故事发生不久的将来，2052年时世界一片混乱，洪水爆发、经济衰败、污染遍地、恐怖活动横行，绝症"灰死病"（Gray Death）到处肆虐。玩家扮演身上加装"分子机械"的新一代人类，为"联合国反恐怖联盟"（UNATCO，United Nation Anti-Terrorist Coalition，这是真实存在的组织）新进探员，奉命调查"灰死病"疫苗在运送途中被恐怖份子劫持的事件，而在逐渐深入调查之后发现疫苗事件只是冰山一角。朋友与敌人的界线慢慢模糊甚至掉换，每一件事背后似乎都有骇人听闻的阴谋，而全部的阴谋都指向同一个组织，一个隐匿数年准备一举接管全世界的地下团体。
　　1． New York Liberty Island
　　一开始你位于SOUTH DOCK，向前走，在右边地上可以捡到一个撬杆。打碎旁边的木箱可以捡到望远镜（其他的东西没什么实际用处，不捡也罢）。继续走转左，看到一个黑衣人，他就是你哥哥PAUL DENTON了，对话后了解一些信息并接受任务--去图书馆解救人质。最后他会让你从狙击枪，GEP GUN（发射榴弹）或者弩三种武器中挑一件（我选了狙击枪），挑完就可以从出口出去了。出了SOUTH DOCK向右转贴着墙一直走，躲开巡逻的NSF恐怖分子（当然也可以一路杀过去），到达NORTH DOCK的入口，里面有两个恐怖分子，干掉他们之后，走去海边的小屋，见到HARLEY FIBEN，跟他谈话（对话是有个选择，我选了YOU CAN TRUST ME），拿到正门钥匙和恐怖分子头子的相片之后就可以离开了。屋里有一个女孩DRIFT，和她对话可获取一些子弹。离开NORTH DOCK，准备进入图书馆，这里有两种方法。
　　方法一：出了NORTH DOCK一直走，穿过一段很黑的路段之后，就来到了图书馆正门附近。恐怖分子在门口设置了一个自动防卫机器人来回巡逻，小心地躲开它（只要不在它正面出现或攻击它就没事），先走去对面，在一个箱子顶上看到一个电子记事本，阅读它可得到正门控制器的用户名和密码（用户名：NSF001，密码：SMASHTHESTATE）。趁防卫机器人走到另外一边的时候，赶快跑到正门前面，在左边的墙上发现控制器，打开它输入刚才得到的用户名和密码，启动控制器，打开正门并关掉正门上边的感应控制机关枪。从正门进去，小心躲开守卫和墙上的感应器（这里要万分小心，被发现的话，会有守卫拉响警报导致大批恐怖分子冲出来），从大厅雕塑后面的楼梯上去，往上走一直到顶楼。
　　方法二：出了NORTH DOCK向左走（就是来的时候经过的路），走到摆放了一大堆集装箱的地方。从梯子上去（有些跳不上去的地方可搬动旁边的箱子来垫脚），这样就可以到达图书馆的屋顶。干掉屋顶的守卫，走到一个有斜坡向上的地方。这里可以从斜坡下面的门口进去，沿楼梯往上走。或者沿斜坡向上，上面一共有四个入口，其中一个有两个守卫，另外三个有感应毒气释放器（可以摘下来）。进去以后，从中间屋子左边的楼梯向上。
　　终于来到了最高一层，看到了恐怖分子头子，和他对话之后，（不要激怒他，对话的时候选TELL ME ABOUT THE SHIPMENT AND I’LL ORDER THE TROOPS TO PICK YOU UP AS A PRISONER INSTEAD OF CORPSE）图书馆的任务就完成了，整个LIBERTY ISLAND地区都安全了。离开图书馆，来到UNATCO HQ（UNATCO总部，就在SOUTH DOCK出口附近），和门口的PAUL对话之后，进入总部，沿楼梯向下，来到地下第二层，进入JOSEPH MANDERLEY的办公室。进去以后，先和他的秘书交谈，拿到用户名和密码（用户名：JCD，密码：BIONICMAN），以后就可以在电脑上查询一些资料了。
　　进入里屋，和MANDERLEY交谈之后。出了办公室，在向下走，来到地下第三层，在JAIME REYES处接受身体检查，在SAM CARTOR那里取得装备。然后回到第二层MANDERLEY的办公室，和PAUL以及MANDERLEY对话之后，出来进入旁边的休息室，进入休息室里右边的门，看到里面有一男一女在争论些什么，和那个女探员对话，得知她就是ANNA NAVORRE，自己将来的行动同伴。来到一开始的SOUTH DOCK，看到海边有一艘船，上船（对准船右击鼠标）就可以离开LIBERTY ISLAND了。

　　2. NewYork Battery Park
　　来到码头，跟着NAVORRE后边一直跑到CASTLE CLITON门口，和她交谈两句，然后从正门进去，干掉在院子里巡逻的几个守卫之后，进入正中的破房子，撬开地上的一个锁住的箱子，阅读里面的一个电子记事本可得到一个密码--666，撬开旁边的门，进去以后，在墙上的控制器输入刚才得到的密码。这时候地上的挡板会打开，走进去。下了楼梯，马上把左边墙上的开关按下。打开左边的门，干掉里面的一个守卫，下楼梯以后蹲着走，避开墙上的感应器，来到另外一间屋，所要找的MABROSIA STORGE CONTAINER（一个绿色的东西）就在右边的门口里，进去以后干掉左边天桥上的一个守卫，右键点击它（这里动作要快，否则激活墙上的自动机枪就麻烦了），就可以完成这个任务了。原路返回，和NAVORRE对话，得到一些装备以后，就可以去地铁站了。
