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作者：秋人
　　主要剧情描述：
　　1.被拊亲碾过的两人第一次相遇。为了赔罪，芸雁强迫送阿翔上学。在下车时，驾驶食人鱼的管家阿福倒车时不慎撞坏了校门，引来风纪委员会的关注。阿翔看不过去而与风纪委员产生冲突，看似柔弱的芸雁为了帮他，遂拔路标助阵。
　　2.有惊无险的打倒风纪委员后，两人前往教务处办理入学手续，被编为同一班（二年D组）。在此可看到校长的玉照，阿翔感觉到他隐含的杀气，知道他并非一般角色。
　　3.找到二年D组的教室后，两人开始第一天的校园生活。班长　修一告诉两人各项需知之后，安排两人坐在后面的位子。由于阿翔没有课本，两人遂坐在一起。但国文十分无聊，阿翔以很夸张的姿势打瞌睡，被上课的代理班导辛格以黑板擦殴打。
　　4.此时正好下课铃响，感到头痛不已的阿翔以为是被粉笔打到的关系，于是由芸雁陪他去保健室。保健老师替阿翔检视之后，认为应该没有大碍，认为他只是得了时下年轻人常得的神经衰弱，于是把自己戴的磁气健康项链给他，并戏言道他是个很有趣的人。在后面看的芸雁看得斗气上升，保健老师顿感一股强大的杀气，这才草草结束谈话。出了主校栋后，为了发泄郁积的斗气，芸雁一发必杀技打掉了校长的石像，引来风纪委员的二次围剿。历经这场战斗后，即使是阿翔也感到极度不安，催着芸雁赶快回教室。
　　5.到了中午用餐时间，阿翔冲往贩卖部，却发现没有他想像中的人挤人狂潮，只有小猫两三只在排队。他买了面包之后，问贩卖部的阿婆有关这学校的风气，阿婆也一样觉得讶异，因为在一年前这学校和别的学校一样，在中午时间也是人挤人。可是到了现在却变得十分有规矩，大家都会排好队买东西，买完就回教室去吃，就像机器人一样。阿婆感叹学生们的朝气与活力不再。
　　6.寻找用餐地点。此时玩者必须自行找到事件发生点　西校舍的屋顶。当阿翔准备开始大坑阡颐时，芸雁忽然出现，并提来她的便当分阿翔吃。原本欲拒绝的阿翔，被阿福以攻击直升机威胁后就范。用餐中，芸雁约略提到自己的身世，阿翔非常吃惊于她竟然是传说中的武神流的继承者。忽然风纪委员出现并指两人在进行不纯异性交游，要把两人带回训导处，被打断话题的芸雁非常抓狂，于是再次展开战斗。
　　7.打倒风纪委员后，阿翔在他们的身上找到一张以学生会长管萍香为名发出的命令状，要设法将阿翔和芸雁带回风纪管理委员会询问。阿翔嗅到危险的气息，决定对学生会进行调查。但学生会办公室大门深锁，徒劳无功之际，只好返回教室继续上课。
　　8.下午第二堂课，阿翔正在昏昏欲睡之际，忽然传来一阵猛烈的爆炸声。辛格和同学们镇静如常，修一告诉芸雁不过是有学生在吵架。阿翔则是按捺不住，以上厕所为藉口出去看看，担心他的芸雁也跟着出去了，于是两人进入可移动模式。
　　9.事件点在原先打不开的学生会办公室，此时门口已被炸开，学生会长昏倒在里面。原来这是反学生会组织「绿原圣战组织」的杰作，身着SWAT服的生存游戏研究社员们想要劫走萍香会长，与阿翔等人发生激战。
　　10.阿翔等将萍香送到保健室，等到她醒来后，阿翔向她询问拘捕令的事情，萍香却表示完全不知此事，并表示有关风纪委员会的一切都是由教务主任所掌管。原本阿翔还想多问一些，但沈丽认为她受到爆炸的惊吓需要好好休息，因此把两人轰出保健室。
　　11.回到教室后，继续上完无聊的第四节课，四点半之后便是社团活动时间，班长修一告诉两人社团大楼在此时将会全部开启，两人可以去挑喜欢的社团加入。（可发现各社团均在进行不可思议的危险研究，当然这乃是出自于学校本身的授意）（超自然研究社关闭中，因为他们的活动要到夜里才能进行）最后进入化学研究社，他们正在实验强力神经性催眠气体，不知情的两人一进入后立刻昏倒，社员们遂把阿翔等两人放在休息室内。两人就这样睡到夜里。
　　12.睡到夜里的两人惊醒之后，正想赶快离开校舍，却发现超自然研究社的房里灯火通明。起了好奇心的阿翔坚持要去看看，结果发现超自然研究社的社长　艾琳正在率领部员们用魔法阵召唤恶魔，结果召唤出她的先祖吸血伯爵　德拉丘拉。饥渴于鲜血的德拉丘拉立刻就要抓一个部员来吸血，被艾琳阻止后发生战斗，于是阿翔也加入战斗。打倒德拉丘拉后，变成蝙蝠的他正想逃走，却被艾琳一把抓住。艾琳让他吸自己的血，完美解决了事件。于是德拉丘拉变成的小蝙蝠跟在艾琳身边，艾琳感谢两人的帮忙，允诺有任何事必定帮忙。
