在末来人类灭绝的上亿年之后，一片叫特洛依的大陆生存着高智商高科技的神民，在他们获得了永生之后离开了这片富庶的国度。几个世纪后，大陆上的人族、魔族、兽族和机械体开始追寻神民的足迹，之间也暴发了接连不断的战争。
　　在人类的集聚地多罗多岛，大王子继承了王位后，二王子法哈帝开始起兵谋反，并将这个岛屿一分为二，建立了第四帝国，同时军师哈普古德离开了宫廷。有一天近卫队长京接到了法哈帝刺杀军师的密令，开始了与梦想背道而驰的一生。
　　第一章：背叛
　　京和父亲我龙应召去大殿见到法哈帝，讨论有关哈普古德要投靠法利鲁的事，法哈帝派他们去规劝恩师，领命后两人在大殿两侧的柱子旁找到一些补药后，便离开了宫廷。出城来到郊区，我龙认为恩师为人光明磊落，是不会作出背叛帝国的事的，京怀疑是阴罗那个老巫婆背后使的把戏。前方就是亚弟希山了，哈普古德就隐居在那里。从北峰往前走过一屏可看到一名居民，从那里继续上山过一座木桥，再过两屏来到雪山地带，在一座房间门口遇到了一只背生双翼的玛雅人，他居然张口道出了京和我龙的名字，原来他是哈普古德的养子席加度，早已知道两人的来历了。我龙一人进屋后，京在外面担心父亲的安全，打败了席加度后父亲我龙走了出来，把京和席加度一起叫到了屋内，说明自已决定随哈普古德投靠第三帝国的事，于是派京和席加度先行下山，在临行前京与席加度还结为兄弟。
　　出了亚弟希山两人也走累了，于是决定在两大帝国的分界线古修森林休息一下，再越过森林的中心堡垒就可以进入第三帝国的领域了。两人来到中心堡垒遇到第三帝国的将军伊扎古，打败他后京道出了来意，让他领路去见法利鲁国王。那伊扎古是个妒贤忌能的人，思忖第三帝国现由大将军奎扎当政，必会欣然接受京等人的投靠，论才干他们均在自已之上，何况还有军略大师哈普古德撑腰，以后恐怕饭碗不保了，于是他决定派两人前去打僵尸岛，自已却在僵尸岛的附近布下伏兵，一见京和席加度出来就格杀勿论。此时的阴罗正率军去围攻亚弟希山，得知了京和席加度的行踪，如今我龙和哈普古德还在山上好象是在等什么人，她心中大喜，正好利用这个机会上山去收拾掉这两颗眼中钉。
　　第二章：僵尸岛
　　京和席加度在南边山上找到一个传送点终于到达了僵尸岛，京决定凭两人之力去对付那些僵尸。往山下去果真遇到了大批的僵尸，这时京已有些后悔了，不过想跑已来不及了，身后的大队僵尸纷纷围攻上来，真是一场恶梦啊！打退了三只僵尸后见那些僵尸还会复活过来，它们的口中好象还叨唠着“擅闯禁地”之类的话，或许是在保护着什么东西吧，于是席加度拚力挡住僵尸，京则入洞去探看，说不定能找到消灭僵尸的方法。
　　京进入洞中后看到一道耀眼的光芒，到前方走上一个传送点来到另一处黑暗的洞穴。京一路向洞穴深处走去，不时在墙上不断地给席加度留下记号，希望他能循迹赶上来。打开一道石门后，满眼都是高科迹文明的遗迹，走到尽头已没有路了。在一个箱子上有一道封印，京一时好奇心起上前打开了它，不想从里面飞出一只魔怪来，这时席加度飞进来说外面的僵尸也作鸟兽散了，可能是这个魔怪起的震慑作用吧。打败了这只魔怪索亚兰特后，它认定京是主人并愿意效力，外人只道岛上僵尸横行，却不知这里会有如此惊人的秘密。京看此地事情已了，便决定赶回古修森林去找伊扎古将军会合。
　　离开了僵尸岛在古修森林遇到士兵的拦截，连续三场战斗打败了伊扎古后，见敌人大军突然发生了骚乱，反帝军的比希斯出现在远处。京知道反帝军是一群追求自由和理想的热血青年组成的，专门与兵阀贵族作对，他曾经与他们交过手，对反帝军的首领汉斯鲁登很是敬佩。赶跑了帝国军后，京上前与比希斯谈话，得知父亲我龙被阴罗包围在山顶上，京于是随比希斯的部队冲往亚弟希山，在路过中心堡垒时可找到一名旅行商人补充一下装备。
