィラ－）和塞蕾娜将军（セレナ）。因为看见主角们正被连邦军追杀，身为卡高西斯军最高指挥官的威拉便决定帮助主角，善战的塞蕾娜将军不消一会儿就将埃赞尔将军击退了。从这一战可以发现，主将是占地图四格位置，而佣兵则占一格（骑兵等体积大的佣兵也占四格位置），所以主将的站位必须注意，否则很容易将自己佣兵的行动位置给堵住。待威拉提督离去后，拉姆达告诉西古马，卡高西斯军是他们的敌人。
在附近一个城镇中，连邦地方领主罗克威尔（ロックウェル）的次子阿尔弗列特（アルフレッド）为了替父亲找寻医治热病的药而四处奔波，此时他遇上来自另一个大陆（即圣剑发源地艾路萨利亚大陆）的少女克拉蕾特（クラレット）。克拉蕾特很亲切地将药送给他，两人便一起上路了……
SCENARIO 3：攻击
在雷因法路斯的居城内，他正与参谋塞洛（ゼロ）谈到有关“树”、“船”、“素体”的事，虽然塞洛怀疑单靠埃赞尔能否完成任务，但雷因法路斯则依然充满信心，不过他也承认素体的潜能比他想象中要高。
阿尔弗列特和克拉蕾特来到一个名叫古罗克斯的镇上，此镇已经被卡高西斯军的高鲁多利队长（ゴルドリ－）接管，他看上克拉蕾特的美色，提出要收取10倍的过路费，否则便要克拉蕾特用身体来支付……克拉蕾特当然不肯就范，拖着阿尔弗列特一起与卡高西斯军交手。就在此时，西古马和拉姆达路过，目睹这一情况西古马提议去帮助他们，拉姆达考虑到能够削弱卡高西斯军便同意援手。不过，克拉蕾特看到西古马后立刻变得很奇怪，似乎是认得他，接着她便会藉词逃走，留下阿尔弗列特孤军奋战。
这一关的敌人并不多，总共只有三支部队。阿尔弗列特和克拉蕾特这两队NPC一开始便往东面逃，克拉蕾特会一直移动到版图的东方并离开战场，而阿尔弗列特则会步向东面的树林处。因此，西古马和拉姆达也要往东方快速移动。在东面栅栏中有一敌枪兵部队，将其收拾后，与阿尔弗列特会合，他就会仲间交由玩者来控制。敌首领高鲁多利队长乃骑兵，只有阿尔弗列特的枪兵才能对付他，不过骑兵是无法进入栅栏内的。所以大可将敌人另一支步兵诱入栅栏内，由西古马和拉姆达去收拾。阿尔弗列特则留在栅栏内，让其佣兵去对付停留在栅栏边缘的高鲁多利。
战斗结束后，阿尔弗列特担心回家途中会再遇上这种事，于是便和西古马他们一起上路。此时阿尔弗列特抱病的父亲罗克威尔与兰方特将军（ランフォ－ド）的父亲兰贝尔德（ランベルト）谈起往事，不由感慨万千。罗克威尔的长子阿尔维斯（アルヴィンス）进来送药，打断了两老人的回忆，兰贝尔德打算离开时罗克威尔似乎有话要说，但最后还是没有说出来。
SCENARIO 4：突破
正当西古马他们打算穿过古罗克斯镇离开时，被一度打败的高鲁多利又追了上来。此时威拉提督正好停留在镇内，拉姆达便要西古马乘机在此击倒他，以便阻碍卡高西斯军的行动。西古马虽然明白以他们的立场来说这是应该的事，但对救命恩人出手总是有点不舒服……
威拉提督从身旁的将士口中得知有关高鲁多利队长胡作非为的事，但此情此景只能火速从北门撤退而非与高鲁多利对质。本话的条件就是在20回合内击倒威拉提督抑或敌全灭。因为高鲁多利和威拉的护卫队皆是骑兵，而我方只有阿尔弗列特一队枪兵，情势就有些吃紧。先派阿尔弗列特和拉姆达分别对付南面的高鲁多利以及一枪兵部队，西古马则负责追击威拉提督。注意千万不要让西古马的部队太靠近威拉提督，否则会遭到其护卫骑兵的攻击，只要保持一段距离跟在后面即可，因为南门两支敌军被消灭后，西方会出现敌增援，此时就可以让西古马去对付该增援部队。收拾掉南门的敌军后，阿尔弗列特和拉姆达就要全力赶往北面，与西古马会合。所幸威拉提督移动得很慢，在时间上还是来得及，至于其护卫骑兵大可交于阿尔弗列特对付。如果赶时间的话且又对西古马的实力有信心，也可以让拉姆达替西古马增加攻击力，令主角去收拾护卫骑兵队。
当西古马他们成功地击败威拉提督并从北门离开后，塞蕾娜将军终于赶回来。威拉提督把高鲁多利队长传来问话，得知他私自向旅客和该镇的居民收取过路费以及高额税收，威拉提督对此大为不满，而本就是山贼出身的高鲁多利亦无法忍受如此严格的军纪，决定带同部下离开。
SCENARIO 5：僻村
在山路上，阿尔弗列特因为快要到家了而显得非常开心，并述说亲情的快乐，但这对于身为素体的西古马和拉姆达来说，似乎未能带来任何共鸣，不过两人至少相信自己并非是孤独一人。当他们经过一座受战争影响而荒废了的村子时，发现打算伏击他们的埃赞尔，而刚被威拉炒鱿鱼的高鲁多利亦同时赶到，于是主角们要一口气对付来自两方面的敌军。
基本上，右边的高鲁多利两队骑兵只要交给阿尔弗列特即可；左方的敌军中除了埃赞尔本队外，其余人等亦不足为惧。事实上，笔者所培养的主角因为初期数值就很高，所以到了这一话其实力已经超过埃赞尔，只要拉姆达在后面替西古马的部队提升攻击力，即便面对埃赞尔也是小菜一碟。如果主角实力不高的话，也无须担心，因为女佣兵布琳达会率领大批骑兵登场，埃赞尔的步兵自然又会被“草割”。
战斗结束后，阿尔弗列特离开队伍回家去了。布琳达则向西古马表明来意，她想投靠基扎洛夫、在他的旗下工作。
SCENARIO 6：疑惑
西古马和拉姆达终于平安来到基扎洛夫的魔导研究所，并接受新的任务棗从魔族手中夺回“贤者之水晶”，基扎洛夫还提醒两人那水晶可能已变回原来的形态，即两柄持有强大魔力的剑，此外亦批准布琳达的佣兵团作为支援。西古马和拉姆达回到研究所的大堂时，发觉布琳达原来趁这段时间四处参观，拉姆达不禁起了疑心。
在斯比鲁山寨附近，阿尔弗列特正被追捕。原来他的父亲吃下阿尔弗列特带回的药后竟毒发身亡，于是他的哥哥阿尔维斯带同部下前来追杀。就在阿尔弗列特死守山寨时，西古马他们刚好经过便马上出手相助。
这一战的首要任务就是保住阿尔弗列特，因为我军与其相距甚远，且他又是NPC，乍看之下似乎是无法救得了的。实际上，当西古马走到一定位置就会让阿尔弗列特接受玩者的指挥，并令其打开山寨后门逃跑。接下来就简单得多，让阿尔弗列特往后方移动去对付敌骑兵，而西古马和布琳达直冲向上方收拾阿尔维斯等枪、步兵队，拉姆达则在中间援护。
总算是将阿尔弗列特救出险境，大家问明情况后觉得现在最可疑的应该是将药交给阿尔弗列特的克拉蕾特（一群笨蛋！最大的受益者通常就是罪犯，怎么连这一点都没有想到呢？）无论如何，阿尔弗列特已经无家可归了，于是便和主角们一起行动。
与此同时，Ⅳ代的主角兰狄乌斯已经击倒了伯赞鲁，夺回了圣剑兰古莉莎。伯赞鲁则以最后的力量将魔剑阿鲁哈萨托送离地下祭坛，兰狄乌斯他们的下一个目标就是西古马他们的主人基扎洛夫……
SCENARIO 7：埋伏
西古马他们赶到魔城地下祭坛时，发现那里已经空无一人，看来是被卡高西斯军抢先了一步。待众人走出祭坛时，发现周围弥漫着很浓的烟雾，拉姆达说这并非是普通的烟，而是能削弱体力的毒烟。此时众人发现埃赞尔将军居然早已率军埋伏在大厅，那毒烟自然是他搞的鬼了。
战斗一开始，全军就要以最快速度冲出烟雾的范围，否则每回合会被扣HP，因此也不要忘了把佣兵放在主将身边以便回复。敌人方面则并不是很强，数量上也有限，唯一比较强劲的也只有埃赞尔本队。不过现在有布琳达的骑兵在，应该也是不足为惧的。敌军中首次出现弓兵，采用突击的方法比较妥当。
另一方面，兰狄乌斯已经打倒了基扎洛夫、救出了自己的妹妹，并把圣剑兰古莉莎、魔剑阿鲁哈萨托一并还给大魔导师杰茜卡。杰茜卡要回天界，而爱慕她的马库雷（マクレ－ン）则有些依依不舍。待杰茜卡告别后，兰狄乌斯的姐姐艾米莉（エミリ－，即兰方特的副官）赶过来，兰狄乌斯将她交给兰方特照顾后，与众人一同回卡高西斯王国。