　　13.离开校舍的两人。由于芸雁忘了拿携带电话，住处又甚远，没啥心思的阿翔遂直接邀她到自己的公寓过夜。当然阿翔睡在沙发上，把床让给芸雁睡。没想到阿翔的老爸半夜来访，看到这种情景大惊失色。父子吵了起来，最后发生一场战斗。
　　14.老爸说明让阿翔进入学校的目的，是有一名贵妇人委托他至绿原高中寻找失踪的女儿。阿翔对于他的随便安排大感不满，但老爸随即很无责任的跑掉，无可奈何的阿翔只好先送芸雁上学。两人在校门口遭遇白家私人部队，泪流满面的阿福恭贺小姐终于找到梦中情人，不过两人则否认。
　　15.一听见上课钟声，阿翔再次头痛，连忙取出口袋里的磁气项链戴上。此举引发阿翔对钟声的警觉，决定一探播音室，但播音室属于广播社所管，必须从社长　准IDOL蕙那里拿到钥匙。蕙由于录音之故经常请假，幸好今天上午因没有通告有来上课。完成她要求的条件　击退疯狂纠缠的歌迷，并答应当蕙的BODYGUARD即可拿到钥匙。
　　16.阿翔与芸雁顺利潜入播音室，发现房间内全是前所未见的高科技设备，里面是由剪刀手　校工看守。苦战后终于胜利，在拷问之下，校工招供他仅是负责看管禁闭在播音室秘密房间的学生，如此顺利救出了电机研究社社长　敏敏等一行人。透过敏敏的解说，阿翔得知校内放送洗脑电波的事实与严重性。此时突然教务主任率领大批人马来追杀，其中尚有国文老师　辛格。由于敌军力太强，在战斗过程中，敏敏不慎受伤，此时辛格见状，突然阵前倒戈，带领阿翔等人冲破重围，众人从紧急逃生口脱出。见任务失败的教务主任，愤怒地启动播音室内的洗脑电波，并下达全校师生追捕阿翔与芸雁的通缉令。
　　17.为了医治敏敏的伤，众人决定先回保健室。正好撞见剑道社长　修一率剑道社员攻入保健室要带回保健老师，沈丽抵抗，遂被强行绑走。阿翔见状大急，冲上前欲阻止，众人与修一发生战斗。战胜后，敏敏检查昏迷过去的修一，判断是受洗脑电波操控的影响。此时阿翔突然灵机一动，将沈丽给的磁气项链改戴在修一身上，再唤醒修一。果然实验成功，修一回复意识。在明了了因己身修行不足而犯下的罪行，修一决定　无条件-帮助众人来赎罪。修一提示沈丽应是被带至学生会馆的禁闭室监禁。为确保据点，阿翔委请修一留守保健室保护敏敏等人，打算自行前往学生会馆营救沈丽，芸雁则建议先至女子寮找艾琳帮忙。
　　18.两人来到女子寮，发现寮内一片混乱，原来是因洗脑电波导致女子寮内寮生失控，不明究里的艾琳遭室友攻击，只好躲在房内避难。艾琳的使魔　蝙蝠从窗外飞出求救，正好在寮外遇见阿翔等人，阿翔与芸雁立即攻进女子寮。救出艾琳后，阿翔解释目前校内发生的异变，曾受过阿翔恩惠的艾琳自然不假思索地加入。
　　19.众人冲进学生会馆，好不容易找到禁闭室，来到门口一呆，禁闭室大门竟和先前的学生会办公室一样，是由声纹识别装置所控制。为避免触发警报系统，众人只得颓然返回保健室。敏敏闻言，建议阿翔去找电玩研究社社长　正治来帮忙破解该系统，但当初敏敏协助正治入侵学校的主电脑，获知了有关洗脑电波计画的内情而被抓。敏敏只记得她和正治是一起被送进钟塔内，但她随即被关进播音室，至于正治的位置就无法确认。阿翔想起从钟塔往上爬要到播音室的路上，有个上锁的房间，说不定那就是监禁正治的房间。虽说教务主任和风纪委员仍有可能尚待在钟塔内，阿翔决定冒险一探。（敏敏并提供一把她随身携带的万能开锁器，但仅能开一般钥匙锁，无法打开电子锁）
　　20.众人再度回到钟塔，却看见意外的情形：「绿原圣战组织」竟在炮轰钟塔，并已在钟塔北方筑起砂堡，为数众多的风纪委员亦以钟塔入口为中心，架设了一圈又一圈的铁丝网为路障防守。芸雁发现在先前从钟塔逃出的紧急逃生口可通往播音室，众人即利用此混乱的时机潜进钟塔，一路无阻地来到那上锁的房间，却看见在门口地板上坐着一名身着道服的大汉。原来教务主任发现敏敏等人被救走，便推测到阿翔等人必会回来救正治，当下便要移动正治到别处监禁，不料绿原圣战组织正好在此时发难，牵制住了风纪委员的行动，教务主任只得先命令空手道社长看守住正治，等解决了绿原圣战组织，再回来押送正治。一阵苦战后，终于打倒空手道社长，并顺利解开门锁救出正治。
