威尼斯篇：
为了完成丕平首相的任务，一开始主人公塞特就在威尼斯的酒吧收集情报，询问那些能够把他带往东方的阿拉伯人的下落 → 在城中收集情报，得知阿拉伯人被关在教堂里（顺便四处溜达一番和买些回复道具，因为战斗马上就要开始了） → 和教堂旁边的小孩对话，得到有关进入教堂密道的消息 → 在墓园的左上方打开通道的开关 → 在通道的尽头处解决掉一头怪物然后进入教堂 → 教堂两旁的塔顶均有机关，全部打开后在教堂大厅会出现通往地下室的暗道 → 地下室是一个关押囚犯的监牢，解救了里面的人犯后得知阿拉伯人被捉往广场处死 → 在监牢的右边找到水，可以解救左方房间的一位老人 → 老人把塞特带到大厅，硬是要送他一份礼物，而那份"厚礼"就是游戏的女主角--"可爱"的女恶魔妮可 → 和妮可一起到广场解救将被处火刑的阿拉伯人，过程中受到塞特朋友兼情敌--麦尔斯的阻挠，结果阿拉伯人是救了，但妮可却把塞特的梦中情人莉莲给电了个半死 → 把莉莲安置到南岸的海洞中后，得知出海的必需品--航海图藏在西北方的修道院里面 → 从修道院右方的门进入，妮可会为赛特引见魔界商人 → 打开石柱上的机关，可以解救被关押在左右两个牢房里的人们 → 继续深入，一番波折后来到院长所在的房间，打倒院长后得航海图和六芒星阵，从此能够使用炼妖的能力 → 在修道院门前再次和麦尔斯相遇，妮可召唤出强大的炎魔神姆斯比尔，结果……苏醒后，前往海盗的秘密洞穴解救因找寻物资而被困的阿丹等人，和洞里的弑肉妖一翻恶斗之后，终于可以齐集物资出海远航了，目的地自然是位于大海彼方的阿拉伯……
相关支线剧情和隐藏秘密：
1.威尼斯广场的大钟连敲20下，可得到DOMO小组的武器"绝情猫袖箭"。
2.一个叫尤金的人叫你打听桥对岸的蒙妮卡送黄色郁金香的意思，打听后回来转告可得结累葡萄。
3.住宅区一个叫陶德的老伯要买珍珠，找到名为派恩的人却说珍珠在妻子里，在威尼斯广场以南出口附近的右方有一条窄巷，尽头右边的民居可买到珍珠，给陶德可得50枚银币和药草。
4.珠宝商布尔诺想买红宝石，到护民官家右边第二与第三间民居之间的窄巷尽头找到波斯商人西鲁士，购买红宝石戒指给布尔诺可得棉布衣。
5.河畔船旁最右边的民居一位老伯想打听出外做生意侄子的消息，出威尼斯往东北走到法兰克关隘，路口的青年便是老伯的侄子，和他谈话并将消息告诉老伯可得100 枚银币，再回去见其侄子可或无酵饼。
6.墓园中妇人的问题答案是7 份，依次是4 、 2、 1 。答对得两棵药草和100 枚银币。
7.墓园最右上方的墓，上面数学家问题的答案是84，再调查坟墓可得玫瑰，到教堂正中的蜡烛架和舞台两边的画均可找到物品。
8.修道院中的宝箱打开方法：地面的音符如图，依次按533 422 1234555 得还魂丸另一宝箱的开法是依次按1155665 4433221。
9.修道院中四根柱子右上方的是开关，救洽西丰与贝丝可得钥匙，可打开威尼斯河畔船旁左边第二间民居原来锁着的房间门，里面有件厉害的法宝。
10. 在威尼斯民宅区若看到很多狗围在一起讨论，得知墓园某墓旁的石块里有空白纸符。
移动岛篇：
