2000年，地球某处地底深层发掘出远古文明遗迹，并发现内里沉睡着具强大能量生命体。发掘基地随即被远东某国接管……2010年，军事集团WAD辖下研究所EARF历时数年的研究接近成功，而研究负责人高冲所长却忽然被逮捕……2018年，在市立清岭学园，这天的课程都结束了，学生们纷纷步出校园……
Chapter I 觉醒
　　 在学园的生徒玄间，高等部一年生麻宫アテナ（雅典娜）正在等她的好友柏崎理香一起放学。等了一会，理香匆忙地跑来告诉雅典娜她把明天一起去古生物展览馆的门卷弄丢了，要雅典娜帮忙一起找，说完就跑去了。雅典娜就追着她来到普通栋一楼，向左走，遇到三宫先生上前搭讪，叫她早点回家，跟着进入1-A教室，刚好出来的同学告诉她理香到厕所去了。在教室的地上可拾到食物（橙光物体），看到理香书桌上的书本，走上前去调查，手刚接触到书本，眼前闪现强光，这时可使用超能（当画面上的曲线经过深绿色区域，按该区域下方所提示的按钮。注意：使用超能，无论按键成功与否，都会损耗体力，当能量条呈红色时要使用食物补充！，不然会GAMEOVER）。发动超能后，雅典娜看到门卷在理香的储物柜中的映象，到柜前调查发现锁上了。
　　 走出教室，跟走廊尽头的同学说话，他会走开，可拾到食物；在1-B教室，拳崇会因背对着雅典娜而误认为她是五十岚而向她倾诉对雅典娜的爱意；在1-C教室跟同学说话会出现记忆点，对着记忆点使用超能可记忆。到女厕找理香，同学说她刚走。回到1-A教室，见到理香，拿了钥匙开柜就能找到门卷，还看到一条项链，原来是某个男生送给理香的生日礼物。正高兴，忽然学校广播说时间已到6时，教室自动锁门，结果两人被锁在教室里。这时走近门可使用超能，感应到某张书桌的抽屉有东西，之后可看到某张书桌有白色闪光（白色闪光为重要物件），拿到抽屉里的卡片后就可以打开教室门。
　　 来到生徒玄间，在楼上的三宫先生不怀好意地监视着她们，还不小心把书本碰落，在书本快砸到雅典娜身上时，雅典娜本能地使用超能把书本震成碎片。
Chapter II 发动
　　 第二天一早，雅典娜在古生物展览馆等了好一会后，理香竟打电话来说会迟点来，没办法……只好自己先进场了。
　　 在水中展望台中，可见到一个神秘的少年，跟周围的人数次谈话后，气氛忽然改变了，走向少年，会看到一个小丑。这时会悟出新超能-读心术，使用读心术后，气氛恢复正常。再跟各人多次谈话后，会突然停电，跟女子说话，会看到外面的水兽袭击过来。数次谈话后，水兽向快裂开的展望台冲来，危急之际，雅典娜发动超能，强光包围了展望台……
　　　　 醒来后发觉已身在中生代展示区第一A区，WARM军团正在进行抢救，向前走会发现理香的项链。穿过第一B区、第一C区、第一D区，来到第一连络通路，推开木箱（在那里困得太久，会出现使用？超能的情况，按键成功后所有的木箱会升起），进入后，在那里会发现理香跟职员被困在电梯里，使用左方的开关无效，职员说要到到动力室开动电源。
　　 回到第一C区，通往第二连络通路的道路已打开，来到第二C区，发现通往职员室的门锁上了，询问附近的职员得知先要把第二D区的电源接通。来到第二D区，调查下方（恐龙模型旁）的电源，把正负极对好（选1、3、5）接通了电源。回到第二C区发现要输入密码才能开门，再询问附近的职员得知第二B区的职员D知道密码。到第二B区询问职员D，他不肯说，使用读心术可知道密码为10540102，回去第二C区输入密码后，又要卡片？！（搞什么嘛，都快累死人家啦！）再询问附近的职员得知卡片在保管库，而第二A区的职员E知道保管库的开法。到第二A区对职员E使用读心术可得知保管库钥匙在非常口的柜里，而打开柜需要到第一B区尽头的开关处输入密码，密码为3342。来到第一B区的尽头（途中跟拳崇说话可得到肉包），跟站在开关前的人说话，他会走开，输入密码打开开关。然后到第一C区的非常口处拿到保管库钥匙，再到第二A区打开左方墙上的保管库拿到卡片。立即回去第二C区开门，进入职员室。在那里会遇见少年，于是一起上楼。