　　21.护送正治回到保健室，敏敏与正治二人　感动-的相会。之后，正治陈述有关他入侵学校主电脑获取洗脑电波的全部情报。原来这绿原高中本是现任校长所创立的一所私立学校，但由于校风过于自由，导致校风败坏、学生事故四起，校长痛定思痛之余，请来一位新的教务主任推行新教育政策，洗脑电波便是此政策下的产物。新教育政策极为成功，不良学生绝迹、校务蒸蒸日上，名不见经传的绿原高中甚至变成了升学名校。但正治发觉事情并不单纯，新教务主任似乎隐藏有不明目的，证据便是校内各种怪事开始层出不穷，例如学生的日益机械化、少数学生的不明失踪等等。正治曾尝试要阻止此事，但他仅窃取解除洗脑电波的方法，还来不及付诸实行便已被捕。解除洗脑电波很简单，只要对患者播放「解毒音乐」即可，问题是没人知道解毒音乐的内容与获取方法。众人商议了良久，决定还是以救出沈丽为首务。
　　22.接过正治给的笔记型PC，众人再度回到学生会馆的禁闭室。阿翔照正治的指示，先抽出笔记型PC内的端子，插入声纹识别装置旁的插座上，再将芸雁的携带电话置于笔记型PC的数据机接收盘上，打开笔记型PC与携带电话的电源。透过携带电话的转接，远在保健室的正治成功连线上阿翔手中的笔记型PC，并由此入侵控制声纹识别装置的电脑中。不一会儿，正治打电话来，宣称该程式已被破解，任何人的声纹均可骗过该装置。半信半疑的阿翔只得伸手一试，大门果真应声而开，众人边佩服正治的　威力-，边奔进禁闭室，找到了被手铐铐住的沈丽，阿翔连忙用开锁器解开沈丽。沈丽说明她被关进这房间时，里面居然有意外的人物在　学生会长。但随后萍香就被校长远从罗马聘请来的世界史教师带走了。沈丽并指出该世界史教师身份极为神秘，似乎并不是单纯受聘来教书，而是另有目的。
　　23.众人顺利回到保健室。为获取更进一步的学生会内部情报，阿翔提议救出萍香，沈丽仅听到那外国教师好像是要带萍香去「拷问室」，但连沈丽都从没听过绿原高中内有「拷问室」这种设施，正治打算利用笔记型PC入侵教务处电脑调学校平面图出来查，但这要花上一些时间。正好此时突然有不明携带电话声大作，阿翔这才想起演艺社长　蕙曾给他一支携带电话，连忙接起。电话内容颇为惊人，蕙被演剧社社长绑架了！演剧社长还邀请阿翔等人到天文馆参观她处决蕙的仪式。毕竟是已承诺当蕙的BODYGUARD，阿翔决定正好利用正治分析学校平面图的空档去救蕙。
　　24.众人赶到天文馆，发现天文馆已被演剧社布置成15世纪英国乡间空地景色，蕙被绑在立于空地中央的十字架上，十字架底下埋满大捆的木柴。周围围着一圈手持长枪，由演剧社员扮成的英国皇家士兵，演剧社长则身着全副盔甲，右手握长剑直指蕙，左手则是持一火把，宣判着蕙的罪状。阿翔见场内气氛凝重，立刻便冲上舞台要救人，与演剧社长交上手。战胜后，蕙立即与演剧社长发生争论，彼此指摘对方所追求戏剧文化上的缺失，两人的舌战进入白热化，谁也没注意到滚落在旁的火把点燃了连接埋在道具木柴堆里舞台用效果烟雾火花的引信，一阵爆炸，在场中人全被喷的灰头土脸，无一幸免。遭池鱼之殃的阿翔无言地将播音室钥匙与携带电话交还给蕙，决定辞去BODYGUARD的职务，转身便要离去。为平息阿翔的怒气，蕙献上她手上目前被视为最高机密的新歌试听MD；演剧社长则是奉上她调教社员用的鞭子。两人随即又为彼此赠品的价值开始吵架，阿翔对芸雁摇摇头，一起返回保健室。
　　25.回到保健室，正治恰好也完成了校园平面图的分析。虽然平面图上没有看见任何标示「拷问室」的设施，但正治发现主校舍的结构有异，与钟塔呈相对位置的东校舍南端，平面图上看来似乎是东校舍的一部份，实际上是一处利用视觉差异隐藏起来的封闭区域。正治推测这极有可能便是他们要寻找的「拷问室」，阿翔也同意正治的推理，即刻便出发前往该处去调查。
