故事舞台是700年前的古代伊苏王国,所谓的新作，是交代“伊苏”这个国度如何诞生的历史，所以“YSO”这个标题也可以说明一切，隐含的意思也很多。“YS Origin”，第一个意思就是《伊苏》系列故事的原点，舞台在古代的伊苏王国，为什么《伊苏》这个游戏以“伊苏”这个国家的名字而命名，玩家也许能够得到更多的体会；“优雅将升华到感动”，玩过YS1和YS2都知道这两代是伊苏系列最成功最经典的作品，回归到“伊苏”这个国家的故事必然会继承、发扬、强化以往YS1和YS2的特色。
故事内容：700年前，伊苏王国为了逃避魔兽突如其来的侵袭，其支配王国的女神和六位神官利用黑珍珠的力量将萨尔蒙所在的那片土地升上天空之中。但是为了追赶已经漂浮在天空的伊苏王国，魔兽们建造了巨大的漆黑的『塔』，而拥有翅膀的魔兽更飞到天空追继续侵袭的行动，伊苏王国在此面临灭亡的危机。

就在那个时候，双子女神——蕾雅和菲娜突然失踪了。留下的人们陷入绝望之中，于是，六位神官下了这样一个决定。为了寻找失踪的女神从众多魔道士和神殿骑士之中挑选精英，将他们派遣到已经被魔兽侵占的黑暗地面之上。走向灭亡的世外桃源、失去踪迹的双子女神，在所有希望尽失之时，勇者们向着矗立的恶魔之塔发出挑战。

现在，传说成为了新的冒险，伊苏王国再度苏醒