Deus EX故事
在未来,2052年.世界慢慢坠入混乱之中
一种叫做灰色死亡的致命病毒肆虐世界，特别是在美国。这种病没有治疗方法。只有一种叫做安普洛西亚（永生之花）的疫苗能够中和病毒的威胁。但是制造这种疫苗的Versalife (听着很耳熟吧)却仅能够提供少许的产量。
由于疫苗的极低产量，只有被认为对于维护社会秩序有重大影响的人才能够得到。这使得疫苗全部流向了社会精英，富人，政客，科学家，和军阀。
由于普通人无法获得疫苗，世界各地开始发生暴动。各种恐怖组织陆续成立。
为了对抗恐怖活动，联合国极大的扩展了其对世界各国政府的影响力，为了维护国际和平，对抗日益活跃的恐怖活动，在恐怖分子袭击了自由女神像后，在纽约自由岛建立了联合国反恐怖活动联盟[UNATCO]。
JC Denton是一名接受过纳米改造的UNATCO 特工。在完成他的训练后受命于JosephManderley去跟踪NSF的成员来寻找失窃的疫苗。途中，JC Denton和他的兄弟Paul重逢。之后，JC Denton 发现失窃的疫苗被送到了LaGuardia机场。Paul在机场外见到了JC，并且解释了在得知灰色死亡是一种人工制造的病毒，被UNATCO通过其影响力来保证只有社会精英能够得到疫苗后，他已经从UNATCO叛逃至NSF。
当JC从机场回到总部后，Manderley告诉他他和Paul两个人都被装了一个24小时内致死的保险装置，并且由于paul的背叛，paul的保险已经被启动了。Manderley命令JC去香港杀掉Tracer Tong，一名和Paul有联系并能够接触保险装置的黑客。但是，JC却去了Paul的公寓并发现Paul躲在里面。Paul进一步解释了他背叛的原因并鼓励JC也一起叛逃。Paul劝说JC向NSF的盟友发送一个求救信号。但在发送之后，JC也变成了UNATCO的通缉犯并且他的保险装置被FEMA指挥官Walton Simons启动了。JC没能过逃过UNATCO的搜捕并和paul一起被抓了起来。之后，一个叫做Daedalus的存在联系了他们两个并告诉他们关押他们的地方是Majestic 12的一部分并帮助了二人逃离。
之后两人逃到了香港并找到了Tracer Tong。Tong帮助二人解除了保险装置。作为交换，Tong要求JC潜入Versalife的建筑。在潜入后，JC发现了VersaLife才是灰色死亡病毒的根源。JC成功的偷取了病毒的各种信息并且破坏了制造病毒的“全能制造器”（UC）
在分析了病毒后，JC发现病毒是由Illuminati制造但被Majestic 12改造了。Tong由此派遣JC前往巴黎，试图联系Illuminati然后联手对抗Majestic 12. 之后JC见到了Illuminati领袖Morgan Everett并且获悉病毒原本是仅对纳米改造过后的人才有效的一种抑制剂。但是Majestic 12的领导人，万亿富豪Bob Page在叛离了Illuminati之后偷走了病毒原体并改造成了灰色死亡（自爆结局后隐藏的那段对话）。Everett发现如果没有VersaLife的全能制造机的话，Majestic 12 将无法继续生产病毒，因此他们将会袭击Vandenberg 空军基地的X-51,一群退休了的前51区特工来获得他们制造的全能制造机。
在帮助基地击退了Majestic 12的攻击后，JC和X-51领导人Gary Savage见了面。此时Gary揭露了Daedalus实际上是ECHELON计划下产生的人工智能。. Everett 为了获得Majestic 12通讯网络的控制权限而将Daedalus放入了美军的网络。但是Page用自己制造的AI Icarus对抗Daedelus。最后二者合一成为了Helios, 拥有了控制全世界通讯网络的能力。
之后，Savage请求JC协助获得全能制造机部件的设计图，来修复在Majestic 12攻击中受损的Vandenberg基地的全能制造机。JC在获得设计图后将其传送给了Savage，但是Page也截获了这一信息，并且在之后向Vandenberg发射了核弹以确保作为Majestic 12总部的51区将是世界上唯一拥有全能制造机的地方。
但是JC成功的重写了核弹的目标，并让其落在了51区。之后JC前往51区寻找Page。
当JC找到他的时候，Page说出了他的最终目的是和Helios同化并控制全世界的纳米技术。此时Tong，Everett，和Helios AI同时联系了JC。Tong希望帮助JC打败Page，但条件是要JC破坏全世界的通讯网络以避免任何人获得这一力量，但是这样做将会让世界再次进入工业化前的黑暗时代。Everett要求JC协助Illuminati再次成为影子政府，杀掉Page后在51区来操控世界。Helios AI希望与JC同化并成为通过无限知识和理性来领导世界的独裁者。JC将要在三者间作出选择。
Deus Ex InvisibleWar
在Deus Ex之后的20年，2072年，世界刚刚从混乱中开始恢复。20年前JC Denton所做出的决定让世界陷入了被称为“大崩坏”的全球混乱。在无尽的战争和经济对抗之后，世界被几大组织所瓜分。这些组织分别是WTO，控制着世界上许多残存的超级都市并将它们变为高度有序的城邦国家。 The Order，一个基于许多旧宗教和社会主义理想而产生的新兴宗教组织。圆桌骑士则是一群宣扬完全消除生化改造的极端分子。Omar是一群拥有意识共享的重度生化改造人，他们通过操控全球的黑市来获得利益，并希望通过生化改造成为超越人类的新种族。ApostleCorp则支持JC Denton的理念，希望能够让所有人都接受生化改造以消除阶级。但实际上这些组织暗地里都有所关联，比如圆桌骑士就是从The Order分离出的组织，但TheOrder和WTO则是Illuminati的下属组织。
Alex D和Billie Adams及其他几名Tarsus训练生在从毁灭了芝加哥市的恐怖攻击逃离后前往了一个Tarsus设施。但在抵达后不久，设施就被The Order的武装力量袭击了。
之后Billie向Alex表示自己其实是The Order的成员。她说Tarsus实际上在使用训练生来作为实验动物用于生化改造项目，并且邀请Alex加入The Order.
在两人抵达The Order位于西雅图的基地后，Alex被要求探索一队派往Tarsus设施执行救援任务的The Order士兵发生了什么。Alex发现这队士兵叛逃去了圆桌武士。
在游离于The Order, WTO, 和ApostleCorp之间一段时间后，Alex发现自己实际上是JC Denton的一个克隆人。并且陆续发现各个组织的真实目的。JC Denton希望通过一个生化改造的主脑来实现全世界的完美民主，ApostleCorp希望协助JC Denton实现他的目标，控制着The Order和WTO的Illuminati则希望通过JC的技术来制造一个独裁体系。而圆桌骑士则希望完全消除生化改造技术并创立一个世界神圣帝国。
在经历过一段冒险后，Alex获得了一份能够让任何一个组织实现梦想的资料。每个组织都希望Alex能够将资料交给他。但Alex也可以选择毁灭掉这些组织位于纽约的总部。但是这样做将会让Omar成为最后的赢家并在世界上剩下的非改造人经过各种斗争死光后统治世界。Alex需要作出决定。