我是衡山派大弟子独孤剑，这天正在山上独自练剑。想起师父刘轻舟前些天对我说的话：我的父亲仙剑客当初被人所杀，凶手可能是江湖另一高手飞剑客张风。而师父也暗示我他此行凶多吉少。正在为师父担心时，师弟卢青匆匆跑过来，说师父回来了，不过身受重伤。我急忙往左赶回房里，见师父已经奄奄一息了。临终前，师父交待他是被五色教高手追杀，还要我将山下石头下的血书交给武夷山柳中原，接着又任命我为衡山派的新掌门，说完便归西了。
第二天，带上剑及装备（右下角房间拿灵芝草、布衣；右上角房间拿三年老酒），去烟庐拿了银两，就下山寻找师父所说的血书。从东南面下山后，在东面的树林里找到血书。但刚要拿走，却来了一群杀手要夺血书。可笑，他们哪是我衡山派大掌门的对手啊，三下五除二就把他们给打发了。拿了血书，还是先到东南的武夷山走一趟吧，把血书给柳中原，看到底怎么回事。
往东南一直走就是武夷山。通过山前的猴洞（洞中往上走可得到一些药草，往右是出洞的路），一路上山进入武夷派，向大师兄张林询问过后，得知柳中原已经去了临安城，说是那里发生了奇怪的事（右面房间可拿到“银铁护腕”）。
我记得在来时的路上，药农向我说过往北走就是临安城，那就去找柳中原吧。到了临安城，这里还真是热闹，先去酒楼打听了一下，酒楼掌柜告诉我柳中原已经回去了。上酒楼二楼，打跑江湖败类路达，结识了张如梦。正和他聊起临安城闹采花贼一事，一位老者忽然走来，几句寒暄，原来他是心剑客方勉。但张如梦对他的态度却是不屑一顾。方勉走后，张如梦告诉我，原来我师父的死因就是方勉让其刺杀金国宰相鞑懒，而被人追杀所造成的，所以对当时方勉没有尽力而耿耿于怀。说完这些，张如梦便走了。
那到底师父是不是去杀鞑懒了呢？正在我出神时，一名绿衣女子误认我是她哥哥。误会过后，原来她是张如梦的妹妹，她的美貌打动了我。此时楼下传来采花贼的叫声。我暗叫不好，随即冲下楼去。从掌柜和酒客处得知绿衣女子已被一黑衣人虏走。于是我赶忙到外面打听消息，在酒楼后遇见小叫化小雷，给了他银子，他却留下两句谜语让我猜。幸好我天资聪慧，“春天五人去爬山，爬了一山又一山”就是东方的意思。“伍子胥财宝丢光，孙仲谋痛失江山；两个人结成伴当，直吵得地覆天翻。”伍员去贝为口，吴国失天下也为口，两口加起来就是“吕”字。看来要往东出城只能找守城的吕大人了。从街上打听到吕大人在赌坊，于是便去找他，他倒也爽快，要么打，要么赌。赢了他之后终于拿到了出城令牌。出东门一直走来到海边，正愁没有船过去，恰好有个小子说能带我出海，就给了他10两银子，谁知这小子骗我，算了，救人要紧。找到老王，他却说什么也不肯出海。没有办法我只得出来，一出门就看见那个小骗子，抓住他后，他说出只有城里的贾老实才能说动老王。在城里的客栈找到贾老实，他又开出了条件：要怡春院南宫彩虹的一滴眼泪。没办法，我只能去拿。到了怡春院（酒楼后面），打手蓝老大守着门不让我进去。出来后看见墙边有棵桃树，于是……见到南宫姑娘，她还算通情达理，给了我一滴清水权当眼泪。拿给贾老实后，他果然相信了。在他的吩咐下，老王总算答应出海了。
情节补遗：
1.在酒楼中有个醉郎中，与他说话得知他丢了药方。去城北找陈鹏，他说捡到药方，但卖给了药店。去药店询问，店主要千金藤，之后去碧霞岛带回来给他，得到药方。回酒楼给醉郎中，得到2000两银子。
2.在城西北的房里与七娘说话，再去说服卖艺人旁边的张木匠娶她。之后回到房中，得到“游龙披风”。
3.出城东，在茶肆中结识北国人云笑风，之后去赌坊找吴来讨回银子。回去将银子给云笑风，得到一只“无名护腕”。
