引 子
男探员Mulder和女探员Scully下车后，用开锁器打开了无人仓库的大门，进入了空荡荡的仓库。
在调查过程中Mulder发现了地上的黑灰有点可疑……
突然几名黑衣大汉撞开了仓库大门，用机枪对两人进行扫射，并打伤了Scully……
Field office
一进门，就同遇到同事Cook探员交谈后，便随他进了他的办公室，并从他口中得知今天有贵客到访。看了看大门口的局里平面分布图，找到自己办公室所在地，回到自己的办公室，调查一下自己的办公室的各处后，坐在自己的椅子上正准备休息，这时，电话响了，拿起电话通话，得知是自己的上司Shanks叫你过去。
来到Shanks办公室，一进门，就被一道强光射得睁不开眼……
原来是华盛顿D稢总局派来的人Skinner。同他们谈话后得知，总部Skinner的两名探员失踪了，要求我来处理这案件，并把这案件搞个水落石出。
Cook走出办公室，叫住正要离开的我，同我交谈了几句……
回到自己的办公室，打开电脑输入密码“SHILOH”，收看了几封刚收到Email后，点APB进入“调查重点公告”再点Send，再点ING进入“情报主机”，搜寻到探员Mulder和Scully的个人资料，然后打开抽屉，拿起自己的各种装备：手枪（Gun）、手铐（Cuffs）和工作徽章（Badge），然后顺手带着桌上的资料夹来到Cook的办公室，把案件资料交给他后，在走出门时，又再次被强光射伤了眼睛。
来到会议室，调查所有的柜子，得到了：开锁器（Lockpick）、证据箱（Evidence Kit）、望远镜（Binoculars）、手电筒（Flashlight）、夜视镜（Night Vision Goggles）、数码像机（Digital Camera）等物件。接着使用PDA，点“Everett”，再点“Comity inn”就来到……
Comity gnn
对一位女黑人管理员出示证件后，向她了解两位失踪了的探员的一些情况后：得知他们的车号“Ford Taurus 621517”并了解到他们以前住在3号和4号房，并代路来到了男探员（Spooky）的房间……
Mulder的房间
Skinner独自来到Mulder房间，调查所有的事物，包括：小食品、报纸、电视上的饮料，床上的案件治疗、床边的书等等……
Scully的房间
和Skinner对话后，调查桌上的圣经（Bible）、笔记本电脑（Laptop）后，同Skinner对话，了解他业不知道笔记本电脑密码，然后继续调查房间，直到画面左上角出现一个电话图示，问Skinner这是怎么会事？……
回去找女黑人管理员再了解一些情况后，得到两个房间的电话记录本后，回到了分局。
在准备会分局时，Skinner却呆在Scully的房间不愿意离开了，只好自己先会去！！！
Field office
刚到办公室，Skinner就回来了，并回到会议室去了……
在办公室里，Scully的笔记本电脑就自动放在一边了，现通过查看PDA，记录调查数据（电话号码、车牌号等），然后进入电脑，通过ING查询以上记录的资料，得到了码头边一个仓库的地址（Dockside Warehouse），紧接着用手机打从“menu”里记录的电话“Computer Crime”，发现对方接电话的尽是“氟络伊基”（Frohike’Lone Gunman）的成员，调查桌面上的马杯和透明胶带后，来到会议室找Skinner了解情况。谈完话后出办公室向码头仓库出发。
Dockside Warehouse
来到码头仓库，Skinner说在仓库门口等我，于是我先调查码头附近的情况，在码头后面的仓库后门的招牌上发现了另一支电话号码，回去找到Skinner，才知道仓库的大门是锁着的。我在万不得已的情况下，只好用开锁器打开了大门，进入了仓库。