风和日丽的海上美景还没来得及欣赏，麻烦的事情又接踵而来，海盗船似乎被海军发现了行踪，几艘战舰快速追来 → 短兵相接后，竟发现"追兵"们在自相残杀，塞特认为必须调查一下 → 在左方的船上可以找到威尼斯的护民官，得知他们战斗的目的后，护民官会邀请塞特帮助他，这里无论玩家如何选择，对以后的剧情没有影响 → 在最左方的船上遇到黑教士--康那里士，这家伙竟然从大海中升起了一座岛屿，然后带着战败的法兰克人逃到了里面 → 众人一路追踪到岛屿的中心城堡，为了大家的安全起见，塞特决定只身进入城堡 → 城堡的大厅有旅店和商店，可以先在这里补给一下；进入大厅左方的门，之后继续探索，可在四楼找到康那里士和麦尔斯等人 → 康那里士劫持了莉莲，正在准备一个非常邪恶的仪式，而麦尔斯将会协助塞特对付这个恶魔 → 虽然打倒了康那里士，但莉莲已经回天乏术…… → 出城堡，到门外和护民官对话，然后回到城堡大厅，发现大厅右边那扇门已经打开，进去后在花园里找到麦尔斯 → 妮可找到了几尊奇怪的雕像，它们竟然是岛上的守护精灵，还说妮可是主人 → 精灵们拥有让岛屿移动的能力，但必须要塞特接受两个考验 → 第一个考验相当轻松，是到城堡二楼的大厅取冥海神石，负责守护宝物的怪物弱得很，很快就解决了 → 带着宝物回到石像那里，塞特的特殊能力被引发，而第二的考验就是回到过去拯救塞特自己，接下来的就是与姆斯比尔的一场恶战 → 通过两个考验后，石像们终于答应移动岛屿。
几个月平静地过去了……某一天，海面上忽然出现了巨大的不明物体，塞特应石像们的要求到城堡2楼的了望台去调查一下，在大厅向哈伦借了一个水晶镜，来到了望台发现一座大冰山已经和移动岛撞上了，另外还有几艘舰艇在岛上登陆 → 石像告诉赛特冰山是蓝人的巢穴，此时，蓝人们已经疯狂地冲进来，并把塞特和妮可以外的同伴都冰封了 → 解救同伴的方法是找到冰山的主人--蓝魔神，在大厅清理掉四处乱跑的蓝人后，塞特马上向冰山出发（最好在大厅的商人处买两件抗冰高达80%的貂皮衣，因为冰山内的敌人绝大部分为冰属性）→ 塞特发现刚才的舰队原来是阿拉伯海军，而他们已经向冰山发动了攻势，但似乎中了蓝人的圈套，被困在里面了 → 在洞穴的某处发现了海神的石像，原来它是城堡花园中的主石像，把它带回移动岛，四个石像就会以火山的威力把冰山轰出一个大洞 → 赶回冰山，进入被炸开的洞口，继续深入会找到海军的女首领薇达，同时蓝魔神也出现了，战胜她后，妮可会因吃醋离开，而岛上的石像则以为塞特欺负它们的主人，再次向冰山发动猛攻，赛特必须带着薇达在5分钟内逃脱，否则就会变成阿拉伯海域的铁达尼号事件……回到岛上，不想蓝魔神也跟着来了，和她进行两轮决斗后石像们把她封印起来，但移动岛也不能前进了，薇达邀请塞特坐她的船回阿拉伯，塞特爽快地答应了。
相关支线剧情和隐藏秘密：
1.移动岛东北方有一隐藏洞穴，内有300 枚银币和银笛等物品。另外如果身上有牛头鱼和妖猫两种怪物（在洞内捕获），那么洞穴最深处箱子里的阿高司就会成为你的护驾（注意，要在石像轰击冰山前去那里，否则洞口会被封闭）。
2.移动岛上有两只船，右边的船左上方有一隐藏入口，船舱内的宝箱、柜子、罐子都有厉害的东西。
阿拉伯篇：
一行人从小镇的港口登陆，分散行动后薇达带着塞特来到了沙漠之都大马士革 → 疯狂购物一番后，从城东的占卜师那里得到塞特要找的智者--肯迪大师的情报 → 出城后穿越叙利亚森林，再往东就可到达肯迪大师的住所 → 得到大师已辞世的消息，但他的孙子小肯迪居然也是博学多才之人，塞特决定留在这里学习。
某日，执政官麦尔丹带着一群士兵，野蛮地闯入了肯迪家并乱搜一通，目的是一张记载着某个恶魔封印地点的秘密地图。为了薇达部队和百姓的安全，赛特和小肯迪出发前往培德莫尔--封印恶魔的地点 → 进入陵墓后，麦尔丹那家伙竟然威胁两人找机关，其实机关就在黄色的那块砖头里，门很快就打开了 → 接下来的机关比较复杂，对黄道十二宫属性不了解的朋友要耐心听小肯迪的讲解，只要每次按下同一属性的四个符号，相应属性的门就会打开，而当打开水、火、地、风四室里面的黄色机关后，中间的天之门就会自动打开 → 在陵墓的深处，塞特们找到了传说中的"恶魔"--人畜无害的爱之精灵卡玛和她的爱猫安卡 → 麦尔丹得到应有的报应后，在出口处和撒旦的部下鬼猴王干了一仗（风属性的攻击比较有效），随后卡玛也加入到队伍中来，从此妮可又多了一个吵嘴的伙伴和一只会飞宠物。
