Chapter 01 Trial Run - Syndicate Warehouse
　　故事简介
　　当Konoko在TCTF总部完成了训练，就接到了她第一个任务。Griffin要她走到被 Syndicate占领的货仓内，找回他们的密探Chung，因为Chung手上有Syndicate的重要资料，所以Konoko就只身走到了那间货仓。
　　本关的提示
　　由于这关是游戏的开始，所以在这个版图中的敌人不会太强。在这关中Shinatama会不时向玩家发出提示，另外所有被锁上的门都是由一个有图形的控制台，这些控制台是可以把这些门打开，而不用玩家跳来跳去来找的。这些控制台的位置大多都是在房间当中，因这个版图中只有三层，每一屠就只有两个房间，所以只要到每一房中找找，就可以找到。另外在游戏中会出现一些平民，这些平民会给玩家一些回复药和子弹，不要因为他们碍事而把他们杀死。当玩家到了最后的一个货仓时，因为要阻止Syndicate的货车离开，所以这里就开始有时限，玩家就要在三分钟之内，走到第三层上，在那里会有一个画了有起重机的控制台，使用控制台之后，就会自动过关。
　　Chapter 02 Engines of Evil - Manufacturing Plant
　　故事简介
　　当Konoko完成了在货仓的任务之后，她就照住在Chung尸体旁的记录器的资料，走到了一间研究和开发新型机器的工厂，但当她们到达时，Syndicate的人已经占领了那间工厂，原来记录器的资料已经被Syndicate改了，现在Konoko又身处危机之中。
　　本关的提示
　　当看完本关的画面之后，玩家就要即时面对三个敌人，但玩家也有两个电脑来帮助战斗，但三个敌人中，有一个是有轻机枪的，所以要先把他的枪打掉，喜欢的话可以先拿了他的枪才继续战斗，另外由于帮玩家的两个TCTF人员是比敌人弱，但他们的生死是不会影响游戏发展，所以可以不用帮他们战斗也可。另外当玩家到了一些有红外线探测器时，千万不要碰到他们，因为在附近的炮台会向玩家开炮。当玩家见到了一个科学家在一个房间中被Syndicate的人攻击时，快艇上前救他，这时他就会向Konoko讲道 Syndicate开动了他所发明的Deadly Brain，现在Deadly Brain处于失控状态，所以要求Konoko帮他关闭Deadly Brain，这时只要走到下一层，就会见到Deadly Brain的房间，而关闭Deadly Brain的方法就是把在Deadly Brain四方的控制台关闭三次，但要小心红外线探测器。关闭了Deadly Brain之后就可以过关。
　　Chapter 03 Puzzle Pieces - Bio-Research Lab
　　故事简介
　　当Konoko在工厂和Syndicate的人战斗时，另一班Syndicate已经在攻击在市中一间生化研究中心，所以Konoko第一时间就前往生化研究中心，当她到达时，在门口等待他的竟然是Syndicate的改造人Barabas，面对如此强劲的敌人，Konoko又如何应付呢？
　　本关的提示
　　Barabas是本关的头目，而他手上所便用的大炮「Wave Motion Cannon」攻击力是十分之高，所以一开始玩家就要利用接近战术，把他手上的「Wave Motion Cannon」打掉，当然玩家也可以使用这一支「Wave Motion Cannon」，但当使用时，玩家的移动力会大大下降，所以用的时候要和他保持一段距离。另外当他的体力下降到一定的水平时，他就会原地不动，这时也会有很多橙色的光点，这个状态就是他开始帮自己回复能源，当然不要放过这个打他的机会，来一下重击把他击倒把。击倒了Barabas之后，就向大闸的左方走去，之后玩家会在每一层中见到一个控制台，打开他们就可以开启最高层的大门。当玩家到了有一个很大的水池时要小心，其一在这里的敌人大多都有枪，其二就是小心不要掉下水中，掉到水中会即时死亡的，到了最低层时，把大闸的锁开了之后，就在下面跳到大闸，过了大闸之后就可以过关。
　　Chapter 04 Tiger by the Tail - Airport Assault
　　故事简介
　　由于Syndicate要把在化研究中心所里偷取的东西运走，所以他们已经有人在攻击机场，先在现场造成混乱，方便他们的货车离开，当Konoko到达机场时，刚巧见到了他们的首领 Muto，但由于机场已经被Syndicate占领，所以Konoko这次要追捕Muto真是十分有难度。