Skinner说他到办公室去查看一下，我在室内用证据箱（Evidence Kit）收集各种证据，其中有：地上的血迹（Boold Stain）、附近柱子上的弹头（Bullet）、右边附近地上找到的Morley的烟头（Morley Butt）、一些打不开的木箱（Crate）。跟着来到办公室找Skinner谈话，问其对这些所找到的证物的看法。Skinner怀疑地上的血迹是两位失踪探员的，要求把证物送到D稢去鉴定。
拿出手电筒来到办公室后面的阁楼上，找到了一把铁锹（Crowbar），并用铁锹打开了那些打不开的木箱，发现木箱里只有一些黑色粉末，然后通过办公室对面的走道，来到仓库的后门。开门后发现码头上停放着一支船，并发现一个可疑人物，我趁机过去调查一下。
出示证件后，我开始向那个可疑的人提问。原来这人叫“James Wong”家里有个老婆和一个7岁的女孩，来这个国家10多年了，考捕鱼为生，晚上有时在这里担任值班员……
问完话后，回到仓库找到Skinner，把剩下的没有问完的问题和图示问完，就可疑离开仓库了。
一出仓库大门，Skinner发现一辆黑色的轿车的行踪可疑，要我去调查调查，拿出数码像机向那部可疑的轿车走去，刚要走近轿车，那轿车就开走了，我忙抓紧时机，用数码像机拍摄下了轿车的车牌号……
为了化验才收集到的证物，我驾车来到了犯罪实验室（Crime Lab）。
Crime Lab
和一位黑人对话后，把证据箱里的证物给他，他告诉我：黑色粉末是普通的工业用铅粉（Lead）；烟屁股没用；弹头要再多找到一颗才有用；血迹建议你送到D稢处理，会比较得出结论，因为无特定资料，如FBI探员的DNA资料可供对照。
Field Office
确实了证物后，回到了办公室，打开电脑登录后，在“PHOTO”（Download）栏，通过照片查到那辆黑色轿车的车牌号码，用ING查结果在“政府/军方（Government/Milatary）”栏里，发现“错误：机密资料（Error:Restricted Data）”的讯息，并调查了新的电话号码和Wong的个人资料，发现了Wong是一个前科累累的罪犯。
来到会议室同Skinner交谈后，他就接到电话要回D.C.，而且要把血迹证物带回去做检验，并告诉我晚上要再去仓库一次，看能不能获得些什么新的线索，并在调查有进展时，可以将调查记录（Filed Notes）EMALL给他或分局长Shanks，他们会指点案情上的一些疑问。Skinner走后，我回到办公室，Cook过来想探听我的调查工作是否有进展，当然不能告诉他。他离开前向我索取Scully的手提电脑，推托不过了，只好给他。
这时时间已经较晚了，我有来到了仓库。
Warehouse
来到仓库时，发现那部黑色轿车又来了。我绕到仓库后面，用开锁器（Lockpick）打开后，戴上夜视镜（Night Vision Goggles）慢慢前进进入了仓库（不能用手电筒），当看到黑影时，就停下来（千万别开枪，不然就GAME OVER了），等到那些人走后，再去调查地板隔层，并同Skinner所说的PDA把调查资料传送给Shanks和Skinner，等他们指点完后，才回家睡觉了。Apartment
回家后，随便看看家里情况后，就上床睡觉了，在一片短暂的黑暗后，“铃”闹钟响了，起床后莫名其妙地来到浴室梳洗后，转身时，被镜子里的面貌吓一大跳………该上班了。
Field Office
来到分局，看到Cook倒在走廊上不醒人事。上前去救醒他，问他怎么会事，Cook说先去看有没有遗失什么东西，在一番寻找后，发现证物柜里的Ssully手提电脑不见……
同时，我桌上的电话响了，是华盛顿实验室的潘卓（Pendrell）探员打来的，并告知血迹检验报告证明是Scully的。
挂上电话，Cook进来说：“Wong被害了。”我问他刚刚到底发生了什么事，为什么只有这部手提电脑被盗了，并列行公事的问了一番话……
Warenouse
到现场时，现场已经被封锁了，亮出证件后进入，并向警卫打听了一些有关的事宜。
在犯罪现场有一位法医和男性警察在进行勘查工作，同他们谈话得知Wong是被点45或是点375的手枪从背后击中头部身亡的，而且现场没有打斗迹象，可能是持枪抢劫所致，并建议我找负责的Astadourian探员，调查尸体，突然发现了熟悉的Morley牌烟头，还有一些个人物品，向左转身见到女警探Astadourian探员。