离开陵墓，突然发现在沙漠中出现一道诡异的血光，众人前往查看，发现那里已经是尸横遍野，从莫雷口中得知薇达处于险景的消息后，塞特决定进入魔法阵内救人 魔法阵原来是前往魔界的通道，这里的"景致"异常恐怖，干掉了洞口的吃人妖后，大家继续往深处前进 → 在尽头处再次遇见康那里士，他更布下陷阱把众人关押起来 → 薇达出现解救了大家，然后继续追寻康那里士的下落 → 在魔界的商店街补充物资和记录后，再往前走就会找到正准备对麦尔斯施加妖术的康那里士，在这里康那里士会化身为恐怖之王（HP很高的怪物，小心其暗属性的攻击，卡玛的光属性魔法能够起较大的作用）挑战塞特 → 一场激斗后，终于撂倒了这个难看的家伙……
从康那里士留下的魔法阵可以来到大马士革的清真寺，塞特等人发现王宫发生了异变 → 在宫殿门口，得到里面出现了妖怪的情报 → 王宫的通道中，遇见了唐国僧人慧彦，这里无论如何攻击对他都不起作用，等几个回合自然有剧情发生 → 唐国使节黄雷和真正的怪物--机关兽出现 → 在知道的来意后，塞特帮助他一同消灭了机关兽（火攻比较见效），但在王宫的深处最终还是让黄雷逃脱了 → 之后在肯迪的家中，塞特向慧彦法师学习中国文化和武术，并学会了新的必杀技。
相关支线剧情和隐藏秘密：
1.民宅中三人分珠宝问题的答案是9 、6 、2 ，答对得薰衣。
2.大马士革有位女子即将嫁人的，反复与她交谈可增加经验值。
3.在其中一间民房里一个叫阿里的人让你看着家里的宝物（全是好东西），不答应拿不了，答应会有几种情况：（一）趁其不在拿东西，离开时被逼全数交还。（二）答应但马上离开也一件都没有。（三）答应并等阿里回来可得到其中一件。（四）答应但趁其不在时，将宝箱里可以吃的吃掉，可以装备的装备上就能……
4.拍卖会后与主持交谈可以1500枚银币购买中国剑，不要将此剑卖掉。
5.出大马士革，在东南方的叙利亚森林见到祖旺，给他一瓶回复剂得到魔晶矿A。回大马士革初次见辜露的地方对面的屋子（看不见门），用封印之剑换取辜露的自由，祖旺出现相赠神驼靴。
巴格达篇：
很快，几个月的时间过去了，塞特决定和慧彦一同前往中国以学习王道，临走的时候和薇达干了一架，打赢后她终于答应让塞特离去 → 经过沙漠后向东走，沿丝绸之路可到达另外一个沙漠城市--巴格达 → 在旅店打探情报后，可往军营找石国王子 → 等待一番（5分钟）后，得知只有找到暗黑修罗帖才能证明自己的实力（也可以在之前直接去北方山洞拿） → 很容易就得到了暗黑修罗帖，但王子竟然不相信，硬是找了几个大汉来测试塞特 → 战胜后，进入帐篷内再次和麦尔斯见面，慧彦提出前往唐军阵中请求退兵，但受到麦尔斯的阻拦，过程中赛特被麦尔斯用撒旦系的黑魔法击伤 → 醒来的时候塞特发现自己身处沙漠的绿洲，原来是慧彦抓了石国王子做人质以让大家逃脱 → 绿洲上出现了一个幻影石国，而石国王子也突然失踪，大家在右边的水井里发现了一条通道 → 穿越地下迷宫，在尽头处找到了石国王子，其后妖怪蜃楼王出现 → 解救王子后众人继续向中国边境前进，在怛罗斯遇到了黄雷和他的士兵们，原来他们正在此地埋伏，等待把前来的大食军队一举歼灭 → 刚打败了机关兽，大食和唐军的激战就发生了 → 战场上的形势几番变化，慧彦让赛特带石国王子往山上逃，自己则以一己之力试图阻止两军混战，但其后唐军大败，而慧彦为了掩护撤退中的唐军大破杀戒，最后英勇阵亡……
