深邃无尽的幽暗中，一个封印多时的邪恶生命正缓缓苏醒。望着那个曾经属于她的世界，不禁悠然叹息道：“伟大的力量！至高无上的神…神的力量还没有遍及整个世界…”
邪恶再度陷入沉眠中,没有任何人觉察到世界在短暂间发生的悸动。
楔子：
对龙来说往事就像一场灰色的梦…
正在酣睡中被ガナ唤醒,原来妹妹ユア一早不知跑到哪里去了，龙便走出寄居的教堂寻找。在村中照例挨家挨户搜刮了一遍找到了几个加血的道具（在教堂中可以得到重要物品钓竿），从村民口中探听到双亲的一些往事并获知妹妹已经赶往了后山。
拨开一丛没头的杂草进入了后山，选择中间那条山道可以找到ユア。那时的感触是如此的清晰在目；无数蝴蝶在缤纷花丛中飞舞，ユア则全神贯注地抬头仰望着山崖上一条安详沉睡着的巨大白龙。正想上前草丛中跳出一匹怪物袭来，危急关头神父赶来解救了龙。原来ユア听村民传说当年大批魔物袭击村庄时父母亲运用法术与之展开殊死战斗，在危急关头母亲化身为白龙携助父亲打退了魔物，ユア坚信盘绕着山头守护着一扇神秘门户的那条白龙就是自己的母亲。神父笑着否定了ユア的说法，当ユア询问龙的看法时龙也认为完全是村民的传闻罢了。神父带着妹妹离去了，而在龙的内心深处真切感受到流淌千万年的龙之血脉，似乎有不尽的宿命正等待着自己去完成。
幽暗之中的邪恶；感受到一股令她极度厌憎、恐惧的力量正逐渐觉醒中，惊愕、颤栗、叹息…
晚上龙因为白天的经历而久久不能入睡，好友博修（ボッシュ）起身问他：“是否愿意离开这个贫穷的村庄，到更广阔的天地去寻求财富？”于是两个少年怀着对未来的憧憬离开了赖以寄生的教堂开始了旅行。
刚离开村庄不远就遭遇了瓢泼大雨，两人急忙赶到西北方的洞窟中避雨。进入漆黑的洞窟中两人就感受到一种莫名的气息，向洞深处走去却发现一个巨大的物体缓缓向前蠕动。追迹至洞窟的最深处才发现原来这是个魔物的巢穴，这个叫巴鲁巴罗依的魔物轻易打倒龙等二人后正想下毒手，赫然发现了在龙眉间醒目的封印。“使命之子…”魔物惊愕之余说道：“龙…那扇命运之门正等待着你的到来，很快就将感受到吾神伟大的力量！”
昏迷中的少年；“使命之子”的奇特称呼似乎已经深深沁入了他的心田，隐约的记忆将他带到了那片暗夜的世界、那被遗忘的龙之故土…
序章:咪娜的委托
10年后的莫多（モト）町。博修询问长老是否有好的差事让他和龙去完成,长老说有一个寻找宠物的任务。博修正在为这件小儿科的事情抱怨时，委托者翼人族的少女咪娜（ミイナ）进门来，色迷迷的博修马上爽快地答应了这件差事。
两人出村前往フタビ山寻找那个叫ス—ジ—的宠物（承袭了前作的特技设定，每个角色都拥有各自独有的技能。龙在购买钓竿、鱼饵后能在水边有鱼跃起的区域钓鱼、博修的技能则为射箭狩猎。行动时必须把该角色置于队伍前列。另外在战斗时角色也拥有特技；龙为气合（恢复体力）、龙变身（必须解开封印）、博修为狙击）。在町的附近会出现一个旅行马戏团，正在高价展览传说中的珍稀物种-草人。