　　来到山顶后，见哈普古德、我龙和汉斯鲁登已被阴罗大军重重包围了，两人上前将阴罗嘲笑戏弄了一番，一场大战随即展开。打败了敌军后，众人到屋中叙事，从反帝军比希斯的口中得知第三帝国已发生了叛乱，大将军奎扎拥兵自重早已废了君王取而代之，汉斯鲁登劝说众人加入反帝军的行列，众人觉得也只有这一条路可走了。
　　第四帝国的法哈帝知道阴罗已死的消息后大为震怒，同时他也知道大将军奎扎放逐法利鲁国王的事，认为这是进攻的大好时机，当即传令三军待命随时行动，待统一岛内后再报阴罗之仇。而那边奎扎将军听信了伊扎古的花言巧语，思忖如果法哈帝大军压境，自已王位估计是难保了，因为刚刚肃清法利鲁王的余党，兵士疲惫难以应战，便考虑到希摩罗多岛上去走一趟，请好友提波卡助一臂之力。
　　第三章：源石
　　按下多罗多岛上的事不表，再说希摩罗多大陆的大军师罗可可有个孙女，名叫安娅，今天是她的十八岁的生日，小丫头在房间里正猜测爷爷的礼物，这时希瓦走了进来并送给她一件生日礼物，原来是格斗大赛冠军的奖品。来到大厅门口往右来到爷爷的书房里，见零乱的书藉扔了一地，却唯不见爷爷的身影，到大厅问女仆茜茜，得知爷爷已进宫去了，可见宫中发生了大事。出了大军师府往左下穿过王城来到皇宫内，女王正在和罗可可商量寻找动力源石的事，不过提波卡一直对女王的王位虎视耽耽，罗可可不敢稍离半步，安娅见状上前请缨前去寻找动力源石，女王当即应允。
　　此时提波卡和奎扎已经勾结在一起，订下了互助盟约，一方面提波卡帮助奎扎去打第四帝国的大军，另一方面奎扎也将派兵扶助提波卡从姐姐的手中夺得王位。
　　安娅和爷爷回到家中，罗可可说在特洛依大陆的各浮游岛都是神民运用惊人的科技制造出来的，每一座岛中都有一个动力炉支持岛的浮游，而动力源石就是主要的能源。在二百年前族人发现了这个秘密并把源石应用于战争之中，这样一来加速了能源的枯竭，目前得知有个圆石方舟就在第四帝国附近还末被人发现，可以去多罗多岛上看看，并把一封书信交给了她，希望能找到哈普古德的学生我龙，或许能得到他的帮助。
　　出了家门后一直往右下角走，穿过城市的中心广场，当走到一间道具屋时往右上边拐过去，这样可以到另外一屏，再往右上角走就来到了希摩罗多的城郊。向右边走会遇到前来搬兵的伊扎古，他见安娅秀色可餐，便不怀好意地搭起话来，安娅知他不是好货色出手就打，不过却被伊扎古击败，还好她福至心灵，逃出了伊扎古的魔掌，不知不觉进入到弦月山，看已没有退路可走也只有继续前行了。
　　这时前方忽然传来一阵打斗声，原来是叮叮铛铛这两个小女孩被一只异形甲虫攻击，安娅上前救下她们。谁知她们居然以长辈自居，称安娅的爷爷罗可可为晚辈，原来她们就是希摩罗多建国时最强的两名魔导士，一个擅长黑暗魔法，操纵风云雷电；另一个与异灵怪兽为伍，有深不可测的召唤术。不过她们不满足自已的修行，日夜参研当年神民遗留下来的魔法卷轴，在练婴儿飞天术时由于急功近利，百年的修行毁于一旦，现在连只小怪兽都对付不了。安娅这时向她们打听圆石方舟的下落，叮叮铛铛却想不起来了，两人决定随安娅同去以为臂助，安娅听了大喜，说出了这座山就可以到达魔法码头了。
　　第四章：战在王城
　　三人往前走，在山中又遇到了伊扎古和提波卡的手下希罗在对话，不知他们又在搞什么阴谋。听了他们的对话才知伊扎古是来搬救兵的，听起来多罗多岛上是发生了大事，看来只有到岛上见机行事了。
　　再从左边绕下山，由魔法码头传送到多罗多岛，再向地图左边走会找到另一个传送点传到第四帝国境内，依照安娅的建议，三人来到酒馆打听我龙的下落。来到城中的酒馆听酒客说京已加入了反抗军，他们的总部就在亚弟希南峰，于是决定到那里去找他们会合。去亚弟希山要经过古修森林，脚程快的话，天黑前就能到达了。
