在看完片头的剧情交待后，游戏的主角LINK从睡梦中被惊醒。小精灵NAVI奉命要带LINK去见GREAT DEKU TREE。 至此可以操作LINK了。首先应该与村子中的各人进行对话，可以学到很多游戏中要使用到的技巧。在村子中溜达时，可找到某处墙壁的下面有一个洞，钻进去后，可在里面找到Kokiri Sword，这是游戏初段的武器。用这把剑多除一点草吧，别忘了拾起地上留下的赏金。当钱足够了，可在商店里买到Deku Shield。装备好盾与剑后，就可以大摇大摆去见GREAT DEKU TREE了。游戏中有时NAVI会出现在C组键的上键位置，此时按C组键的上键可与NAVI交谈，而她往往会给LINK很重要的提示。
见到DEKU TREE后，得知他受到了诅咒。为了帮助他，LINK奋勇地进入了大树体内。这是游戏的第一个迷宫，主要是想让大家适应游戏的操作，所以没有什么难度。需注意的是在迷宫2层（以后统称为2F，其它楼层依次类推），有种敌人平时将脸埋在地下，等LINK一走进它就会发出攻击，对付它只需算好一定距离，将它吐出来的子弹用盾牌反弹回去即可，命中以后可以上前问话，从它的口中可得到一些提示（以后遇到这种敌人，对话后一般都可以买点东西）。走到一处会发现上方有梯子，不过太高了，LINK不能接触到，此时可用弹弓将其击下。在有一房中，先将树枝在火把中点燃，再用它点燃另一堆火把，需注意当火把点燃后，应尽快将树枝熄灭，这样下次还可以用。经常看到墙上有爬行的小蜘蛛，用弹弓将其击毙后，可得到金色头盖骨，至于这些金色头盖骨的用处会在后面提到。当到达最上方后，可跳下将1F地上的蜘蛛网撑破，进入地下1F。在其中看见有蜘蛛网挡路时，应该用树枝引火烧掉它，这样就可继续前进。当进行到一处感觉再没有路走时，不要气馁，抬头一看就会发现蹊跷，拔出那心爱的弹弓吧!在地下2F最后的一个房间，吐子弹三兄弟登场，用盾牌反弹法，依中 右 左的顺序消灭它们（这里要充分利用Z键的瞄准功能）。轮到BOSS战了，用闪光弹令其昏厥，然后上前猛砍，它会跳上天花板下蛋使用弹弓加Z键瞄准可轻易消灭之，几个回合即可搞掂。最后别忘了先吃大心，再进传送点哟!
出来后，得知DEKU TREE已经命不久矣，拿到他交给LINK的圣石，悲痛欲绝地离开Kokiri Forest。在村口遇见了与LINK青梅竹马的SARIA，她交给了LINK一支笛子，绝对重要道具终于入手!一番离别话后，开始LINK的真正冒险了!