　　26.众人在东校舍绕半天，找不到任何能进入拷问室的入口。芸雁建议从校舍外调查所有窗口，说不定能有所发现。阿翔等人爬上最靠近东校舍窗口的一棵大树上，果然在最上层的一个小窗口内发现了拷问室。拷问室内只有Krsnik与萍香两人，Krsnik似乎在向萍香逼问什麽，萍香不答，突然Krsnik伸手打了萍香一巴掌。阿翔见状大怒，欲冲进拷问室，但窗口太小，根本容不入人身。阿翔急中生智，随手将演剧社长给的鞭子丢入窗口，正好落在萍香手旁。不可思议的事发生了，披头散发、手握鞭子的学生会长　萍香突然开始燃烧！阿翔还弄不清是怎麽回事，只见房间内掀起一阵暴风，风势之烈，将整个房间内的摆设全部卷起，一张椅子正好砸在墙角的一部电脑上，触动了拷问室密门的开关。阿翔见机不可失，连忙爬下树赶往拷问室。拷问室内一片狼藉，Krsnik与萍香双双昏倒在地上，由于控制密门的电脑毁损，室内警铃声大作，为避免无谓的麻烦，阿翔决定先把萍香带回保健室再说。
　　27.众人刚到保健室，却看见惊愕的情形　保健室门口布满了武装风纪委员。在阿翔离开的这段时间，保健室竟已被攻陷。阿翔原本还打算冲进保健室救人，随即为芸雁阻止。芸雁不认为正治等人被俘后还会在保健室内，理论上应早就被押送到别处了，留在保健室的风纪委员都是埋伏要等阿翔自投罗网的，无可奈何的阿翔只得离开保健室。瞬间失去了强大的后援，阿翔顿时不知该如何是好，更何况还拖着失去意识的萍香。阿翔考虑在最糟的情况下，恐怕得先撤出校舍。此时阿翔怀中的笔记型PC突然响起「NewMailNotification」的语音声，连忙打开一看，居然是正治送来的。原来正治早在风纪委员突袭之前便已收到预警，事先带领其他人离开了保健室，抵达安全地点，正治并已派人至焚化炉处准备接应阿翔。
　　28.重新燃起希望的阿翔，连忙赶往焚化炉会合。意外地，在当地接应的人，竟是先前曾和阿翔交过手的「绿原圣战组织」！尽管满腹的疑问与不信，阿翔还是决定随圣战组织行动。圣战队员领着阿翔等人来到中央旧校舍，见到了正治及敏敏一行人。原来正治的另一身份，竟是绿原圣战组织的最高领导者！从阿翔入学以来，所有撞见有关圣战组织破坏的行动，都是为了营救被捉的正治而发起的，其中当然也包括了绑架学生会长为交换人质的那次事件，结果却无巧不巧因阿翔的多管闲事告败，幸好之后阿翔又救出了正治，才未和圣战组织结下梁子。正治并解释这旧校舍本是绿原高中创校前的前一间学校的旧址，校长不知为了什麽缘故将它留了下来。少数被校内学生会迫害的地下社团便迁移至此，联合成立了绿原圣战组织来对抗学生会，总部即是设在这旧校舍。
　　29.经过沈丽的治疗，萍香逐渐恢复意识。连续蒙两次救命之恩，萍香决定不再对阿翔隐瞒事实，众人终于从萍香口中得知学生会的真相。原来萍香所谓的学生会长职称，只是个傀儡罢了，真正负责人是世界史教师　Krsnik，先前要拘捕阿翔与芸雁的英文手令，便是出自他手。Krsnik受聘远从罗马来绿原高校，当然不是单纯教书而已，萍香有理由相信Krsnik正帮教务主任训练一支强大的　战斗部队-，以弥补风纪委员扫讨圣战组织的不足。至于Krsnik带她去拷问室的理由，是要逼她交出绿原高中的学生名册，萍香为了保护学生的隐私，一口回绝，因而触怒了Krsnik。谈话告一段落，正治邀请众人参加下一步的作战会议。

　　30.不管校长、教务主任、或Krsnik的目的为何，众人一致同意，眼前首务是要尽快解放全校师生的洗脑状态。正治决定尝试再度入侵学校主电脑，想办法获取更多有关解毒音乐的情报；敏敏则率领圣战组织在旧校舍周围建筑防御工事。原本就是接受委托，要帮老爸找失踪学生的阿翔，正好利用此空档向萍香商借学生名册调查该学生的资料，萍香说明当初为了防止圣战组织图谋此物，她早将学生名册寄藏在图书馆中。由于萍香提到Krsnik也亟欲想取得此物，阿翔决定立即前往图书馆取回。
　　31.顺利取得学生名册，阿翔迫不急待地翻开查阅有关「千香」的个人资料，大惊。千香竟是通缉有案的前不良女番长，由于她不欣赏校长的现行教育体制，遂联合非法社团和同好会成立地下组织，与校长公然对抗。校长为收拾失控的局面，遂延请现役教务主任来接管新校务。教务主任果不负期望，上任后立刻重组新学生会，建立风纪组扫讨地下组织，大获胜利，据公式记录上记载，千香最后领着残部消失在西部校区之后，就再也没有人见过她。意外得知绿原高中尚有西部校区的存在，阿翔极为惊讶，当下便要回旧校舍询问正治，突然一阵爆炸，将众人震的东倒西歪，连阿翔手上的学生名册都掉落至墙角。阿翔刚想奔去捡，猛地从中间地板窜起一道火墙，阿翔吓得连忙后退，随即整座图书馆已陷入一片火海。由于火势过于凶猛，阿翔不得不断了捡回学生名册的念头，赶忙带着芸雁等人逃出图书馆。在阿翔脱离图书馆的同时，Krsnik的身影随即出现在图书馆内，只见他举起右手缓缓一挥，图书馆的火焰迅即褪去，所有的内部书籍设施完好无损，原来这场大火全是Krsnik制造出的幻象而已，如此Krsnik轻而易举取得了学生名册。