西古马一行在回魔导研究所的路上，布琳达的部下女佣兵赶来报告基扎洛夫被杀的消息，失去了主人的西古马和拉姆达一下子不知该怎么办才好。拉姆达向众人说明自己和西古马皆是基扎洛夫用克隆技术创造出来的人造人，而基扎洛夫作这些实验的目的是追求不死以及统治世界。最后，西古马决定先回魔导研究所，查看一下基扎洛夫留下什么资料。
SCENARIO 8：残照
西古马他们在回研究所的路上，拉姆达感受到路边一棵大树的呼唤并得知这个世界将会有异变发生。西古马认出那棵树和他们诞生的研究所内一棵树很相似，布琳达便说明这是植物之王“世界树”。世界树的成长有三个阶段，从幼苗开始50年称为银叶树，再成长50年称为黄金树，100年过后就能成为真正的世界树。当然眼前的这棵树显然还没有成为真正的世界树。
接着，众人又在途中遇到了搜索基扎洛夫残党的连邦军。其中一军官认出西古马正是打伤威拉提督的犯人，又是一场不可避免的战斗。本话的胜利条件是敌全灭抑或全员通过地图下方的石桥，因为第6回合艾米莉出现在右上方，其实力异常强劲，以现在的兵力是敌不过她的，所以还是将初期的敌军全灭后实行“战略性撤退”吧！基本上，到这一话结束后大多数角色可以进行第一次转职了。其他人并没有什么特别，唯有拉姆达的转职必须要衡量一番：转祈祷师的话，可以召唤土蜘蛛，虽然它不会任何魔法却能模仿别人刚使用的魔法且不会耗费任何MP（例如让拉姆达咏唱火魔法，紧接着选择土蜘蛛“使用魔法”这项指令，虽然系统会提示没有觉醒魔法，但此时按两次B键退出后，即可发现土蜘蛛能够使用火魔法且无须咏唱时间。估计这可能是个BUG）；反之，转为牧师的话，不仅自己可以习得回复魔法，且能召唤同样使用回复魔法的妖精，妖精使用回复魔法是不需要任何咏唱时间的。不管怎样转职，拉姆达最后还是要转回能使用“陨石”、“传送”、“再动”这三大魔法的大魔法使。笔者建议先将拉姆达转为牧师，因为在以后的战斗中回复魔法还是必须的，至于攻击魔法则无须担心，主角西古马可以在第2阶段转为魔法使然后第3阶段再转回剑士之王的，这样也就拥有两位魔法师了，再加上阿尔弗列特成长后亦可以使用魔法。
众人回到研究所，拉姆达启动记录研究成果的水晶，从基扎洛夫的立体映像中，得知贤者的水晶乃圣剑与魔剑的合体，30年前邪神甘多拉基路（ゲンドラジル）从艾路萨利亚大陆带来。至于素体西古马和欧米加是为了能使用圣剑而创造的，试作型的西古马只能发动此能力一回，因为这样会消耗大量的生命能量，再度使用的话就会死亡；完成品的欧米加可以无数次使用此能力。知晓贤者水晶的去向后，布琳达就怂恿西古马继续其任务，当然现在不再是为了基扎洛夫而是为了自己。现在确定手执两把剑的杰茜卡正在卡高西斯王国的菲济特港，等候前往艾路萨利亚大陆的船只。
SCENARIO 9：异变
西古马一行为了夺回圣剑而往菲济特港赶去，途中经过一座废弃的村庄时拉姆达突然觉得很熟悉此地并进入村中，她甚至还能准确地说出村中房屋的布局。拉姆达还自言自语地描述曾有一男孩和一女孩在村中的树下玩耍，接着她来到一幢大屋中，看到墙上有一画像，那是个温馨的家庭棗一对年青夫妇以及他们的子女。画像中的兄妹正是拉姆达记忆中在树下玩耍的孩子，阿尔弗列特则发现那女孩很象拉姆达，只是头发的颜色不一样。
菲济特港口，克拉蕾特找到了正在等船的杰茜卡，正在说话间，突然大批魔物出现在她们面前，领头的居然是魔将军加艾鲁（ガイエル）！天哪！这家伙怎么还活着？看来一千多岁的老头、老太还不只伯赞鲁和杰茜卡这两人，不过在记忆中加艾鲁应该是被Ⅲ代的主角迪哈尔特所杀，怎么……总之，加艾鲁出现在杰茜卡面前的目的自然是为了夺取圣、魔二剑，他以村民的性命要挟杰茜卡交出剑，而那个白活了千余年的女人竟然真的将剑交给了加艾鲁！（杰茜卡真应该好好学学同行莉娜·因帕斯，如果是后者的话肯定会说：“你以为这样做我就会说好的并马上照办吗？白痴！”然后必定使用“龙破斩”之类的大魔法将敌人、同伴、旁观者等一网打尽。）结果自然是加艾鲁一拿到两把剑后，照样令魔物们攻击村人。此时西古马他们刚刚赶到，见此情景自然要插一脚了。
战斗开始后，加艾鲁就会离开，因此根本无须把他考虑在内。这场战役的难点就是要保住杰茜卡、克拉蕾特以及村民们的性命。克拉蕾特似乎没有什么危险可言，杰茜卡就差到极点，真搞不懂号称大魔导师、每一集都出现并活了千年的她，为什么每次出场都是那么软弱还要兴风作浪，老是要让别人去救她，而且还特别会支使人跑东跑西、干这干那的。象现在又得去救杰茜卡，布置在北方的拉姆达可以用僧兵尽快收拾史莱姆，让阿尔弗列特的枪兵去对付攻击杰茜卡的敌骑兵。南方的西古马和布琳达可以从船上通过，敌水兵一定要等其上船后再攻击，水上战斗的话肯定是我方吃亏。
战斗结束后，阿尔弗列特质问克拉蕾特为何要给他毒药令父亲死去，克拉蕾特自然是一脸无辜的样子，而经过杰茜卡的证实，克拉蕾特给阿尔弗列特的药确实是一般的退烧药。那么，便是有谁暗中更换了药，最大的嫌疑者就是从阿尔弗列特的哥哥阿尔维斯和医生。布琳达则认为说不定阿尔维斯和医生串通一气，因为看他追击阿尔弗列特的态度多半是想杀人灭口。为了夺回圣剑和魔剑，杰茜卡与克拉蕾特急忙回艾路萨利亚大陆。剩下西古马一行正在商谈下一步行动时，马库雷匆匆赶到，询问杰茜卡的去向。当他看到西古马时似乎有些吃惊，而见到拉姆达时更兴奋地冲过去并叫她“玛丽安蒂尔”（マリアンデ－ル）。原来拉姆达就是马库雷的妹妹，两人一同被基扎洛夫抓获并送去改造，结果失败品的马库雷借机逃了出来，而西古马似乎是基扎洛夫的手下，曾经追杀过马库雷。拉姆达知道自己并非被制造出来而是改造的，她害怕如果恢复了玛丽安蒂尔的记忆后，拉姆达就会消失。西古马便安慰她，拉姆达和玛丽安蒂尔是同一个人，即便恢复了昔日的记忆，现在的记忆也不会消失，更何况还有他们这些一起冒险的伙伴们同在。拉姆达平静下来后，众人从马库雷口中得知兰狄乌斯他们用圣剑和伯赞鲁战斗之事，然后决定大家一同前往艾路萨利亚大陆。
SCENARIO 10：容疑
在连邦王城，萝珊茜尔女王（ロ－ゼンシル）接见兰方特，并任他为元帅，艾米莉亦升为将军。另一方面，雷因法路斯让欧米加去抓西古马，至于埃赞尔则另有重大的任务。
西古马一行终于来到了艾路萨利亚大陆，马库雷因曾从杰茜卡口中听说过巴尔迪亚（バルディア，Ⅰ代主角雷狄的王国，杰茜卡从千年前一直侍奉该王族直至其灭亡）这一地名，所以他就先独自一人前往该处。西古马他们在港町中寻找杰茜卡与克拉蕾特时，正巧看见她们与卡尔萨斯帝国（カルサス，Ⅰ代黑骑士兰斯与飞兵娜姆建立的王国）的士兵争执着什么。仔细一听，原来克拉蕾特是卡尔萨斯帝国的公主，但却是杀害皇帝的共犯。更奇怪的事还在后头，当卡尔萨斯军看到西古马时，竟然说他就是杀害皇帝的凶手！而且原本是帝国近卫骑士团长！当然西古马本人是没有一点记忆的，拉姆达则认为或许他的来历和自己一样，只是失去了以前的记忆而已。
和上一场战斗相同，今次依然要救杰茜卡和克拉蕾特，不同的是敌人会一窝蜂地去攻击她俩，情况比较危急。因此，打一开始，我军就要全力去支援克拉蕾特她们。阿尔弗列特的枪兵部队可以封住上方通路，截击西北方的骑兵。当敌人被消灭得差不多时，其援军于右上角出现，那便是库伊多侯爵（クエイド）的骑兵队，他说大臣基尔莫亚（ギルモア）已经成为卡尔萨斯帝国的新皇帝。这家伙的位置就在杰茜卡旁边，因此必须先发制人抑或调支枪兵部队拦在杰茜卡前面。