首先应该到位于北方的Hyrule Castle，注意城门只有在白天才开，所以只有白天才能入城。进城后的第一间房间里可以挣很多钱，利用打滚破坏房中的某个木箱后，可得到金色头盖骨。集市上有些小游戏，通过后可得到不错的奖励，有时间可以玩玩。从集市的正前方向城堡进发，路上会遇见一位小女孩MALON，接受她的请求，她会给LINK一颗蛋。继续前进躲过卫兵的视线，在护城河旁找到正在睡觉的MALON她父亲，这时MALON给LINK的蛋应该已经孵化成鸡了，对着那位贪睡的父亲用鸡鸣吧。等他撤退后，就可利用两个木箱跳到对岸。然后钻进那个排水的小洞，就进入了后院。哇!睁眼一看，四下满是巡逻的卫兵，再次施展LINK那漂亮的过人动作吧!进入中庭后，遇见了游戏第二主角ZELDA公主。经过一番对话后，知道了后面的任务是寻找另外两颗圣石。从ZELDA的保镖IMPA那里学到ZELDA LULLABY这首皇家专用歌后，就可以向下一个地点Lon Lon Ranch进发了。
来到位于地图中央的Lon Lon Ranch，首先进入左边的房间，在限定时间内抓到三只特定的鸡就可获得Lon Lon Milk（仔细观察开始那三只鸡落地的地方，可以轻易抓完）。在牧场中央可以学得Epona Song，以后遇见奶牛就可以吹这首歌，能得到lon lon milk。牧场的最里面有间房间有很多木箱，想法推开木箱，可钻入后面的小洞，从而得到小心，每找到4个这样的小心，可以使生命力加一。
接下来又马不停蹄地回到最初的Kokiri Forest，从村子上方可以到达The LostWoods。这里有许多路，一旦走错就会推出从来。大家只需按照有左右左中左右的顺序就可达到Sacred Forest Meadow。进入最里面后，会遇见SARIA，从她那里学到SARIA SONG，以后就可以吹此歌来与她作心灵交谈。此森林中可遇到吹笛的小丑，对他们吹SARIA SONG可获得小心。然后就要向Kakariko Village前进了。
从城堡旁过桥就可达到Kakariko Village。这里有间房子里有只大蜘蛛，它拜托LINK帮它揭开蜘蛛们受到的诅咒。不是经常无缘无故收集到一些金色头盖骨吗?每收集到十个，就可以到这里来领到一份奖品，奖品可是非常丰厚的哟，那就抓紧时间开始收集吧!一般来说，每个村子在晚上时都会出现携带金色头盖骨的小蜘蛛，有时间的话就可以在这方面多花一点时间。村子里有位妇人在寻找她的鸡，LINK可以帮她把那些鸡找到，然后扔到鸡圈中。顺便可以学到一招以后经常用到的技巧，抓住一只鸡，然后从高的地方跳下去，可以滑很远（滑翔"鸡"）。要注意，有只鸡藏在木箱中，可以用滚撞法将木箱撞破。从村子上方来到墓场，在墓场最里面最大的墓前吹ZELDASONG，跳下随之出现的洞窟中。第一间房全灭敌军即可通过，第二件房不用管敌人冲过去，在最里面可学得SUN SONG，利用此歌可以转换白天黑夜。出来之后，先吹SUN SONG转换为黑夜，此时可以将有些墓碑拉开，其中最上面靠中间的那个墓里有小心，这需要先吹SUN SONG将僵尸击毙。回答村子中后，对守山门的门卫使用ZELDA交给LINK的书信，门卫就会让路。可以去Goron City了。在这之前可以到Hyrule Castle的市集面具店为这位门卫买个面具。