4.从碧霞岛回来后去武器铺，问店小二可买到“碧湖宝刀”。在之后长安的武器店，和袁玑子讲话，可学到“碧海神功”。
一上碧霞岛，便涌来采花贼的手下，将他们打败后过桥进入山洞。见采花贼对绿衣女子不轨，于是出手阻拦。将采花贼赶跑后（在路上可找到千金藤），赶紧找老王把姑娘救回临安城。来到码头，老王说天色已晚，只能明早回去。无奈之下只好在山洞里升起火。过了一会儿，绿衣姑娘渐渐醒来。于是我将事情的经过一五一十告诉了她。在向她询问芳名时，她的回答却令我大受打击，原来她是飞剑客张风的女儿张琳心，也就是杀父仇人之女。唉，我真后悔认识她。正在此时，洞后传来阵阵呼救声。我和张琳心进入后洞（东北角），杀光余下的贼人，救下何梅等人。
第二天，我们三人回到临安城外，张琳心告辞而去。而我只好送何梅回临安府的家。在何梅家，何员外问我是否娶她女儿为妻。何梅是不错，可是父亲和师父之仇未报，何来儿女私情呢？我只能谢绝了（选择答应便是结局一）。从何府中拿了一些宝物后，我打算去武夷山找柳中原。刚出城南，就看见张如梦，他为了结上代恩怨出手和我决斗，可惜他不是我的对手。我正要住手，忽然来了一个红衣人，在没有防备的情况下我中了暗器，晕了过去。等到醒来时，发现自己躺在客栈，身上的血书不知去向。下楼向掌柜询问后，得知是张琳心救了我。看来得先去问问张琳心血书的下落。往东北来到张府，守门的家丁说她去了南郊。于是我赶往南郊。出南门就看见张琳心匆匆跑来，果然血书被她拿给了她的父亲张风，之后我只能带着硬要跟随我的张琳心向武夷山走去。
刚到武夷山脚就发现这里已是尸横遍野，赶紧向山上走去。一路杀上山顶，在大殿找到了张林。他告诉我，他师父在武夷山禁地中，让我帮忙相救（殿右方可找到“冲天冠”）。于是我和张琳心又向西北的禁地走去。入禁地往右走，一番恶斗终于杀死杀手头目。但还是来晚了，柳中原已奄奄一息。临死前他对我说，杀手组织的下一个目标可能就是长安的顾枫。看来要及时去通知顾枫才是，可血书还在张风手上。于是我们又回张府，打算先问张风拿血书。走到半路便遇见了张风，看见杀父仇人我当然要报仇，无奈老头子确实厉害，我被他一掌打晕过去。醒来后，拿着张风还给我的血书，打算去临安城向他问个明白。
进城后就看见守城的吕文才又在鱼肉乡里，硬逼着铁铺的段铁匠嫁女送剑。光天化日之下岂能容他，一阵砍杀便将他们解决了。杀死吕文才，我答应段铁匠照顾他的女儿去成都，但还得先陪张琳心回张府看看。原来张风被秦桧诬陷私通金国，家已被抄，只能一路杀进张府。进入殿中，蒋伯告诉张琳心，张风已从秘道离开。往右的房间就是秘道了。进入秘道一直往右走就能出去。刚出秘道就看见张风和南宫灭好像在为《山河社稷图》而争执，眼看张风被南宫灭一掌所伤，张琳心口中叫唤着扑了过去。乘南宫灭不注意时，我和张琳心联手将他打败，可是张风却受伤过重。为了却父仇，他要我杀了他。可是我又怎能对受伤之人下手呢（可选择杀张风，对结局有影响）？在张琳心的劝说下，张风终于道出当年与我父亲赴金国、共患难、乃至之后苦肉计的悲壮故事。时至今日，我才知道张风与父亲那种为国为朋友的英雄气节，实在是令人敬佩。埋葬好张风，我们便往东去渔村和小叫化汇合。到了渔村后，与老王说起段芙蓉的事，回到屋中又劝慰了伤心的段芙蓉，她则以“越女剑”相赠。于是我履行诺言，将段芙蓉送至成都。