与Astadourian探员以情报互补方式谈话，使案情得到了较好的发展（千万不能强来）。向她说明自己的来意，和自己所正在办理的案件情况……
两人相谈以后，Astadourian探员邀请我一同上船去看看。
在船舱内发现了一件上面印有着“TARAKAN”字样的黄色雨衣；在柜子中发现了几瓶不知名的药品后，再跟Astadourian探员谈话后，得知“TARAKAN”是一艘船的名字。
这时码头负责人Harbor Master送了两杯咖啡，和他谈话，得知“TARAKAN”是一艘俄国船，几个月前在海上发生事故船后，仅留下四具尸体，并得知了一些Wong情况。
Tarakan
来到“TARAKAN”船上，发现了有一边有很奇怪的火烧痕迹。
码头负责人Harbor Master又告诉了我一些情况后，就离开了。上船后，凋残各种可疑事物，在下层找到一些看不懂的有记号木箱；再往里面走，发现了一个装有东西的箱了，并获得一个金属球形物体。从甲板往上走到第一层船舱，在桌上和开启的保险柜里找到两本俄文的日记本，又来到最高层的船舱。在Astadourian探员所站的附近桌子上，发现了可疑的指纹，并打电话向John Amis求助（“menu”功能里能找到他的电话），要他快电过来采集指纹。
把收集到证物跟Astadourian探员看后，和她来到中层船舱外火烧痕迹处调查……
Astadourian探员说她认识一些可以翻译俄文的人，并收下了那两本俄文日记。
这时犯罪现场的那位警卫跑来说法医验完尸（Wong）了，但发现了些问题，要我们去法医办公室去一趟。但我得先到犯罪实验室把找到的证物上缴了……
Crime Lab
来到犯罪实验室发现John Amis在看书，问为什么不去采集指纹，他说要等他吃完饭后再去。于是，我放下那球形物体后回到办公室。
Field Office
在办公室想知道“Tarakan”上到底是发生了什么事，还有没有相关的资料，所以用“Media”功能进行资料寻找……
Coroner Office
法医告诉我说：“解剖后发现Wong身上有恐怖的大肿瘤，从前从来没有建国这样的肿瘤。调查解剖盘上肿瘤，发现旁边有个弹头，并得知是从Wong身上取出来的，是点38口径子弹，从头后贯入，一枪毙命，并代走了子弹。同法医谈话，引出“Tarakan”这个问题，她告诉我这几天来我是第二个想她问起“Tarakan”的FBI探员了，我请她回意一下哪位问“Tarakan”事情的是不是叫Mulder，法医告诉我是Diana Scully和Wolf Mulder。
提到“Tarakan”船员被严重烧伤致死的时，法医告诉我，怎样烧伤的谁也说不清楚，尸体还在，要不要顺便看一下。结果，法医却后发现尸体不见了。法医报警后，跟Astadourian探员谈话后，得到了一些瞎猜的，天方夜谭的结论……
Crime Lab
把弹头交出后，可以有更多的线索……
Apartment
回到家里，用电脑得到新的E—mail：Astadourian探员把采集的指纹资料以附件形式发送过来了，用ING进行调查，发现是同事Cook的。
这时Cook来了，并紧张地查探了窗口，说是被两个驾驶黑色轿车的跟踪。
Cook想从我这里得到一些有关的消息。选择“Tell him what he wants to hear”。并同他谈起了有他关指纹的事……
Warhouse，晚上
来到Warehouse（行动要迅速，不然会被人PK），看到了一辆卡车，进入驾驶痤，再从旁边前座位置跳出去，回头一看车身上有个标志，“Gordon’s Hauling”，回到卡车上，调查前座的储藏柜，发现了一张印有“Clay’s B—B—Q RR#1121”和“82434”字的纸。突然有人来了，赶紧从左前座跳出去躲起来。等卡车开走后，才回到家中。
Apartment