沿着山路来到Goron City，在最底层的Goron王门前吹作ZELDA SONG，进入之后再在Goron王面前吹SARIA SONG，可得到能举起炸弹的道具。用树枝引火点燃门口的火炬后，中间的大花瓶开始旋转，到第二层将炸弹仍进花瓶中可以炸出小心。来到Goron City大门外，将一巨型GORON身旁的炸弹从栅栏最低的位置仍下去，可以把下面山洞口的积石炸烂。顺便在右边栅栏处用后滚翻可取得山洞上方的小心。从刚才炸开的山洞口进去，可来到Dodongos Cavern。此迷宫难点解析如下。 要多利用炸弹将看起来有点不协调的墙壁炸烂。在1F有一处的鱼型敌人，它的主要通过自爆来攻击LINK，可利用它的这一特性将某些墙壁爆烂。有一房间围了一圈炸弹，不过仔细观察会发现最中间没有，将起房间角落的炸弹投到那一点，一串破炸声后，炸出了一阶一阶的楼梯。2F有一房间一小截楼梯上有一堵可炸烂的墙（不大容易发现），不过墙旁没有位置放炸弹，这时可以将炸弹拿起后，多等一下，算好时间要爆时再投过去直接炸墙。在得到道具炸弹袋后，就可以身上带炸弹了，把炸弹仍进巨头像的双眼中，巨头像的嘴就会张开。进去之后会遇到本关的BOSS，将炸弹仍进它贪婪的大嘴中，一声闷响后就可以放心地猛砍它几刀。几个回合过去后，它倒下了!拾起掉落在地上的大心，进入传送点。从Goron王处取得第二颗圣石，LINK继续走向他的下一个目的地。此时，可以先到死山顶的大精灵洞窟学"超级旋风斩"（注意，山顶有两个洞，还有一个是通往火之神殿，现在不用去那里，不要走错了!站在大精灵池前三角神力的图腾处吹ZELDA SONG，大精灵就会出现。）。学完绝技后，沾猫头鹰的光，鹰哥送LINK下山，不用费脚力了!哇，更令人叫绝的是鹰哥直接把LINK运到了Kakariko Village一个奇爽的位置，仔细观察一下，一颗小心可谓是手到擒来。
回到Hyrule Castle，穿过市集到城堡外，可发现有一大石头挡住了一个小洞，炸烂它，钻入小洞。里面的大精灵会教LINK火魔法。
穿过北东方的河流，可来到Zoras River。一进入即可发现有个长得十分肥胖的兄弟在那里嚼着扁豆，经过细问得知那是魔法豆，可以种植在松软的泥土中，等以后长出树后，可以通过它到更高的地方（LINK用空瓶抓的虫子也可以种在泥土中，等以后说不定有很好的结果呢）。LINK可以从他手中买到，不过这魔法豆的价钱会随LINK买的个数增多而增多。因这种道具十分重要，所以要尽量多买!这里有只鸡，设法将它一直带到小桥处，抓住它利用"滑翔鸡"原理往回飞可以取得小心;再回到开头再抓一只鸡，设法将它带到山顶瀑布处，同样利用"滑翔鸡"原理可以取得又一个小心。到达瀑布处，吹ZELDA SONG可令瀑布停止，趁机冲进去可来到Zoras Domain。首先去Zora王房间左边进行跳水冒险，在限定时间内捡完钱后，可学会潜水之术，以后在水中按"A"键可以进行稍长时间的潜水。再用空瓶捉一条鲜鱼，这样就可以来到Zora王的面前了。经过询问之后，得知Zora王的女儿Ruto公主失踪了，并且接受了Zora王的委托帮他找女儿。说是可以帮他找女儿，可没有半点音讯啊。没有任何头绪的LINK正在练习潜水时，发现水下有一洞，潜进去后发现别有冬天，原来这里连通到Lake Hylia。在水中发现了一个瓶子，潜水取得后，原来里面有一封Zora王女儿Ruto向有缘拾得此瓶的人求救的信。首先到岸上稻草人处，吹一首随便自创的歌，不过要记录下音调哟，要不就没有用了。七年之后，再来到这里吹这首歌就可以学会稻草人之歌。是时候将求救信拿给Zora王看了!Zora王看了信后，挪开他那肥肿的身子腾出了一条路。由此路可来到大鱼Jabu-Jabu的跟前，将之前捕捉到的鱼放出来，Jabu-Jabu会张开大嘴，LINK冒着可能被大鱼的胃酸腐蚀掉的危险，毅然冲了进去。看到这个迷宫的画面，你就会感到N64机能的强大了，但千万不要被画面所吸引了，这里机关可多了!