赶走了库伊多侯爵，克拉蕾特说明一切情况：四年前其父皇被近卫骑士团长所杀，为了追击凶手克拉蕾特来到伊雷斯大陆，就在三年前她终于手刃仇人，但是现在的西古马却和三年前一模一样。拉姆达认为西古马是被克隆的，至于原本的那位近卫骑士团长乃利古里亚地方（リグリア，听到这一名字各位是否想起了什么吗？）领主埃基鲁公爵（エギル）的儿子。接着克拉蕾特请求众人能否帮助她复国，杰茜卡首先拒绝，她认为克拉蕾特现在根本不明白自己要做什么仅仅是空谈而已。西古马他们则答应其要求，条件是要克拉蕾特帮助他们从魔物手中夺回二剑。
SCENARIO 11：狩猎
在伊雷斯大陆，兰方特去拜访父亲，但是兰贝尔德却不愿见自己的儿子。对父亲现在奇怪的态度，兰方特百思不得其解，最后总算是从管家马斯达松（マスタ－ソン）口中了解到自从哥哥克利方特（クリフォ－ド）死亡后，父亲整个人就变了。
魔族的根据地法鲁赞利亚城（ヴェルゼリア）内，魔将军加艾鲁将圣剑兰古莉莎交给死人使古洛布（グロブ，又是一个Ⅲ代中曾出场过的家伙），至于魔剑阿鲁哈萨托他则保留着，并说要去寻找摧毁圣剑的方法并提升魔剑的能力。
为了帮助克拉蕾特夺回王位，众人前往萨尔拉斯领，寻求其领主雷纳多（レナ－ド）的帮助。在经过奥特兰特湖的堡垒时，正撞见一群平民遭受帝国徵税官的追杀，路见不平自然是要拔刀相助喽。战斗开始时，会要玩者决定让平民们直接通过堡垒抑或绕道而行，笔者是选择了前一个方案。因为我军通往堡垒的桥被收起，所以要让飞兵的克拉蕾特去开启上侧碉堡的开关将桥放下。不过在这两个碉堡上有两队魔法师及弓箭手，必须先要突袭一队魔法师再去开机关。第8回合，敌飞兵援军于左上角、库伊多侯爵则在右下角出现。
再度击退库伊多侯爵，众人平安抵达萨尔拉斯领。但是，雷纳多公爵告诉他们，新皇帝基尔莫亚放任贵族对平民的剥削，充分收揽了贵族们。而克拉蕾特作为公主却离开自己的国家四年之久，现在突然回来，没有什么具体的计划就要求雷纳多援助她，完全是过于天真地纸上谈兵。
此时的伊雷斯大陆也不太平，雷因法路斯联合了撒萨兰多领主兰贝尔德、雷诺路兹领主阿尔维斯，组成三国同盟讨伐现连邦王国。
SCENARIO 12：强要
静夜中西古马一人来到河边，想起自己究竟是谁这一问题，先前研究所出现的第三素体欧米加突然来到他面前，告诉他的过去。四年前，西古马从艾路萨利亚大陆来到伊雷斯大陆，拥有寂寞眼神的他无处可去而被基扎洛夫收留成为其护卫。西古马的出现，威胁到原本亦是基扎洛夫贴身护卫的欧米加的地位，两人相互间一直争斗着。直到三年前，有一少女从艾路萨利亚大陆追踪西古马而来，西古马竟然毫不抵抗地任由她将利剑刺入自己的心脏。基扎洛夫将西古马的尸体运到魔导研究所改造，结果令其复活，代价是以前的记忆全部丧失了……
次日，众人来到崖之町，问及克拉蕾特接下来去哪儿时，她很不情愿地说去她的未婚夫埃里克（エリック）处，布琳达刚想责备她，却见村那边又有事发生。原来该村交不出税，徵税官便将其物资全部夺走，还杀死了阻止他们的村民！
这一战的胜利条件是敌全灭，不过我想各位是不会放过一个敌人的吧？敌军的行进路线是一直往右逃，通过右下的木桥后即离开版图，而靠左边的两只部队会主动上前迎敌。因此我军要兵分两路，让阿尔弗列特和克拉蕾特直接往右行绕到右下木桥前堵住敌人的退路，剩下三支部队先消灭迎击部队，然后从后面包抄敌人。
战斗结束后，出乎众人意料之外，村民们不仅没有感谢他们的相救之恩，反而责怪他们多管闲事惹怒了帝国军，害怕帝国军报复的村民们打算离开自己的村庄。茫然不知所措的克拉蕾特又听到布琳达对她的指责后，哭着离开。西古马追上克拉蕾特安慰她，并告诉她自己并非其杀父仇人的克隆体而是本人。最后，克拉蕾特破涕为笑，她终于醒悟并为自己国家的将来好好地考虑。她觉得光是夺回王位并不能从根本上改变，必须要让人民有自主的意识，要取消贵族，让百姓自己来管理自己的国家。克拉蕾特将这一想法对大家一说，众人齐声叫好，于是再折回去找雷纳多公爵商谈。在连邦王城，兰方特从艾米莉处得知三国同盟反乱的消息，虽然自己的父亲也在其列，但兰方特现在的立场唯有发兵讨伐他们了。
SCENARIO 13：袭击
布琳达的伙伴韦拉玖也得知三国同盟反乱一事，他便和女佣兵们计划帮助连邦军一方。再说克拉蕾特折回去见雷纳多公爵，将自己的想法告诉他。那就是采取议会制，即由国民代表组成下议院，提交法案；贵族议员组成上议院，审议下议院的法案。当然议员是要由国民来选，而世袭的国王自然也不再有绝对的统治权了。雷纳多公爵对克拉蕾特的想法大感佩服，决定尽全力帮助她进行改革，并出兵讨伐新皇帝基尔莫亚。首先，不但要赶基尔莫亚下台，还得说服民众让他们知道今后可以自己掌握自己的国家。为此，众人前往关押政治犯的盖亚纳监狱。
此番战役敌军初期配置不是很强，我军分东、南、西三方包抄盖亚纳监狱，将敌人困死在其中，一个也不能漏掉。待敌全灭或第10回合时，其主力部队方登场。敌指挥官依然是库伊多侯爵，亦是分布在东、南、西三方。西方是一队飞兵、南方乃一队僧兵和一队枪兵、东方是库伊多本队及步兵。因此，我军配置基本上是布琳达和西古马负责西南面，克拉蕾特和阿尔弗列特负责东南方，拉姆达于中央援护。另外，当库伊多出现后，他会打开监狱内各牢房的门，并下令杀死其中的囚犯。如果此时你已经将整个监狱控制在我军手中，那么就让囚犯们在原地待机吧。
战斗结束后，克拉蕾特将建立新制度的方案向囚犯说明，让他们四处去说得民众。接着，克拉蕾特要至光之大神殿艾斯特路，寻求大司教的支持。然而，此时传令兵前来报告，基尔莫亚获知反乱后派出10倍的军力讨伐萨尔拉斯军，3日后两军将正式交锋。萨尔拉斯军的情况显然十分危急，但西古马他们却来不急赶回去，布琳达便说她有办法但条件是事件过后要克拉蕾特把圣剑交给她。
SCENARIO 14：穿孔
布琳达找到也来到艾路萨利亚大陆的韦拉玖，将现在西古马他们的情况说明之后，问有何武器可以给她，韦拉玖便将古代遗产之一飞空艇交于她，同时千叮万嘱必须小心使用，否则其魔动炉爆炸的话后果不堪设想。此时的萨尔拉斯军发现已被大队的飞兵部队包围，显然敌人是在等候主力部队的到来，并在空中监视萨尔拉斯军。雷纳多计划乘黑夜逃出包围圈，因为鸟类大都是夜盲（这点本小姐深有感触，所以晚上基本上足不出户）。
西古马等人乘坐着布琳达借来的飞空艇，火速赶至战域上空与敌飞兵展开一场空战。因为敌人都是飞兵，所以我军的部队编制应以防御性的枪兵及远程攻击的弓箭手为主，而克拉蕾特必须给她配置对空飞兵。本战场基本分为上下两段，下段敌军有三支部队，派遣西古马和布琳达即可应付；上段的四支部队则交由其余三人，不过其中敌飞兵团长克菲尔（クフィ－ル）非常强劲，阿尔弗列特决非其敌手，唯有克拉蕾特的对空飞兵能克制他。另外，上段的另一支部队的指挥官埃里克（エリック）乃克拉蕾特的未婚夫，当两人靠近时埃里克会被克拉蕾特说得，不过NPC的他是不会主动进攻的。这次战役基本上是在敌人攻击范围外静侯其到来，然后一击必杀。
消灭了飞兵部队后，我军抢占了制空权，替萨尔拉斯军解围。接下来接是要突袭敌人的本队了，失去飞兵联系的敌军必定在指挥上出现混乱，现在正是大好时机。至于“弃暗投明”的埃里克则担任萨尔拉斯军与西古马他们之间的联络兵。
这时在另一个大陆上，连邦王城又迎来了一位曾被基扎洛夫赶出城的人棗宰相之子拉塞尔（ラッセル）。
SCENARIO 15：战栗
那边厢兰方特元帅率领的连邦军正与三国同盟打得不可开交，这边厢女王萝珊茜尔接见拉塞尔并任命其接替已死父亲的宰相之位。
再说西古马他们已开始突袭敌军的大本营，失去了飞兵的对方只得派出四队骑兵去联络，这也意味着那四支骑兵是会作为援军回来的。另外，克菲尔团长也会以援军的身份在地图上方出现。留守在堡垒中的敌军并不很强，而其魔法师部队可以让飞兵去突击。