　　这里有另外一个方法进入CASTLE CLITON，在码头会碰到一个小孩，和他对话，他会向你讨吃的。如果你身上有，他会告诉你偷听到的NFS密码（9183），撬开码头上一个自动贩卖机旁边的盒子，在里面的控制器里输入刚才得到的密码，自动贩卖机会移开，这里是CASTLE CLITON里面那些屋子的后门，一直走也能找到MABROSIA STORGE CONTAINER。这样可以避免院子里的战斗。
　　到了地铁站（在CASTLE CLITON左边），干掉楼梯下面的几个守卫，跳过箱子。发现楼梯被红外线网封锁了，如果硬闯的话，会引发月台上的炸弹，伤害到人质的安全，原路返回出了地铁站，搜索周围的几间屋子，发现一个冒着气的排气管道，掀开盖子进去，找到一个出口，可以跳到月台上，干掉月台上全部的守卫以后（小心地上标着TNT的箱子），人质就安全了。按下地铁门旁边的开关，开门进去，地铁就会把你送到HELL’KITCHEN。到了那里，在月台上遇到PAUL，他交给你新的任务。出了地铁站，向右走，看到两个警察，再向前走一点。就来到了TON HOTEL的正门。
　　进去以后，走到大堂，看到了职员GILBERT RETON，干掉躲在他旁边的恐怖分子以后，他会告诉你楼上还有两个。沿楼梯上去，干掉另外两个恐怖分子。和那个男的对话可以得到一个密码--RIGHTEOUS。然后就可以去PAUL的房间了（门口放着报纸的），撬开房门进去，来到大厅，阅读茶几上的电子记事本可获得密码。然后揭开中间柱子上的一幅画，看到后面的控制器。输入刚才得到的密码--4321，就可以打开茶几后面的门。进去以后，可得到大量道具。阅读地上的电子记事本，得到PAUL的计算机信息（用户名：PALENTON，密码：CHAMELEON）。
　　这里有另一个方法进入酒店：在遇到两个警察的地方，后面的墙上有个洞，钻进去，用旁边的箱子垫脚，跳起来抓住梯子爬上去。从开着的窗子进去，就是PAUL的房间了。
　　出了酒店，来到地铁站前面街上的THE UNDERGROUND酒吧（门上有红灯，最好不要手持武器进去，否则会有麻烦），和吧台旁边的一个黑衣男子对话，他会两次让你买啤酒给他，在旁边买了交给他，就可以听到所有信息了（记住SMUGGLER）。继续往里走，会有一个女的让你帮忙就她的朋友。从酒吧后门出来，在右边的一个拱形门洞里，看到一男一女。和那个男的对话，选最后一个把他吓跑，救下刚才那个女孩的朋友SANDRA REATON。和她对话，她会告诉你想进入JOJO’WAREHOUSE有两条路可以走，正门有大量自动武器守卫，十分危险。另外从房顶也可以进去，守卫较松。来到酒店旁边，这里警察和恐怖分子正在激烈交战，站在旁边看热闹，等战斗结束以后，上去捡东西。然后从OSGOOD & SONS IMPORTS的门进去，打开唯一没锁的门，来到后面的一个小院子，抱来旁边的箱子垫脚，跳到架在铁丝网上面的木板上，翻过去。沿梯子上到第二层。
　　这时候，如果跳过另外一边的铁丝网，可以去到正门。如果选这条路的话，先离开铁丝网远一点，把对面黑暗处的油桶打爆。跳过去以后，会看到有一堵墙被炸没了，沿着这条路一直走，就到了正门。也可以穿过右边的红外线网，迅速用手里的多动能工具开启右边墙上的开关，关闭这里的自动防御系统，也可以去到正门。从正门进去，打爆一楼地上的一个油桶，发电机就炸毁，这个任务就算完成。
　　如果刚才不跳过来，沿梯子一直爬到房顶。在左边有一个房顶上很多天线的房子，在房顶间跳跃，来到这个房顶。沿梯子下去。来到二楼的电脑室，打开电脑（如果电脑水平够高的话，可使用HACK手段），直接关掉发电机，就可以完成任务了。
　　完成这个任务，再往上走，回到房顶。坐直升机回到总部。
　　到了总部，去向MANDERLEY汇报。到了他办公室，发现他正在忙，秘书让你等一会儿。站在里屋门口，听到里面有个家伙正在说不利于你的话。等那个家伙走了，进去汇报并接受新任务。出来先去第三层SAM CARTOR那里获得一些装备，然后就可以走了。出了总部，搭上直升机，就又回到了BATTERY PARK。

　　3． NEW YORK BATTERY PARK 2
　　再次来到地铁站，这里已经安全了。和在地铁周围的几个流浪的人对话，其中一个会卖子弹给你。进入地铁站，看到一个电话亭样子的地方，里面有个控制器，可惜不知道密码。在月台上碰到以前在NORTH DOCK碰见过的HARLEY FIBEN,和他对话得知地铁站外面有个叫CURLY的人知道密码（要先花500块向FIBEN买到密码UNDERGROUND，否则CURLY不会告诉你）。出了地铁站，在前面的一间屋子里找到CURLY，和他对话得到控制器密码--6653。回去地铁站，在哪个控制器上输入这个密码后，电话亭会转动并带你到一个地下通道，走到尽头，从天井爬出来，就到了废弃了的BROOKLYN BRIDGE站。
　　在月台上转，碰到一个人告诉你一些关于这些长年住在地下的鼹鼠人的情况并要你帮他们去打开水泵。先去到对面月台的男厕所，里面有个人声称他有LAM炸弹，但是他要求用ZYME交换（如果你身上没有的话，可以到月台上找一个男人花250块买）。拿到LAM炸弹以后，来到月台靠北的尽头，有一间屋子（门上有盏闪烁的灯），进去以后发现去路被横木挡住了。退出来，把LAM炸弹扔进去。炸弹炸开通路，再进去走到水源控制房。从冒着蒸汽的水管上跳过去（会伤血，或者从右边的水管里爬过去）,转动左边的两个水泵，然后回去和那个交任务给你的人对话，他会告诉你女厕所里有条密道和密道的控制器密码--5482。进入女厕所，在洗手池下边找到控制器，输入密码，旁边的一堵墙会移开，出现密道。