码头负责人Harbor Master传来一些资料，用电脑调查，什么也没有发现。然后上床睡觉了……
起床后，听见有人敲门，原来是Astadourian探员，开门让她来，原来有卷重要录影带要我看。交谈后，得知昨天见到的卡车司机在今天早是六点十七分时被害，录影带中有详细的事件发生经过。
录影带中看到一辆车牌号码跟Mulder与Scully租的那辆一样福特轿车，在一道厅异的闪光后，卡车司机就遇害了，而从轿车下来的那个人是不是Mulder，谁也不能确定。交换意见时，我说先到昨天发现卡车上的公司Gordon’s Hauling去调查，Astadourian探员说要花四个多钟头的车程，不如先到法医办公室看看验尸进展。
Coroner Office
法医说：“这种同”Tarakan“的船员类似灼伤不可能是人造成的，可能是热辐射；但是怎样造成的无法解释。
Gordon’s Hauling
到达Gordon’s Hauling时，天色也差不多快晚上了。同Astadourian探员谈后，看到Gordon’s Hauling大门竟是敞开的。进入在左边的办公里找一把铲子（Shovel）和虎头钳（Wirecutters），在地上发现是非常有用的线索：散落一堆的纸张资料。
这时突然窜出了一个人，用力地把我扔开后，迅速把门给锁上跑了。同时Astadourian探员在柜子里发现倒数计时只剩一分半钟（事实上约25秒就爆了）炸弹，用铲子撬开在冰箱的左下方有个通风口，逃离了办公室。
用PDA把刚才经过告诉了Skinner和Shands后，我回到家中。
Field Office
第二天在会议室里找到Cook，同他谈话向新的仓库出发了。
Smolnikoff’s Warehouse
点一下Cook的枪，要他为我掩护，进门后，迅速地杀死三名嫌犯，暂时解决一楼的危机。从楼梯向上走，消灭两名枪手后，一直向上走会来到一个螺旋楼梯旁，向下走见到了Smolnikoff（大胡子）。讯问他有关走私 、Tarakan号、Wong的死和Warehouse的事，得不到任何消息，只好回到一楼调查。
在这里发现同“Tarakan”号船上一样的图案，还得到把点38手枪等物品。并再次讯问Smolnikoff，他依然不肯透露任何消息。Cook说把手枪送去犯罪实验室化验一下……
Crime Lab
来到犯罪实验室，做了枪枝的弹道测试后，证明这就是杀害Scully的枪……
Smolnikuff’s Warehouse
见到Smolnikoff他居然死不认帐，不承认杀害Scully 事实，Cook只好将他带回去审问。
他们两人离开后，手机响了。Amis生气地说他被从Tarakan带回的那个东西释放出辐射线伤害了……
Apartment
刚回到家，Astadourian探员就来了，她生气的责备我这次行动没有通知她……
这时电话响了，要我到Sand Point去。
Astadourian探员走后，EMAIL又来了，并附带有指纹档案。使用ING搜索后，没有任何结果……
Sand point
第二天起床后，来到Sand Point。走进中间的房间，走出来一个黑人。他给我一把针状武器（Stiletto）后告诉我：以后会遇上一个人，必须要用这个针从他的头后刺进去才能制服，并不能对他开枪；还说Mulder和Scully都还活着，两人也不在一起，但时间不多了。最后还重复好几次告诉我一个医院地址要我去调查一下。说完就走了。
黑人走后，Astadourian探员也来了。同她交谈后，来到黑人提的医院。
Hospital
在医院，对老护士出示了证件后，说找Scully，并报上Skinner名字后，得到探医的资格，走进房间，,终于见到了Scully。想她表明身份和来由后，用黑人给的针状武器，制服了Scully。
向Scully讯问Mulder的去向，和他们调查仓库情况……
经过了解探讨后，解开了RR1121之谜……
RR 1121 Train Yard
来到RR 1121 Train Yard，一直往前走，爬上电线杆，用望远镜观察四周情况，找到了82434车厢，并发现有一个人的行踪可疑，赶紧过去问话。