　　 上楼后到物资进出口，少年离去，到中央动力室，调查闭路通讯器会开始水浸，再调查闭路会发现损坏了，这时再调查可使用修理超能。修理后用闭路跟理香谈话，再调查左方的电力箱，修理好后备电源，再调查闭路知道理香已脱险。忽然，小丑出现，进入回合制战斗（在有限时间内，选择移动、说话或使用超能），先趴下，看准铁钩运作的空隙向前移动，来到小丑跟前站起来，可使用超能击退小丑。小丑走时打坏了电力箱，通过闭路通讯得知要打开排水装置。
　　 来到职员事务室，拿到抽屉钥匙，在近门口的桌上看到座位表，知道阿部的座位号34，到34号座位可看到闪光，使用抽屉钥匙拿到卡片。先不要走开，这时可使用超能看到住所录，回去拿到抽屉钥匙的桌旁调查可发现阿部住所地址，记下数字12721211。回到记忆点处记忆，然后到旁边的密码门输入数字，再使用卡片打开门。进入后开始3分钟倒计时！！！快！四处搜刮找到说明书说要输入L字，不明白，再调查闪火花的地方，看到照片上L字为数字键盘上的L排列。立即进入内里，输入74123，成功排水。
　　 在松口气之际，忽然眼前闪现映象，看到理香被恐龙袭击！新超能发动！瞬间移动到恐龙面前，攻击超能再次发动，恐龙在雅典娜面前化为碎片。看到满脸鲜血的雅典娜，理香惊呆了……
Chapter III 别离
　　 在送大家回去的列车上，理香不肯跟雅典娜说话，只好到第五列车厢，遇到拳崇，得到肉包。再向前走，火车急刹车，回第六列车厢看理香。知道没事后，走去第二列车厢，忽然寒气逼人，再向前走，少年出现的一会又消失，到第一列车厢，尽头的门开不了，调查门左方的窗户，小丑出现，使火车暴走，理香危险！！往回走，小丑控制了同学向雅典娜攻击，进入回合制战斗！等两个同学走近后向前跑到拳崇跟前，调查后等两个同学走近，再调查（选“考？”）后可使用超能，成功使用第一种超能后，小丑离去。
　　 雅典娜呼唤理香，可理香没有理睬，第六车厢脱落，两人分开。这时进入5分钟倒计时，出车门外，使用右方梯子爬上车顶，来到车头，下来后，往回走，调查各车厢门左方的急刹制，一路来到第四车厢，发现急刹制全损坏了，这时可使用修理超能把急刹制修好。刹车后来到第三车厢，火车再次开动，小丑出现，雅典娜终于体力不支倒下……
Chapter IV 邂逅
　　 雅典娜发现自己变成VR映像，在育成室里，还看到高冲所长。原来他们正在研究使用古代生命体的基因制造生化人！调查周围的人和大门会发生并木出现把研究员枪杀的情节。调查研究员的尸体会清醒过来，发现自己在医院里，床前的是拳崇……
Chapter V 哀哭
　　 回到学校，到1-A教室找理香，同学说她到了二楼。在二楼 ，有个三年生趴在地上找隐形眼镜，在附近使用超能，找出隐形眼镜，得知理香在3-C教室，3-C教室的同学又说她去了三楼，询问三楼的同学得知理香放学了，现在应该在生徒玄间。到生徒玄间，见到理香，但理香有意避开雅典娜……