　　走进去，来到一个不知名的地方。出了密道向右，把恐怖分子都干掉，和周围的人对话，一个小孩告诉你恐怖分子的头子躲在尽头的一间房子里。走到密道右边的尽头，这里有几间房子，在其中一间里用撬棍打碎两个纸箱后，发现墙上靠下的位置发现一个和墙同色的按纽，按下去，这时面前有到门打开，进去和投降了的恐怖分子头子对话。他会告诉你秘密机场的位置，在桌子上拿到兰色的男厕所钥匙以后离开。来到隧道的另外一头，转左一直走，看到男厕所的门后，用KEY RING撬开门，进去就看到密道了。
　　
　　进去后走到一个水池，下台阶向右，先撬开墙上的控制器，把水泵转动。然后从地上抱起一个小箱子，然后跳上水管，再把小箱子扔下踮脚，翻过挡板。继续走，干掉面前的一个守卫，贴着右边的墙走到一扇门前，撬开它进去。发现前面有红外线网挡着。撬开右边墙上的控制器，用MULTITOOL关掉它，然后走到边上按动左边的一个开关，会有一段铁板伸出来，利用它和几段断桥快速跳到对岸（断桥会塌，所以动作要快）。或者在进来的地方，掀开左边墙上通风管道的盖子，利用旁边的箱子跳进去，走到尽头（在断桥左边），跳进水里，在水底发现一个入口，游进去，也可以游到对岸。走到一大堆巨石前面，从下面的口钻过去，利用两边的通道，躲开在这里巡逻的两个机器人，从左边进去就到了秘密机场杀掉里面的守卫，从左边楼梯上二楼，在一间控制室里发现一个电子记事本，阅读它得知所有三个装有AMBROSIA的桶的位置，其中一个就在直升机里。
　　另外，打开墙上的控制电脑，用HACK手段进入它，关掉最后一个屏幕控制的自动机枪。然后从直升机平台下面的一个出口进去，用开关打开左边的一个门，进去就到了电梯。按电梯里右边的开关向上，就可以来到机场，在这里接到新的任务--暗杀JUAN IVANOVICH LEBEDEV。先仔细研究一下刚得到的地图，然后出门向右，躲开广场上巡逻的机器人，先到右边的船坞，进去可以找到第二个装有AMBROSIA的桶。并且在旁边的铁箱上面发现一把兰色的钥匙，阅读旁边的电子记事本得知这是用来开东边的门的。
　　出了船坞，继续向右，在747机库旁边的门前，用刚才得到的要是配合KEY RING打开前边的控制盒，按下开关，门就开了。进去里面的院子向左，进入兵营。来到二楼，用MULTI TOOL打开保安控制器，打开门，走过里面的通道，就进入了机库。在这里，你又看到了你哥哥PAUL，和他交谈得知他原来是为NSF工作的，同时他会告诉你一些有关灰色病毒的情况，最后他会邀请你加入NSF，并让你去见他们的领导LEBEDEV。先在机库里转转，向一个带黄帽子的人买些装备，进入747机舱，在下面一层找到最后一个装有AMBROSIA的桶，完成次要任务。走到机舱最后，撬开一道门，进去就可以看到LEBEDEV了。和他交谈之后，你的同伴NAVORRE，她叫你回总部。这时候你可以选择杀死LEBEDEV或者不杀他。沿原路出了机库，来到电梯旁边的停机坪，坐上直升机回到总部。
　　先去向MANDERLEY汇报，他会交给你新的任务--去香港。（这里有个次要任务：去找医生JAIME REYES。可以在休息室里找到他）
来到停机坪，告诉机师你要去香港。哪知道他居然说要带你去见PAUL。
　　4． NEW YORK HELL’S KITCHEN
　　上了直升机，就来到了HELL’S KITCHEN里TON’S HOTEL的房顶。从旁边的梯子爬下来，再从出口钻进去，就到PAUL的房间。在大厅里看到PAUL，和他交谈之后，他让你自己判断是否帮忙去NFS总部进行广播。从窗口钻出来，来到街上，在酒店附近有个向下的楼梯，里面的门旁边有个按纽，按下去回答BLOODSHOT，就可以开门了。用电梯来到底层，在旁边警卫室的保安控制器关掉正面的红外线，进去里屋，见到SMUGGLER，和他对话。在酒吧正门旁边，穿过旁边拱形门洞里的路，一直走，就来到了NFS总部。进去以后来到3楼，进入一间电脑室。阅读桌上的电子记事本，得知里屋充满毒气。在墙上找到一个开关，把毒气关掉，就可以进去了。（在屋里也可以找到一个防毒面具，带上以后也可以进去）。
　　在里屋打开手电搜索，找到一个保安控制器。嫣红HACK方法进入以后，打开了在一楼的一道暗门。回到一楼，进入暗门。里面有很多电子防卫设备。尽量用MULTI TOOL关闭它们，如果装备不够的话，就硬闯。注意墙上有很多凹进去的地方，可以用来躲避机枪，最后来到一间屋子。在储物柜顶上发现一个电子记事本。阅读它得知顶楼两部控制电脑的密码（第一个电脑的用户名：MCOLLINS，密码：REVOLUTION；第二部电脑的用户名：NAPOLEON，密码：REVOLUTION）。