走不了多久就可看到Ruto公主，LINK想带她出去，可她却一定要找到一件东西才肯离开。没办法，只有帮忙了。走着走着，突然Ruto公主掉下了陷阱中，LINK毫不考虑也跟着跳了下去。找到Ruto后，要举着她与LINK一起前进，还要充分利用她来压机关等。这样互相帮助，两人终于回到了1F。首先要到1F的最里面右边的门里取得回旋标，然后就可以利用回旋标消灭某些房中的长柱（利用"Z"键锁定目标，然后边引诱它攻击LINK，边用回旋标攻击）。把相应颜色的长柱破坏后，相应电流阻挡的地穴就可进入。一直往前走就会遇见本关的"小BOSS"，快速围着它转（速度要比它快），用"Z"键锁定目标，再用回旋标打它的后背。将小BOSS击毙后，当然就轮到真正的BOSS了。打它就更简单了，不断用回旋标加剑，一会儿就可搞掂。出来以后，Ruto公主会把找到的圣石交给LINK，并且要LINK做她丈夫。哇，艳福不浅嘛，有了SARIA ZELDA，现在又多了一个RUTO。
在Lake Hylia的吊桥处找到猫头鹰，搭乘它的便车回到Hyrule Castle。刚到这里就发现ZELDA公主匆忙地从城堡中逃出来，当她看见LINK时，向LINK仍了一个东西过来。这时LINK发现恶魔的使者Ganondorf正在追赶ZELDA，难怪ZELDA会逃得那么慌张，虽然LINK很想替ZELDA教训这个家伙，不过从这家伙身上散发出的逼人气势让LINK不能动弹。Ganondorf离开后，LINK从护城河中拾起ZELDA留下的"时之笛"，并且学会了Song of Time。进入市集旁的时之神殿，在神坛前放上三块圣石，再吹奏Song of Time。拔起石中剑Master Sword，奇迹发生了。。经过一段时间之旅，LINK来到了7年后。
又是一段剧情介绍，什么时空英雄，什么拯救世界这类老套的东西，唉，我就不在这方面废话了。LINK已经是个大人了!心中暗自惊喜的LINK回头一看，迷之角色Sheik突然出现，可把我们的英雄给吓了一跳。经过交谈得知LINK下面首先应该去Kakariko Village。不过笔者认为有两个地方应该优先去，一个是Lake Hylia，然后是Lon Lon Ranch。 先到Lake Hylia，找到7年前的稻草人，吹奏7年前在其面前吹的那首歌，可以学会稻草人之歌。然后到Lon Lon Ranch，在牧场中与现任牧场主对话可以花点银子骑马玩。这时吹EPONA SONG可以把7年前那匹烈马叫出来，其上它再与现任牧场主交谈，就可与其赛马。轻松连赢两次后，再加速跳过牧场的栅栏即可拥有此马了，以后行路多方便!尤其是在寻找究极剑时更是要多利用它了。
到了Kakariko Village之后，晚上进去，进入墓地，假如在左边坡上种过魔法豆，这时就可以踩着小树取得一颗小心。下来后，推开有花的墓，进入与里面的鬼魂（其实就是7年前那个掘墓人）赛跑，追上他后可以取得短钩。吹奏TIME SONG，令挡路的石块消失（以后凡是发现这种石块都可以吹TIME SONG令其消失），直走可取得风车小屋的小心。在小屋主人面前拿出笛子还可学会STORM SONG。至此，准备工作已经完成，可以去Forest Temple了。
