在尼亚镇过了一晚，第二天起来，发觉镇上好热闹，经过老板娘的说明，才知道是亚斯德王国的国庆。与路人谈话了解镇上的的情报后，进入上方的房子可以拿到100枚金币。到告示牌前，告示牌上写着亚斯德王国国庆，举行擂台赛，获胜的人可以得到100万枚金币。跟告示板前的女村人谈话，问你要不要参加武斗大会，回答是会给主角治疗药。到了王城后，在往右边往魔法训练所的路上会碰到与母亲失散的小女孩，将他带到中间的喷水池找到妈妈后可以得到500金币。在报名处报名后就进入擂台赛的会场了，结果在第二轮就输了(不知有没有人全胜)，来到了城墙边，被溜出王城的公主给压倒了，出了王城往左上的尼克镇去。在尼克镇的酒店里会遇到克莱儿，她会骗菲利克斯说她住在鲁那夫王国，请菲利克斯带她回去。结果一出酒店就被亚斯德王国的士兵带回王城去。被释放后，天色也有点暗了，就在旅馆中休息一晚。到了半夜克莱而又溜出来跟着菲利克斯到鲁那夫王国去。
往北方的的沃克山脉去，结果山道被大石头挡住了，只好先到尼克镇去打听消息。打听到沃克隧道也可以通往鲁那夫，结果到了隧道，隧道太暗了，回镇上找个向导比较安全。到酒店跟老板打听消息，打听完后正要出酒店，安娜会叫住菲利克斯等人，说她愿意带我们过去，不过要先付一半的酬劳，答应后会叫菲利克斯先去买火把再到酒店找她。进入沃克隧道，走到一半克莱儿会被人抓走。进到拉尔镇，菲利克斯说服安娜协助救回克莱儿，在镇里会碰到一个穿紫色服装的星月教徒，跟他谈话候选加入星月教，可以拿到星月项链，是星月教的信物。在拉尔镇三楼会遇到一个叫琼斯的人，她会请菲利克斯帮一个忙，就是遇见她离家一年多的弟弟阿尔班尼士，劝他早点回家。在拉尔镇打听消息，有人看到穿紫色服装的人抓了一名橘色服装的女子往东北的沃克山道方向去，应该就是劫持克莱儿的那群人没错，两人赶紧往沃克山道出发。
到了瀑布星月教的入口后，记得将星月项链带起来，不然进不去。进入到克莱儿被监禁的山洞中，忽然有人来了，两人躲在一旁的柱子旁，怎么会是欧鲁将军呢？原来他想夺取亚斯德王国，所以绑架克莱儿来威胁国王。安娜不小心打了个喷嚏被欧鲁将军发现了，两人便跟他打起来，打赢欧鲁将军后他会跑掉，并且掉下手铐的钥匙，救出克莱而后，往星月圣坛去，进入圣坛后，欧鲁会使用星月石像攻击菲利克斯，要连续打两次，打赢后菲利克斯的项链掉到洞中，为了抓欧鲁只好暂时不管了，将欧鲁抓回亚斯德王国交给国王便在王宫中休息。夜晚，菲利克斯跟国王谈话后，他拜托菲利克斯请他跟克莱儿将一封信跟项链交给鲁那夫国王。第二天将这个消息跟克莱儿后，安娜却不太想去，经克莱儿的询问后，原来是安那的故乡因古文明的挖掘而遭到达库尔王国的毁灭，后来克莱儿说明鲁那夫王国对抵抗达库尔王国不遗余力，安娜才决定一起前往。
经过沃克山道后，先到沃克镇补给，然后再往幽暗树海出发。在树海里面会遇到小亨利，他的狗小白走失了，安娜决定要帮他找，在树海深处的石像边会发现小白，如果在途中没有从宝箱里面拿到骨头小白不会跟着走。将小亨利带回镇上交给他母亲，可获得两瓶超强力回复剂，并从小亨利口中得知七颗星月石可唤醒土巨人的讯息。继续回到幽暗森林，记得刚刚找到小白的那个地方吗，要在从上面走进去会发生找项链的剧情，如果没有走过这一段的话一定要去走，不然会过不了幽暗森林。在出口处会遇到葛雷恩，他正好捡到菲利克斯的项链，并且将项链还给菲利克斯。(出口的路是一条岩石路，仔细看一下就知道了)