　　从密道里出来，沿楼梯来到顶楼，先打开外面的电脑，用刚才得到的密码进入，调整外面天线的位置并打开里屋的门，然后进入里屋，打开电脑，进行广播。这个任务就完成了。从电脑房出来，那些UNATCO卫兵开始攻击你，摆脱他们之后回到TON’S HOTEL见到PAUL。这时候，UNATCO特工也赶到来拘捕你，在PAUL的掩护下，从窗口逃出来。来到地铁站，躲开门口的卫兵和机器人，跑下楼梯，在控制器输入PAUL刚才给的密码：6282，打开门。来到月台，进入地铁，就到了BATTERY PARK站。在站台上遇到了NAVORRE，对话之后，她开始攻击你，干掉她（她死的时候会发生爆炸，尽量离远一点）。出了地铁站，发现这里已经被UNATCO重兵包围了。领头的黑衣人上前来对话，最后迫于形势，只好投降（I SURRENDER）。然后就会被带上直升机。
　　5． MJ12 逃狱
　　醒来的时候发现自己在监狱仓房里。一切装备都没了。走到门口，忽然有人和你联络，他说要帮你逃狱。在仓房里转一圈，再走到门口，这时候灯忽然灭了，然后仓房的门打开了，蹲下走出去。小心不要被外面的守卫发现你。偷偷拿到箱子上的武器，然后打碎箱子，拿到电击枪。在背后电倒守卫。阅读桌上的电子记事本得到门口的密码4089（或者4679），打开门出去，打倒卫兵。先向右，看到一个穿白大褂的人对话，得到医疗室的密码0199。然后从刚才门口前面掀开地下通道的盖子进去，在通道里走（这个通道可以到任何地方），一直到医疗室出来，看到自己哥哥PAUL的尸体，然后就收到了出口的密码1125。出口在COMMAND CENTRE的另一边。输入密码，打开门出来，走出通道。发现自己位于UNATCO总部的第四层。
　　去找找以前的旧同事。医师JAIME REYES会帮你医疗，并询问是否要跟着你，我决定让他留下做内应。而SAM CARTOR则会打开武器库的门，让你进去尽情拿。于ALEX JACOBSON交谈，他会给你正门的钥匙。走到正门，用刚才得到的钥匙开门，就可以离开总部了。来到直升机坪，就可以做直升机离开了。
　　 6. Hongkong
　　下了飞机，发现自己在MJ12的香港总部。由于JOCK的直升机武器被MJ12的系统锁定了，所以他要求你想办法解除锁定。从停机坪右边的门进去，躲开卫兵，来到2楼。右边是第一控制室，门完全锁住了，开不了。左边是第二控制室，进去以后，用HACK手段进入墙上的保安控制器，关掉所有的电子监视器以及电子机关枪。蹲下来，打开桌子下面通风口的盖子，进入通风管道。在里面穿行，到达兵营的二楼（望出去有很多床），小心翼翼地出来，从一个衣柜里找到二楼控制室的电子钥匙（还可以在一个电子记事本里得到电梯的密码：989，以后用的到）。
　　从通风管道回到停机坪，再去到第一控制室，这时候就可以用KEY RING打开门了。进去以后，按左边仪表盘上的两个按纽，JOCK直升机的武器锁定就解除了。这时候JOCK会用导弹把停机坪另一边一个标着LOCKDOWN的门炸开。躲开下面的机器人，来到这扇门旁边，用MULTI TOOL撬开右边的电子控制器，关掉面前的兰色射线，进去以后就到了电梯间。进入电梯，按向下，就来到香港的街上。
　　你目前的任务是寻找PAUL在香港的联络人TRACER TONG。一直走然后向右，和报摊的女孩了解了一些情况以后，就来到二手市场。先向右找到　一条很空旷的路，一直走到一间庙前面，在周围转悠，碰到一个叫JORDON QUICK的人，他认识PAUL，但他不相信你。于是你只好帮他解决关于一把叫做龙牙的宝剑的问题。找到TONNOCHI路，来到1313号，走进去，和管理员对话。他告诉你可以用后面的电梯。走到后边，按下左边电梯旁边的按纽开门，进去以后按向上的箭头，来到楼上，进去就到了MIGGIE CHOW的公寓。
　　进去以后，和MAGGIE对话，她让你去去WANCHI MARKET里面的警察局了解情况并告诉那里的密码87342。回到WANCHI MARKET（其实就是出电梯的地方），打开警察局的门，干掉里面的警察，按下墙上的开关进入里屋，在墙上的控制器里输入刚才得到密码，地上有一道门打开，进去，以后阅读里面的电子记事本。然后回到CHOW的公寓，和管家对话，指责CHOW在骗你。这时候关键会叫保安来攻击你，实际上是MJ12卫兵。干掉他们之后，上二楼，仔细阅读屋子里的电子记事本。然后回到一楼，在电梯右边有个过道，在尽头的门旁边的电子控制器输入密码718（CHOW的生日）。
　　进去以后，干掉卫兵。用HACK手段进入控制电脑，打开龙牙宝剑的防护罩，然后再用MULTI TOOL撬开保安控制器，这样就拿到龙牙宝剑。根据TONG给你的指示，你要去见MAX CHEN。回到二手市场，沿楼梯一直向下，最后走到LUCK MONEY CLUB，和门口两个女孩交谈之后，答应帮他们付CLUB的门票（回答SURE）。进到CLUB以后，和里面每一个人对话，这时候有个家伙告诉你QUICK SHOP里电脑的登录信息（用户名：MANAGEMENT，密码：CODE324），而另外一个人告诉你MAX CHEN是这里的主管，来到二楼吧台，和服务生对话，然后他会告诉你CHEN在他身后的门里。进去以后，下了铁梯，推开门进去发现这里竟然是RED ARROW的秘密总部，里面的人说话很不客气。推开会议桌旁边的门，进去就可以看到MAX CHEN了，和他对话，告诉他你所知道的一切，终于两大帮派和解了。