顺利完成任务后，萨尔拉斯军也成功地突破了包围网，接下来按原计划往光之大神殿去。途中，众人感叹此飞空艇的便利，布琳达说这艘船在古代魔导王国时只是艘舰队间的联络船，比这要大好几倍的宇宙战舰甚至可以从这个星球移动至月球上！
西古马一行来到光之大神殿，说明来意后大司教却不敢帮助他们，众人都觉得事有蹊跷，布琳达便自告奋勇去收集情报，临走前还把物资从飞空艇中搬出来并关照众人要关闭其动力炉。
SCENARIO 16：人质
次日，众人赶到飞空艇处，发现已是一片火海，看来似乎是有人放火。猜测中埃里克坚持认为是布琳达搞的鬼，克拉蕾特自然不予苟同。布琳达回来后得知此情况，并不在意，反而庆幸事先关闭了动力炉，否则一旦爆炸，这块土地就会受污染，今后数百年将不能居住。接着她告诉众人大司教之所以不愿帮忙，是因为他的女儿被基尔莫亚的部下抓走了。于是，众人前往达雷斯监狱救人。
一进入战斗，西古马想出一个办法：派一支部队迂回至后方，守护大司教的女儿。那么派谁好呢？基本上在你眼中最没有用的人最适合这个工作，因为执行此任务的人是没有什么机会和敌人交锋的。其他人就从正门进攻达雷斯监狱，将敌人全都吸引过来，并尽快将敌司令官歼灭，否则他会将大司教的女儿传送至别处。当司令官以外的人全灭抑或司令官死亡时，库伊多侯爵率领三支部队出现在下方。因为这些援军过桥时需要一些时间，大可乘这个时候先将监狱中的敌人全灭，然后再在入口处布阵，等候敌人自投罗网。
成功地救出了大司教的女儿，如此一来光之大神殿支持克拉蕾特的立场也确定了。另一边厢，连邦军和三国联盟打得不可开交之际，后方突然传来宰相拉塞尔的命令，要兰方特元帅火速返回王城，且其申请增援的报告也被驳回。兰方特虽然不情愿，但还是遵守命令，让艾米莉留下督阵。（真是笨哦，“将在外、令有所不受”，看那拉塞尔一脸傻样就应该知道不是个好东西！）
SCENARIO 17 革命
在卡尔萨斯王城谒见间，基尔莫亚再度派遣大军去对付萨尔拉斯军，他似乎对敌人的行动了如指掌。而西古马一行则乘着王城空虚之际，前去偷袭。
此役胜利条件是击破库伊多以及克菲尔，当然一般是以“敌全灭”为目标的。战斗初期敌人是停留在原地的，如果他们一直占据地形上的优势打防守战的话，倒是比较令人头痛的。好在库伊多的智力与史莱姆不相上下，当我军通过护城河一半时，他居然下令全军突击！真是送上门来的好事，此时大可将行军的队伍撤到空旷的地带（特别是骑兵），等敌人过来再交战也不迟。比较聪明的是克菲尔团长，他是不会主动上前攻击的，最后被库伊多责怪时方加入战团。而从克菲尔的言语中，众人了解到基尔莫亚在萨尔拉斯军中安插了间谍。
在平原上，卡尔萨斯和萨尔拉斯军亦展开了激烈的交战。人数不及对方的萨尔拉斯军在雷纳多的指挥下采取坚实的防御战，因为只要克拉蕾特能够打倒基尔莫亚、夺回王城，他们就胜利了。
SCENARIO 18 王座
赶回连邦王城的兰方特元帅，万万没有想到等候他的竟然是牢狱生涯！新任宰相拉塞尔以兰方特父亲兰贝尔德亦是三国同盟一员为由，将他囚禁并夺取其兵权。而在与连邦军交战的雷诺路兹地方军（阿尔维斯的部队）那边，其左翼部队开始起了内讧。原来布琳达的部下让雷诺路兹军误以为罗休法尔地方军（雷因法路斯的部队）攻击他们，于是双方一场混战，本来处于劣势的连邦军乘势脱离战场。
西古马等人业已来到卡尔萨斯王城谒见间，皇帝基尔莫亚正高高地端坐其上。这场战役主要分左、中、右三路进攻，消灭中央的部队后仍需往左、右两路进军，因此将机动力高的部队安置在中路较为妥当。虽然敌人一直口口生生在说等候援军的到来，其实这一版是不会有敌人的援军出现的。反之，当上端把守入口的左右两队骑兵受到攻击后，我方援军会在地图最下端出现，那就是大魔导师杰茜卡和马库雷。不过，他们两人相距较远，根本帮不上、也不需要他们帮忙。此时便会有个很大的笑话：发急的基尔莫亚居然说他也具有卡尔萨斯王家的血统，甚至还想卖弄其家谱：“听好了！在好几百年以前，还没有卡尔萨斯王国之时，达尔希斯帝国的年轻骑士兰斯在旅途中遇见了僧侣克莉丝，两人结婚并生下一子名叫利昂……”杰茜卡打断他的胡言乱语：“到此为止！克莉丝是与巴尔迪亚国王雷狄结婚的，而利昂则出生于他们之后200年。”（レオンさま怎么可能会有那么恶心的后代呢？！真是无耻的家伙！）没戏可唱的基尔莫亚最后只得利用王座下的密道逃走，克拉蕾特终于夺回了自己的国家。
获知皇帝逃走、王城被夺的消息，卡尔萨斯军亦无心再战，高级将领们纷纷逃之夭夭，下级军官和士兵们则听说克拉蕾特的新政策而举旗投降。
在魔之地法鲁赞利亚，欧米加正和魔族交战，虽然他一心想要夺取圣剑兰古莉莎，不过因为魔族人多势众，欧米加决定先撤退让埃赞尔来当替死鬼。
SCENARIO 19 因缘
卡尔萨斯王城内，杰茜卡替拉姆达恢复记忆，从今以后就要称她为玛丽安蒂尔了。接着轮到主角时，杰茜卡却失败了，因为其法术竟然全被西古马吸收了，可能是因为改造后的精神异于常人的缘故。克拉蕾特便带众人到先皇被杀害的现场，试图让西古马想起一些以前的事情。玛丽安蒂尔与房间内植物对话，了解到皇帝被杀的真实情况：皇帝是被一个土色肌肤、瘦长的男子绞杀的，而西古马当时被药迷昏了，接着那男子用西古马的剑刺穿皇帝的心脏……真相大白，西古马总算洗刷了弑主的罪名。但是，他的家人却已全部被处死，其领地亦被基尔莫亚吞并。克拉蕾特将西古马以前使用的武器“强袭型魔光剑”还给他，那是把配有小型魔动炮装置的剑（每场战役中可以远程射击一次）。强袭型魔光剑乃西古马他们家族世代相传的宝物，据说是千年前利古里亚帝国皇帝（即西古马的祖先），在寻求解救其妻子方法的旅途中得到的。看到这里，各位大概已经明白了，西古马居然是Ⅲ代中阿鲁迪缪拉（アルデミュラ－）的后代！再加上其家族之后多次与卡尔萨斯王家通婚，也算是“光辉的末裔”吧！此时有人来报，法鲁赞利亚的魔族入侵，于是众人一刻不得闲、再度出发了。
来到诺伊修村，看到死人使古洛布带着一大堆幽灵，玛丽安蒂尔立刻认出他就是杀害皇帝的凶手。古洛布对此亦供认不讳，因为他们魔族一直想要征服此世界，但却从来没成功过，究其原因便是手持圣剑兰古莉莎的光辉之末裔，屡屡破坏其计划。所以，魔族的另一项任务就是要抹杀光辉之末裔，因此才会嫁祸于西古马，让他和克拉蕾特自相残杀。这一战的敌人皆是不死系的幽灵之类，僧兵、弓兵对其有效，飞兵、骑兵略占优势，枪兵、步兵则被克制，因此在购买佣兵时要注意些。战斗一开始，古洛布会走向墓地，其它敌人的攻击目标则是村人。所以先不要去管古洛布，而是全速赶往教会拯救村民。好在现在的村民已非昔日只会逃跑的柔弱之民，他们亦会参加战斗保护自己。至于到达墓地后的古洛布，会不断地召唤死人（大概召唤四、五次左右）。待教堂周围的敌人全都解决后，便可把大军拉到墓地，讨伐古洛布了。
最后，村子获救了，古洛布却被逃走了。而此时埃赞尔也乘着飞空艇来到艾路萨利亚大陆，欧米加告诉他圣剑的下落，老实的埃赞尔为此还感谢他的情报，却不知对方是想等圣剑到手后再抢过来。
SCENARIO 20 援护
众人回到卡尔萨斯王城，杰茜卡告诉大家那死人使古洛布乃千年前三位魔将军之一，看来魔剑阿鲁哈萨托回到魔族的手中后，他们的力量就大幅增加，再这样下去黑暗王子伯赞鲁和混沌神卡奥斯都有可能会复活！事不宜迟，众人决定向东北的魔之地法鲁赞利亚进军。
魔族亦非笨蛋，当他们得知卡尔萨斯出兵征讨其根据地时，居然派出部队截击我军的补给部队。所幸西古马他们及时赶到，一场拯救补给部队的战役就此展开。补给部队被击破三支以上时，GAME OVER。我方部队布置在中央的岛上，补给部队必须通过四周的小桥方能到达岛上，此时我军可以等其通过后砍断吊桥、并在入口处伏击敌人。另外，右侧有支魔法师部队，可以让克拉蕾特去突袭。其实不一定要将所有的吊桥毁掉，行动快的部队可以先通过吊桥，主动迎击敌人。
