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《天元突破：红莲之眼》的舞台架设在架空的未来世界，住在不知天空为何物的村庄基哈（ジーハ）的少年西蒙（シモン）在开垦村庄时，偶然挖掘到一块闪耀着神秘光芒的晶体。在那之后，巨大的机器人从天而降，对村庄进行大肆地破坏，西蒙与大哥卡米那（カミナ）以及从地面来的少女优子（ヨーコ）一起，与巨大的机器人展开了殊死的战斗。 　　
本作被定义为必杀技收集动作游戏，而必杀技的种类将超过100种以上，都需要用触笔使出。相信热血的超级机器人系动画配合热血的必杀技是再适合不过的选择，而且本作还附带专门制作的动画特集。