　　　　 学校的学生走得七七八八，而雅典娜孤独地坐在屋上的长凳上。突然，学校发生爆炸，与此同时小丑出现，告诉学校已满布炸弹，要雅典娜去拆除，而它的目的只是想彻底引出雅典娜的能力。到三楼的第二理科室，对着教坛使用超能，可知道在理香的储物柜中有重要物件，到1-A教室打开理香的储物柜可拿到青色磁碟和两本教科书。回到第二理科室，小丑叫雅典娜去女厕看看，于是到三楼的女厕可找到两瓶洗剂。再回到第二理科室，把青色磁碟插入教坛，输入7895123（根据酸碱中和，X+Y=Z，即Z字），解除第一道锁。而游戏进入15分钟倒计时，对着前门使用超能，然后在书桌找到另一张磁碟。到一楼1-A教室的教坛使用磁碟，选择图上所示立方体展开后的正确颜色（第一次：2-红、5-深绿；第二次：1-浅绿、3-蓝、6-深绿；第三次：4-紫），解除第二道锁。到三楼3-D教室里对着门使用超能可找到红色磁碟，然后到二楼3-C教室的教坛使用磁碟，破解谜题（不作提示了，因为只要是中国人的话，即使是幼儿园大班也可以解决这道题！^_^），解除第三道锁，成功拆除炸弹。雅典娜来到屋上，见到小丑，进入回合制战斗（用第一种超能攻击它，注意按START键使用食物回复），打败它后地板会倒塌。
　　 记忆后从女厕出去，会受到WARM军团攻击，向右迂回前进到尽头，进入家庭科室，但被机器人找到，一场苦战。打败它后，地板裂开，雅典娜和机器人都掉到楼下去了。在放送室，走近机器人的残躯，机器人忽然向雅典娜射击……理香听到枪声，跑进学校。雅典娜爬起来后，走没几步，又受到机器人袭击，避开地上的活动地雷，趁机器人走到桌子的角位时爬上桌子使用第一种超能迅速把它打倒。之后，雅典娜走出校庭，受到军队围攻，理香不顾一切地跑上前去，结果中枪倒下，而雅典娜爆发出超能量把周围的军队都吹飞了。
Final Chapter 决战
　　 雅典娜醒来后，神秘少年出现，谈话后得知自己身在EARF研究所。在室里可拾到培养室门的第2级密码3278，调查一个衣柜可找到可开室门的卡片。开门后到地下二楼，遇到拳崇，一起进入资料室，找到MO、磁碟、和培养室门的第1级密码9812。出来后继续往前走可来到一个暗室里，可找到衣柜钥匙。离开后继续往前走，拳崇往右走去，结果被困。回到刚开始的地方，用钥匙打开右侧衣柜，拿到卡片，使用在拳崇被困处的左方通道尽头大门可进入培养室，里面可找到培养室门的第3级密码9614。打开记忆点旁的电源，然后到暗室把MO使用在蓝屏上，再来到减压室门前使用MO开锁，跟着要在60秒内回到暗室调查白屏再回到减压室进入，用MO打开里面的门。进内后，对被冻结的人使用读心术，原来她就是高冲所长，看了一些影象后，可得知WAD的阴谋。忽然，警铃声大作，这时要在3分钟之内使酸素刚好达到100，解救高冲所长（解救成功与否会导致片尾动画不同，详情见后。解救方法：依次选择5、1、6、9、2），无论解救成功与否，高冲所长都会交给你一张卡片。
　　 到培养室，输入3段密码，然后用卡片打开门，来到地下三楼。到下方记忆后，进入上方的大门，与最终BOSS决战（走近中间的光线发射口，用第一种超能迅速击毁，然后原地使用第三种超能把两旁的发射口击毁，再向后退，把降下来的炮台逐个击毁，但注意别走到一个以上的炮台的射程内，跟着趁上方发射口停顿的空隙，坐升降梯上去迅速击毁！），之后最终BOSS会使用粒子炮，危急之际拳崇出现挡住攻击，然后雅典娜使出最终攻击（超必？！KOF？），把BOSS一举击溃。之后进入内里，把4个能源供应装置击毁，就可救出少年，但少年最终也不幸死去。
The End
大团圆结局！六个字：友情！泪水！落樱！大家自己欣赏吧！
如果前面能成功使酸素刚好达到100，STAFF后会多了一段影片，是关于幕后主谋的，难道有2代？