西古马他们终于保住了所有的补给部队，而另一边杰茜卡和马库雷指挥的大部队，其先锋部队已经与魔族正式交锋起来。
SCENARIO 21 旧敌
在法鲁赞利亚城，埃赞尔正和魔族打得不可开交。而西古马他们即将接近法鲁赞利亚时，却又遭到欧米加的截击。玛丽安蒂尔认出正是欧米加袭击他们的村庄，并将她和马库雷送往研究所。而欧米加似乎对西古马怨念颇深，坚持要打败他。这一场很简单的战役，即没有什么地形限制，亦没有让人头痛的NPC。第3回合时，敌飞兵会出现在地图下端。
此时，埃赞尔已经找到圣剑兰古莉莎，并全速撤出法鲁赞利亚城。
SCENARIO 22 魔窟
在输送用飞空艇前，埃赞尔让部下将圣剑送至雷因法路斯处，自己则留下搜索魔剑阿鲁哈萨托。西古马等人抵达远征军阵营，与杰茜卡回合。相互交换情报后，西古马的小部队前去突袭法鲁赞利亚城。
敌人的首领依然是死人使古洛布，而且他还会令一度被击倒的魔物复活，因此要准备打持久战。我军可以分三路进攻，左右两路不妨交予布琳达和克拉蕾特，中央则是西古马、玛丽安蒂尔和阿尔弗列特。因为中央有支死灵部队异常强劲，最好与其保持一段距离，然后让加强攻击力的弓兵将之射杀。
辛辛苦苦打了一场战役后却一无所获，古洛布再度逃脱，而圣剑和魔剑也没能到手。众人出得法鲁赞利亚城，见到韦拉玖和埃里克，说从战败的魔族口中得知阿鲁哈萨托在加艾鲁手中，而西古马想起欧米加曾说过要拖延时间之类的话，便猜测兰古莉莎是被埃赞尔夺走了。就在此时，基尔莫亚不知从哪里搬来了魔动巨兵，并向法鲁赞利亚城发射魔动炮，企图将西古马他们一网打尽！所幸第一炮打偏了，接下来玛娜（マナ，由植物产生的星球生命能量）能量填充尚需一段时间，发射第二炮需要一小时。
SCENARIO 23 巨兵
正当大家商议乘魔动炮填充能量时，尽快将其摧毁。这时，埃里克终于忍不住承认他是基尔莫亚安插的间谍，因为基尔莫亚对他下药，如果不定期服用解药，就会发狂而死。提供萨尔拉斯军行军路线、烧毁飞空艇等事皆其所为，现在他见基尔莫亚根本不管他的死活，且解药也用完了，便孤身撞向正在发射的魔动炮口以死来赎罪！
这是一场强攻战役，敌人固守在小小的堡垒中，基尔莫亚及其身边两位僧侣皆带着弓兵和炮车，堡垒门口则有队枪兵以及魔动巨兵把守，外面有两队骑兵左右分布。除了那两队骑兵会主动攻击外，其余部队一直是原地待机的，而那个魔动巨兵会在自己周围放射大范围的火焰魔法，不过却是敌我不分地“通杀”，因此还是对我军比较有利，可以让玛丽安蒂尔的妖精不断作回复。第3回合时，克菲尔团长的飞兵部队出现在右下角，好在飞兵的判断力低，可以安插一个部队在附近等候其出现，然后先下手为强。最后进攻基尔莫亚的本阵时，让防御力高的枪兵部队打头阵，飞兵在其后突击，并让玛丽安蒂尔不时回复即可。
战斗结束后，克拉蕾特抱着濒死的埃里克痛哭，埃里克祝愿克拉蕾特完成自己的理想，并认为那实在是非常伟大的构想，然后撒手归去……（西古马想必很高兴，可以少了个情敌。）在连邦王城地下牢，艾米莉要求见被囚的兰方特元帅，遭到守卫的阻拦并和其争执了起来。就在这时，兰狄乌斯从后面偷偷潜入牢中将兰方特救了出来。深山中，韦拉玖接到欧米加故意透露给他们的情报，埋伏在此等候运送圣剑的飞空艇，并用魔动炮将其击落。另一方面，连邦王城内宰相拉塞尔接到兰方特逃狱的报告，似乎并不放在心上。
SCENARIO 24 争夺
数日后，克拉蕾特在卡尔萨斯王城宣布国民为政的制度就此开始了。接着，韦拉玖前来告知载有圣剑的飞空艇现在坠落于伊雷斯大陆的深山中，必须抢在雷因法路斯之前找到它，这一任务又落到西古马他们身上，至于韦拉玖则去打探魔剑的下落。
兰狄乌斯和兰方特在前往卡高西斯王国的途中，后者担心自己的逃狱会给卡高西斯王国带来麻烦，兰狄乌斯却说威拉提督对此早有安排。但是，兰方特并不想就此逃亡，他想起管家说自从其兄长死后，父亲就对自己疏远了，兰方特想要找出其原因，兰狄乌斯亦同意帮忙。
输送用飞空艇坠落在伊雷斯大陆东北部马尔加山中，西古马等人乘着韦拉玖提供的飞空艇赶到当地时，发现欧米加也在那里积极地寻找兰古莉莎，一场争夺战就此展开。本话的胜利条件是敌全灭抑或拿到圣剑的人抵达地图下端，失败条件是圣剑被夺且该敌人抵达地图上端。货舱中一共有十间屋子需要调查，其中除了圣剑外还有不少宝物，兰古莉莎则在左边从上往下数第2间屋子内。如果被敌人先夺得圣剑的话，就要马上追击此部队。反之，我方取得圣剑的人亦会遭到敌人的集中攻击，不过大可利用这一点将敌人引诱到你的包围阵中。
战斗结束后，雷因法路斯率领着克利姆索骑士出现，并要西古马交出圣剑。布琳达一见他就火大，说要讨回其杀害她双亲、毁掉她村庄之仇。这时，士兵报告坠落的飞空艇魔动炉起火，有即将爆炸的危险，而且里面尚有许多人未逃脱。雷因法路斯听后，似乎十分关心那些人的安全，急忙赶去救险，布琳达亦紧追其后。众人不知如何是好时，韦拉玖赶来，他了解情况后让西古马他们先行离开，由他负责将布琳达追回来。在飞空艇机首部，雷因法路斯将其他人员全部疏散后，布琳达追上来要与他在这魔动炉的爆炸中同归于尽。万不得以之下，雷因法路斯将布琳达击昏，交给随后赶来的韦拉玖，翩然而去。
昏迷中的布琳达梦见昔日的情景，她从山中回雷库里奥村（レクリオ）后却发现尸横遍地，邻村高塔尔（ゴタ－ル）的村长因雷库里奥的大坝决堤、造成洪水泛滥故赶过来看个究竟，却不料见到这幅惨景。其中有一尚未断气的少妇将怀中幸存的孩子（即Ⅳ代主角兰狄乌斯）以及贤者水晶交给高塔尔村村长，并叮嘱千万不能将那水晶给任何人……
SCENARIO 25 时限
布琳达醒来后，在众人的追问下，韦拉玖说明他们的来历。远在数千年以前，古代魔导王国克利姆索尼亚时代，分为支配阶级和被称为克利姆索兰达的劳动阶级。那时魔导技术异常发达，人们利用其力量制造出许多高科技的机械，但是两级分化却异常严重，支配阶级居住在赤之月克利姆索上，劳动阶级则在其统治下苦不堪言，而且还时时受到魔族的威胁，最终两阶级间的大战爆发了。战争以支配阶级的失败而告终，但是劳动阶级亦付出相当大的代价，世界一片荒芜，繁荣的魔导王国就此覆灭了。
然而，人们所期盼的和平并没有到来。围绕着地球超椭圆轨道上转动的赤之月克利姆索，每200年接近此星球一次，此时两星球散发的能量磁场相互影响，促进混沌之门的活发化，混沌之神卡奥斯从沉睡中惊醒，打开混沌之门将大量的魔族送至地上世界，战乱由此不断……西古马现在所持有的圣剑兰古莉莎，其前身乃昔日大战中劳动阶级制造出的破邪之剑，可惜此破邪之剑并非完成品。不过，成为圣剑兰古莉莎并由光辉之末裔拥有后的破邪之剑，却能发挥出令人意想不到的新力量。
至于真正的破邪之剑，现在被称为阿鲁哈萨托，成为与兰古莉莎对立的魔剑，并且已是魔族中黑暗王子伯赞鲁的象征。魔剑阿鲁哈萨托原本的作用已渐渐为人淡忘，但身为昔日劳动阶级克利姆索兰达后裔的韦拉玖、布琳达他们却不会忘记，真破邪之剑那令人恐怖、绝望的作用棗开启最终兵器的钥匙！因此，韦拉玖他们才会千方百计想要夺得圣剑和魔剑，如果此剑落入知情且具有极大野心的人手中，后果将不堪设想！至于雷因法路斯，乃是200年前赤之月克利姆索接近时降落于此、支配阶级克利姆索的王子！正是他先是欺骗了布琳达的感情，然后杀害了全村的人并让洪水决堤……