　　要出城首先向东方走找到码头，有一条路被官兵挡住过不去，往右上走可发现一条黄土道，绕上去就可以进入亚希山北峰了。这里是个庞大的迷宫，先往右上走过几屏，找到上次去过的哈普古德的家门口，往右拐过去可找到另一条黄土道，再往右下走到古修森林，从这片迷宫走下去终于有情节发展了。在森林中心堡垒会遇到提波卡的手下望月，他到树林里开小差，安娅上去打败了望月又被他逃走，三人继续往南走，终于来到了亚弟希山的南峰，在这一片小道尽头可找到一个山洞走进去。不想还是来晚了一步，这里一个人也没有，三人来到一个会议室，在桌上找到了一张作战地图，目标竟然是第三帝国的王城，还是到那边去看看再说吧。
　　安娅从反帝军基地出来，回到古修森林的中心堡垒，往前走过一屏再往右下拐来到第三帝国境内，绕出这片迷宫径直来到皇宫之中，意外地遇到了京和席加度。正说话间腓烈出现，这时可挑选干练的队员上场，打败腓烈后让他跑掉，擒贼先擒王，众人来到大殿上见到奎扎，这时提波卡拿出了最新式的武器蜂云，不想却被一突然出现的神秘人破掉，众人合力打败了提波卡，安娅决定将他带回到国中，让安德鲁尼亚女王亲自发落，不想提波卡又被手下纳什救走了。
　　我龙和汉斯鲁登赶到后，大家想奎扎一定是从秘道逃走了。京上前搬开王座可找到秘道下去，绕过这片迷宫可找到一间密室见到奎扎，打败他后奎扎搬出身后的动力炉，想用它来炸掉整个的多罗多岛，就在这关键时刻那名神秘人再次出现，一道寒光杀死了丧心病狂的奎扎，这时比希斯冲进房间，认出这个神密人就是佛丹，汉斯鲁登上前诚邀他入伙，谁知佛丹还是不回头地走了。
　　提波卡被纳什救到森林后，纳什突然露出了狞狰面目，逼他交出源石以统治卡塔克岛，这时败走的望月和腓烈赶到吓跑了纳什。提波卡为了延续自已的生命，找腓烈作为牺牲品与他同化成了一个人，从此他的力量更加强大了，提波卡和望月回基地休养不提。
　　第五章：文蛛与T2
　　在第三帝国王城，安娅将那封书信交给了我龙道出寻找动力源石的事，就在这时，京突然地昏倒在地，脑中映出了一片废墟的景象，在那里好象有道声音在呼唤着他。当京醒来后心情烦乱，便跑到外面散心，他感觉到体内仿佛有股力量在苏醒，自已始终控制不了它，安娅推测梦中的废墟是卡塔克西北部的神民遗址。
　　此刻的提波卡也在派手下希罗动身赶往神民遗迹去调查大爆炸的情况，在那里她找到了一件神民的遗物，一只机械体，便下令将之带回基地。这个机械体编号为T2，当他醒来后记忆受到干扰，他走出研究室穿过大厅来到卡塔克山区，在走到机械之都的地方他从记忆库中搜索到一段讯息，要去东北方向寻找神民制造的生化物，或许对他功能的恢复会有所帮助。从东北城门出去来到城郊，那里的传送点已经坏掉，接着朝右下走找到文蛛的电波信号，再往前走会遇到希瓦，打倒他后希瓦仍不肯离开，执意相随进洞一看，原来他是保护文蛛不让它毒害生灵的。在希瓦加入队伍后，两人往山上走去，找到一个泛着红光的山洞进去。
　　这个洞中有许多具尸体，往前来到一个红池子见到文蛛，原来它在蛰伏的期间发生了异变，变成了一只极端凶残的怪兽，打败它后T2得到了火乾灵珠，不过文蛛还是被一个人抢走了。这时T2搜索到一股主体的电波，于是朝多罗多岛的方向赶去。来到机械之都的城外找到一个传送点，在与那个斗蟋蟀的看守人对话后，他才了解到，自己并没有被传送到第三帝国境内，而是被误送到第四帝国的王都，在他打探消息的时候，遇到了一名商人贾方，被他一顿花言巧语的哄骗，答应随他去那个所谓的秘密遗迹。进入迷宫后一路往下走可找到一只冰虿能源珠，要拿它的时候忽地被冰封住了，只好发出电波向主体求救。
　　此时的京等人已来到了机械都市，旅途劳顿决定先到酒馆休息，在酒馆中意外地遇见了希瓦，从他口中得到了机械体T2的一些情况，就在这时京接受到了一串电波，知道是T2出事了，立刻决定返回多罗多岛打探一下消息。