　　这时候，MJ12的部队来进攻这里，在CHEN的帮助下，逃离CLUB，回到庙旁边找JORDON QUICK，和他对话以后，他告诉了你TONG的所在和一个通行密码1997。先在身旁的电子控制器输入这个密码，打开QUICK身后的门，进了屋子，沿路一直走，走到一间很大的休息室。在墙上的一幅字画旁边又发现一个电子控制器，再次输入刚才的密码1997，就打开了密道的门。通过密道见到TONG的保镖，和他对话，他会打开旁边的一扇门。就来到地下实验室，找到TONG，他让你站去屋子中间的圆盘上进行检查，你站上去，检查完毕以后，到控制室找TONG。
　　和他交谈之后，他会告诉你去VERSALIFE找一个叫HURDLEY的人，并且告诉你进入密码06288。来到二手市场的楼梯，在中间有一个电子控制器，输入密码就可以打开电梯了。从电梯出来就到了VERSALIFE总部。上楼找到穿着黑衣服的HURDLEY，花2000块钱买到进入实验室电梯的密码6512。经过三楼的一个通道，来到电梯前，输入密码后进入，这样就来到实验室。出了电梯，有个人告诉你不要随便撬门黑电脑，否则警卫会随时开火。从大厅右边的楼梯上去，找到厕所，进去以后，在最后一个位置下方有个通风道入口。爬进去，走到尽头，沿梯子爬到最下一层，再从通风口钻进去，再出来就到了实验室。没人理会从通风口钻出来的你。
　　找到楼梯上去第二层，进了门口，沿着通道一直走，就看到屋子中间有部电梯，进去向上，发现一部电脑。打开电脑，下载所需要的ROM。这时候，警报响了，所有警卫都跑出来抓你。尽快利用通风口逃出VERSALIFE。回到庙里，和QUICK以及CHEN对话。然后就可以去找TONG了（这里有个次要任务，让你去CLUB再找CHEN，不过见了面他只是给你一瓶葡萄酒，所以不完成也罢）。回到QUICK房子里的地下实验室里，找到TONG。和他对话之后，接受新的任务--再闯VERSALIFE实验室。
　　根据提示，在WANCHI市场找到通往CANAL ROAD的楼梯通道，通过它就到了CANAL ROAD。从楼梯出来向左转，一直走到路的尽头，看到那里有两辆撞毁的汽车。这时，在左边可以找到一扇门，在旁边的电子控制器上输入刚才TONG给密码55655，就可以开门进去。钻过水管，可以看到一个通道。撬开它的盖子，虽然没找到梯子，还是勇敢地跳下去吧。从通道滑出来，掉进一个水池，利用周围的水管爬进面前一个开着盖的管道里，走出去就接到了新的指示--要求你破坏病毒生成器并给了一个密码525。
　　向左（在地上的电子记事本得到密码768），再蹲着跳入另一段管道。出来以后，找到一个电子控制器，输入密码768以后，旁边有一系列的门打开。走进去，按下左边墙上的按纽，吊桥就伸出来了。走过吊桥，由楼梯上二楼，在控制器输入密码768，面前的门可以打开。但是里面有机器人和变异人守卫。悄悄来到门右边，看到一个通道，从梯子爬进去。一直走到尽头，掀开盖子，看到底下的机器人和变异人，干掉他们之后，跳出来。就可以看到控制电脑了。用HACK手段进入电脑，进行上载并打开去实验室的门，转身沿左边的通道走，在靠左的地方发现向下的梯子。
　　下去以后，看到这里是一个实验品贮存平台，在另外一边找到另一段梯子，继续向下。到了下面，看到一个医疗机器人。正想给自己疗伤，MAGGIE CHOW出现了，对话之后干掉她。走出来，在平台上找到一个控制器，输入密码525，面前的病毒生成器就毁掉了。这时候，实验室发生大爆炸，来路被毁掉了。从发生器旁边的圆口下去，躲开射线和毒气，再往下一层，看到很多水管。找到毒气桶旁边的一个装满清水的管道跳进去，一直潜水到了另外一间屋子。从水里出来，找到一个管道口。从管道出来，就到香港河，游上岸，回到庙里见到TONG，这时候他要求你回纽约继续调查。来到院子里，JOCK已经等在那里了，坐上直升机，就可以回纽约了。

　　7． NEW YORK HELL’S KITCHEN 2
　　飞机降落在TON’S HOTEL的房顶，TONG警告你说UNATCO在这里戒严，会射击任何视线内的目标。从房顶下来，来到酒吧。把吧台旁边的一个军人对话，得知他叫VINNY，并答应帮他调查基地的事。和SANDRA DENTON对话可以了解更多情况。然后去到OSGOOD & SONS IMPORTS，发现这里已经被炸成一片废墟。把追杀SANTON DOWD的人杀掉，就可以和他对话了。然后准备去SMUGGLE那里补充点装备。刚进去，JOCK通知你MJ12来抓你了。赶紧从SMUGGLE家停车场旁边的通风管道逃到街上，回到酒店房顶。上了直升机，就被带到BROOKLYN NAVY SHIPYARD（海军船坞）。
　　从停机坪旁边通风管钻出来，碰到VINNY的朋友，他会给你正门的钥匙，继续向前走，就到了正门。用KEY RING打开门，躲开守卫和机器人，先来到正中的仓库。从旁边的小门进去，然后进入左边的房间，阅读桌上的电子记事本得到密码。从仓库另一边的门出去，躲开巡逻的机器人，来到吊机附近的一个门。在旁边的控制器输入密码0909就可以进去了。