首先通过Lost Woods来到Sacred Forst Meadow，路上的敌人不要硬碰，避之为吉。到达神殿前时，遇到Sheik，并且学会了可瞬间到达这个地方的MINUET FORESTSONG。瞄准神殿门口上方的树枝使用短钩，可进入神殿。刚一进来肯定会觉得这个地方相当之大，后面的每一个迷宫都是有过之而无不及，所以要做好充分的心理准备。首先可在右上方取得一把小钥匙，然后应进入正前方的房间取得又一把小钥匙。出来又用TIME SONG让挡路的石块消失，进去将里面走完可以取得地图和小钥匙。出来后利用小钥匙进入最左方的门，遵照箭头的指示将石块腿就位后，可以踩在上面到达上一层。在那里可以取得弓箭，到之前到过的楼梯处，将画中的幽灵用箭射死。再到螺旋过道前，射门上的眼睛可以将过道变正，可取得里面的BOSS KEY。跳入因方向扭曲而出现的洞中，经过一段距离后，会来到另一个过道，同样用弓箭射门上的眼睛，将通道变正，可以到达新的地方。再次射杀画中幽灵后，走不多久就会进入一个有旋转台的房间，隔着火把用弓箭射被冰封住的眼睛，或着是直接用火魔法烧那个眼睛，都可以通过这间房间。到达一个上方满是拼图石块的房间后，需连续两次在限定时间内将石块的图案拼成幽灵的形状，就可与幽灵战斗。胜利后大摇大摆地回到大厅，会遇见分身幽灵，只需用弓箭射它的真身，一会儿功夫就可将其击毙。进入大厅下方的暗室后，推墙壁伸出的把手部分，再踩两下机关就可见到本关BOSS了。LINK又见到了与自己实力悬殊的Ganondorf，心中不禁暗自一惊，不过不用怕，LINK已经是大人了!当Ganondorf从画中冲出来时，用弓箭射他，几回合后，他就会出来用魔法攻击LINK。不过这正中了LINK的下怀，用Master Sword随便乱舞两下就可以把魔法反弹回去，假如他把魔法又给LINK弹回来，乱舞两下Master Sword又可以把它弹回去（不要靠反应，随便乱按绝对能赢），这样弹来弹去最后还是只有Ganondorf自己吃了。LINK毫不忧郁，上去又是一阵猛砍，最后Ganondorf倒了，LINK还没来得及高呼"世界和平"就发现原来这个Ganondorf是假的。 唉，拯救世界哪有那么容易啊!取得大心后，进入传送点，沉睡在SARIA体内的森林贤者之力被唤醒了。
回到时间神殿，LINK再次遇见了神秘的Sheik。从她那里学到了PRELUDE LIGHT SONG，吹这首歌可以瞬间回到时间神殿（看来比骑马不知划算多少倍）。而且LINK也学会了穿越时空的方法，只需将Master Sword插回石头中，就可以回到7年前，这样就可以把以前没能收集到的东西找齐了!下一个任务是到火之神殿。
首先来到Goron City后，用炸弹令正在2F来回打滚的那只Goron停下来，可以从他那里取得一件抗热衣，有了这个LINK就不怕在火山里待久了!从最底层长老房间的暗道来到了Death Mountain Crater，利用短钩荡过断桥就会遇见Sheik，他会教LINK吹BOLERO FIRE SONG，吹这首歌可以瞬间回到这里。进入火之神殿后，应首先到左边的房间，那里可遇到长老，救了一只Goron后就可到右边的那间房间了。这里需注意的是凡是砍起有声音的墙都可以用炸弹炸烂，找到藏着的两只Goron后，就可以从正前方的门进去了。到一处有火的喷泉的房间，爬铁丝网将上方的石块推到喷泉上，然后踩在石块上就可以到上一层去。这之后一直到打小BOSS都没有什么难点，不过要注意在地上有裂缝的地板上放炸弹，可以炸出路来;还有看见小妖精NAVI飞到某处发绿光时，就可以吹稻草人之歌，然后用短钩拉着稻草人上到正常方法不能到达的地方，不过这是分支。打小BOSS时用"Z"锁定他后，再用短钩将他的护身夹勾下来，就可以追着他打了。那小子逃跑的样子可真可爱!到达五楼后可以在限定时间内取得铁锤，有了铁锤就可以把生锈的开关敲下，能敲地上那种独特图案的地板，而且还能把刚进火之神殿时那座封住门的雕像敲跨。