　　回到皇宫见到哈普古德，向他打听贾方这个人，得知是贸易都市的商会会长，于是准备到那里寻访一下。出了皇宫在南边找到魔法码头来到贸易都市，在城北边的二层楼找到贾方，打败了三只天使机后贾方的态度才有了一些改变，答应送众人赶往神民遗迹……在遗迹的迷宫中终于找到了冰封的T2，在进行电波交流的时候京突然情绪激动跑了出去，安娅担心地追上他，发现京已很快地安静下来，不过对刚才发生的事情已经记不起来了。
　　第六章:寒虿
　　众人行走间看前方有个大洞便朝那边走过去，不想又遇到一只机械体亚当A4守护着身后的基地，由于它太过强大，京等人不是对手，连忙跑出去，不想席加度却被关在了里面，众人连忙返回去寻找。遇到了阿呆阿瓜一对有趣的兄弟，得知遗迹封印着魔神阿亚特利夫，若能得到他的帮助就足以对付这个亚当A4了，于是众人往右下走到最底层找到了阿亚特利夫，这魔神认定京就是主人阿难，在打败它之后，这个魔神从此跟在了京的身边。由于有阿亚特利夫的帮助再去打亚当A4就很轻松了，击败它后A4欲毁能源石，却被席加度抢来，京见他性命垂危就带着他去见哈普古德，得知他的伤可能不治。叮叮铛铛说远古有一种叫寒虿的生化物可自身分裂元神，能使枯竭的生命获得新生，找到它就可以救席加度了。T2从资料中查出寒虿一般生长在气候温暖的水源附近，位于多罗多岛边的伊甸海可能就有，伊甸海由三片海洋组成，从任一方向都可以通到下一屏地图，一旦迷路就无法出来。
　　众人乘着飞行物在海洋中搜索着小岛的影子，在这里没有参照物的确容易迷路，建议从起始点往右上角搜寻，大致在右三屏上四屏的位置就可找到那个小岛了，在岛上还会遇到另一寻找寒虿治病的神秘人科里，互相见面后大家结伴而行。几个人进入寒虿巢穴，在里面遇到三个人，先杀掉那个通辑犯天华，普鲁同幸灾乐祸大笑起来，讲出将与寒虿融合的图谋，在他跑掉后上前打败洗脑后的少女新月，大家兵分两路，一路去寻找寒虿的元神，一路去阻止普鲁同与寒虿融合。
　　京等人往左上角走，换几屏后见前方普鲁同的身后有一只大怪物想必就是寒虿了。先打败普鲁同的分身，这时他与寒虿的结合已经完成，众人合力虽打败它一次却杀不死它，这时科里上前封印了寒虿的元神，使这怪物再度陷入沉睡之中，大家决定马上动身赶回去救席加度。科里临别时对京说了一句寓意深刻的话，并嘱咐他日后遇到亚历克斯这个人能逃就逃，千万不要碰硬。
　　席加度在寒虿元神的治疗下很快地痊愈了，京到大殿上去见我龙，我龙道出了京的身世，二十四年前在古修森林的那场恶战之后，他打开了一个怪异的容器，发现了还是婴儿的京，多年来一直探访他父母的下落却毫无头绪……京心情郁闷地跑到森林中，安娅在后面叫住了他劝慰了几句，两人跑去向T2查找记忆中京的资料，关于京的档案却无法开启。当京再次返回大殿上时接到了我龙要攻打卡塔克岛的命令，也许战斗会令他忘却一切的痛苦吧。
　　第七章：雷核
　　京等人从皇宫出来往左上角走可找到出路，在城中找到一个魔法码头即可到达机械之都的城郊，往左下穿出城市来到卡塔克山区，在这里遇到了纳什和伊扎古两人，打败他们后得知文蛛已到了望月的手上，并且京的克星亚历克斯也在帮助提波卡。正说话间亚历克斯和亚当A4出现，京等人抵不过亚当A4的攻击，为了保护众人，希瓦使用出罗可可传授的禁法“超裂神灭”来击败敌人，而自已却神魂俱灭了。