　　进去以后，警报会响，不用担心，守卫也是VINNY的朋友。一直走就到了船坞。在岸边的一个休息室，和工人对话，得到密码6655。在岸上的电子控制器输入这个密码，就会有一座吊桥升起来，通过它可以上船。（也可以跳进水里，从船底下游过去，就在船另一边可以找到上船的梯子）。躲开在甲板上巡逻的卫兵，来到舰桥。在舰桥而楼SICKBAY屋子里的通风孔进入一间屋子，阅读架子上的电子记事本，拿到密码。然后上三楼，找到一扇门旁边的电子控制器，输入密码83353开门进去电脑室。然后在GENERAL QUARTER’S的房间门输入65678开门。进去在床底下找到去往下层甲板的钥匙同时还有2楼武器库的密码71324（里面有只冲锋枪，非常好用）。回到第一层，找到向下的楼梯，用KEY RING打开尽头的门，走进去，来到一间有屋子，干掉卫兵之后，来到墙角的电脑前。先按下墙上的按纽，然后打开电脑（用户名：KZHAO，密码：CAPTAIN），启动气泵。接下来的任务，是把墙上的黄色控制器(总共有5个)炸掉，这间屋子里有一个。走过去，把LAM炸弹放在控制器上，然后在远处用枪把炸弹打爆就可以了。
　　其他的几个炸弹，电子控制室有一个，直升机停机坪下面有一个，另外两个在ENGINE ROOM（引擎室）。引擎室里的控制器有一个被管道围住，要用中央柱子上的电子控制器把上面的吊桥升起来，然后从吊桥来到2楼，打碎玻璃出去，沿着红色管道走，跳下去就可以看见最后一个控制器了，然后利用墙边的箱子可以跳出来。把5个控制器都炸掉以后，船开始下沉，赶快回到岸上。走到船坞西边的尽头，拉开一扇进去，沿着楼梯爬上去，再从左边的洞口钻进去，出来就到了中央空调的风扇。躲开这里的变异怪物上楼梯（小心转动的扇叶，被击中必死无疑），上到顶，从一侧的通风管道进去，用炸弹炸开最后的出口，就来到了屋顶，搭上JOCK的直升机离开这个地方。
　　直升机把你带到纽约西墓地，走到正门，按走边的按纽，等一会儿门卫过来给你开门。走去目的左边的房子，就可以见到COWD，和他对话以后正准备离开，忽然得知大批MJ12卫兵来到这里。掀开房子里一个标着DOWN的棺材，进去发现里面有密道，从密道出来，到了墓地中间。躲开巡逻的卫兵，来到大门旁边的小房子，干掉门卫。揭开房间左边的画，发现里面有个电子控制器，用它可以打开一道暗门，进去打碎里面的一个仪器，JOCK的直升机就会降落了，上直升机离开。
　　8． Paris
　　从直升机下来，撬开天台的门下去，在一间屋子里碰到一个女人，和她对话得到密码。沿楼梯一直向下走，来到一扇铁门前，先去右边拿一套防辐射装备，穿上以后。在铁门旁边的控制器输入密码0001，就可以开门，进去一直走，从左边的门出来，再沿梯子下去，把通道里四个变异怪物打死（打死怪物后回去向那个女的汇报，可得200技能点数）。
　　一直走，从尽头的梯子出去，躲开外面的卫兵，来到广场一侧，撬开通往CATACOMBS的门，进去，沿螺旋楼梯一直向下，就到了CATACOMBS。躲开巡逻的卫兵，一直来到尽头，按下正面墙上的一个象砖头一样的按纽，右边有暗门打开，进去以后，和中间屋子的的CHAD对话，他会让你去救人质并给你地图和电子钥匙。从暗门出来，用KEY RING打开对面的门进去，仔细研究地图来到BUNKER3，发现有红外线网挡路。从左边的地洞钻进去，就到了BUNKER3内部，消灭卫兵，来到靠里的一间屋子，把里面的女特工干掉。打开墙上的保安控制器，把自动机枪BYPASS。最里面屋子靠上的一层，可以找到一个电子钥匙。撬开中间的门，救出人质。先开正门，用旁边的控制器把红外线网关掉，然后掩护人质一直回到暗门。再和CHAD对话。结束后，回到BUNKER3附近，找到一扇紧锁的门，用KEY RING打开它，通过密道，从尽头的梯子上去，掀开盖子，就来到的巴黎街上。
　　街上有很多卫兵，躲开他们来到19号酒吧（门是兰色的），进去和JAIME对话，得到一些消息。
　　然后来到13号酒吧。如果你从正门进去，和门卫对话可拿到一个电子钥匙，这样可以用KEY RING开门。如果你从后门进去，则需要两个LOCKPICK。进去酒吧，和一个女的对话，花1000块可以买到酒吧后面的一个门的电子控制器的密码1966（也可以在后门附近的一间办公室里墙上的暗格找到这个密码）。和舞池中间的一个护士对话（她会不停地向你要钱，没办法，只好给），得到很多消息。然后上二楼，和一个女子对话，她说让你在门口等她。从正门出来，再和她对话，得知她就是你要找的NICOLETTE DACLARS。先别急着上直升机，根据护士的指示，来到11号，撬开门进去，可以找到很多好东西。出来坐上直升机。
　　来到DACLARES家的旧宅。这里有很多机关，上去二楼，在浴室找到电子钥匙，在过道里的茶几上也找到一个电子钥匙。在DACLARS妈妈的卧室床头夹缝的电子记事本得到一个密码1784，在一幅画后面的电子记事本里找到另外一个记事本，得到秘密电脑的登录信息（用户名：BDUCLARE，密码：NICO_ANGEL）。在DACLARS的卧室，转动壁炉上的一个骷髅头，打开暗门，拿到一些装备。回到一楼厨房，从一边的楼梯下去，撬开门进入酒窖。按动墙上的一个烛台，暗门打开，用枪打碎挡路的木板，就来到秘密电脑室。登录电脑，传送信息，这时候MOGAN EVERETT开始联络你。从DACLARS那里拿到电子要是以后，回到一楼，打碎一个门前的木板，出来就到了房子后面的家族墓园。躲开卫兵，来到地下通道，沿通道走，一直到头，从梯子爬出来。先从箱子上跳进旁边的房子，在里面找到正门的电子钥匙。然后就一直走到一个叉路口，左边是向下的楼梯。现在先向右转，来到小桥上，跳进水里，在水下通道游，从另外一边的井口出来。