　　32.返回旧校珊筢，阿翔询问正治是否知道西部校区之事。正治表示他也是第一次听到，不过他推测若真有西部校区的存在，应该也是在这绿原高中创校之前便已规画出来了，换句话说，前往西部校区的门户，极有可能便是在这旧校舍中！为印证正治的推理，阿翔等人开始在旧校舍内仔细搜索，逛了半天却无所获，最后还是眼尖的芸雁发现，旧校舍一楼的楼梯有向下延伸的迹象。阿翔撬开一看，果然是一条地道。阿翔领头进入地道调查，意外发现该处竟是一座地下铁月台！众人欲继续沿铁轨向内部探索，不料却遇见障碍物　落石崩塌，一节列车尚埋在里面。不得已只好返回旧校舍。正治对阿翔的发现极为兴奋，立即指挥圣战组织中的土木研究社成员前去开路，敏敏则是对那节废弃列车有很大的兴趣，但在此之前，她必须先修复地铁的电路系统，这需要阿翔等人的协助。
　　33.阿翔带着敏敏来到月台旁的动力室，敏敏快速地巡视一遍，发现主电力系统毁损得极为严重，但备用系统倒是还颇完整，只要将回线接上主电路即可，但这有一个大问题　要启动备用电力，必须使用两具能承受一万伏特的电容器才行，敏敏要阿翔帮她这个忙。但芸雁质疑，这种工业用器材可不是随便在路边的五金杂货店能买到。敏敏闻言，从口袋取出一张纸递给阿翔　上面是古玩「异珍堂」的地址。在敏敏的保证下，阿翔决定潜出校园，走一趟异珍堂。
　　34.在圣战组织的掩护下，顺利引开了把守校门的风纪委员，阿翔等人得以趁机脱出。照着敏敏给的地址，阿翔找到了异珍堂。在报上敏敏的大名与亲笔介绍函后，老板才认定阿翔有资格成为他店内的顾客。如此，顺利地买到了敏敏所要的电容器。
　　35.回到旧校舍，将电容器交给敏敏。此时正治通知阿翔，指地道落石也已差不多清除完毕。众人略做休息，做好最后准备，开始踏上探索西部校区之旅。走了相当距离，又碰见一处落石挡住去路。阿翔使用笔记型PC和正治联络，正治回覆需等敏敏将列车修复后，方能载运人员与装备过来清除。阿翔不愿意就这麽无功而返，乾脆直接从落石崩落处的上方裂缝爬出地面，继续探索。
　　36.一爬上地面，众人不禁愣住，眼前竟是一大片宽广无际的森林，毫无人烟迹象。芸雁询问是否要就此打住，阿翔仍不死心，打算强行穿过这片森林。（这片森林事实上是一座无限回廊的树海迷宫，有进无出，唯一脱离的方法是找到位在森林中的「越战丛林游击爱好会」碉堡。）阿翔发现碉堡时，碉堡却发生恐怖的事：一株巨树从碉堡内长出，冲破碉堡顶向天空延伸，几达云端。芸雁注意到在树根附近及地面有些　熟悉-的东西散落，如生存刀、果汁罐、背包、以及空弹匣等，怀疑在树上可能有人，建议阿翔爬上去调查。
　　37.众人沿巨树向上爬，在树顶发现三位被巨藤蔓缠住的「越战丛林游击爱好会」队员。原来他们本都是绿原高中学生，在一年前因新教务主任的改革下被风纪委员追杀，四处亡命之际，误入这树海中。由于无线电遗失，他们无法与其他队员联系，为求脱身，便先建立这座碉堡以为据点，再以此为中心逐步向外探索。不料某天晚上，此巨妖树突然袭来，他们反应不及被捉，就这样困在树上至今。巨妖树会从树顶丢东西下来，往上爬时要小心被打到会失去体力。
　　38.由于和爱好会员同届的学级生均已毕业，阿翔又说明目前学校内发生的巨变，失去返校意愿的爱好会员决定留下来帮助阿翔解决这事件。首先他们带阿翔等人脱离树海，之后便回来重新整备碉堡，这是阿翔在西部校区唯一的补给休息站。脱出树海后，爱好会员告诉阿翔再往前是未探索区，极有可能是生物社培植的热带雨林，他们相信穿过雨林后会有惊人的发现。爱好会员返回碉堡时会在树海中开辟一条通路，此后阿翔回碉堡就不需再绕迷宫。
　　39.热带雨林分为三个区域：沼泽区、落穴区、及骤雨区。沼泽区深及腰部。落穴区是一大片茂盛的野草区，草高及颈，此区虽不会妨碍移动，但因草过于茂密，隐藏了许多的落穴，落穴里会埋伏有敌人。骤雨区的特色是骤雨会冲退欲前进的队伍，众人必须利用散落河流中央的石块或河流四周的平地穿梭前进。好不容易脱离雨林，眼前迎接阿翔的，竟是一座巨大的螺旋塔。