再经过一系列踩开关再进门的仪式后，就可以见到本关的BOSS了。当这只火龙发威时就躲在岩石边上，而当它刚探头出来休息时就用铁锤给他一下，然后再用剑猛砍几下，几个回合保准叫他趴下!取得大心后就可以从传送点离开这里了，原来长老就是火之贤者。出来之后，吹PRELUDE LIGHT SONG回到时间神殿，将Master Sword插入石中回到7年前，再吹BOLERO FIRE SONG回到火之神殿。在旁边的泥土中种下魔法豆，7年后回到这里就可以踩在小树上取得山尖上的小心。
通过Zora’s River来到Zora’s Domain，LINK发现这里的一切都已经冻成了冰。从"冰之Zora王"身旁经过来到Jabu-Jabu的位置。踩着河里的浮冰进入Ice Cavern（注意有小心可吃哟）。在里面要多用空瓶装蓄火池的蓝火，然后可以用这些蓝火将用红色的冰冻住的地方解冻。里面还有几次推冰块的游戏，难度不大，这里就不祥述了。将最深处的狼击败后可以取得Iron Boots，利用这双鞋的重量可以使LINK沉入水中，哈哈，潜水术也没什么意思了!在离开这里之前，记得用空瓶装一瓶蓝火，用这瓶蓝火替Zora王解冻后，可以获得潜水衣这件奖品，有了它就可以在水下呼吸了!来到Lake Hylia，发现这里的水全都干枯了，装备上钢鞋就可以进入水之神殿。这个迷宫要充分利用钢鞋与普通鞋来进行沉浮，装备钢鞋时就可以沉到水下，而装备普通鞋时就可以浮上水面。进入神殿后，先将东边的巨石推下去，再装备钢鞋沉到底层。找到RUTO后，从那里游上顶，然后对这那间房间墙上的图案吹SELDA SONG（以后遇到这种图案时都可以吹ZELDA SONG），即可令水位下降。回到底层将路走完，就可以进入中间房间利用短钩到达上一层，在那里又看见墙上的那种图案。吹ZELDA SONG之后，水位会涨到2F。将2F的路走完，从东边的房间可以上到3F，在那里可以取得指南针。利用钢鞋沉到底层，从遇到RUTO的房间游上2F，可以取得钥匙。在进入2F西边的房间，从那里上3F后。再次于图案之前吹奏ZELDA SONG，可以使水位升到3F。到达3F最里的房间里会遇到"暗之LINK"，装备铁锤敲他约十来下就可获胜。获胜后就有长度为短钩两倍的长钩了。这时那个房间会变会本来的面目，在蓝色的巨石前吹奏TIME SONG后会出现一个洞。跳进洞中，顺道取得一把钥匙，出来后利用长钩将整个迷宫走完，这样可以得到不少金色头盖骨。最后就进入顶层最北的房间中，经过一路厮杀就可以见到本关的BOSS了。这个BOSS可以说是整个游戏中较难的一个，不过只要方法正确，要过它还是应不成问题。LINK应该与它保持一定距离，等它准备对LINK下手时就用长钩将它拉上岸来，然后当然就是一顿猛砍了。需注意的是，用长钩拉它很容易拉空，所以应该等它扑上来到底时再发长钩。离开水之神殿后，RUTO变成了水之贤者，Lake Hylia又重新恢复润泽了。上岸在三角力量的图腾处，吹奏SUN SONG，当太阳出现在地平线上的那一瞬间，用弓箭射向太阳可以学得"火箭"。
LINK先去时之神殿利用时空转移回到7年前，然后再来到久别的Kakariko Village进入风车小屋，在老人面前吹STORM SONG，此时风车转速增快，外面水井中的水全部退去。这里面的迷宫有点像"梦幻马利"的效果，你看见的东西不见得就存在。可以先到迷宫中央一处的图案前吹ZELDA SONG，再回到入口处就可以爬进小洞中。里面除了几只触手外就没有什么东西了，正在纳闷的LINK一不留神被只触手抓住了，这时这里的BOSS就出现了，只需挣脱触手，然后用"Z"键锁定后用剑砍就行了，它隐身后又要用相同的办法引诱它出来。