　　从旁边的小门进去，先往下走到厨房，和厨师对话得知去到终端电脑的方法。在去到那里的路上，可以看到一个被电子控制器控制的门，输入密码1942，打开门。进去后先关掉楼梯旁边的保安控制器，然后进去里面，发现这里是个金库。出来继续按厨师的指示走，找到一个门。在旁边的控制器输入密码0022，进去以后向下，就看到了以前的同事GUNTHER HERMANN，和他对话后选第一项，他就自爆了。用HACK手段登录电脑，建立连接，这个任务就完成了。回到刚才的岔路口，从楼梯下去，就来到METRO站。从右边的门走到月台，有个人迎上来，带你去MOGAN的秘密住处。到了那里，和TOBY聊两句，然后去地下实验室（从厨房附近的通路过去）找MOGAN。对话之后他给了你大门的电子钥匙。回到TOBY在的地方，用KEY RING打开附近的一个门，走出来就到了停机坪。
　　9. VENDENBERG
　　直升机降落在VENDENBERG基地指挥中心的屋顶，你刚下机，一个女科学家迎上来，告诉MJ12控制了这个基地，要求你把他们赶出去。从屋顶的门下去，快速从自动机枪旁边通过，再经过一扇门之后，从右边的楼梯爬上去，来到上面的架子，钻过水管，从通风口过去，快速跑到另一个通风口，钻过去就到了电梯顶。按下左边的按纽，电梯把你带到1楼，出来以后，干掉过道里的守卫。先向左来到尽头，打开最后一扇门，进去向左，看到一个黄色的电源箱，在电子控制器输入刚才得到的密码5868，打开电源（这是基地保安机器人的动力电源）。从电源旁边的洞口钻进去，在一具尸体旁边捡到一个电子钥匙。然后出这间屋子，走去通道的另外一端。先打开尽头的门旁边的保安控制器（用户名：COMMAND，密码：ZEBRA42），关掉监视器和自动机枪。进去以后到了指挥大楼。
　　从大厅的另一扇门进去，先打开左边墙上的控制器，关掉面前的红外线网，然后干掉里面的两个卫兵。先撬开左边的一个门，救出一个男科学家。对话之后得知中央电脑的登录信息（用户名：TUNNEL01，密码：OMEGA2A）。然后再和另一个女科学家对话。回到指挥大楼大厅，掀开墙边的一个通风口盖子，进去撬开另外一边的门，出去干掉左边塔顶的两个狙击手，然后在左边尽头看到三个黄色箱子。掀开其中一个的面板，输入密码5868，就打开了第二个电源。
　　从门另外一边绕过去，到了指挥大楼前面的院子，躲开巡逻的机器人和卫兵，来到靠左的一个建筑，贴着它的墙走找到门，按下旁边的按纽进去。看到里面有两个绿色的保安机器人，按下它们身后墙上的按纽，两个机器人就启动并走了出去。你跟在后面，在它们的的帮助下，消灭了院子里的敌人（主要是4个MJ12机器人要全被消灭）。然后来到院子另一边的通讯中心（房顶上有天线），开门进去，告诉他们MJ12的部队已经被消灭。他们会告诉你如何去找SAVAGE博士。
　　往通讯中心里面走，在最里面的一间屋子掀开地上的通道盖子，进去通道一直走，消灭变异怪物，到了一间控制室，用仪表盘上的按纽把吊桥升到3楼。然后出来，找到楼梯向上，从吊桥过去，然后会发现一个女科学家的尸体，在他身边找到电子钥匙。从旁边的梯子爬出来，按门旁边的按纽开门，就又来到的过道。进入第一个电源控制器的屋子（就在左边），从旁边的楼梯上去，干掉守卫以后，找到尽头的门，用KEY RING开门，就进入中央控制室。
　　从楼梯下去，看到SAM CARTER，对话之后再向下，和光头的SAVAGE博士对话。他告诉你中央电脑的登录信息（用户名：Gsavage,密码：Tiffany）,从SAM旁边的门进去，躲开射线，按下墙上一个黄色开关，会有一部电梯降下来。用电梯上到2楼，先用中间的控制器关掉射线，然后登录前面的中央电脑，建立连接之后离开。回到SAVAGE那里，得知他女儿TIFFANY被绑架了，你自告奋勇去救她。
　　从指挥大楼前面院子的大门出来，就看见JOCK的直升机停在斜坡下面，和TONG对话之后上了直升机。
　　来到了油站附近，先走到路尽头，和两个流浪的人对话，得到下水道的钥匙。然后在油站下边找到下水道的门，用KEY RING开门进去，从管道出来，悄悄干掉附近的卫兵（这里不能蛮干，一旦触动警报，MJ12卫兵会杀掉TIFFANY，从屋子后边的悬崖上去，用狙击枪干掉后院的卫兵和狗（等狗靠近山崖再开枪，否则警报会响）。然后跳进后院，从梯子上去，跳到旁边的房顶，从洞口下去就到TIFFANY房间的顶上，打开盖子下去，见到她，和她对话并让她留在这里。开门出去把所有的卫兵都干掉，然后带她来到旁边院子JOCK的直升机旁。上了直升机，就到了潜水艇基地。
　　躲开在岸上巡逻的机器人，跳进海里，游到一座建筑底下（小心有水鬼），从梯子上来，来到实验室1楼，先到3楼，找到一个男博士，跟他对话得到基地地图和保安电脑的登录资料（用户名：Apinkerron,密码：Antennapelia）.然后从1楼的门出来，通过一段露天通道，来到VRV BAY，从电梯下来，与一个女博士对话得到保安系统的登录资料（用户名：TECH，密码：SHARKMAN，其实在旁边的电子记事本那里也可以找到），打开吊在屋子中央的保安控制器，登录后打开水下通道的门。然后从旁边的楼梯上去，找到两部迷你潜艇。上了其中的一部，就来到另一处实验室，沿楼梯往上，在一个卫兵尸体旁边找到电子钥匙。用KEY RING打开通道尽头门，进去就到了一间实验室。