进入フタビ山的推荐等级5段，并预备一定数量的回复HP、解毒道具。刚一进山博修就听到了尖锐地嘲笑声，四处张望却不见有任何人影。行至中途从半空飞来魔鸟三姐妹拦住去路，战斗中的第二回合这伙变态姐妹为了争风吃醋还会自相残杀，取胜之后博修嘀咕着ス—ジ—可能已经被吃掉了，两人继续向山顶行进。在山顶的洞口阻塞着一块岩石，两人合力将岩石推下山后却意外的发生山崩把归路切断了，进洞后他们从一处裂缝跃下返回到半山。转出西山口来到了老人ニロ的家，只见老人正被大群蟑螂所围攻。击退第一批六只蟑螂后还会有一只蟑螂王出现。完全消灭后老人十分高兴准备请两人吃烤小猪，博修及时发现小猪就是咪娜委托寻找的宠物使其幸免于烤炉之祸。
告别老人回到村庄，将小猪交给长老后就顺利完成了任务并获得酬金500元，咪娜临行前热情邀请龙等二人到飞翼王国温笛亚（ウインディア）去观光。
半夜里博修忽然听到急促地敲门声，原来一个叫キルゴア的神秘人前来报讯说失窃了贵重宝物，怀疑是トラウト所为，看看龙正在忽忽熟睡博修决定独自前往调查此事。
龙醒来时发现博修已经不见了，出门打听却听说トラウト夜里丢失了宝物正全城封锁搜查窃贼，而主要怀疑对象却是博修。龙在前往トラウト家询问途中被一女子撞个正着，吃了闭门羹后来到了城左上方キルゴア家, キルゴア对意外事件表示遗憾并委托龙查明真相。
回到家中博修正焦急地等在那里，当他问龙是否相信他盗窃时龙当然相信幼时挚友的品行（回答选不，结果与友好度相关）。于是博修便一五一十的把事情原委相告：“夜里为帮助キルゴア取回宝物而潜入トラウト家，冷不防一个女子从屋里飞奔而出，当博修进入宝物库发现空空如也，此时警卫却出现了…”博修一口咬定那个女子就是真正的犯人而龙也不禁想起方才撞上的那个。正谈论见传来了急促敲门声，博修慌忙躲进了垃圾桶里。警卫进屋搜查一番离去了，博修深感隐藏在城里已经不安全，便要龙带他潜往フタビ山西面ニロ老人处暂避。
龙骗过警卫把藏有博修的垃圾桶带出城去，ニロ老人爽快地收留了博修并要求一同修缮房屋，他还告诉龙那个女子经常出没于古鲁塞（コルセア）町，为了洗刷友人的冤屈龙只身前往古鲁塞町调查真相。
第二章:命运的出会
古鲁塞町又被称为格斗都市，城中央的竞技场经常会举行刺激火爆的格斗比赛，据说城中的某位大人气女性将会在下次比赛中出场。夜间进入PUB情报屋会打听到很多有用的消息，和吧台附近的大汉兰多（ランド）交谈获知一场比赛与神秘女子对阵的将是タグジ森林的勇者ババデル，如果打倒此人就可以取得代替出场参赛资格。
タグジ森林位于西北方，进入森林后循着伐木用的索道进入深处，打倒ババデル后取得斧头作为凭信赶回古鲁塞町（注：森林中宝箱内得到的金币コィン可以在钓鱼时引诱前作的鱼人曼尼洛上钩，可以购买十分珍贵的武器。不过价格么…）。再次见到兰多，他对龙能打倒ババデル感到十分钦佩。这是斗技大会已即将开幕，龙冒充ババデル进入会场，打倒筋肉男人事部长后正式取得入场资格。隔壁房间内大会主办人阿卡斯（ア—ガス）告诉龙在比赛中他会向两个参赛者施放毒针意在暗算那个常胜无败的女子。
在进入参赛者部屋后不要与守卫对话先把手头所有的金钱存入银行。兰多会赶来询问情况，当听说内情后焦急万分。他灵机一动要求龙把全部钱给他去购买解毒剂（趁火打劫？！幸亏老子有防范），但当他拿着向隔壁女参赛选手讨好时却碰了一鼻子灰，只得把两个解毒剂都交给龙保存。角斗大赛是在水池中的一跟圆木上进行的，在观众的欢呼声中那位享有不败记录的天才格斗家—豹女琳璞（リンプ—）终于登场亮相，虽然这个女子名不虚传有着十分狠辣的身手，缠斗数十合后还是被龙击败了。就在观众沸腾之时看台上飞出无数毒针射向擂台…