　　40.正当众人错愕的当时，突然一阵爆炸，艾琳被劫走。阿翔大惊，急领众人冲上螺旋塔。（如果艾琳不在队伍内，则无此段剧情）打倒沿路驻守的圣殿骑士团，终于抵达塔顶。只见Krsnik正要拉艾琳上直升机。阿翔见状一声喊，众人与Krsnik交上手。
　　41.打倒Krsnik之后，在阿翔的逼问下，Krsnik才透露他的身份与追杀艾琳的理由。芸雁听后，随即为艾琳辩护，指艾琳并不会因嗜血而危害人间，但Krsnik指控艾琳必定拥有吸血鬼的特质，如惧怕阳光、大蒜、十字架等。芸雁闻言，立即一一举证为之推翻，像带艾琳去晒太阳、吃水饺、戴十字架项链等，Krsnik见艾琳历经一连串测试均无事，终于承认此事实。失去了目标，Krsnik怅然决定返回罗马。离去前他留给阿翔一句暗示：欲阻止教务主任野心的关键，就在这螺旋塔底下。芸雁建议阿翔在深入敌阵前，先和正治联络一下，除了报告艾琳平安无事之外，也顺便告知他们下一步的行动。正治收讯后，立即覆电阻止，原来正治担心阿翔欲潜入的地区会干扰携带电话的收讯，他可能无法即时在线上协助阿翔，因此要阿翔先回树海的碉堡，他会请敏敏指导爱好会员制造一具增幅器，强化携带电话的发信功能。
　　42.取得增幅器后，众人从塔顶上的隐藏升降机下降到地面下区域。一出升降梯，众人不禁仰天，底下竟是一座巨大的研究基地，基地分为Ａ、Ｂ、Ｃ等三区。众人从出发，需找到下降至Ｂ区的电梯口才行。
　　43.Ｂ区的录音室与管制室为一般电子锁，可靠正治从外部解开，唯一未上锁的是警卫室。而冷冻室无法从外部打开，必须透过管制室的电脑警卫系统从内部开启，位在冷冻室末端的电梯也是唯一通往Ｃ区的门户。这区的攻略过程是：众人先穿过消毒室，让正治解开管制室的电子锁，打倒管制室的敌人后，正治可从管制室的终端机取得基地平面图与房间配置。再透过正治的指引，一行人得以潜入录音室，找到解毒音乐CD，用之前蕙给的MD录下来。由于芸雁质疑冷冻室的目的，众人再回到管制室，请正治打开冷冻室的入口。当众人发现冷冻在胶囊内的强化人间时，无不震惊地愣在当地，里头全是身着绿原高校制服的男女学生。任一伙伴（艾琳、萍香、或沈丽）会发现他们全是失踪多时的各格斗系、体育系社团的社长，阿翔听后当下便皮痒地乱动装置想解除冷冻状态，结果却误开了保存武神流基因子的胶囊，教务主任辛苦培育复制的基因子全数毁于一旦。
　　44.Ｃ区房间全为卡片锁，正治的HACK与敏敏的万能开锁器全派不上用场，需回Ｂ区警备室找出警备人员持有的备用卡片锁。隔离观察室需从实验室Ⅰ进入。千香便是沈睡在隔离观察室，当实验室Ⅰ的教务主任发现阿翔等人冲进来时，大惊，原来教务主任刚完成从千香体内切取新细胞样本的手术，麻醉药剂的效用已尽，千香随时可能清醒，为避免她和阿翔等人接触，教务主任立即指挥身旁的亲卫队一起扑上来。教务主任败后立即窜出实验室Ⅰ，众人尾追出去，但芸雁突然感应到千香的　气息-，独自一人返回实验室Ⅰ。千香果然受到芸雁的气波动而惊醒，两位表姊妹在意外的场合下第一次见面，千香的意识压抑不住武神流隐性的力量，开始攻击芸雁。
　　此战不管胜负，千香都会逃走，而芸雁则因力尽而昏倒在地上。同时间尾追教务主任的阿翔等一行人，在电梯口碰上掩护的亲卫队，让教务主任逃上Ｂ区。解决了亲卫队，正要进电梯时，阿翔发觉芸雁不在队伍内，连忙赶回实验室Ⅰ，找到昏迷的芸雁。而逃上Ｂ区的教务主任，原本想取回冷冻室的武神流基因子另起炉灶，发现已被鲁莽的阿翔毁了，狂怒地失去控制，将所有冷冻的强化人间全释放出来，下令杀掉阿翔等人。
　　45.芸雁虽无事，但意识尚未清醒，担心的阿翔亟欲护送芸雁回旧校舍，即刻便通知正治他们即将离开基地，正治则提醒阿翔看看能否取得任何有关这基地研究的资料，这在日后要控诉以校长为首的理事会是极有力的证据。所有记录教务主任研究过程的资料就在实验室Ⅱ里的电脑内，阿翔可在实验室Ⅰ电脑处拾得MO，再至实验室Ⅱ将档案备份下来。
　　46.在爱好会员的接应下，阿翔等人顺利脱出基地。此时敏敏也已将列车修复，土木研社员乘着地下铁一路清除障碍，直来到地铁尽头。当他们　破土而出-时，正好遇见阿翔等人，还在担心得穿越雨林树海才能回旧校舍的阿翔大吁一口气，众人乘列车返回旧校舍。