　　众人逃出来后，安娅为希瓦的死伤心不已，京也为其重情重义所感动，这时科里和佛丹赶来，身后还有佛丹的养女红，她是个强大的魔法师，擅用召唤术。科里劝众人现在不要与提波卡交手，说玛雅岛上的兽族女王拥有一颗叫雷核的能源石，取到它后可以补充能量，还可以分析机械体的弱点。众人于是由码头来到玛雅岛，出手教训了几名看守的士兵后，上山找到一个地道入口，这里就是玛雅国崇日教宫殿的入口，也是玛雅王统治族人的指挥部。进入迷宫中往右上角穿过两层可遇到维亚等三名兽人，打败他们后看到大厅中有个席加度的雕像，大家很觉奇怪，为了探寻真相，维亚让席加度进去见女王陛下。来到崇日教的大殿会展开一场与女王的殊死搏斗，取胜后那名女王终于恢复了神智，原来席加度就是她和羽神王所生的儿子，当年在羽神王战死后，亚历克斯用雷核封住了他的思想并将席加度遗弃于山野之中。了解了自已的身世之后，席加度与女王母子团聚，京同时也得到了那枚雷核。
　　众人回到机械之都轻易地打败了城门口的望月，谁知他又变身为文蛛，加强了力量，再次打败他后在城中补充了一些装备，从下方的城门出去来到卡塔克山区。在这里遇到了亚克历斯才知他和科里都是圆石方舟里的神民，他妄图制造京和红来统治这个世界，京就是阿难，神民创造并遗留下来的生化武器。他把京从圆石方舟里带到了这片大陆上，不小心把京弄丢后又到玛雅国偷走了席加度，不想计划又被科里破坏了，最后他不得已自已与一女子结合生下了女儿红，希望把女儿改造成一件生化武器。
　　在不可遏制的愤怒之中，众人联手打败了亚当A4，谁知无论如何都打不死身为神民的亚历克斯，这时京忽然利用自身潜在的能量打伤了他，同时他也意识到自已不是人类，只是件毁灭世界的武器罢了，在同伴的劝慰下他又振作起精神去找提波卡算帐。
　　第八章：圆石方舟
　　进入前方的城堡之中见到了已变身的提波卡，佛丹出现一刀破掉了他的最新武器—云蜂，提波卡见状不妙掉头就跑，众人循踪追去，往右下穿过会议室、仓库来到基地秘道，在尽头的一个房间里终于堵住了他。歇斯底里的他准备引爆动力石来毁掉整个大陆，却被京的力量制服，同时京自已也僵住了。剩下的队员上前殴死提波卡，这里的城堡一阵晃动眼见就要塌了，安娅和叮叮铛铛一起施法将僵化的京救了出来。
　　京的意识在昏迷中眼前闪过一道道的幻影，有阴罗、奎扎、新月、亚历克斯、希瓦和安娅，在与他们进行对话的时候，他的内心也经历了一番痛苦的挣扎，当醒来时发现安娅、席加度等人还在身边，不过他们已迷失在魔法的异空间之中了，下一步是寻找失散在异空间各处的伙伴。
　　在异空间的迷宫中找到T2后，得知在这个隐藏的空间中有串电波发出，或许这里面有些其它的秘密。在将所有的队员找齐后在迷宫中找到了一件神秘的装置—神之耀石，向京传达了神民阻止暗夜大明王毁灭世界的任务。原来暗夜大明王也是一件毁灭武器，存在于圆石方舟之中，提波卡现在已与文蛛和亚克历斯合为一体，目前正要去启动大明王。神之耀石还说出要打败提波卡要获得被神民封印的三大剑魂，他们分别是时空魔神索亚兰，冰迸发魔神阿亚特利夫以及炎火魔神牙灵，现在京的身上已经有了两个，而牙灵就存在于这个异空间，接下来京一人打败了牙灵就可以通过试炼得到牙灵，然后神之耀石将众人送回到第三帝国的王城之中。
　　从我龙的口中得知第四帝国的西方出现了一座锚石岛，这岛是登上圆石方舟的唯一途径。当众人赶到岛上时正好碰上了法哈帝，打败他后从前方的传送点进入圆石方舟的内部，由一系列的传送点传到一间室验室内，再由几段阶梯往左下走，再经过传送点的运送找到司令室，继续向左下走又是一座曲曲折折的天桥迷宫，往上方绕过去进入一所建筑之内，在大厅终于找到了提波卡，得知大明王已经被他启动了，一场恶战后终于打败了他。进入前面的房间见到大明王正在执行毁灭程式，上前费尽力气才将其击退，大明王又开始引发异空间的能量，万分紧急的时刻三剑魂同时出现，京把自已与T2和三剑魂合为一体终于将大明王杀死，而京的身影也同时在空中消失了。
　　这个世界终于恢复了太平，安娅回国辅佐女王朝政。三年后，安娅奉希摩罗多女王之命去拜会玛雅王席加度和汉斯鲁登国王，当她来到古修森林的时候依稀地看到京的身影，疑真疑幻的她拨开了枝桠往密林的深处追去……