救出重伤的琳璞后龙与兰多议论着事件的始末，两人决定去找那个主办人阿卡斯算帐。阿卡斯冷酷地说道：“类似斗技比赛这样的活动只有死人才能让观众感到刺激从而提高票房。”阿卡斯使用他所谓神赐予的力量变身的狼男有着不俗实力,被两人联手击败后他临死前口中还喃喃说着:“吾神正越来越接近这个世界…”困惑中的两人走出竞技场时有人告知昏迷中的琳璞已经苏醒。原来是当地艾帕教（エバ教）的青年神父雷易（レイ）用神力治疗了琳璞，琳璞断定是龙在战斗中偷施暗算便想上前撕打，幸而兰多从旁说明才真相大白。闲谈中兰多表示要去找个体力活维持生计，听说龙有一栋旧屋正在修缮时便主动要求帮忙，百无聊赖的琳璞也吵着加入，于是三人一起回到フタビ山西面ニロ老人的旧屋。这是两人才知道了龙的真实姓名和出行目的，博修估摸着琳璞不是干活的材料便让她协助龙一齐调查女盗贼（兰多的特技为高速直线行进，战斗特技为偷袭、琳璞的特技为用木棒击碎石头等硬物，战斗特技为引诱）。
来到莫多町正赶上魔法学校附近传来一阵喧哗声，龙二人赶去察看原来是三个山贼模样的大汉正想劫持一位名叫尼娜（ニ—ナ）的翼族少女。这位少女有着一双迥然不同与其他族人的漆黑翅膀，神态矜持而从容。龙蓦然见到她顿时产生了一种奇特的感觉；虽然素未谋面，却似乎在百载千年前已经相识…那般如花娇颜、那种举止谈吐仿佛早在梦中萦绕多时！尼娜在盛怒之下使用强力魔法赫退了山贼后返回学校，好奇的龙二人跟着进入。尼娜正在向老师解释破坏戒律使用魔法的原因，琳璞也搭讪着要求学习魔法。一个山贼再次出现威胁说尼娜的妹妹已经落入他们手中，尼娜只得跟山贼前往他们的巢穴。这时龙才知道这个尼娜原来是飞翼王国的第一王女，以前认识的咪娜是她的亲妹。正直的琳璞吵着要去搭救尼娜姐妹与龙心中所想不谋而合，两人火速赶去盗贼巢穴—ロッコ山。
ロッコ山位于过桥前往古鲁塞町的途中西北方，进山后某处有个小喽罗会向龙介绍山贼家族的主要成员。临近门口守卫会质问某个成员，答错就会发生战斗（建议故意答错）。密室中可憎的头领ジョ—か—正用咪娜对尼娜进行威胁，忍无可忍地龙二人冲上前与之搏斗起来。在扫除干净喽罗后尼娜会使用魔法打倒乔卡（ジョ—か—），而乔卡会喃喃称颂着神的名字变身成怪物，这是尼娜会正式加入和龙等人并肩战斗。乔卡虽然皮糙肉厚但速度却出奇缓慢所以并不足为虑，唯一有威胁的是他会使用全体中毒魔法。取胜后尼娜准备护送妹妹返回故乡温笛亚（ウインディア），琳璞因盘算着要和尼娜学习法术所以提议结伴同行，于是三个人一同出发了。
在龙的心中；那个暗中庇护邪恶的神的存在给他留下了无限的迷茫和困惑。
第三章:共同的家园
因为咪娜的关系有翼族的卫兵打开了通往温笛亚的地下甬道。在地道中生活的都是因和他族通婚等种种原因被蔑视的一些底层居民，龙一行沿途都听到有关温笛亚王家黑翼公主的传闻——有着蝙蝠一般诅咒之翼的王女将给全族带来无穷灾祸。聆听这些大家的心情都很不轻松，只有年幼的咪娜对马上回家感到兴高采烈。