打败它后就可以取得真实之镜。使用真实之镜就可以看到那条路是真哪条路是假，在这个迷宫中还有一些好东西，如金色头盖骨等，有时间就可以留在这里找找。找到真实之镜后，再通过时空穿梭回到7年后的Kakariko Village。一进村子就发现村子着火了，从井中窜出一黑影向LINK扑了过来，LINK一招之内就被打昏了。当LINK醒来时，Sheik教他学会了Nocturne Shadow Song。吹这首歌后就可以来到墓地上方不能到达的地方，进入洞中会看见一圈熄了的火把，使用火魔法可一次将它们全点燃，进入门中就来到影子神殿了。这个神殿到处都是隐藏的门，使用真实之镜可以将真假辨别出来。以来就可以取得Hover Boots，使用浮空鞋可以在空中停留少量时间（让我不由得想起"米老鼠与唐老鸭"），以前有些不能跳过的地方就可以跳过去了。在一房间中四处全是骷髅头，使用真实之镜找出真的骷髅头将雕像推来朝着它（位于4点种方向），再装备浮空鞋利用少量的浮空时间冲到对面去。这之后要一直将真实之镜开着，会发现很多隐藏的路。到达一落钉板的房间后，右边的墙上有一隐藏石块，利用它可以到达高处。有些房间需要将所有的银币吃光才能将门打开，这时就要多使用真实之镜，多看天花板，多用长钩。有一处有很多大风扇，这时最好装备钢鞋以防被风卷走，在此房间走到底的左边有一隐藏门，使用浮空鞋可以冲进去。最后上了地域之舟，吹ZELDA SONG可以发动船。到底后先到个房间将东西取玩，出来后LINK犯愁了，怎么才能到河对岸呢?其实只需站在断桥上吹稻草人之歌可以上到河对面的柱顶;也可以在河这边向对岸左边的柱子投炸弹，柱子断后就可以将桥搭起。过河进门之后就见到本关的BOSS了。首先用弓箭射它的双手，然后马上使用真实之镜找到它的真身，再对准它眼睛使用长钩，最后一步就是上前猛砍了!进入传送点后，得知ZELDA公主的护卫IMPA就是影子贤者。世界真小啊!
该轮到魂之神殿了，LINK到达Gerudo Valley，在断桥的下面有一颗小心，不过取了之后就会被水冲到Lake Hylia，这样就会绕很长一截路才能回来，所以时间充足的玩友可以下去取。进入Gerudo之后，LINK被几个女人关了起来。十分想不通的LINK从监牢里面逃出来，一气之下顺便把里面关着的4个苦力也救了。其间要4次于女忍者交手，使用后滚翻加跳前斩就可以很轻松的解决她，注意不能被她的跳斩击中，否则就会又被关回起点。接下来就可以从闸门处进去，里面是漫漫黄沙，多使用长钩拉箱子，并沿着两边旗子走，不一会就可到达一暗堡处。在暗堡顶使用真实之镜可看见一只幽灵，顺着它指引的路线最终可以到达Desert Colossus。北方那狮身人面像的里面就是魂之神殿。进去后读了旁边的石碑得知要7年以前来才能揭开这里的谜，果然上面只有一个小洞，这么大的身躯怎么能钻得进去呢。出门后又遇到Sheik，从她那里学到Requiem of Spirit。先到时之神殿回到7年前，再吹Requiem of Spirit就可以瞬间到达魂之神殿，就可从那个小洞钻进去。有一房间有种鬼头，不管怎么移动它都会保持在LINK的对面，这时将它逼到火中即可将其消灭。又有一房间地上有一太阳图腾，用回旋镖打了开关后可取得跟踪炸弹，使用这种炸弹可将墙上的缝隙炸烂，太阳光照进来后门就打开了。以后的房间时常遇到这种太阳图腾，那就要利用推拉设法将光引到图腾上就行了。到顶出来后就可找到银手套。然后就可以通过时空转移来到7年后了，进入神殿后装备银手套的LINK轻松地将挡路的巨石推开了。