告别小叫化和段芙蓉后，我和琳儿来到了华山脚下的石塘镇。向村民打听后往东出村，过吊桥就是华山派了。可是守门的弟子却狗眼看人低，无奈只得回到石塘镇再打听打听。从砍柴的钟大爷处打听到有个叫李三的熟悉华山的路，可是他去了长安城。穿过小镇往北就是长安，还是先打听一下李三的下落吧。问了半天，最后才从城门口卖菜的口中得知，李三由于打抱不平，被金国走狗姚知节抓入了大牢。我听从卖菜人的劝说，打消了杀进大牢救人的念头，还是再打听一下吧。一路走到城北的御酒楼，在酒店的二楼遇到醉醺醺的张如梦。打过招呼后，他便摇摇晃晃地出门了（玩家开始控制张如梦，先走到城外，见到南宫彩虹及神秘男子，之后再回城入妓院，教训姚公子）。我心里觉得不大放心，一路走到妓院，正好看见张如梦教训了恶霸姚公子，好，正好拿他作挡箭牌去救李三。进入城西的府衙地牢放走了李三，并搭救了洞庭天王帮右使杨湖，临走他还给了我块天王令。回到客栈告别张如梦，和琳儿来到石塘镇，李三已在此等候多时了。
再次回到华山脚下，由于有李三指路，我们来到一秤峰。杀完这里的恶雕一直往上走，到达山顶后李三告辞而去。进入华山派大殿，发现顾枫已被其师弟林海所杀，他竟然还诬陷我是金国奸细。幸好方勉出面担保，才免了一场干戈。下得山来，越想越觉得林海不对劲。于是一路跟踪林海的徒弟，调查其中内情。
回长安城进入春花秋月楼，从老鸨口中得知华山派的弟子在楼上。上得二楼正好抓住林海的侄子林对儿。但是他死也不说内情。忽然人影一闪，一个黑衣人站在面前，在他的巧计下，林对儿终于说出了林海的秘密。原来他正是五色教收买的一个堂主，而顾枫也是他害死的。等林对儿说完秘密后，黑衣人留下“盗王盗空天”的名号便飞身而去。为了揭破林海的阴谋，我和琳儿再次来到华山派大殿。狡猾的林海眼看自己无法掩盖，就恶狠狠地向我们扑来。可此时我已武艺大增，他已经不是我的对手了。几个回合后，我终于将这恶人除去。和方勉商量后，血书的下一个名字便是少林无虚大师。于是我从右面通过后山，向少林寺赶去。
数日后，我们赶到了少室山下。一路上山，僧人却不肯告诉我无虚大师在哪里。在右殿前看到元真，答应帮他找被师兄元通拿走的泥人。往左走上坡后，在佛字碑前找到元通，解答他的提问后拿到泥人。还给元真，他说无虚大师在达摩堂的密室里练功。大殿的右面就是达摩堂了，进去之后，琳儿参透墙上的佛偈，无虚大师总算现身。向他说明情况后得知，两天前无虚大师已遭人偷袭，不过贼人并没有成功。但是来人对无虚大师的武功非常熟悉，我想应该是寺内僧人干的。另外，那张血书名单后面余下二人，无虚大师觉得应该是宋军元帅韩世忠和岳飞。
还是先在寺中找一下有没有刺客遗留的痕迹吧。果然，在少林寺的塔林中找到了一个在吃狗肉的假和尚，在琳儿的妙计下，他终于说出了五色教在少林寺安排的奸细。回达摩堂后，我将事情向无虚大师说明。琳儿又生一计，终于引出了刺杀无虚的五色教堂主，原来是无虚的师弟无相。打败无相后，琳儿和我告别无虚，赶往朱仙镇。
来到朱仙镇后，正好听说书先生的“八大锤大闹朱仙镇”。听完后往右出镇，前面有两条路。琳儿说往北是岳元帅大营，往东是韩元帅大营，那就先去韩营吧。到了韩营，守营将士说韩世忠不在营中，只有夫人梁红玉在。幸好琳儿曾经见过她，于是进入大营，向梁红玉说明情况，约好明天再来，而琳儿也认了梁红玉为义母。出韩营后我们又去了岳营，岳元帅同样不在，只见到岳云。向他说明来意后，也约好明天再见。回到镇上，琳儿说想去喝茶，来到茶馆（西南角），正巧见到下山寻找自己的师弟卢青，他还给我带来了“丹心剑”。