在甬道的出口处，执掌大权的王妃带着侍卫正焦急地等待着咪娜的归来。一见到尼娜就大发雷霆并告诫咪娜说：“不许和这个灾祸之源呆在一起…”王妃带着困惑的小咪娜转身离去了，侍卫长奉命把尼娜一行赶出了王宫。尼娜回头望着曾经生活过的家园，咬紧嘴唇把积淀多年的悲伤再度压抑在内心深处。这时一大群人正围观着一个名叫斯泰恩（ステン）的杂耍艺人变戏法，这个人不由分说拉着龙当表演魔术的配角，只听一声巨响龙消失地无影无踪。斯泰恩诈称龙已经被变到次元空间，只要两位漂亮MM能陪他开心才能将之变回来，正在此时满头泥土的龙从地里钻了出来，原来他被斯泰恩用炸药硬炸进了地里。琳璞盛怒之下要对斯泰恩饱以老拳，后看龙安然无恙便作罢。斯泰恩感觉龙等人都十分善良厚道自愿加入队伍（尼娜的特技是浮游，战斗特技MP回复、斯泰恩的特技是长臂<可抓住木桩到达对岸>，战斗特技装死），被这个活宝一闹大家原本郁闷的心情顿时好了许多。在城中意外听说女盗贼已经逃往西方的消息。
一行人出城才发现旅行马戏团也已经搬迁到了温笛亚地方。前往西方卡贝达村（カペタン）途中会经过一个怪物猎人的集落，猎人会向龙详细介绍用阿鲁果实诱捕怪兽ウパルパ的方法。
卡贝达村以拥有三个不同风格的高明建筑师而闻名天下。而如今这个繁荣著称的地方却意外的冷清，听说有个男孩走进枯井里失踪了，许多人去寻找也不见返回。在乘船处打听到女盗贼早已搭船向西走了，现在船没有返回也无法出海。
进入枯井却突然遭遇了一匹魔物，被一个金发青年出现施法消灭了，但随即又从阴沟里窜出一匹魔物。取胜以后众人才认出那个青年就是在古鲁塞町救助琳璞的艾帕教徒雷易，雷易请求众人帮他一起救助被困洞中的小孩。趁着雷易和魔物缠斗的间隙龙他们四人突，入洞中，利用乌龟来回摆渡找到了失踪的孩子。正说话间从水中跃出一头巨大的龟形魔物，经过一场艰苦的搏斗才将它打倒（此BOSS的全体攻击威力相当强大须及时加血补充）。魔物消灭后大水滚滚涌出众人忙携带孩子向外逃去，雷易一边使用光之壁把汹涌大水挡住边嘱咐龙快抓紧时间救出所有被困村民。在逃跑过程中遇见村民装束敌人只需打死他们脸上的蝎子就可以令其恢复清醒，救助了全部村民后再与雷易对话，众人迅速逃出井外。
雷易提出要到龙他们的聚集地看看，一行人回到フタビ山发现原先破败不堪的废宅已经被整修得初具规模，而ニロ老人把这里重新命名为“共同体”。看到龙他们团结一致的情形雷易十分感动，提议由龙自由选择一位同伴赐予艾帕神的祝福—复活术（笔者当然选择了尼娜）。
雷易走后博修急着催促龙帮他找到女盗贼。一行人回到卡贝达村时在村口宿屋边遇见一个名叫萨娜姆的女子，这个打扮妖异询问他们是否愿意见识下神奇的法术（对话时必须由龙带队），在她带领下众人赶到了北方森林。原来那里是老巫婆欧巴巴的实验室，欧巴巴想请龙协助做个合体实验。实验失败了但却意外诱发了潜藏在龙体内龙族的力量而具有了变身能力，不过龙变身时巨大的能量波把整个森林和欧巴巴的实验室都化为了灰烬。龙只得把两个麻烦人物安置到共同体，两人把博修为自己精心装饰的房间强行占为己有并要龙到卡贝达村找木匠来改建合体实验室。
重新回到卡贝达村。村中建筑师具有三种不同风格，玩家按照自己喜好进行选择吧（注：建筑风格看建筑师自己居住房屋的式样就可以一目了然了，不同风格在以后对情节会产生细微变化）。
（补注：在温笛亚城附近出没的蓝色猫型怪物打倒后一定概率会得到小金币，建议稍微盘桓一些时间）