　　47.利用旧校舍的设备，沈丽帮芸雁做一次全身检查，确定并无大碍后，众人来到情报室。从阿翔带回的MO中，发现了惊人的阴谋：研究基地的目的是要制造最强战士。教务主任先从千香体内取得武神流的基因子，再利用自各格斗系、体育系社团绑架而来的社长为实验体。原来这就是千香失踪的原因，以及冷冻胶囊内各社团社长的由来。即使身为武神流继承人的芸雁，也未曾听其母提过武神流高手中有千香这名字。但在和千香交手之后，寡欲如芸雁者也不禁乱心，一股莫名的渴望想知道更多有关千香的事。在众人的注意力均放在MO内容时，芸雁悄悄地离开房间。失去了芸雁，眼前仍有亟待解决的危机与任务。尽管千香再度行踪不明，阿翔还是决定先以携带电话联络千香的母亲，千香的母亲听后，和阿翔约定隔天将亲自来学校与阿翔见面，以了解整个事件的过程。
　　48.该如何为全校师生解除洗脑电波？正治建议「以其之道，还治其身」，教务主任利用校内广播放毒，他们就以校内广播解毒，但这需取得音乐关系人的协助才行。阿翔闻此言，脑中立即浮出一个名字　蕙。但由于之前已辞去了蕙的委托，阿翔没把握蕙愿不愿意帮忙。透过芸雁留下的携带电话，阿翔得知蕙正在唱片公司的录音室录音，由于电话中不便说明，蕙要阿翔直接到唱片公司找她。阿翔等人再次潜出校园，来到唱片公司与蕙见面。蕙听取阿翔的计画后，倒是很爽快地答应帮忙，不过，条件是　阿翔必须继续履行先前的委托内容。迫于情势，阿翔不得不点头。交易成立，蕙随即取了阿翔录有解毒音乐的MD，至录音室将之还原压制成CD，连同播音室钥匙与召唤用携带电话一起交给阿翔。
　　49.众人回到校园，再度攻上钟塔。看守在播音室门口的，居然是教务主任豢养的豪犬群。好不容易战胜，阿翔连忙冲进播音室，将解毒CD放进PLAYER内，按下播放键。有如聆听天籁之音般，全校洗脑师生眼中的狂气逐渐消退，一一颓倒在地。从展望窗确认成果的阿翔，即刻便通知正治等人。正治推测校长与教务主任等必有所行动，要阿翔先去校长室捉人。
　　50.阿翔赶至校长室，可惜扑了个空，无奈只得回到社团大楼。全员会合。由于校内一团混乱，正治建议先回复学校功能为首务，众人均表赞成。正治　与敏敏一起带领土木研究社、电机研究社修复损坏的社团教室、校内设施等。艾琳　整顿宿舍大楼，并暂代舍监职务。沈丽　回保健室照顾解除大批的解毒昏迷师生。辛格　帮忙沈丽搬运校内昏迷师生至保健室休息治疗。萍香　重整学生会与行政、教务大楼，并暂时接任校内行政职务。如此，众人忙到深夜，方各自返家。
　　51.隔天清晨，阿翔来到学校的保健室，帮忙沈丽照顾昏迷师生。不久，突然一学生会员敲门，通知阿翔有外找。阿翔已猜测到来客者的身份，便叫该学生会员去延请艾琳、正治等人齐来保健室会客。众人到齐后，萍香领着一名贵妇人走进来，此贵妇人便是千香的母亲。双方做完自我介绍后，在阿翔的要求下，千香之母道出了一连串惊人的事实。阿翔则报告有关他查得千香的个人资料与尝试寻找千香的过程。千香之母非常讶异，她指出在分居前，千香一直是非常乖巧的女孩子，为何如今竟成为不良女番长？若根据阿翔的说法，千香会率领非法集团公然对抗校长，显然这对父女有很深的嫌隙，到底这几年来，校长和千香之间发生了什麽事，严重到父女阋墙？阿翔提出「武神流」可能是解决这一切事件的重要关键，但千香之母对此却支吾其词，彷佛想规避阿翔的质问般，此时保健室门突然打开，芸雁走了进来。
　　52.原来芸雁昨天在乱心之余，决意回房邸询问母亲有关武神流与千香之事。千香之母见芸雁显然已知道真相，遂不再隐瞒。但千香之母对千香何以仅是与芸雁见面，就足以引出其武神流之力量感到疑惑。芸雁自小受乃母训练，身负武神流术是理所当然；然千香之母从未对女儿提过「武神流」这三个字，更甭提传授武艺了。唯一有可能的，就是丈夫（校长）打破了当年和她的约束　告诉千香她的身世。（阿翔此时忘了提教务主任在进行复制武神流因子的实验。）若真是如此，按照当年的约定，千香之母有权带走千香。这也是千香之母今天来绿原高校的理由，她要当面与校长对质。