　　从梯子爬下来，下到水里，转左，在门旁边的电子控制器输入密码5690，开门之后进去。经过几道门之后来到一个地下隧道。撬开隧道另外一边的门进去，从走边的梯子下到第二层，走到尽头，搭上电梯，来到最下面。从通道出来，躲开巡逻的变异怪物，走到最里面水池旁边，按下右边柱子上的按纽，一部电梯降下来。搭上电梯，来到上面一层，打开墙上的保安电脑（用户名：MJ12，密码：SKYWALKER），放下吊桥，从吊桥过去，就到了电脑室。登录电脑，建立连接后，这个任务完成。从这里出来，在隧道里消灭一个UNATCO杀手，回到迷你潜艇，搭上它回到VRV BAY，通过露天通道回到实验室，上到顶层，和SAVAGE对话后，搭上直升机，前去排除核导弹。
　　到了导弹发射场，沿路一直走，干掉右边塔上的狙击手，到了尽头的房子，进去干掉所有卫兵。来到二楼，从空中通道来到旁边的院子。从第一间房子的里屋跳过箱子，进入通道，来到第二间屋子，上到房顶，从通道去到工程室的屋顶，下去以后掀开地下的一个盖子，进入通道，出来就到导弹发射井。沿楼梯一直向下，用通行密码8456接连打开两个门。进去以后，右边通向MISSILE SOLO的门打不开，先打开左边LANCH COMMAND的门（密码也是8456），进去以后消灭里面的特工，按下中间台子上的ABORT键，终止发射。在旁边的电脑重新设置发射程序。下来以后，通往MISSILE SOLO的门打开了，进去在远处用狙击枪干掉通道里的特工，来到发射井。先搭上电梯到2楼，干掉一个特工，然后再到六楼，从旁边的梯子爬到顶，按下开关打开盖子，出来就看到了JOCK的直升机。
　　10． AREA 51
　　下了直升机，赶快找个地方躲起来，JOCK的直升机被人放了炸弹，小心被波及。研究得到的地图，先到COMM BUILDING，在卫兵尸体旁边找到电子钥匙，然后去来到HANGAR18，在二楼的一个卫兵那里得到正门的开门密码。用KEY RING开COMM TOWER的门，上到顶，打死卫兵，登录中间柱子上的计算机（用户名：A51，密码：XX15YZ）。打开中间BLAST DOOR。进去BLAST DOOR，被告知电梯电源被切断了，先向右来到电源室。从旁边的屋子上房顶，然后可以下到控制室，打开电源。现在去到另一侧，搭电梯到地下。
　　开门进去BUNKER，在右边的通话器和MORGEN对话，得到这一区通行密码8946。在REACTION室，得到另外一个密码0169。进入BARRACKS用密码1069打开旁边的一个箱子，得到SECTOR3的电子钥匙，走到隧道尽头，上楼梯，用KEYRING打开通往SECTOR3的门。搭左边的电梯到下边。从一间屋子水下捡到电子钥匙进入AQUINAS UB ACCESS，这样就可以用KEY RING打开另外一间屋子的门。进去上楼梯来到STATION17。这里的保安控制器的用户名是AREA51，密码是BRAVO13。
　　打开AQUINAS HUB ACCESS的门进去，从里面屋子地上的梯子下去，这时候，走向下的楼梯（开门密码2001）就可以到SECTOR4的门口，先不要过去。从另外一条通道走到一间控制室，可以找到一部电梯，上到3楼，和中央电脑HELIOS对话，以后所有机器人将成为你的盟友。出了控制室，往左，到进入一个通道，等一会儿，对面就有一部电梯过来。干掉上面的卫兵。现在该去SECTOR4的门口了。中央电脑会帮你开门。进去以后，先通过通话器和SAVAGE博士通话，然后来到一间房子。
　　PAGER会把通路炸断，走旁边的一个过道，先用保安控制器把里面的毒气关掉，然后进去，从另外一个门出来，就看到BOB PAGER了，这时候他正在进行变异反应，不用理会他。从他旁边的通路过去。打开中间的门进去，拉下墙上的开关，就会把传送点的门关上，这样就不会有无穷无尽的变异怪物来找你麻烦了（以后也有这种地方）。向右来到一直走到了一间电脑室，先把左右两边控制台上的开关打开，然后登录中间的电脑，激活系统。现在回去找HELIOS。这样就是一种结局了，将来由你和中央电脑联合通知世界，诱人吧？呵呵。
　　另外一种结局是，你从这个控制室出来，向左到控制室，向右可以打开电梯门，从电梯下去，找到一种兰色的好象饮水器一样的东西。利用它下面的电子控制器把兰色部分降下来。这层一个。从中间的电梯上去可以找到另外一个。从旁边楼梯上去可以找到两个（有一个在屋子里）。把四个都搞好以后，搭电梯回到控制室。这时候仪表盘上的按纽的盖子掀开了，按下去，BOB PAGER被炸死了。这是第二种结局。
据说游戏还有另外两个结局，但我就没玩出来了。
　　从旁边的小门进去，先往下走到厨房，和厨师对话得知去到终端电脑的方法。在去到那里的路上，可以看到一个被电子控制器控制的门，输入密码1942，打开门。进去后先关掉楼梯旁边的保安控制器，然后进去里面，发现这里是个金库。出来继续按厨师的指示走，找到一个门。在旁边的控制器输入密码0022，进去以后向下，就看到了以前的同事GUNTHER HERMANN，和他对话后选第一项，他就自爆了。用HACK手段登录电脑，建立连接，这个任务就完成了。回到刚才的岔路口，从楼梯下去，就来到METRO站。从右边的门走到月台，有个人迎上来，带你去MOGAN的秘密住处。到了那里，和TOBY聊两句，然后去地下实验室（从厨房附近的通路过去）找MOGAN。对话之后他给了你大门的电子钥匙。回到TOBY在的地方，用KEY RING打开附近的一个门，走出来就到了停机坪。