　　本关的提示
　　这一关中的难度比上一关的来得容易，但要注意的是大部份的敌人都是有武器的，而且敌人的生命值比以往的高，敌人数目就不用多说。但玩家会发现在这关中，有不少的机场人员会和Syndicate的人互相战斗，玩家可以利用一下这些机场人员，而且当战斗结束之后，他们更会把他们身上的回复药或弹药给玩家的，所以帮助他们不是一件坏事。
　　Chapter 05 Hot Pursuit - Airport Cargo Hangars
　　故事简介
　　为了追Muto，Konoko打通了往飞机库的路，当她到了飞机库时……。
　　本关的提示
　　在开始时会有一个机场工人被一个Syndicate的军人攻击，玩家救不救他就自己喜欢，但要在那个军人把他手上「SML3 Plasma Rifle」子弹用完之前救他，不然救那个人也没有意思，把枪拿到手就向前方走，在这个有两层的地方中，会有一个开启第一层的门的控制台，把控制台找出把门打开吧。当玩家到了屋顶，在这里玩家可以用「SML3 Plasma Rifle」在远距离把敌人消灭，走到屋顶的尽头，会见到有一条可往下走的楼梯，先走到下面，在地面走回两间建筑物的中间就会见到一个控制台，使用了控制台之后走回屋顶，上面原本有一个锁了的门，现在就会开了。当玩家到了两个大货仓之后，这就是本关的尾声，只要过了大货仓就会见到了飞机，只要玩家走到飞机上方，便会见到有一个黄色的圆形，只要走到圆形上就会过关。
　　Chapter 06 Counterattack - TCTF Headquarters
　　故事简介
　　由于Muto知道Konoko的所有行动都是被TCTF的人监视，所以他们便向TCTF的总部展开攻击，所以Konoko就立即回到总部帮手，但Muto的目标不是TCTF的资料，而是另有其人。
　　本关的提示
　　玩家要由停车场出发，回到TCTF总部主大楼，但主大楼中已经充满敌人，而且有部份门是锁了的，所以要在每一层中的房间找出门锁的控制台，并且记得要向其他人问一下情报，其中一个像修理工人的平民会给玩家一个道具，这个道具是过关的必要工具。当到了TCTF总部的屋顶时，玩家又要和Barabas战斗，这一次要注意的，是不要给他的冲击波打到飞出大厦外，只要利用之前的战术就可以取胜。
　　Chapter 07 A friend in need - Atmospheric Conversion Center
　　故事简介
　　由于Shinatama被Syndicate捉走了，所以Konoko为了救回她的朋友，而决定一个人前去救援。
　　本关的提示
　　在这一关中，玩家先要留意的事就是要小心掉到地上，因为玩家身处的地方是离地十分之高，一掉下去就可以按Ese回到主选单Load存档，所以战斗时要小心小心。另外当玩家到了外面有一条光柱的房间内时，会发现有一个可关闭光柱上能量的控制台，把光柱上的能量关上，再打破玻璃走到光柱上，这样就可以过到对面。在见到第二条光柱时，玩定会见到在左面有一个平台，今次玩家就要走到那个平台上，因为如果直行的话是没有路
　　Chapter 08 An Innocent Life - Atmospheric Conversion Center
　　故事简介
　　Konoko终于到处了Shinatama的所在地，但当她见到Shinatama时有一件出人意表的事情发生。
　　本关的提示
　　当玩家过了两个机房时，就会在前面的左角上找到Shinatama，当见到Shinatama时， Shinatama讲了一些有关Konoko的事给Konoko知，因此Griffin决定要把Shinatama毁灭，他开启了Shinatama的自爆装置，所以玩家要在30秒内走到在上面的房间　上了楼梯就会在右面见到门　。
　　Chapter 09 Truth And Consequences - Regional State Building
　　故事简介
　　由于在上次的事件Konoko成为了通缉犯，但Konoko依然想知道她的身世资料，所以她就前住Regional State Building，但看来有人比她先来一步。
　　本关的提示
　　这一关比以往的烦，因为要在每一层中找出另一层的门锁之外，更要走上走落，因为上到最高层的屋顶时，又要走回第一层，走到地低的地下室，由地下室走到在建筑物的另一面，另外这里的红外线探测器都十分之多，其余的都不大有问题。