第二天一早，我们便又去见岳元帅。他感激我们为他带来了消息。但他又说最近金营出了个小将陆文龙，甚是了得，宋军已连折几阵。副将王佐已化身为“苦人儿”去金营劝说此人归顺。听到此处，我便请命去金营一探。在我的坚持下，岳元帅总算同意了，并给了我两件金人服饰。出宋营从西边的凤凰山绕过去就是金营。一路小心进入金营大帐，正看见王佐在讲忠义故事。为使陆文龙相信自己就是陆登之子，我也拿出了师父的“丹心剑”，原来剑中确实藏有一封血书，记载着当年陆登遗书。陆文龙终于知道自己是陆登之子，于是投奔宋营去了，而我和琳儿则去阻止金兀术和南宫灭运来火炮。出帐一阵恶杀后，在大营中见到金兀术和南宫灭。只是南宫灭武功实在高强，不得已之下，我只能用出“天魔解体大法”，希望能和南宫老贼同归于尽，然而巨大的震力使我昏了过去……
被神秘人救回客栈后，独孤剑已奄奄一息，为了救他，张琳心独自去采集救治良药。此时出现分支情节，可选择长白山或天山，都会影响到后面的结局。
A.长白山（玩家开始控制张琳心）
张琳心到长白山，往右走与张阿生说话，得知取得双头人参有两个方法：一、找参客赵大帽子帮忙；二、去朱海府求药（两个选择都会影响结局）。一直往上走就会看见一间房屋，进去和赵大帽子说话，他说他有双头人参，但要杀掉许大马棒，拿到指南针，然后他才肯相赠。出房往右走有分叉路。往北可去找许大马棒，往东可到朱海府抢参。
B.天山
到天山，一直往西北角走，发现洞窟，进去之后见到雪莲姥姥，将她打败可得到天山雪莲王。
迷迷糊糊中的我总算醒来了，琳儿和我讲了受伤一事，令我对她又多了一份爱意。一晚过后，向掌柜告别，来到码头。王佐将军已等我多时，谈话后得知王佐其实是洞庭天王帮的前使，目的是去暗杀岳元帅，但他被岳元帅的民族气节所折服而未下手。他还希望我能去洞庭天王帮劝说帮主杨瑛打消刺杀岳元帅的念头。这件事我当然义不容辞，临走王佐还告诉我天王帮的口令：“大圣镇番妖”对“天王盖地虎”；“华山三千丈”对“洞庭八百里”。
几个月后，来到洞庭湖畔的湖口村。在茶楼中巧遇张如梦，原来他打探到《山河社稷图》在天王帮手中，可是无法找到线索继续追查下去，只是觉得掌柜龚楷有点问题。忽然我想到了袋中的天王令，何不一试呢？果然，龚楷一见天王令，就开启了屏风后的秘道，但却只肯让我一人前往。沿秘道一直走，从湖畔的莲花处跃下水中（水下的出口在东北方）。对上口令进入天王帮后，在大殿见到了帮主杨瑛，正要向他说明来意，旁边的封玉书却说我是奸细，看来这个封玉书有问题。经杨湖引荐，杨瑛邀我去后花园相商。将事情经过说完后，忽然一团火焰飞来，我急忙将杨瑛扑倒在地，等起身一看，原来杨瑛竟是一美貌女子。她见被我看到，转身就走了。这时杨湖赶来说帮里各处失火，让我去找帮主。在北面的湖边找到杨瑛，在一番劝说下，她答应将《山河社稷图》献给岳元帅。回到她房中正打算拿图，见封玉书在书房找到图正打算逃走。于是合我们二人之力将他打败，不过还是让他带着图逃走了。此图事关国家存亡，我当然不能袖手旁观，于是和杨瑛两人追赶。沿水道返回客栈，发现客栈已发生变故。从桌上的留条得知，原来封玉书杀死龚楷，携图潜逃，琳儿和其兄追他去了成都。
情节补遗：
在湖口村的茶楼中与喝茶人说话之后，同村里的王老五讲话，会得到银子和护腕。之后在天王帮里找到无角龙周旱、无草星阿邦说话，得到护腕。
到了成都后，先到客栈去打听，可是掌柜和店小二却说什么都不知道。出了客栈，杨瑛忽然想起天王帮有个叫贺老四的暗口在这里。在西面的房屋中找到他，他说确实看到有兄妹二人在客栈中住过。那为什么店小二要说谎呢？回到客栈中，店小二已经莫名死去。看来这家客栈有问题。在二楼察看时我看见了地上的纸条，原来是张如梦写给琳儿的，约好四月初五在城北树林见面。既然这样，那我就在客栈暂住一晚再说了。