进入鲁那夫王国，在王城中会遇到在实验失败发生爆炸而冲出家门的伊丽卡，之后一位士兵匆匆的来找她，说公爵有事找她，请她赶快过去，然后就走了。回到王城的入口，赌场开始营业了，安娜提议到赌场去逛逛。在赌场里面会遇到伊丽卡父女，公爵会邀请菲利克斯参加晚宴。出了赌场安娜就会跟出来，然后就直接到公爵官邸了。宴会开始没多久，竟然有人纵火还把大门封住。一行人要在时间内逃到官邸顶楼。到了顶楼，葛雷恩出现并挟持公爵，因为伊丽卡的叫声而使得葛雷恩出现异状，公爵趁机逃出。原来葛雷恩是反古文明主织的人，公爵决定先带菲利克斯等人觐见国王。见过国王后一行人在王城中休息，半夜忽然发出爆炸声，原来又是反古文明组织的人，打赢后会出现猫怪凯特，打赢后回得到他。此时葛雷特忽然跑出来并且抢走了菲利克斯的项链，此时鲁那夫国王会拜托菲利克斯等人查明事件的真相。
从士兵的口中得知反古文明组织位在靠近禁断之壁的普雷港。从多拉多港坐船王普雷港出发。到了普雷港，往左边走就可以找到反古文明组织。进到最深处就可以看到苍鲸号及组织的首领迪克．夏曼，与他谈完话后会进行苍鲸号的首航。可是因为不明原因能源快速消耗，只好迫降在地面上。不一会儿，鲁那夫王国的士兵出现并把反联盟组织的成员带回王城，后来双方签订协议，共同研究促进人们生活的古文明。而菲利克斯则自愿到达库尔王国取寻找能源及探听到禁断之壁研究成员的消息。
回到普雷港往北方的天刚山道，出了天刚山道到了天刚镇，在天刚客栈遇到了李龙铁偷拿包子被客栈老板追的事件。安娜提议先在客栈中过夜，明早在过天刚山道。第二天进入山道中，看见李龙铁独自一人在对付大虫，于是便加入战斗，打赢后李龙铁会加入。到了德雷港搭船到达库尔，途中遇到暴风雨整艘船被摧毁了，一行人飘到一座岛上，原来是葛雷恩的故乡。
在葛雷恩家的地下室有一副少女与恶魔的画像，打倒他后就可以召唤，还有在房子内可以找到铲子。从管家处得知东南方的里斯港有定期的船到多拉多港，并且会得到一把太阳钥匙。在里斯港听说沙漠中有一条鱼，到沙漠中间就会遇到，打赢后就可以召唤炎砂鱼。回到鲁那夫王国会遇到贝克．马迪气冲冲的从王城出来。进入王城跟国王谈话后才知道他是来买苍鲸号的，而且得知达库尔王国最近囚禁了许多的古文明研究员，反古文明组织的成员及菲利克斯的父亲可能也在当中。而此时王城研究所也研究出了新的交通工具－天鹰号，里面有通讯器可以互相连络。此时迪克．夏曼请求菲利克斯无论如何都要将他的女儿莎拉就出来，出王城就可以看到天鹰号了。
到了达库尔王城上空菲利克斯、克莱儿、安娜一组决定用空降的方式混进王城，而天鹰号会在停在王城的郊区，用通讯器莱互相连络。伊丽卡这组进入王城后，会在王城的右边走道发现囚犯的监禁处。菲利克斯在王城中的研究室中可以拿到设计图。此时伊丽卡传来通讯，通讯后才知道原来伊丽卡发现的建筑物有可能室囚禁研究员的地方，到了研究所二楼听见有人在呼救，可是找不到开门的机关，在升降梯找到一个控置开关，可是不是开门用的，只好再连络菲利克斯看看他在主控室可不可以打开。菲利克斯虽然找到开关但却没有ＩＣ卡可以激活，回到刚才偷听话的会议室，打倒里面的士兵就可以拿到。回到控制器那里，打开从右数过来第一个的开关，门就会打开了，其它的不要激活，不然会激活机器守卫。救出莎拉后，伊丽卡往天鹰号移动，而菲利克斯这边就要从大门硬闯出去了。出王城会再与伊丽卡连络，得知天鹰号目前在达库尔东方。与伊丽卡会合后就可以回鲁那夫了。
回到鲁那夫将搜集到的情报都说给鲁那夫王听。隔天，菲利克斯跟克莱儿在城上聊天时，忽然从苍鲸号的基地传来爆炸声，经士兵来报才知道是达库尔将苍鲸号抢走了。鲁那夫王便招开紧急会议，决定由菲利克斯在闯一次达库尔。在进入达库尔王城后的第一个画面，在左边的油桶里面可以拿到宝箱钥匙。到了达克尔王城顶楼的的停机坪看见苍鲸号就停在那，一行人便进入苍鲸号，进去后会发现苍鲸号正要测试武器，不一会儿苍鲸号就升空了，一行人看到武器的惊人威力都吓了一跳，不一会菲利克斯等人就被发现了，打赢机器守卫跟喽啰后，达库尔王和贝克．马迪会搭逃生艇逃走。众人接手苍鲸号后便将他开回鲁那夫。