韦拉玖将他们的来历、目的一一和盘托出，然后告诉众人他们在艾路萨利亚大陆期间，伊雷斯所发生的事情。阿尔弗列特一听三国同盟之事，立刻拜托大家帮助他去说服被雷因法路斯利用的哥哥阿尔维斯。于是，西古马他们向雷诺路兹地方进发。
兰方特和兰狄乌斯走在通往雷诺路兹地方的山道上，却遭到高鲁多利的阻拦（还记得这位被威拉提督炒鱿鱼的老兄吗？打从“？3 对战”在游戏机房大战一场后，很久没有见到他了）。据高鲁多利所言，他现在是受雇于三国同盟，雷因法路斯的参谋塞洛派他来炸毁通往雷诺路兹的山洞。双方一言不合立刻大打出手，此时西古马一行也赶到，便要在20回合内击败高鲁多利。虽然兰方特和兰狄乌斯距离高鲁多利不远，但并不能靠他们，事实上这两人收拾前来攻击他们的枪、骑兵部队已经很吃力了，而且他们还会特意等西古马他们上山后再攻击。（为什么不可以沿用Ⅳ代的记录呢？如此一来又可以用自己培养的超强兰狄乌斯和兰方特来欺负弱小啦！）说回正题，我军可以兵分两路进攻：走西方宽阔的山道，虽然绕远路但敌人较少且能与兰狄乌斯他们回合，派遣阿尔弗列特和布琳达比较方便；东方的山道路程虽短但地形较狭窄，西古马和玛丽安蒂尔一进攻、一援护，再加上不受地形限制的克拉蕾特在一旁助攻，可以很快解决拦道的敌人。
战斗结束后，众人相互介绍，因为目的一致，故兰方特加入队伍同行，兰狄乌斯则回卡高西斯王国向威拉提督说明情况。
SCENARIO 26 欲望
穿过山洞后众人稍事休息，布琳达一人来到悬崖边眺望山脚下不远处的雷库里奥村，回想起与曾经是恋人的雷因法路斯在此欣赏风景时的情景……西古马此时走过来与布琳达谈心，还没多说几句，高鲁多利又不知从哪儿冒出来还拿着一颗破坏力极大的炸弹，说要与他们同归于尽！危急中，西古马扑上去、抱着高鲁多利和炸弹一同滚落悬崖……
次日清晨，众人四处寻找西古马的踪影却一无所获，布琳达为此而自责。就在这时，西古马摇摇晃晃地出现了，在爆炸的那一瞬间，蕴藏在他体内的所有能力突然增大，总算是因此而捡了条命回来。
一番有惊无险的经历之后，众人侵入阿尔维斯的屋敷，阿尔弗列特本想劝说其兄放弃叛乱之事，谁料阿尔维斯却明知是被雷因法路斯利用，并承认自己毒死了父亲，还狂妄地宣称要制霸全世界！阿尔弗列特见兄长已经自大到无已附加的地步，亦硬起心肠大义灭亲。本次战役又是要两路进军，敌人亦成对称式分布。将附近的敌人歼灭后，建议留四支移动力低的部队在下方，因为当我军走过地图一半位置时，阿尔维斯会放火烧屋并召唤魔物（即下方中央部屋周围的雕像），他自己则逃往中央密道。此时两支往上移动的部队继续追阿尔维斯，而留在下方那四支部队就可以收拾那三队魔枪兵，然后再由中央密道而行，前后夹击阿尔维斯。
将阿尔维斯击倒后，众人安慰阿尔弗列特，他却觉得在与大家一同旅行的这段时间，已经令自己变得坚强，再也不象过去那样只会逃避了。
SCENARIO 27 哀惜
罗休法尔城内，塞洛向雷因法路斯报告雷诺路兹地方已经败北，雷因法路斯却说原本那两个领地就是用来拖延时间的，因此也不必对其抱太大希望。接着，他问“船”事准备如何，塞洛回答船在瓦鲁达街下面，但是那座城并非在罗休法尔军的势力范围内，只能用强夺的方式了。
西古马他们平息了雷诺路兹地方，接下来就轮到兰方特的父亲兰贝尔德统治的撒萨兰多地方了，但是就在他们接近该领地时，在平原上遭到了管家马斯达松的阻拦。这是一场典型的防御战，因为敌人分三波轮番进攻：步兵棗枪兵棗骑兵。我军可以适当地前进，然后利用兵种相克的原理将其攻势一一瓦解。
马斯达松临死前说明兰贝尔德疏远兰方特的原因：昔日兰贝尔德与阿尔弗列特的父亲罗克威尔结伴四处冒险，在最后一次冒险中两人找到了一古代魔法文明遗产，不料却中了该魔法道具的诅咒棗两个家族中的亲人们会自相残杀而死！本来他们对此并不放在心上，但当长子克利方特死亡后，兰贝尔德才发觉诅咒果然应验了，所以他故意疏远兰方特就是不想让自己的孩子再度遭到不幸。至于原本性格温和的阿尔维斯突然变得如此丧心病狂，多半亦是受到诅咒的缘故。布琳达说明古代魔导王国确实曾有具备诅咒能力的魔法道具，解除诅咒的方法必须先拿到该魔法道具才行，但是兰贝尔德已经把那个道具送给宰相拉塞尔了。
在克利姆索兰达的阵营，韦拉玖正为魔剑的去向而一愁不展，此时却又接到报告雷因法路斯正率兵前往瓦鲁达街，韦拉玖大吃一惊，因为在那座城市下埋着巨大的宇宙战舰！
SCENARIO 28 水晶
瓦鲁达街附近，韦拉玖与塞洛展开一场魔动巨兵战，女佣兵们则乘机潜入瓦鲁达街的地下工厂企图破坏宇宙战舰，然而却遇到了雷因法路斯及其部下棗由9人构成的克利姆索尼亚精锐骑士团“克利姆索骑士”！（戴着面具、披着斗篷的克利姆索骑士感觉上有点象《五星物语》中天照的幻象骑士，当然相比之下两者的实力相差太远。）
话说西古马一行来到宰相拉塞尔的屋敷，了解到兰贝尔德曾送于一水晶，看来这就是那魔法道具了。此时，拉塞尔出现并在圣剑兰古莉莎的光芒下显出原形棗魔将军之一变幻的菲拉基娅（フェラキア）。本战的首要目的是保住屋内的水晶不被菲拉基娅破坏，其次是消灭敌人。不过，事实上并没有那么紧张，因为能破坏水晶的只有菲拉基娅一人而已，且其移动速度并不很快，让主角西古马去对付她即可，其余的人则先集中精力收拾下方的敌人。在屋内池塘中央有队水兵作为伏兵出现。
在罗休法尔城，兰贝尔德请求雷因法路斯告诉他破解诅咒的方法。另一边，兰方特也找韦拉玖打听如何解咒。在众人的追问下，韦拉玖不大情愿地告诉他们解咒的唯一方法是受诅咒的家族中一人前往诅咒发动的场所，用自己的生命消去诅咒！兰方特听后立刻前往发掘水晶的古代遗迹，阿尔弗列特亦紧追其后。韦拉玖叫住布琳达，告知她的部下已经全灭于克利姆索骑士的手中。
SCENARIO 29 救出
在古代遗迹内部，阿尔弗列特追上兰方特，他认为兰方特尚有亲人存在，因此让已没有任何亲人的自己去死比较妥当。兰方特却说正因为阿尔弗列特家族仅剩他一人，更不能断其血统。两人争执间，发现兰方特的父亲早已等候在遗迹内，兰贝尔德以自己的生命消除了水晶对两家族的诅咒，临死前还告诉众人雷因法路斯在瓦鲁达街发掘古代遗产……
魔族大本营内，菲拉基娅责问加艾鲁为何圣剑又被光辉之末裔夺走了？加艾鲁推脱那是古洛布的责任，接着菲拉基娅便说他们魔族的目的是赤之月克利姆索，因为那里有混沌之门乃魔族的故乡。
西古马一行离开古代遗迹火速赶往瓦鲁达街，却发现马库雷正一面保护着市民，一面对抗着欧米加的侵入。原来，马库雷他们村庄中的人避难到瓦鲁达街，其中就有他和玛丽安蒂尔的父母。欧米加见到西古马又兴奋起来，甚至让部下去袭击一般市民来激怒主角，不过两名克利姆索骑士就不太认同他的做法。此役必须保护市民安全地离开，共有北、东北、东南三条逃脱路线，北门虽然最远却是最安全的路线，还是让市民从那里脱离比较妥当，不过需要派支步兵队护送，以防受到最上方敌枪兵的攻击。
数回合后，有队枪兵于西南出现，离最下角的那队市民不远，应先安排一支部队等候在此。至于其他人员只要把守住东面两座桥的入口就可以封杀敌人的攻击。途中欧米加会发动其能力令精神能量大幅增加，而他之所以对西古马如此执着，盖因以前西古马和他争夺基扎洛夫第一部下的位置，且他坚信完全改造的自己要比不良品的西古马厉害得多，夺取圣剑兰古莉莎亦非为了雷因法路斯而是为了报答基扎洛夫对其多年的养育之恩。当欧米加战败后，雷因法路斯和7号克利姆索骑士出现在西南方，责问欧米加为何对市民出手，然后下令要捕捉玛丽安蒂尔，其余胆敢反抗他的人等一概诛杀。如果对自己的实力有自信的话，不妨坚持敌全灭的作战方法；反之，还是赶紧脱出此地吧！