他告诉我看到两个人，让我想到是不是又被驾驶黑色轿车的人跟踪了……
在同他玩了文学游戏后，并由Astadourian探员付给十元钱的前提下，得到他在附近捡到的录影带（Videotape）。
回到办公室，打开PDA，收到EMAIL：是关于Gordon’s Hauling大爆炸调查报告，并把最新的情况发送给了Skinner和Shanks。
Field Office
观看录影带后，发现拍摄的是一场手术的进行过程。用ING（点选Capture）调查一下，得到其中一个眼熟的家伙的资料。突然，在出现“Connect with video Conference”后，看到了三个不认识的Lone Gunman人。
他们说是Scully要他们跟我联系的，在多次交谈分析意见后，发现Mulder的危险，赶紧来到Alaska……
Rauch’s house’Alaska
来到Alaska，看到一个样子像Rauch的人走出来后开车离开后，走进了屋。
在一楼调查一无所获，来到楼上。发现Rauch浑身油腻的躺在地上，并且毫无知觉。
调查四周发现一个掉在天花板上的玩具骷髅有问题，一拉，打开暗梯的门。爬上去后，发现Mulder被绑在地上。
在同他聊了一下后，替他解开绳子，在同他谈话得知Rauch被黑油控制了，只有被那怪怪的眼神看了后，黑油才会离开……
这时Scully打来电话，并同Mudler通了话后，Mulder告诉我秘密基地的事，和三个怪人留下基地的资料。
窗外突然传来车子的声音，NSA人员来了，Mulder说他要先走一步了，NSA的人就交给我去处理了……
在左边那位NSA人员告诉我任务已经完成了，以后的事情由他们接手，要我回去复命。（在这里有多种个选择：①帮助Mulder和Scully；②决定跟Mulder一样逃避。）
往树林逃跑，天色昏暗起来，先向右跑，再向前两次，然后躲在一棵大树下，就可疑逃过两位NSA人员的追杀，接下来就是到秘密基地跟Scully会合。
Base
来到秘密基地，与Scully见面后，然后去寻找Mulder，并消灭除了Mulder或Scully以外的所有人。在这里有许多电脑可以不必理会……（多记录存档）
来到一个放有很多平台的房间，发现一把电击棒，刚拿起来就被人偷袭，原来时速Cook……趁他不注意用电击棒快速将他击倒（有三次的机会）。
来到一个左边有柜子侧面有烧伤痕迹的房间，进去右转见到Mulder。发现Mulder也残遭毒手，口中并念到“两把钥匙……”不要同他对话，赶紧在对话框中选择“Run! Scully.”。
出了门向右转，消灭所有敌人（用枪）……
回到击倒Cook的房房，在一个室内空间宽敞，中央放有玻璃的房间，直走到尽头的小机房里，找到了受到惊吓的Scully。
她想出了营救Mulder的方法：用Mulde提到的隔壁小房间里的警卫所持有的两把钥匙，在利用外边的玻璃屋将Mulder隔离（不过要先启动电力设备）。
来到外面中央电控室，按下“Lire Support System的按钮；再回Scully所在的小机房，同样地按下机器上的按钮，启动了基地的电力和所有照明设备。然后把外面玻璃屋相对的两扇门都打开。
Scully在小机房隔壁的房间里等，进去后听完Scully的行动计划后，选择右边走。
走过去后，发现Mulder已经同警卫一起同转动钥匙，一枪杀死掉警卫，抢走钥匙。马上向玻璃屋跑去。
在Mulder惨叫声中正要大功告成时， Cook突然出现了，把我抓住了。这时Scully悄悄地从他身后逼近，抓住时机我把针状武器扔给了Scully，让她解决掉了Cook……
结果
在办公室，大家一起开案件总结大会时，Scully说Astadourian探员在Cook的公寓里找到了失踪的手提电脑， Cook就是主犯。
Shands告诉我Astadourian探员有事要到公寓找我……
回到公寓门前，那位给我针状武器先生又来了。告诉我针状武器在不久的将来还会用……？？？！！！