薇达找到了塞特一行人，并把他们带回波斯……当塞特再次醒来时，竟然发现一切发生了巨大的变化，五年的光景已经过去，薇达成了塞特的妻子，而塞特自己则做了当时波斯的最高执政官，就连蓝魔神和姆斯比尔这样的强者也对他俯首称臣 → 在大厅见到麦尔斯后，塞特迷迷糊糊地决定出兵攻打中国 → 大军在穿越怛罗斯时，慧彦的魂魄突然出现，使赛特突然觉悟，慧彦把他带往天山找一个重要的人 → 通往天山的路上，塞特受到了麦尔斯等人以友情、爱情甚至武力的诱惑与阻挠，但最终都不能动摇塞特的决心 → 在轩辕剑仙的帮助下，塞特收服了幕后黑手--蜃楼王，但他同时也了解到，如果不阻止前往破坏王道的麦尔斯，那么这五年的幻景将会是他们的未来 → 轩辕剑仙为塞特引见了慧彦的真身，唐朝的开国功臣--仙人李靖，以后李靖将会带领塞特前往充满神秘色彩的中国……
相关支线剧情和隐藏秘密：
1.某军营一军官说军刀被盗给你200 枚银币买来，出门听两小孩对话，得知刀藏在骆驼旁的草丛里，给军官可得到100 枚银币。（画面左边第二个帐幕内的兵器架上也可免费找到一把弯刀）
2.某帐幕前再遇大马士革拍卖女奴的人，会以3000枚银币收购你的中国剑，最好不要卖给他，以后此剑在长安可冶炼成名剑"鱼肠"。
3.天山密道密云处可找到"鬼云"一片。
中国篇：
按照李靖的提示在长安西市的南方找到白连仪 → 为了把慧彦的舍利子安置好，塞特准备先往少林寺一趟 → 在少林门口见到悟缘，他得知赛特的身份后，执意要塞特过木人巷进少林 → 木人巷有三条通道可走，分别可以得到不同的宝物，玩家可以随意选择 → 出巷后，悟缘安置好舍利子，就忙着去洛阳找黑坛教教徒黄八，塞特闲来无事，自然也跟着去了 → 在洛阳的怡春院（左下方的房子）里得到黄八去了长安西市的情报 → 回到长安西市的杜康居，得知发生了杀人事件，另外案犯黄八逃到了旧长安废墟 → 进入长安附近的汉安废墟，沿途注意收集硝石、硫磺、炭粉和竹筒四种物品，以后有用。一番搜索后找到黄八，干掉这个没良心的家伙后，回程途中碰上了王思月 → 回到长安，在老古的杂货店那里请他用硝石、硫磺、炭粉和竹筒制作出炸药，再回废墟把那个可疑的洞口轰开，里面竟然发现了康那里士和由人骨组成的反曼陀罗阵 → 悟缘的意志力薄弱，被康那里士变成了怪物，不过打败他后就可以恢复 → 王思月把大家带到了她的家，在那里见过了王善人和慧荣大师 → 一番剧情的交代后，晚上黄雷突然出现，在打败他的新型机关兽后，黄雷竟然炸毁了王善人的家，万幸的是王思月能够幸免 → 把王思月安置在白家后，老白答应带赛特去见皇上 → 第二天，在朱鹊门前的守卫口中得知皇帝去了骊山搞送别会 → 骊山的位置在长安东面，白大人进去后，塞特可以先四处走走 → 从卫兵左边的小路进去，在树林里遇见了黑坛教教主雨丹子（战斗中要小心他的毒攻击） → 摆平这东西后，塞特得到了唐王的接见，并认识了东瀛的林明 → 回白府，得知王思月被黑坛教抓走，塞特马上前往洛阳的黑坛教总坛救人 → 在总坛的塔门前遇大侠张客，他也会加入协助塞特 → 在塔的一楼找到齐圆珠、二楼找到太极图和天扇后就可以打开通往三楼的机关 → 四楼的开关要借助两个机关人来打开，而操纵他们的两张控尸符在解签架上，重复几次到签筒里抽签，然后到解签架解签即可得到 → 塔顶找到雨丹子和被控制的王思月，和王思月打不用浪费精力，死撑几回合后张客会叫狮子镇邪破妖法 → 打败雨丹子后，塞特把它也收进了炼妖壶 → 带王思月回白家后，和林明一起夜闯东平郡王府 → 通过传送点来到三楼，救出被石化的慧荣和张客，并且打败了再次出现的康那里士 → 继续搜索，找出了军令书和起兵计划书 → 通过黄雷（这坏蛋死得好冤枉，哈哈）的房间进入暗门 → 穿过密道来到王宫，再次见到了唐玄宗，虽然慧荣以死谏国，但情况竟变得不可收拾，最后连塞特也被撒旦化的麦尔斯所杀 → 几年后，四处流离的塞特灵魂遇到诗人李白 → 轩辕剑仙把塞特召唤回来，并帮他重新塑造了肉身，塞特身世的迷也在与剑仙和大天使米勒加的对话中得到解答 → 为了对付即将利用反曼陀罗阵破坏世界均衡的撒旦，得到轩辕剑相助的塞特齐集以前曾经并肩作战的同伴们，再次前往长安废墟并向撒旦发起了最后的决战，而这场惊天动地的激战将会影响整个世界的未来……
相关支线剧情和隐藏秘密：
1.长安和洛阳各有一间店铺收集魔晶矿和机械设计图。魔晶矿在长安可换名剑"莫邪"，在洛阳可换提高各种魔法属性防御的防具，机械设计图在长安和洛阳可换不同的召唤机械兽，但魔晶矿和机械设计图只能在同一地方换取物品。魔晶矿共ABCD四块，除A在叙利亚森林的分支剧情中外，其他均可在迷宫宝箱或与主线剧情角色战斗后获得。机械设计图共六份，分别在天山的宝箱、长安的兰格律、第一次进入旧长安废墟、少林寺的木人巷、在王大善人家战胜黄雷的机械兽和第二次进入旧长安废墟。
2.洛阳中有一名叫王老五的可以为你铸四极皇霸刀，但先要找齐四把名刀。蓝牙在天山山脚的石拱门旁、阎天在洛阳的道观、绿痕在安禄山宅中、而红叶则在第二次进入旧长安废墟的宝箱内。
3.安禄山宅中的风神和雷神需要乾坤袋和雷神锤解救。乾坤袋在第二次进入旧长安废墟中，雷神锤就在安禄山家中。解救两神出来可以让卡玛和李靖各增加一招最强的绝招。
4.封印之剑炼成100%之后是非常厉害的兵器。另外，收集到17把以后可以到天山与轩辕剑童谈话，从而引发游戏的隐藏剧情--封印大魔王蚩尤。蚩尤的能力比撒旦还强，战胜它后会获得游戏的最强的攻击召唤兽--轩辕剑童（-HP8000）。
5.DOMO工作小组的秘密：
发生王大善人家爆炸的剧情后，画面右下方的亭子是DOMO工作小组的秘密入口。除了一位无条件给你签名档，一位需要9000枚银币换签名档和一位嫌你烦需要反复与其交谈五次才能换取签名档以外，其余人员的签名档均需要用特殊物品换取，大致取得方法和地点如下：
玫瑰：威尼斯答对墓园数学家坟墓的问题并再次调查该墓。
薰衣：大马士革解决三人分珍珠的问题。
茉莉花：长安城朱鹊门旁可摘到。
鲁特琴：威尼斯民宅的宝箱内。
坦普拉琴：巴格达城的杂货铺里有售。
增肥剂：长安城西市悦来客栈一楼房间屏风。
神秘果：长安城西市悦来客栈一楼房间外面的瓶子里。
鱼酥：长安城西市悦来客栈掌柜后的瓶子里。
水果：长安城西市悦来客栈二楼放有很多瓶子的厨柜里。
七位美女：琼霜、上元夫人、九天玄女、蚕女、七仙女、水仙均可在战斗中遇到，利用炼妖壶可以收集。嫦娥可在到洛阳道观营救王思月的剧情里在道观中遇见，不过之前先要在药店买颗破元仙露才可把嫦娥在道观的宝箱中解救出来。
味仙认可证：味仙认可证先要找齐五部珍谱，珍谱壹在洛阳一个乞丐旁边的水缸中，珍谱贰在洛阳的酒店上楼后一个写着上卿酒店的牌里，珍谱叁在洛阳面摊附近一个金黄色的瓶子中。珍谱五在旧长安废墟某房间的柜子里。找齐五部珍谱后，可与洛阳客栈正对的小贩换取味仙认可证。
游戏软体：洛阳黑坛教塔（道观）的二楼。
画册：骊山某个宝箱中。
名歌CD：第一次进入旧长安废墟。
俱乐部会员证：第一次进入旧长安废墟。
改装车：第二次进入旧长安废墟。
琵琶：第二次进入旧长安废墟。
收集到所有的签名档以后与DOMO工作小组最右边的人员对话，可获得DOMO小组送你的超强召唤兽--"阿猫阿狗"角色娃娃；娃娃共五款，每款的功能不尽相同，但只会随机抽出三款给玩家。