到达有四个大石球在中间滚来滚去的房间，先用跳前斩将空中的银币取得，再吹TIME SONG使那种蓝色的大石消失，就可以取得所有的银币了。进入巨像房间后，装备浮空鞋冲到巨像的左手上，吹奏ZELDA SONG一个宝箱会出现在巨像的右手，里面有一把钥匙。之后有一房间中有4尊石像，要利用它们踩到开关后，可进入下一间房间。之后会遇到大剑士，使用后滚翻加跳前斩可以在几个回合后干掉它。再下去就可以取得镜之盾了，之后的几个房间就要多用镜之盾来将太阳光照到特定的位置。最后从上方降到巨像的面前时，使用镜之盾将阳光照到它的脸上几秒钟，巨像的脸就会熔化掉。使用长钩拉过去后就可遇到本关的BOSS了。先要用前面讲到的方法将女忍者化身的大剑士打倒。然后到巫婆两姐妹时，只需用属性相克的原理使用镜之盾反弹魔法，几下就打倒两姐妹合体（这里要多用"Z"建锁定目标）。然后用盾积累相同属性的魔法几次后就可反弹到两巫婆身上了。击倒她们后得知女忍者就是魂之贤者。又是一个需要别人拯救的贤者。
至此，就可以去找最后的魔王Ganondorf算账了。不过在这之前最好去把究极剑找到。在Kakariko Village的那位养鸡妇人那里可以要到一只鸡，用它把旁边屋中睡着的牧场老板叫醒，再回到那位夫人那里就可以取得蓝蛋，孵化以后一直蓝鸡就这样诞生了。到Lost Woods，用蓝鸡将左边房间中睡着的怪人叫醒。再将它交给你的道具在真实时间3分钟内带到Kakariko Village的"里之药水店"中（从药水店旁边的过道进去）。店主又给了LINK一个道具，这会没有时间限制了，可以大摇大摆地将这样东西带回Lost Woods。这里的小女孩又给了LINK一把锯子，LINK又要将这把锯子交给Gerudo Valley的那个工头。（这可真麻烦，没办法要得究极剑就只有多花一点时间了）从工头处接过短剑后，又要将其交给death moutain顶上的超大Goron。那位体积巨大的铸剑师又给了LINK一份文书，带着它找到Zora王取得一只鱼，在限定时间内把鱼交给Lake Hylia的海生研究所所长。拿着所长给的眼药在4分钟内赶回火山顶，交给铸剑师后，连续吹SUN SONG六次。再去问铸剑师时，就可以获得游戏中最强的剑了。需注意的是以上步筹要骑马完成才能生效!!
回到时之神殿，LINK得知Sheik就是他十分熟悉的人--ZELDA公主!!从ZELDA公主的手中接过了光之箭。又是一番剧情，结果ZELDA被Ganondorf捉走了。杀到城堡去，这里一片废墟，这时几位贤者帮LINK把桥搭起就可以进入最后的魔宫了。进去后有六个门，每个门可以救一位贤者出来，不用考虑打的顺序，只管每个门都进一次就行了。每个门里都有不大不小的几个谜题，相信是难不倒已经玩到这里的玩家的。解决这些谜题要活用浮空鞋 长钩 镜之盾 真实之镜等道具，每个门最里面都有一个卵状物，使用光之箭射向它即可。最后肯定可以取得金手套，利用金手套可将魔宫外面一处超巨石扔开（就是小时学火魔法的地方），里面可以让大精灵把LINK的体力增加一倍。一切准备工作就绪后，进入魔宫向Ganondorf挑战。方法与打森林神殿的那个假Ganondorf差不多，就是不断用剑乱砍将他发出的魔法反弹后，再用光之箭射他，再用剑砍，再用。。。。踩扁他后要在3分钟之内逃出魔宫，本来是很容易的事，不过假如你是用的模拟器玩，那就。。不过就算用模拟器的玩家也有解决的方法，那就是通过修改使时间定在3分钟。刚逃出去，没想到Ganondorf没死还变身了。不过这回就更好解决了，绕到他身后砍他尾巴，唉，太简单了!接下来到哪里去呢?接下来，嗯-- 当然是欣赏破关画面了!!