东方星莲船本作的游戏系统，与前几作的最大分别是得分的方面。

东方星莲船基本操作与前作的分别

自机 分别为博丽灵梦、雾雨魔理沙及东风谷早苗三人。在选择角色后，可以从两种的“想法”选择其中一种来出击，不同的“想法”将会影响到武器的能力。 Bomb 发动时无敌、可作为“被弹Bomb”使用这几点与前作一样。不过本作的Bomb系统则从前两作的“灵击”，变为类似Windows初期作品的“自机符卡”，与Power值再次分开施放限制的计算，并以“符卡”（スペルカード）作为Bomb的数量单位。不过，本作的Bomb在发动时没有“符卡宣告”，严格来说是与以往的作品完全不同的新系统。 道具收集、得分 低速移动时的取得道具范围比高速移动时的为大，以及移到画面上方时便能自动回收画面上所有道具等等，都与前作相同。不过在得分的方面，废除了前作的“通信强度”等系统，引入全新的“ＵＦＯ系统”。此外，在得分方面还新增了“最大得点”的计算，决定取得点道具时获得的分数，引发ＵＦＯ的出现（下述）和擦弹都能使此数值上升。 擦弹 由于“通信强度”等系统的移除，不能再靠擦弹来发动“道具自动蒐集”。 

本作是东方Project的第12作以及其在Windows平台上的第七作。本作的游戏情报在2009年2月26日于作者ZUN的网志“博丽幻想书谱”上公开。游戏的体验版在2009年3月8日，于第6回博丽神社例大祭颁布，而正式版则预定于2009年夏季（Comic Market 76）推出。

自机角色除了有历代的主角博丽灵梦及雾雨魔理沙外，还追加了在‘风神录’及‘地灵殿’两作中分别以第五关头目及Extra中头目身份登场的“东风谷早苗（巫女）”。

在游戏系统的设计概念上，作者表示得分的基本平衡将会作大幅变动，变得更加有挑战性。