将苍鲸号的威力跟国王报告后，伊丽卡便开始研究苍鲸号的武器，一个月后，改造完成，在测试当中李龙铁不小心按了个按钮，让大家看清了禁断之壁的外面还有别的世界。回到鲁那夫王国跟国王报告后，便再回到苍鲸号上。再次往禁断之壁外探险，在右上角会发现建筑物，进入后会被带到观察所内，在观察所控制室最靠近出口的那个士兵附近可以拿到超万能钥匙。回到鲁那夫跟国王报告，克莱儿没有把禁断之壁外还有人类生存的事告诉国王。第二天，国王请菲利克斯到拉尔镇的圣殿去解决怪兽的问题。
进入圣殿后没多久，伊丽卡就被海鳗拖进水里，而李龙铁也跟着跳下去。据村长所说只要将圣兽上的机关依序打开就可以将圣池中的水放掉，不过他忘了，只好自己试试了。在绿色圣兽旁有一颗极冰石。依照红、绿、蓝的顺序就可以将水放掉了。找到了伊丽卡后海鳗会出现，打赢后会跑掉了。在李龙铁打碎巨石后，可以再回到海鳗产卵的地方拿圣池钥匙，可以打开圣池中所有的宝箱，事件解决后就可以回鲁那夫了。
回到王城后，国王在会议室开会，原来禁断之壁外有人生存的事已被国王知道了，另一件事就是达库尔要鲁那夫立刻投降，接受他们的统治。走出大厅画面会来到达库尔的研究室，原来他们把外世界当作第一个消灭的目标。数日后，国王找菲利克斯去，说达库尔派大批的苍鲸号往禁断之壁外的方向去。达库尔竟然使用死之火将禁断之壁外左边的观察所Ｂ摧毁了，而此时圣母探测到有核能反应，而下达指令将达库尔的苍鲸号消灭。此时多拉多港传来有怪兽出现的消息，国王便派菲利克斯前往，到了港口就有一只魔兽在港口出现，击退它后港口也恢复平静，可能是地震而引起沉睡在海中的魔兽苏醒的。
回到王城后发现怎么人都不见了，原来观察所的人以为是菲利克斯等人使用死之火攻击他们的观察所而抓住王城内的人。误会解释清楚后，他们说圣母已经具有自我意识，而且自认为是理想国的神，有权决定理想国的存灭，而要停止圣母的机能有两种方式：一是武力攻击，二是潜入方舟内由内部破坏。第二种是最有效却是最难达成的。而决定采取第一种方式，以鲁那夫为基地将高射炮往方舟射击。数日后展开攻击行动，但是并未完全成功只让方舟受到损伤而已，但是已经触怒圣母了。
到观察所去会遇到圣母正在跟ZEX11790通讯，说要重新执行着床计画，重建理想国，再不久就要发动毁灭性攻击了。ZEX11790告诉菲利克斯等人愿不愿意冒险去执行第二个计画，讲完后ZEX11790会在电梯坪等众人，他还交代ZEN27454将菲利克斯父亲被处死的事告诉他。
而达库尔王也在摧毁观察所Ｂ后跟苍鲸号一起被圣母给消灭了。到电梯去找ZEX11790便可搭乘苍鲸号进入方舟。
进入方舟后可经由传送点到达不同的地方，到了一个地面上有方格的地方，要踩对方格的点，方块才有办法让路通往各个传送点，在前往圣母方向的路程中会有一个机器人从半路杀出来要小心。找到圣母后谈完话就进入战斗，圣母本身不会攻击，但是她叫出来的敌人就很强了，有一招可以让ＨＰ减到剩１要小心。打倒圣母后方舟会自爆，要在指定的时间脱出方舟，脱出方舟后就是看结局了。如果能在1小时之内打倒圣母的话就可以看到好的结局。
地板通路说明：
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右上　　　　　　　　　　右下　　　　　　　　　　上面　　　　　　　　　　左边（通往圣母的路）