　　Chapter 10 Cat and Mouse - Rooftops
　　故事简介
　　在Regional State Building见到了的黑色忍者究竟是谁，他又为何要拿Konoko的资料呢？为了找出这些秘密Konoko就展开了屋顶追逐战。
　　本关的提示
　　在这一关中，由于是在屋顶上，所以由屋顶跳到另一个屋顶的情况十分之多，而且有些距离都十分之远，所以要善用回转跳跃来帮助自己，当和最后的黑色忍者对决时，他不时会使用 Teleport来回避攻击，而且他也会使出必杀技和隐形，但当他使用Teleport时会有空档的时间，玩家可以利用这个机会攻击他。
　　Chapter 11 Dream Diver - Dr. Hasegawr’s Lab
　　故事简介
　　拿回了光碟的Konoko，去到自己父亲的研究室内，当她看完有那光碟之后，Muto突然在研究室出现，但为何Muto会出现在这里呢？
　　本关的提示
　　一开始玩家就要对付Muto，上前把他打败之后，就会见到Shinatama叫Konoko跟随她，但玩家会见到在前面有一些细小的敌人，因为他们比较细，所以要用下段攻击来攻击他们，当他们其中一个倒下，其余的就会逃跑，不用追他们，向左面的路走去会上到一个房间，里面有两个隐形的敌人，因为他们隐形了形，而且背景又十分不清楚，所以把他们击倒要花一花眼力，击倒他们之后，就由房中右面的门离开房间。在本关的最后部份，玩家要面对的是 Konoko自己，而且她的攻击招式是和玩家的一样的。如果当生命值不多时，场中会找到一上回复药，可用来帮保一下。
　　Chapter 12 Sins of the Father - TCTF Science Prison #112
　　故事简介
　　原来之前见到的所有东西都是梦，由于Konoko想知道自己更多的东西，所以她就前往 TCTF的科学家监狱中，去找Kerr来问个究竟。
　　本关的提示
　　在一开始，玩家就要面对一排红外线探测器，而且这里的炮台是可以在三炮之外把Konoko 杀死，幸好的是每一排红外线探测器之间都有空隙，这一个对玩家是十分大的帮助。当过了探测器阵次后，就会到了开门锁的时间　又是控制台　。玩完门锁就会见到Kerr，他便会叫 Konoko到他的实验室中，实验室的门锁就在见到Kerr的房间内。
　　Chapter 13 Phoenix Rising - TCTF Headquarters
　　故事简介
　　Konoko知道自己的身世之后，她就决定走回TCTF的总部找Griffin，要他给自己一个会理的答案，但当见到Griffin时，他竟然逃走，为了追他所以Konoko又要深入总部内。
　　本关的提示
　　在这一关玩家都应该都比例熟悉，因为在之前都已经玩过，但有一点要留意的是，在这一关的敌人是比以往的多，被围攻的情况经常出现，另外在每一层中都有一个门锁的控制台，所以记得按了他们。在最后，大家会见到Shinatama，Griffin竟然把她改造成Deadly Brain 一样的电脑，对付Shinatama的方法和对付Deadly Brain一样，但Shinatama的红外线探测器比Deadly Brain多，这点要小心。打败了Shinatama之后，玩家就可以选举杀不杀 Griffin的。　在最后会出现不同的头目　
　　Chapter 14 Dawn of the Chrysalis - Syndicate mountain Compound
　　故事简介
　　Konoko来到了Syndicate的基地内，她决定要和Muto来一个了断，这也是她的最后一战。
　　本关的提示
　　在这一关的开始就会有一个隐形的道具，这可以避开在基地门口的敌人，成功走到基地内就可。之后只要平时的方式去玩，即是见控制台就按，直到见到头目。
　　如果没有杀Griffin的情况
　　如果在之前的一关没有杀Griffin的话，Griffin就会在Konoko和Muto作最后对决时出现，而Muto是没有甚么特别的改变，他只会有两个敌人在后面帮他。
　　杀死了Griffin的情况
　　如果在之前的一关杀了Griffin的话，当和Muto对决时，Muto就会变成怪物，当他的身体在发光时，Muto是刀枪不入的，而且他的力量十分强，只要玩家在他没有发光时攻击他便可以把他击倒。