　　53.现在问题是，没有人知道校长躲到哪儿去了。这时芸雁递出两张照片，原来是芸雁拜托阿福使用同步卫星拍摄的绿原高校鸟瞰图。（即东部校区与西部校区）众人研究照片后，发觉有两处可疑的地点。一是在东部校区的学校后山隐藏有奇妙的建筑　（校长的私宅）；另一处是西部校区，位在研究基地北方的一处空地（机场）。为安全起见，阿翔婉请千香之母先留在校内，等他们发现校长或千香时，会立即以携带电话通知。整备后，众人即刻出发。
　　54.众人沿路击退埋伏的亲卫队，攻入别墅，找到了校长。意外地，教务主任也在旁，他立即指控阿翔等人对千香有企图。校长愤怒地申明，绝不会让他心爱的女儿被阿翔等人掳走，阿翔还不及说明来意，校长便已发动斗气，众人只得动手。打败了校长，教务主任却已悄然失踪。阿翔解释他们来此的目的，但校长毫不相信，不得已阿翔只好电召千香之母。此举果然有奇效，校长显然对千香之母有所愧疚，黯然低下头，道出他们自分居以来数年间的真相。
　　55.千香之母质问有关武神流之事，但校长对此也感到极为惊讶，他表示一直都遵守与妻子的约束，从没告诉千香任何有关武神流之事，他只是支持教务主任使用他研发的新科技　洗脑电波来矫正千香的思想。阿翔则怀疑校长的说词，立即取出自研究基地取得的MO作为证据。校长阅读MO内容后脸色惨变，原来这一切都是教务主任的阴谋。一年前教务主任率领风纪组打败千香后，便以　矫正治疗-的理由将千香留置，当时校长救女心切，只得听从教务主任的命令。一年来，校长屡次想见女儿，都被教务主任以　治疗中-挡回，毫不知教务主任其实是在利用千香复制武神流基因子创造最强战士。千香之母听后，才明白原来是教务主任引出了千香的力量。问题是，教务主任何以知道千香拥有武神流的力量？校长发誓他绝无泄漏一字一句。千香之母突然出口询问教务主任的名字，当校长说出「veda」时，千香之母差点晕倒，此人竟是她们以前的管家！veda极好武术，行事手腕以强权着称。他年轻时遍访全世界之各武术门派，就是想成为史上最强的格斗家。武神流全盛期时他即慕名而来，假管家之身分，意图一窥武神流术之奥秘，后虽得知该独门武术仅女子能得惠，仍不死心，尝试想以科技取得，便开始研究武神流者血统。不久即为当主（芸雁、千香的外祖母）识破，veda察觉阴谋败露，逃走。却万万没想到此人深谋远虑，竟能隐忍十数年，利用武神流姊妹阋墙的时机，从中获取了千香。
　　56.千香之母话说完，阿翔连忙先以笔记型PC联络正治封锁校内所有出口，防止veda脱出。芸雁询问校长veda是否有其他可能逃出学校的路径，校长猛然想起位在西部校区北方的机场。事不宜迟，阿翔等人急忙赶至旧校舍搭乘地下铁，奔赴最后的战场。
　　57.一一打败埋伏在机场四周的强化人间，冲进机场时，发现跑道上已有架螺旋桨小飞机蓄势待发，机舱入口赫然便是veda，正抱着千香欲上机。由于原先取得的武神流基因子已被阿翔毁了，veda打算挟持千香逃至国外，继续研究。veda见阿翔等人出现，忙喝令驾驶员起飞。飞机逐渐加速驶离跑道，阿翔等人眼看着就要功亏一篑时，芸雁突然袭来一阵剧烈的头痛，几乎同时刻，一股巨大的斗气从飞机内冲逃邙起，veda座机当场爆炸起火。众人聚集至燃烧的机骸旁，只见veda落在不远处的跑道上昏迷过去，显然是因爆炸被抛至此。
　　众人正担心千香安危时，不可思议的事发生了　千香全身气劲流转，缓步从火中走出。阿翔正要上前，从后追来的千香之母见状大惊，急忙叫住阿翔。千香隐藏的武神流力量本是被veda以　萃取-的方式导出，不料在最危险的阶段时，她却意外地和芸雁接触（研究基地一战），未受母亲启蒙的千香当然不知该如何制御自己的力量，在连续被芸雁呼应的结果下（适才芸雁头痛的原因），斗气如怒涛汹涌，一发不可收拾。千香即刻便发现芸雁的存在，浑身斗气暴涨旋转、形成巨大气壁，将阿翔等人卷入。（正好将其他人隔离战场）芸雁告诉犹豫中的阿翔，眼下已无时间思考补救的方法，唯有打倒千香。
　　58.决战后。在芸雁一再恳切地要请下，为挽救意识不明的女儿，千香之母终于肯首，答应将千香送至白邸的专属医院治疗，条件是芸雁需保证她母亲不能将她们姊妹间的恩怨迁怒至千香身上。芸雁承诺后，随即电召阿福，驾驶私家用直升机来此接送千香就医与众人返宅。此时千香之母表示要先回校联络丈夫，便独自一人离开了机场。veda事后则由阿福联络国际犯罪组织将之引渡出境。