战斗结束后，马库雷向市民打听泊里亚村人的下落，得知被带到地下工厂去了，便不听众人的劝阻径直前往瓦鲁达街的地下工厂。西古马他们则商议让四名伙伴在外吸引敌军的注意，让主角和另一名伙伴能潜入教会前的地下入口。
SCENARIO 30 潜入
在地下工厂，塞洛向雷因法路斯报告大气中的玛娜浓度已经到达目标值，计划第一阶段完毕，接下来只要抓住玛丽安蒂尔就能完成第二阶段。至于真破邪之剑的下落已经查明，是在魔族加艾鲁手中，他现在正在调查该剑的来历。雷因法路斯便担心加艾鲁发现最终兵器已是迟早问题。
战斗前玩者要决定带谁一同潜入，笔者选择了玛丽安蒂尔。当消灭了把守地下入口的那队敌兵后，欧米加率领大批部队从民房和教堂中涌现，将西古马他们包围在其中。我方援军要到第7回合才会出现，在此期间只能靠西古马和玛丽安蒂尔两支部队的力量了，建议让西古马带上枪、步兵，玛丽安蒂尔则雇佣幽灵或弓兵，这样就能克制大多数部队，再加上主角的能力应该已经很强，即便只有两人应该也不在话下，危险的时候还可以利用棋盘似的街道来躲避敌人的攻击。
再度击败欧米加后，众人进入地下工厂，却发现雷因法路斯抓住了马库雷和玛丽安蒂尔的母亲为人质，以此要挟玛丽安蒂尔就范。雷因法路斯还对众人说明他的目的，因为其家乡赤之月克利姆索是在超椭圆轨道上运转的，接受不到太阳的照射，也由此产生不了玛娜能量，但是在那里居住的人们维持其生命的冬眠装置需要该能量，所以借着每200年克利姆索接近此星球一次，可以从中吸收必要的玛娜之力。
现在，克利姆索的玛娜能量已经接近枯竭，如果不及时补充大量的玛娜能量，赤之月就会灭亡！雷因法路斯身为克利姆索的王子，肩负着拯救整个民族的重任，为此就算是不择手段也在所不惜。需要玛丽安蒂尔则因为她具有能够与植物沟通的能力，只要她向植物之王世界树祈求，让全世界的植物将玛娜能量提供给克利姆索，雷因法路斯的故乡便能得救。玛丽安蒂尔虽然不忍心坐视克利姆索人步向死亡，但也不愿就此提供玛娜之力令克利姆索强大起来再度统治此星球。苦恼中的玛丽安蒂尔想出自己寻死以求两全的下策，西古马自然不允许她如此自暴自弃，劝她不妨先帮助雷因法路斯，然后大家再同心协力对抗赤之月。
SCENARIO 31 阻止
一片寂静中，少女的祈祷打破沉默，其声音透过大气远远地传送至巨大的世界树内，无数的金色光点自世界各地冉冉升起，组成一道道金色的光束飞射至已经接近这个兰色星球的赤红色月球……
仪式结束后，雷因法路斯按照约定放了玛丽安蒂尔的母亲。雷因法路斯前脚离去，韦拉玖后脚跟进来，他说现在雷因法路斯的军队分散在各地，正是进攻其大本营的大好时机，而雷因法路斯的居城已非罗休法尔，乃美路比尔山中一小城，城池虽小却有魔动装置维持的结界，不先关闭位于城旁湖中小建筑物内制御装置的话，是无法进入城内的。此时，雷因法路斯的参谋塞洛自作主张要驾驶着宇宙战舰去攻打魔族、夺取阿鲁哈萨托。
此役的版图并不大，因此敌人亦比较少，纯粹是在玩时间的一个版面。初期的胜利条件是敌全灭，但当达成这一条件时，又变更成必须打开北面墙上的两个开关。其后，久未露面的埃赞尔大叔率领三支部队于南方出现，胜利条件再度变更为19回合内操作制御装置。因此，在战斗初期要留一手，先选两支移动速度快的部队去打开北墙的开关，另四支部队则于南面入口附近摆好阵势，一俟埃赞尔出现即给他个下马威。
另一边，塞洛开着宇宙战舰将菲拉基娅率领的魔族打得毫无还手之力。胜券在握的塞洛却突然问一旁的操作人员，“佩利亚”现在的位置在哪里？
SCENARIO 32 他律
果然不出所料，正当宇宙战舰完全压制了魔族、菲拉基娅几乎已经认定自己必死无疑时，星空中那幽蓝色的月亮突然放射出巨大的光束，一击便摧毁了庞大的宇宙战舰！塞洛临死前庆幸事先已经将维持必要操作人员以外的士兵们全部降落地面，而且更重要的是没有让雷因法路斯一起跟来是正确的……
在魔族阵营内，死里逃生的菲拉基娅满头雾水，不久加艾鲁的出现解开了她的疑惑，他已经发现阿鲁哈萨托真正的用处以及最终兵器！
西古马一行业已攻入城中与雷因法路斯决一死战，这场战役的初期以快攻为主，因为我军处于包围中，且四周有不少魔法师，因此最好在各部队内都带上两名远程攻击的弓兵，以便在第一时间解决那些讨厌的魔法师，然后再稳扎稳打亦不迟。当我军抵达王座附近，南方入口便会出现我方NPC增援棗艾米莉和兰狄乌斯姐弟。当然，这些NPC都是做做样子增加剧情而已，关键的战斗还是要靠自己。
艾米莉还告诉兰方特一则好消息：女王萝珊茜尔已经知道拉塞尔宰相乃魔族假冒之事，表示大为震惊并恢复兰方特元帅的职位。至于雷因法路斯则非常“死硬”，坚持要西古马他们打败他后方肯回答兰方特的疑问。主角自然是恭敬不如从命啦！
雷因法路斯战败后，韦拉玖扶着重伤的埃赞尔赶到。埃赞尔说明当年是他袭击布琳达的村庄，而雷因法路斯对此却毫不知情！当时，雷因法路斯获得记录了昔日大战时克利姆索兰达军事设施的地图，就保存在雷库里奥村附近。因此，雷因法路斯无意中与布琳达相遇并相恋了。一切以任务为优先而抛弃私情的参谋塞洛（奥贝斯坦的翻版？），认为其主人爱上克利姆索兰达人后就无法硬下心肠对付他们了，便骗雷因法路斯说布琳达已经与同族的韦拉玖有了婚约。而雷因法路斯确实见到布琳达与韦拉玖在一起很开心的样子，自然对塞洛的谎言深信不疑，谁想到布琳达和韦拉玖之间纯粹是兄妹之情呢？之后，为了断绝雷因法路斯和布琳达之间的关系，塞洛命令埃赞尔去袭击雷库里奥村。埃赞尔特意事先将布琳达从村庄中唤出来，然后再血洗该村，导致两人的误解越来越深。
埃赞尔将真相一切都说明后，临死前劝说雷因法路斯无须再如此执着，他已尽了身为克利姆索王子的职责棗拯救了赤之月克利姆索及其人民，这就足够了，实在犯不着去实现先人以及少数人想统治地上的野心，而是应该与地上人共存。至少，亦是身为地上人的埃赞尔就觉得自己能够遇到雷因法路斯，并为他而死是其一生中最满意的事。韦拉玖也表示他们克利姆索兰达一直努力与地上人和平相处着，雷库里奥村就是个例子，那座村庄是克利姆索兰达与地上人共同建立、生活的家园。如果克利姆索放弃征服地上的野心，那么克利姆索兰达也无意挑起争端。埃赞尔的死令雷因法路斯彻底醒悟了，他决定帮助西古马他们拯救这个世界，现在最大的难题就是如何对付掌握在魔族手中的最终兵器佩利亚！
所谓的“最终兵器”佩利亚就是浮在夜空中的那个蓝色月亮！其实佩利亚是处于卫星轨道上的人工天体，具备巨型的魔动炮针对着西古马他们所居住的这个星球。（田中芳树的《七都市物语》？）破邪之剑乃操纵魔动炮的钥匙，主要收集大气中的玛娜之力送往佩利亚。因为过去大战时用尽了地上的玛娜之力，导致千年以上的时间内玛娜枯竭，再加上长年的战争令人口剧减，古代魔法文明就此而灭亡了。
现在佩利亚所具备的玛娜能量只能连续发射三次魔动炮，先前击沉宇宙战舰已经耗费一次，而要控制佩利亚除了魔剑阿鲁哈萨托外，就只有圣剑兰古莉莎了。但是兰古莉莎的前身乃克利姆索兰达制造出的未完成品，因此不能象阿鲁哈萨托那样远程控制，必须进入佩利亚内部方能起作用。并且圣剑所收集的并非纯粹魔力能量玛娜，而是人类的想念能量，想要制御佩利亚必须要集合千人以上的想念方能成功。现在看来唯有夺取魔剑阿路哈萨托这条路可走了，问题是在这段时间内如何阻止佩利亚的魔动炮呢？
雷因法路斯告知最终兵器也是有弱点的，那就是佩利亚看不到的地方是无法攻击的！炮击的目标地域如果被大雪覆盖、或者超过月亮的仰角30度，命中率就会降低许多！韦拉玖立刻想起附近有古代魔法文明的气象制御装置，可以施行人工降雪，而且还残留着维持三日大雪的能量！事不宜迟，西古马一行立刻前往气象制御装置，雷因法路斯让其部下魔动技师跟随，艾米莉和兰狄乌斯则分别回连邦及卡高西斯王国，求得兵力牵制魔族。