第二天，和杨瑛来到城北树林，没有见到张家兄妹，反而有一批杀手等着我们。除掉他们后，我才意识到这又是五色教的一个阴谋。回到城中，杨瑛问我谁最可疑，我想应该是贺老四，因为天王帮帮主是女的他怎么会知道？来到贺老四家，杨瑛略施小计他就露出了马脚，但杨瑛下手太重，竟一掌将他打死了。进到里屋，果然发现了真贺老四的尸体，尸体旁边还用血写着一个“口”字。回到客栈向小三问话，发现掌柜又不见了。在城里寻找了一会，果然在东南的塔下发现了掌柜的尸体。这时，天王帮的密探索七前来报告，无意之中听他说贺老四根本不会写字。那么那个“口”到底是什么意思呢？想着想着，不知不觉来到了城外的方员山庄。方员？不就是那个“口”字的意思吗？我便上前拿之前的五色教口令与家丁套话，果然这里就是五色教方勉的老巢。一路杀进里面，刚进入殿中，杨瑛就被毒气熏倒。她让我赶快去找索七拿解药。救人要紧，我赶忙返回城中。刚进城就被一群黑衣杀手围住。他们当然不是我的对手。我在他们的尸体上闻到了一种硝石的味道，好像在哪里闻到过。对了，是铁匠铺！进入铁匠铺我便发现屋中的箱子有动静。打开一看，却是索七，他给了我回回丹，告诉我方勉府中有秘道后便死了。
回到方勉府的五剑堂，发现杨瑛已经不见了。在右墙上却意外发现了5把小剑。依次按下后，秘道开启。秘道的尽头原来是林对儿、封玉书和无相和尚，三人使出“真魔三劫阵”打算制我于死地。幸好我武功高强，总算将他们打死，救下了琳儿，给杨瑛服下解药。我们三人在一起颇觉尴尬，之后杨瑛便说要回天王帮，琳儿也说要找哥哥。跟着琳儿走入树林，看见张如梦和南宫彩虹正在僵持。原来南宫彩虹也是五色教的紫剑堂主。在我和琳儿的支持下，说服了张如梦去追求自己的爱情。
（玩家开始操控张如梦）张如梦一路追到剑门关，总算见到了南宫彩虹。但因为各自的立场不同，无法摆脱刀剑相交的命运。决斗前，两人拜天地结为夫妻，并对天发誓，若南宫彩虹死，张如梦则出家为僧；若张如梦死，南宫彩虹则终身守候坟冢。
分支情节：若有一方死去，另一方便遵守诺言，或为僧，或守坟。若在一定时间内都没死，则两人远赴塞外，成为神仙侠侣，终身为伴。
在这边，我和琳儿则急着赶去向岳元帅报信。来到宋军大营，岳云说父亲已被方勉骗到凤凰山上。于是赶紧和琳儿上山（就是之前绕道去金营的那条路，不过时间只有60秒，最好按住“Shift”键上山，千万不要恋战）。上山后，总算赶上揭穿了方勉的老底，看来一场大战难免。我使出全身武功，终将老儿打败。哪知方勉却是诈死，乘我不备，一掌将琳儿打下山谷。可恨方勉竟然如此歹毒，我和赶来的杨瑛手刃老贼，总算为琳儿报仇了。但琳儿再也不会回来了，想起之前和琳儿的点点滴滴，我不由得沧然泪下。一天一夜过去了，杨瑛过来劝我去泰山参加武林大会，共同抗击外敌。是啊，琳儿虽然已离我而去，但我一定要振作精神，为国为民尽一番事业，这样，琳儿在九泉之下也会含笑的（可选择不去，故事到此结束）。
泰山之巅，武林大会。我一举挫败了罗天强、李啸、小雷及无虚大师，夺得武林盟主。收复中原总算有希望了。在无虚大师的指引下，我登上泰山顶。小雨密密地下着，正在感怀这份凄凉，一把伞遮过来。回眸一看，杨瑛站在雨中。我再也按捺不住心中的爱意，将她深深地搂在怀中……
结局1：在何员外府中与何梅结婚，独孤剑归隐。
结局2：在临安时选择杀张风，则泰山之上成为武林盟主，但杨瑛不会出现。
结局3：选择不杀张风，张如梦和南宫彩虹打成平手，张琳心救独孤剑时选择长白山，杀死方勉后选择不去泰山，则独孤剑终身不娶。
结局4：选择不杀张风，张如梦和南宫彩虹打成平手，张琳心救独孤剑时选择长白山，杀死方勉后选择去泰山，战胜四人，夺得盟主。之后与杨瑛结成连理，生有一女。