SCENARIO 33 天惠
各路人马分别行动，西古马他们则来到古代遗迹，却不料正撞上死人使古洛布，仇人见面分外眼红，更何况这家伙竟然召唤出阿尔弗列特的父亲罗克威尔、兰方特的好友巴鲁克将军（バルク）的尸体！
此役的胜利条件是击败古洛布、或者启动气象制御装置并坚持20回合；败北条件是20回合以内没有启动气象制御装置、魔动技师死亡。因为考虑到魔动技师的安全，所以西古马会让他先回避，在每回合开始时会提示玩者是否要唤出魔动技师。如果你有信心在20回合内将敌人全灭的话，干脆就不要去理睬那位魔动技师，让他到一边凉快去，省得届时还要派人保护他。与古洛布交战就有一点不错：敌人数量够多！因为古洛布会两次召唤被杀的魔物，所以可以借机大升等级。将敌人全灭后，魔动技师启动气象制御装置，天空中飘落洁白的雪花，大地一片银白。
兰狄乌斯和艾米莉各自率领着卡高西斯军和连邦军与魔族激烈地对抗着，兰狄乌斯不愧是Ⅳ代的主角，在单打独斗中轻而易举地赢了菲拉基娅。获知同伴死讯的加艾鲁却一点也不放在心上，原本是人类的他如今再度膨胀的野心将混沌神卡奥斯亦不放在眼里，妄图凭借着最终兵器制霸整个世界！
SCENARIO 34 魔巢
3日的大雪使最终兵器暂时失去效用，西古马他们抓紧时间赶往魔族大本营，要在这期间内将阿鲁哈萨托夺回来。守侯在大本营外的正是死对头古洛布，而加艾鲁知晓西古马他们的到来后，再度启动最终兵器，意欲将圣剑兰古莉莎以及光辉之末裔一网打尽！好在漫天的大雪阻碍了最终兵器的瞄准，白白浪费了一炮。
这一战有一半时间是浪费在行军上的，敌人与我军之间相距一条宽阔的大河，且唯一的通路仅一狭窄的长桥，更恶劣的是当行至将近一半路程时，古洛布会用魔法将桥炸断！如果玛丽安蒂尔和阿尔弗列特已经转到究级职业（“隐士”及“忍者之王”）并拥有传送魔法的话，将会很轻松地完成这一版，反之则需要耐心来一点点磨时间了。敌军的援兵有两次：古洛布炸桥后东方有水兵出现，其后古洛布还会在下方召唤已死的菲拉基娅等三支部队。因为菲拉基娅是在我军后方出现的，所以行军时亦要注意不要让士兵与指挥官脱节。
SCENARIO 35 终焉
西古马一行终于来到了加艾鲁面前，最后的决战开始了。胜利条件是20回合内加艾鲁击破。敌人的数目不少，而且和上一场战役相同，我军与加尔鲁之间的距离很长，光走过去都要花不少时间，更何况还要顾及战斗。如果时间来不及的话，就不要再恋战了，因为下一场战役也就是最后一版是非常简单的，再贪图经验值也没什么意思。但是，如果玛丽安蒂尔和阿尔弗列特仍没有习得传送魔法的话，一定要让他们尽快提升等级。总得来说，这场战斗并没有什么特别之处，只要一面进军、一面杀敌即可。
虽然击败了加尔鲁，但是他在临死前用阿鲁哈萨托给佩利亚下达了最后一个指令：让佩利亚以及克利姆索撞向此星球、毁灭整个世界！（又不是机动战士高达，动不动就用卫星、小行星去撞地球，难道想不出一些更好的方法了吗？）西古马他们回去找雷因法路斯和韦拉玖，制止佩利亚的方法现在只剩下一个棗用克利姆索兰达基地残留的唯一一艘中型宇宙战舰以及其余小型艇，搭载一千人前往佩利亚，然后用圣剑兰古莉莎集合这千人的想念启动佩利亚的自爆装置！西古马却说根本就用不着，因为他被改造后的能力可以发挥巨大的精神力量，虽然只能使用一次，但此时不用更待何时？于是，大家商定由西古马他们乘坐小型艇前往佩利亚，雷因法路斯则驾驶宇宙战舰回克利姆索阻止赤之月的坠落。
SCENARIO 36 希望
出发前夜，西古马想起明天即将是最后亦是最壮烈的一战，因为他没有对任何人提起、也没有任何人知晓他已经发动过一次能力，如果再度发动的话则必死无疑！那么，在临别之前，是否有什么话想对什么人说呢？此时可以选择找哪个伙伴谈心（居然把两位男性伙伴也算进去，真是有够……），如果玛丽安蒂尔、克拉蕾特、布琳达这三位女性对西古马的好感度到达标定值的话，谈心便会转为爱的告白，并影响到结局。假若玩者吃不准哪位女性对你的好感度高，可以先去找兰方特谈心，他会告诉你谁对主角抱有爱意。笔者选定的乃克拉蕾特，她会主动向迟钝的西古马表明自己的心情，并约定当战斗结束后两人再度去各地……新婚旅行？
次日，一切准备停当后，众人往青之月佩利亚进发。当接近这个人工天体时，遭到佩利亚防御装置的炮击，虽然强行着陆，但小型艇不能再启动了。进入佩利亚内部，众人发现中枢部有六条叉道，究竟哪条路是正确的呢？只好大家分头走了，当西古马来到中央控制室，正庆幸自己选择了一条正确的道路时，却发现其余伙伴都中了陷阱被困其中，而防御系统则被启动并放出魔族来吃入侵者！建议将拥有传送魔法的人以及飞兵克拉蕾特配置在离主角最近的位置，可以尽快解救他们。
所幸敌人并不多且移动力有限，当他们走到被困的伙伴身边相信需要一段时间。解救出三个伙伴后，最终兵器制御装置发出感知到新入侵者的警报，原来欧米加竟然也来到此地并依然坚持要与西古马作最后的了断！在布琳达的询问下得知欧米加先躲在雷因法路斯的宇宙战舰内抵达克利姆索，然后再抢了艘小型艇过来，遗憾的是他的小型艇亦被击毁。现在这种紧急情况下，西古马无意与欧米加交战，便建议等世界危机过后回到地上再与其对决。欧米加立刻戳穿西古马的谎言，因为主角已经使用过一次能力，作为失败品的他再度使用能力必定会死！至于拯救世界一事则无须担心，如果西古马战败的话，同样拥有此能力的欧米加可以代替他来制止佩利亚。
激战过后，欧米加再度败给西古马，同意与西古马合力阻止佩利亚的坠落，两人高举起圣剑兰古莉莎，集合众位伙伴们的想念，将自己的精神能量发挥到极点……终于，佩利亚的自爆装置被启动了！然而，西古马和欧米加也倒在地上。此时，韦拉玖赶至将众人带上他的飞空艇，及时离开佩利亚。但是佩利亚爆炸的气流和冲击令飞空艇的导航系统失灵，众人将永远在这茫茫的宇宙中飘荡……
在西古马意识的深渊，响起一苍老但有力的声音，声音的主人乃千年前与破邪之剑合体、成为圣剑兰古莉莎的人--基克哈尔特王（ジ－クハルト），他的灵魂栖息在圣剑中一直审视着这个世界。基克哈尔特出现在西古马面前，本来是想带走他的灵魂（如果没有任何一位女性向主角告白的话，主角就此死亡！），但现在他认为主角已经保护了人们的幸福，现在应该守护自己的幸福才对，否则怎么对得起正在昏迷中西古马身边哭泣的克拉蕾特呢？！基克哈尔特的力量将西古马从死亡的边缘拉了回来，一直守侯在他身边的克拉蕾特破涕为笑，飞空艇亦同时恢复正常并向着他们所居住的星球飞去。雷因法路斯传来消息，克利姆索也已回到轨道并离开，只能200年后再相见了！
平安回到地上的众人，相互告别后开始新的生活。西古马继承了原本属于他们家族的利古里亚领地，并与克拉蕾特结婚，两人的新婚旅行走遍了昔日旧游之地令西古马渐渐恢复了记忆；玛丽安蒂尔致力于和世界树的沟通，并在其帮助下使残留的魔动兵器不再被使用于战争中；克拉蕾特的改革令卡尔萨斯一片繁荣，她本人由民众推举为议会议长，还促进艾路萨利亚大陆与伊雷斯大陆间文化、经济交流，作为一代名君的业绩永留青史；阿尔弗列特继承了雷诺路兹地方，并在兰方特的推荐下成为连邦军的士官，在平息小地方反乱中建立了功勋，最后被任命为连邦王国的将军；布琳达与玛丽安蒂尔一起行动，为了减少克利姆索兰达与地上人两种族间的冲突而做出努力，她经常在夜晚仰望寂静的月亮，盼望着200年后与恋人再度相逢；兰方特恢复连邦军元帅一职后，协助萝珊茜尔女王重现连邦的繁荣，同时还与艾路萨利亚的卡尔萨斯国建立了友好关系，并促进了两个大陆间的交流。然后，传说就此永远流传下去……